src/jalview/binding/JalviewModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.binding;
  20
  21   //---------------------------------/
  22  //- Imported classes and packages -/
  23 //---------------------------------/
  24
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  27
  28 /**
  29  * Class JalviewModel.
  30  *
  31  * @version $Revision$ $Date$
  32  */
  33 public class JalviewModel implements java.io.Serializable {
  34
  35
  36       //--------------------------/
  37      //- Class/Member Variables -/
  38     //--------------------------/
  39
  40     /**
  41      * Field _creationDate.
  42      */
  43     private java.util.Date _creationDate;
  44
  45     /**
  46      * Field _version.
  47      */
  48     private java.lang.String _version;
  49
  50     /**
  51      * Field _vamsasModel.
  52      */
  53     private jalview.binding.VamsasModel _vamsasModel;
  54
  55     /**
  56      * Field _jalviewModelSequence.
  57      */
  58     private jalview.binding.JalviewModelSequence _jalviewModelSequence;
  59
  60
  61       //----------------/
  62      //- Constructors -/
  63     //----------------/
  64
  65     public JalviewModel() {
  66         super();
  67     }
  68
  69
  70       //-----------/
  71      //- Methods -/
  72     //-----------/
  73
  74     /**
  75      * Returns the value of field 'creationDate'.
  76      *
  77      * @return the value of field 'CreationDate'.
  78      */
  79     public java.util.Date getCreationDate(
  80     ) {
  81         return this._creationDate;
  82     }
  83
  84     /**
  85      * Returns the value of field 'jalviewModelSequence'.
  86      *
  87      * @return the value of field 'JalviewModelSequence'.
  88      */
  89     public jalview.binding.JalviewModelSequence getJalviewModelSequence(
  90     ) {
  91         return this._jalviewModelSequence;
  92     }
  93
  94     /**
  95      * Returns the value of field 'vamsasModel'.
  96      *
  97      * @return the value of field 'VamsasModel'.
  98      */
  99     public jalview.binding.VamsasModel getVamsasModel(
 100     ) {
 101         return this._vamsasModel;
 102     }
 103
 104     /**
 105      * Returns the value of field 'version'.
 106      *
 107      * @return the value of field 'Version'.
 108      */
 109     public java.lang.String getVersion(
 110     ) {
 111         return this._version;
 112     }
 113
 114     /**
 115      * Method isValid.
 116      *
 117      * @return true if this object is valid according to the schema
 118      */
 119     public boolean isValid(
 120     ) {
 121         try {
 122             validate();
 123         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 124             return false;
 125         }
 126         return true;
 127     }
 128
 129     /**
 130      *
 131      *
 132      * @param out
 133      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 134      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 135      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 136      * object is an invalid instance according to the schema
 137      */
 138     public void marshal(
 139             final java.io.Writer out)
 140     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 141         Marshaller.marshal(this, out);
 142     }
 143
 144     /**
 145      *
 146      *
 147      * @param handler
 148      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 149      * marshaling
 150      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 151      * object is an invalid instance according to the schema
 152      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 153      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 154      */
 155     public void marshal(
 156             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 157     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 158         Marshaller.marshal(this, handler);
 159     }
 160
 161     /**
 162      * Sets the value of field 'creationDate'.
 163      *
 164      * @param creationDate the value of field 'creationDate'.
 165      */
 166     public void setCreationDate(
 167             final java.util.Date creationDate) {
 168         this._creationDate = creationDate;
 169     }
 170
 171     /**
 172      * Sets the value of field 'jalviewModelSequence'.
 173      *
 174      * @param jalviewModelSequence the value of field
 175      * 'jalviewModelSequence'.
 176      */
 177     public void setJalviewModelSequence(
 178             final jalview.binding.JalviewModelSequence jalviewModelSequence) {
 179         this._jalviewModelSequence = jalviewModelSequence;
 180     }
 181
 182     /**
 183      * Sets the value of field 'vamsasModel'.
 184      *
 185      * @param vamsasModel the value of field 'vamsasModel'.
 186      */
 187     public void setVamsasModel(
 188             final jalview.binding.VamsasModel vamsasModel) {
 189         this._vamsasModel = vamsasModel;
 190     }
 191
 192     /**
 193      * Sets the value of field 'version'.
 194      *
 195      * @param version the value of field 'version'.
 196      */
 197     public void setVersion(
 198             final java.lang.String version) {
 199         this._version = version;
 200     }
 201
 202     /**
 203      * Method unmarshal.
 204      *
 205      * @param reader
 206      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 207      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 208      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 209      * object is an invalid instance according to the schema
 210      * @return the unmarshaled jalview.binding.JalviewModel
 211      */
 212     public static jalview.binding.JalviewModel unmarshal(
 213             final java.io.Reader reader)
 214     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 215         return (jalview.binding.JalviewModel) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JalviewModel.class, reader);
 216     }
 217
 218     /**
 219      *
 220      *
 221      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 222      * object is an invalid instance according to the schema
 223      */
 224     public void validate(
 225     )
 226     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 227         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 228         validator.validate(this);
 229     }
 230
 231 }