src/jalview/binding/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.binding;
  20
  21   //---------------------------------/
  22  //- Imported classes and packages -/
  23 //---------------------------------/
  24
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  27
  28 /**
  29  * Class FeatureSettings.
  30  *
  31  * @version $Revision$ $Date$
  32  */
  33 public class FeatureSettings implements java.io.Serializable {
  34
  35
  36       //--------------------------/
  37      //- Class/Member Variables -/
  38     //--------------------------/
  39
  40     /**
  41      * Field _settingList.
  42      */
  43     private java.util.Vector _settingList;
  44
  45
  46       //----------------/
  47      //- Constructors -/
  48     //----------------/
  49
  50     public FeatureSettings() {
  51         super();
  52         this._settingList = new java.util.Vector();
  53     }
  54
  55
  56       //-----------/
  57      //- Methods -/
  58     //-----------/
  59
  60     /**
  61      *
  62      *
  63      * @param vSetting
  64      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
  65      * given is outside the bounds of the collection
  66      */
  67     public void addSetting(
  68             final jalview.binding.Setting vSetting)
  69     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
  70         this._settingList.addElement(vSetting);
  71     }
  72
  73     /**
  74      *
  75      *
  76      * @param index
  77      * @param vSetting
  78      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
  79      * given is outside the bounds of the collection
  80      */
  81     public void addSetting(
  82             final int index,
  83             final jalview.binding.Setting vSetting)
  84     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
  85         this._settingList.add(index, vSetting);
  86     }
  87
  88     /**
  89      * Method enumerateSetting.
  90      *
  91      * @return an Enumeration over all jalview.binding.Setting
  92      * elements
  93      */
  94     public java.util.Enumeration enumerateSetting(
  95     ) {
  96         return this._settingList.elements();
  97     }
  98
  99     /**
 100      * Method getSetting.
 101      *
 102      * @param index
 103      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 104      * given is outside the bounds of the collection
 105      * @return the value of the jalview.binding.Setting at the
 106      * given index
 107      */
 108     public jalview.binding.Setting getSetting(
 109             final int index)
 110     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 111         // check bounds for index
 112         if (index < 0 || index >= this._settingList.size()) {
 113             throw new IndexOutOfBoundsException("getSetting: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._settingList.size() - 1) + "]");
 114         }
 115
 116         return (jalview.binding.Setting) _settingList.get(index);
 117     }
 118
 119     /**
 120      * Method getSetting.Returns the contents of the collection in
 121      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 122      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 123      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 124      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 125      *
 126      * @return this collection as an Array
 127      */
 128     public jalview.binding.Setting[] getSetting(
 129     ) {
 130         jalview.binding.Setting[] array = new jalview.binding.Setting[0];
 131         return (jalview.binding.Setting[]) this._settingList.toArray(array);
 132     }
 133
 134     /**
 135      * Method getSettingCount.
 136      *
 137      * @return the size of this collection
 138      */
 139     public int getSettingCount(
 140     ) {
 141         return this._settingList.size();
 142     }
 143
 144     /**
 145      * Method isValid.
 146      *
 147      * @return true if this object is valid according to the schema
 148      */
 149     public boolean isValid(
 150     ) {
 151         try {
 152             validate();
 153         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 154             return false;
 155         }
 156         return true;
 157     }
 158
 159     /**
 160      *
 161      *
 162      * @param out
 163      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 164      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 165      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 166      * object is an invalid instance according to the schema
 167      */
 168     public void marshal(
 169             final java.io.Writer out)
 170     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 171         Marshaller.marshal(this, out);
 172     }
 173
 174     /**
 175      *
 176      *
 177      * @param handler
 178      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 179      * marshaling
 180      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 181      * object is an invalid instance according to the schema
 182      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 183      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 184      */
 185     public void marshal(
 186             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 187     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 188         Marshaller.marshal(this, handler);
 189     }
 190
 191     /**
 192      */
 193     public void removeAllSetting(
 194     ) {
 195         this._settingList.clear();
 196     }
 197
 198     /**
 199      * Method removeSetting.
 200      *
 201      * @param vSetting
 202      * @return true if the object was removed from the collection.
 203      */
 204     public boolean removeSetting(
 205             final jalview.binding.Setting vSetting) {
 206         boolean removed = _settingList.remove(vSetting);
 207         return removed;
 208     }
 209
 210     /**
 211      * Method removeSettingAt.
 212      *
 213      * @param index
 214      * @return the element removed from the collection
 215      */
 216     public jalview.binding.Setting removeSettingAt(
 217             final int index) {
 218         java.lang.Object obj = this._settingList.remove(index);
 219         return (jalview.binding.Setting) obj;
 220     }
 221
 222     /**
 223      *
 224      *
 225      * @param index
 226      * @param vSetting
 227      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 228      * given is outside the bounds of the collection
 229      */
 230     public void setSetting(
 231             final int index,
 232             final jalview.binding.Setting vSetting)
 233     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 234         // check bounds for index
 235         if (index < 0 || index >= this._settingList.size()) {
 236             throw new IndexOutOfBoundsException("setSetting: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._settingList.size() - 1) + "]");
 237         }
 238
 239         this._settingList.set(index, vSetting);
 240     }
 241
 242     /**
 243      *
 244      *
 245      * @param vSettingArray
 246      */
 247     public void setSetting(
 248             final jalview.binding.Setting[] vSettingArray) {
 249         //-- copy array
 250         _settingList.clear();
 251
 252         for (int i = 0; i < vSettingArray.length; i++) {
 253                 this._settingList.add(vSettingArray[i]);
 254         }
 255     }
 256
 257     /**
 258      * Method unmarshal.
 259      *
 260      * @param reader
 261      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 262      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 263      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 264      * object is an invalid instance according to the schema
 265      * @return the unmarshaled jalview.binding.FeatureSettings
 266      */
 267     public static jalview.binding.FeatureSettings unmarshal(
 268             final java.io.Reader reader)
 269     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 270         return (jalview.binding.FeatureSettings) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.FeatureSettings.class, reader);
 271     }
 272
 273     /**
 274      *
 275      *
 276      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 277      * object is an invalid instance according to the schema
 278      */
 279     public void validate(
 280     )
 281     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 282         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 283         validator.validate(this);
 284     }
 285
 286 }