src/jalview/binding/Sequence.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  *******************************************************************************/
  21 /*
  22  * This class was automatically generated with
  23  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  24  * Schema.
  25  * $Id$
  26  */
  27
  28 package jalview.binding;
  29
  30 //---------------------------------/
  31 //- Imported classes and packages -/
  32 //---------------------------------/
  33
  34 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  35 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  36
  37 /**
  38  * Class Sequence.
  39  *
  40  * @version $Revision$ $Date$
  41  */
  42 public class Sequence extends SequenceType implements java.io.Serializable
  43 {
  44
  45   // ----------------/
  46   // - Constructors -/
  47   // ----------------/
  48
  49   public Sequence()
  50   {
  51     super();
  52   }
  53
  54   // -----------/
  55   // - Methods -/
  56   // -----------/
  57
  58   /**
  59    * Method isValid.
  60    *
  61    * @return true if this object is valid according to the schema
  62    */
  63   public boolean isValid()
  64   {
  65     try
  66     {
  67       validate();
  68     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
  69     {
  70       return false;
  71     }
  72     return true;
  73   }
  74
  75   /**
  76    *
  77    *
  78    * @param out
  79    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
  80    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
  81    *           marshaling
  82    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
  83    *           if this object is an invalid instance according to the schema
  84    */
  85   public void marshal(final java.io.Writer out)
  86           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
  87           org.exolab.castor.xml.ValidationException
  88   {
  89     Marshaller.marshal(this, out);
  90   }
  91
  92   /**
  93    *
  94    *
  95    * @param handler
  96    * @throws java.io.IOException
  97    *           if an IOException occurs during marshaling
  98    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
  99    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 100    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 101    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 102    *           marshaling
 103    */
 104   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 105           throws java.io.IOException,
 106           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 107           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 108   {
 109     Marshaller.marshal(this, handler);
 110   }
 111
 112   /**
 113    * Method unmarshal.
 114    *
 115    * @param reader
 116    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 117    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 118    *           marshaling
 119    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 120    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 121    * @return the unmarshaled jalview.binding.SequenceType
 122    */
 123   public static jalview.binding.SequenceType unmarshal(
 124           final java.io.Reader reader)
 125           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 126           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 127   {
 128     return (jalview.binding.SequenceType) Unmarshaller
 129             .unmarshal(jalview.binding.Sequence.class, reader);
 130   }
 131
 132   /**
 133    *
 134    *
 135    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 136    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 137    */
 138   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 139   {
 140     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 141     validator.validate(this);
 142   }
 143
 144 }