src/jalview/binding/SequenceSet.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.binding;
  20
  21   //---------------------------------/
  22  //- Imported classes and packages -/
  23 //---------------------------------/
  24
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  27
  28 /**
  29  * Class SequenceSet.
  30  *
  31  * @version $Revision$ $Date$
  32  */
  33 public class SequenceSet implements java.io.Serializable {
  34
  35
  36       //--------------------------/
  37      //- Class/Member Variables -/
  38     //--------------------------/
  39
  40     /**
  41      * Field _gapChar.
  42      */
  43     private java.lang.String _gapChar;
  44
  45     /**
  46      * Field _aligned.
  47      */
  48     private boolean _aligned;
  49
  50     /**
  51      * keeps track of state for field: _aligned
  52      */
  53     private boolean _has_aligned;
  54
  55     /**
  56      * Field _sequenceList.
  57      */
  58     private java.util.Vector _sequenceList;
  59
  60     /**
  61      * Field _annotationList.
  62      */
  63     private java.util.Vector _annotationList;
  64
  65
  66       //----------------/
  67      //- Constructors -/
  68     //----------------/
  69
  70     public SequenceSet() {
  71         super();
  72         this._sequenceList = new java.util.Vector();
  73         this._annotationList = new java.util.Vector();
  74     }
  75
  76
  77       //-----------/
  78      //- Methods -/
  79     //-----------/
  80
  81     /**
  82      *
  83      *
  84      * @param vAnnotation
  85      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
  86      * given is outside the bounds of the collection
  87      */
  88     public void addAnnotation(
  89             final jalview.binding.Annotation vAnnotation)
  90     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
  91         this._annotationList.addElement(vAnnotation);
  92     }
  93
  94     /**
  95      *
  96      *
  97      * @param index
  98      * @param vAnnotation
  99      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 100      * given is outside the bounds of the collection
 101      */
 102     public void addAnnotation(
 103             final int index,
 104             final jalview.binding.Annotation vAnnotation)
 105     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 106         this._annotationList.add(index, vAnnotation);
 107     }
 108
 109     /**
 110      *
 111      *
 112      * @param vSequence
 113      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 114      * given is outside the bounds of the collection
 115      */
 116     public void addSequence(
 117             final jalview.binding.Sequence vSequence)
 118     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 119         this._sequenceList.addElement(vSequence);
 120     }
 121
 122     /**
 123      *
 124      *
 125      * @param index
 126      * @param vSequence
 127      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 128      * given is outside the bounds of the collection
 129      */
 130     public void addSequence(
 131             final int index,
 132             final jalview.binding.Sequence vSequence)
 133     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 134         this._sequenceList.add(index, vSequence);
 135     }
 136
 137     /**
 138      */
 139     public void deleteAligned(
 140     ) {
 141         this._has_aligned= false;
 142     }
 143
 144     /**
 145      * Method enumerateAnnotation.
 146      *
 147      * @return an Enumeration over all jalview.binding.Annotation
 148      * elements
 149      */
 150     public java.util.Enumeration enumerateAnnotation(
 151     ) {
 152         return this._annotationList.elements();
 153     }
 154
 155     /**
 156      * Method enumerateSequence.
 157      *
 158      * @return an Enumeration over all jalview.binding.Sequence
 159      * elements
 160      */
 161     public java.util.Enumeration enumerateSequence(
 162     ) {
 163         return this._sequenceList.elements();
 164     }
 165
 166     /**
 167      * Returns the value of field 'aligned'.
 168      *
 169      * @return the value of field 'Aligned'.
 170      */
 171     public boolean getAligned(
 172     ) {
 173         return this._aligned;
 174     }
 175
 176     /**
 177      * Method getAnnotation.
 178      *
 179      * @param index
 180      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 181      * given is outside the bounds of the collection
 182      * @return the value of the jalview.binding.Annotation at the
 183      * given index
 184      */
 185     public jalview.binding.Annotation getAnnotation(
 186             final int index)
 187     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 188         // check bounds for index
 189         if (index < 0 || index >= this._annotationList.size()) {
 190             throw new IndexOutOfBoundsException("getAnnotation: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._annotationList.size() - 1) + "]");
 191         }
 192
 193         return (jalview.binding.Annotation) _annotationList.get(index);
 194     }
 195
 196     /**
 197      * Method getAnnotation.Returns the contents of the collection
 198      * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 199      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 200      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 201      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 202      *
 203      * @return this collection as an Array
 204      */
 205     public jalview.binding.Annotation[] getAnnotation(
 206     ) {
 207         jalview.binding.Annotation[] array = new jalview.binding.Annotation[0];
 208         return (jalview.binding.Annotation[]) this._annotationList.toArray(array);
 209     }
 210
 211     /**
 212      * Method getAnnotationCount.
 213      *
 214      * @return the size of this collection
 215      */
 216     public int getAnnotationCount(
 217     ) {
 218         return this._annotationList.size();
 219     }
 220
 221     /**
 222      * Returns the value of field 'gapChar'.
 223      *
 224      * @return the value of field 'GapChar'.
 225      */
 226     public java.lang.String getGapChar(
 227     ) {
 228         return this._gapChar;
 229     }
 230
 231     /**
 232      * Method getSequence.
 233      *
 234      * @param index
 235      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 236      * given is outside the bounds of the collection
 237      * @return the value of the jalview.binding.Sequence at the
 238      * given index
 239      */
 240     public jalview.binding.Sequence getSequence(
 241             final int index)
 242     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 243         // check bounds for index
 244         if (index < 0 || index >= this._sequenceList.size()) {
 245             throw new IndexOutOfBoundsException("getSequence: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._sequenceList.size() - 1) + "]");
 246         }
 247
 248         return (jalview.binding.Sequence) _sequenceList.get(index);
 249     }
 250
 251     /**
 252      * Method getSequence.Returns the contents of the collection in
 253      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 254      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 255      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 256      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 257      *
 258      * @return this collection as an Array
 259      */
 260     public jalview.binding.Sequence[] getSequence(
 261     ) {
 262         jalview.binding.Sequence[] array = new jalview.binding.Sequence[0];
 263         return (jalview.binding.Sequence[]) this._sequenceList.toArray(array);
 264     }
 265
 266     /**
 267      * Method getSequenceCount.
 268      *
 269      * @return the size of this collection
 270      */
 271     public int getSequenceCount(
 272     ) {
 273         return this._sequenceList.size();
 274     }
 275
 276     /**
 277      * Method hasAligned.
 278      *
 279      * @return true if at least one Aligned has been added
 280      */
 281     public boolean hasAligned(
 282     ) {
 283         return this._has_aligned;
 284     }
 285
 286     /**
 287      * Returns the value of field 'aligned'.
 288      *
 289      * @return the value of field 'Aligned'.
 290      */
 291     public boolean isAligned(
 292     ) {
 293         return this._aligned;
 294     }
 295
 296     /**
 297      * Method isValid.
 298      *
 299      * @return true if this object is valid according to the schema
 300      */
 301     public boolean isValid(
 302     ) {
 303         try {
 304             validate();
 305         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 306             return false;
 307         }
 308         return true;
 309     }
 310
 311     /**
 312      *
 313      *
 314      * @param out
 315      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 316      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 317      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 318      * object is an invalid instance according to the schema
 319      */
 320     public void marshal(
 321             final java.io.Writer out)
 322     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 323         Marshaller.marshal(this, out);
 324     }
 325
 326     /**
 327      *
 328      *
 329      * @param handler
 330      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 331      * marshaling
 332      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 333      * object is an invalid instance according to the schema
 334      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 335      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 336      */
 337     public void marshal(
 338             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 339     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 340         Marshaller.marshal(this, handler);
 341     }
 342
 343     /**
 344      */
 345     public void removeAllAnnotation(
 346     ) {
 347         this._annotationList.clear();
 348     }
 349
 350     /**
 351      */
 352     public void removeAllSequence(
 353     ) {
 354         this._sequenceList.clear();
 355     }
 356
 357     /**
 358      * Method removeAnnotation.
 359      *
 360      * @param vAnnotation
 361      * @return true if the object was removed from the collection.
 362      */
 363     public boolean removeAnnotation(
 364             final jalview.binding.Annotation vAnnotation) {
 365         boolean removed = _annotationList.remove(vAnnotation);
 366         return removed;
 367     }
 368
 369     /**
 370      * Method removeAnnotationAt.
 371      *
 372      * @param index
 373      * @return the element removed from the collection
 374      */
 375     public jalview.binding.Annotation removeAnnotationAt(
 376             final int index) {
 377         java.lang.Object obj = this._annotationList.remove(index);
 378         return (jalview.binding.Annotation) obj;
 379     }
 380
 381     /**
 382      * Method removeSequence.
 383      *
 384      * @param vSequence
 385      * @return true if the object was removed from the collection.
 386      */
 387     public boolean removeSequence(
 388             final jalview.binding.Sequence vSequence) {
 389         boolean removed = _sequenceList.remove(vSequence);
 390         return removed;
 391     }
 392
 393     /**
 394      * Method removeSequenceAt.
 395      *
 396      * @param index
 397      * @return the element removed from the collection
 398      */
 399     public jalview.binding.Sequence removeSequenceAt(
 400             final int index) {
 401         java.lang.Object obj = this._sequenceList.remove(index);
 402         return (jalview.binding.Sequence) obj;
 403     }
 404
 405     /**
 406      * Sets the value of field 'aligned'.
 407      *
 408      * @param aligned the value of field 'aligned'.
 409      */
 410     public void setAligned(
 411             final boolean aligned) {
 412         this._aligned = aligned;
 413         this._has_aligned = true;
 414     }
 415
 416     /**
 417      *
 418      *
 419      * @param index
 420      * @param vAnnotation
 421      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 422      * given is outside the bounds of the collection
 423      */
 424     public void setAnnotation(
 425             final int index,
 426             final jalview.binding.Annotation vAnnotation)
 427     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 428         // check bounds for index
 429         if (index < 0 || index >= this._annotationList.size()) {
 430             throw new IndexOutOfBoundsException("setAnnotation: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._annotationList.size() - 1) + "]");
 431         }
 432
 433         this._annotationList.set(index, vAnnotation);
 434     }
 435
 436     /**
 437      *
 438      *
 439      * @param vAnnotationArray
 440      */
 441     public void setAnnotation(
 442             final jalview.binding.Annotation[] vAnnotationArray) {
 443         //-- copy array
 444         _annotationList.clear();
 445
 446         for (int i = 0; i < vAnnotationArray.length; i++) {
 447                 this._annotationList.add(vAnnotationArray[i]);
 448         }
 449     }
 450
 451     /**
 452      * Sets the value of field 'gapChar'.
 453      *
 454      * @param gapChar the value of field 'gapChar'.
 455      */
 456     public void setGapChar(
 457             final java.lang.String gapChar) {
 458         this._gapChar = gapChar;
 459     }
 460
 461     /**
 462      *
 463      *
 464      * @param index
 465      * @param vSequence
 466      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 467      * given is outside the bounds of the collection
 468      */
 469     public void setSequence(
 470             final int index,
 471             final jalview.binding.Sequence vSequence)
 472     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 473         // check bounds for index
 474         if (index < 0 || index >= this._sequenceList.size()) {
 475             throw new IndexOutOfBoundsException("setSequence: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._sequenceList.size() - 1) + "]");
 476         }
 477
 478         this._sequenceList.set(index, vSequence);
 479     }
 480
 481     /**
 482      *
 483      *
 484      * @param vSequenceArray
 485      */
 486     public void setSequence(
 487             final jalview.binding.Sequence[] vSequenceArray) {
 488         //-- copy array
 489         _sequenceList.clear();
 490
 491         for (int i = 0; i < vSequenceArray.length; i++) {
 492                 this._sequenceList.add(vSequenceArray[i]);
 493         }
 494     }
 495
 496     /**
 497      * Method unmarshal.
 498      *
 499      * @param reader
 500      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 501      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 502      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 503      * object is an invalid instance according to the schema
 504      * @return the unmarshaled jalview.binding.SequenceSet
 505      */
 506     public static jalview.binding.SequenceSet unmarshal(
 507             final java.io.Reader reader)
 508     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 509         return (jalview.binding.SequenceSet) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.SequenceSet.class, reader);
 510     }
 511
 512     /**
 513      *
 514      *
 515      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 516      * object is an invalid instance according to the schema
 517      */
 518     public void validate(
 519     )
 520     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 521         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 522         validator.validate(this);
 523     }
 524
 525 }