src/jalview/binding/Sequence.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.binding;
  20
  21   //---------------------------------/
  22  //- Imported classes and packages -/
  23 //---------------------------------/
  24
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  27
  28 /**
  29  * Class Sequence.
  30  *
  31  * @version $Revision$ $Date$
  32  */
  33 public class Sequence extends SequenceType
  34 implements java.io.Serializable
  35 {
  36
  37
  38       //----------------/
  39      //- Constructors -/
  40     //----------------/
  41
  42     public Sequence() {
  43         super();
  44     }
  45
  46
  47       //-----------/
  48      //- Methods -/
  49     //-----------/
  50
  51     /**
  52      * Method isValid.
  53      *
  54      * @return true if this object is valid according to the schema
  55      */
  56     public boolean isValid(
  57     ) {
  58         try {
  59             validate();
  60         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
  61             return false;
  62         }
  63         return true;
  64     }
  65
  66     /**
  67      *
  68      *
  69      * @param out
  70      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
  71      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
  72      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
  73      * object is an invalid instance according to the schema
  74      */
  75     public void marshal(
  76             final java.io.Writer out)
  77     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
  78         Marshaller.marshal(this, out);
  79     }
  80
  81     /**
  82      *
  83      *
  84      * @param handler
  85      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
  86      * marshaling
  87      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
  88      * object is an invalid instance according to the schema
  89      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
  90      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
  91      */
  92     public void marshal(
  93             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
  94     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
  95         Marshaller.marshal(this, handler);
  96     }
  97
  98     /**
  99      * Method unmarshal.
 100      *
 101      * @param reader
 102      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 103      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 104      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 105      * object is an invalid instance according to the schema
 106      * @return the unmarshaled jalview.binding.SequenceType
 107      */
 108     public static jalview.binding.SequenceType unmarshal(
 109             final java.io.Reader reader)
 110     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 111         return (jalview.binding.SequenceType) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Sequence.class, reader);
 112     }
 113
 114     /**
 115      *
 116      *
 117      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 118      * object is an invalid instance according to the schema
 119      */
 120     public void validate(
 121     )
 122     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 123         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 124         validator.validate(this);
 125     }
 126
 127 }