src/jalview/binding/VAMSAS.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.binding;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import java.io.IOException;\r
  15 import java.io.Reader;\r
  16 import java.io.Serializable;\r
  17 import java.io.Writer;\r
  18 import java.util.Enumeration;\r
  19 import java.util.Vector;\r
  20 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  21 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  22 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  23 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  24 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Class VAMSAS.\r
  28  * \r
  29  * @version $Revision$ $Date$\r
  30  */\r
  31 public class VAMSAS implements java.io.Serializable {\r
  32 \r
  33 \r
  34       //--------------------------/\r
  35      //- Class/Member Variables -/\r
  36     //--------------------------/\r
  37 \r
  38     /**\r
  39      * Field _alignmentList\r
  40      */\r
  41     private java.util.Vector _alignmentList;\r
  42 \r
  43     /**\r
  44      * Field _treeList\r
  45      */\r
  46     private java.util.Vector _treeList;\r
  47 \r
  48     /**\r
  49      * Field _sequenceSetList\r
  50      */\r
  51     private java.util.Vector _sequenceSetList;\r
  52 \r
  53 \r
  54       //----------------/\r
  55      //- Constructors -/\r
  56     //----------------/\r
  57 \r
  58     public VAMSAS() {\r
  59         super();\r
  60         _alignmentList = new Vector();\r
  61         _treeList = new Vector();\r
  62         _sequenceSetList = new Vector();\r
  63     } //-- jalview.binding.VAMSAS()\r
  64 \r
  65 \r
  66       //-----------/\r
  67      //- Methods -/\r
  68     //-----------/\r
  69 \r
  70     /**\r
  71      * Method addAlignment\r
  72      * \r
  73      * \r
  74      * \r
  75      * @param vAlignment\r
  76      */\r
  77     public void addAlignment(jalview.binding.Alignment vAlignment)\r
  78         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
  79     {\r
  80         _alignmentList.addElement(vAlignment);\r
  81     } //-- void addAlignment(jalview.binding.Alignment) \r
  82 \r
  83     /**\r
  84      * Method addAlignment\r
  85      * \r
  86      * \r
  87      * \r
  88      * @param index\r
  89      * @param vAlignment\r
  90      */\r
  91     public void addAlignment(int index, jalview.binding.Alignment vAlignment)\r
  92         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
  93     {\r
  94         _alignmentList.insertElementAt(vAlignment, index);\r
  95     } //-- void addAlignment(int, jalview.binding.Alignment) \r
  96 \r
  97     /**\r
  98      * Method addSequenceSet\r
  99      * \r
 100      * \r
 101      * \r
 102      * @param vSequenceSet\r
 103      */\r
 104     public void addSequenceSet(jalview.binding.SequenceSet vSequenceSet)\r
 105         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 106     {\r
 107         _sequenceSetList.addElement(vSequenceSet);\r
 108     } //-- void addSequenceSet(jalview.binding.SequenceSet) \r
 109 \r
 110     /**\r
 111      * Method addSequenceSet\r
 112      * \r
 113      * \r
 114      * \r
 115      * @param index\r
 116      * @param vSequenceSet\r
 117      */\r
 118     public void addSequenceSet(int index, jalview.binding.SequenceSet vSequenceSet)\r
 119         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 120     {\r
 121         _sequenceSetList.insertElementAt(vSequenceSet, index);\r
 122     } //-- void addSequenceSet(int, jalview.binding.SequenceSet) \r
 123 \r
 124     /**\r
 125      * Method addTree\r
 126      * \r
 127      * \r
 128      * \r
 129      * @param vTree\r
 130      */\r
 131     public void addTree(java.lang.String vTree)\r
 132         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 133     {\r
 134         _treeList.addElement(vTree);\r
 135     } //-- void addTree(java.lang.String) \r
 136 \r
 137     /**\r
 138      * Method addTree\r
 139      * \r
 140      * \r
 141      * \r
 142      * @param index\r
 143      * @param vTree\r
 144      */\r
 145     public void addTree(int index, java.lang.String vTree)\r
 146         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 147     {\r
 148         _treeList.insertElementAt(vTree, index);\r
 149     } //-- void addTree(int, java.lang.String) \r
 150 \r
 151     /**\r
 152      * Method enumerateAlignment\r
 153      * \r
 154      * \r
 155      * \r
 156      * @return Enumeration\r
 157      */\r
 158     public java.util.Enumeration enumerateAlignment()\r
 159     {\r
 160         return _alignmentList.elements();\r
 161     } //-- java.util.Enumeration enumerateAlignment() \r
 162 \r
 163     /**\r
 164      * Method enumerateSequenceSet\r
 165      * \r
 166      * \r
 167      * \r
 168      * @return Enumeration\r
 169      */\r
 170     public java.util.Enumeration enumerateSequenceSet()\r
 171     {\r
 172         return _sequenceSetList.elements();\r
 173     } //-- java.util.Enumeration enumerateSequenceSet() \r
 174 \r
 175     /**\r
 176      * Method enumerateTree\r
 177      * \r
 178      * \r
 179      * \r
 180      * @return Enumeration\r
 181      */\r
 182     public java.util.Enumeration enumerateTree()\r
 183     {\r
 184         return _treeList.elements();\r
 185     } //-- java.util.Enumeration enumerateTree() \r
 186 \r
 187     /**\r
 188      * Method getAlignment\r
 189      * \r
 190      * \r
 191      * \r
 192      * @param index\r
 193      * @return Alignment\r
 194      */\r
 195     public jalview.binding.Alignment getAlignment(int index)\r
 196         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 197     {\r
 198         //-- check bounds for index\r
 199         if ((index < 0) || (index > _alignmentList.size())) {\r
 200             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 201         }\r
 202         \r
 203         return (jalview.binding.Alignment) _alignmentList.elementAt(index);\r
 204     } //-- jalview.binding.Alignment getAlignment(int) \r
 205 \r
 206     /**\r
 207      * Method getAlignment\r
 208      * \r
 209      * \r
 210      * \r
 211      * @return Alignment\r
 212      */\r
 213     public jalview.binding.Alignment[] getAlignment()\r
 214     {\r
 215         int size = _alignmentList.size();\r
 216         jalview.binding.Alignment[] mArray = new jalview.binding.Alignment[size];\r
 217         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 218             mArray[index] = (jalview.binding.Alignment) _alignmentList.elementAt(index);\r
 219         }\r
 220         return mArray;\r
 221     } //-- jalview.binding.Alignment[] getAlignment() \r
 222 \r
 223     /**\r
 224      * Method getAlignmentCount\r
 225      * \r
 226      * \r
 227      * \r
 228      * @return int\r
 229      */\r
 230     public int getAlignmentCount()\r
 231     {\r
 232         return _alignmentList.size();\r
 233     } //-- int getAlignmentCount() \r
 234 \r
 235     /**\r
 236      * Method getSequenceSet\r
 237      * \r
 238      * \r
 239      * \r
 240      * @param index\r
 241      * @return SequenceSet\r
 242      */\r
 243     public jalview.binding.SequenceSet getSequenceSet(int index)\r
 244         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 245     {\r
 246         //-- check bounds for index\r
 247         if ((index < 0) || (index > _sequenceSetList.size())) {\r
 248             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 249         }\r
 250         \r
 251         return (jalview.binding.SequenceSet) _sequenceSetList.elementAt(index);\r
 252     } //-- jalview.binding.SequenceSet getSequenceSet(int) \r
 253 \r
 254     /**\r
 255      * Method getSequenceSet\r
 256      * \r
 257      * \r
 258      * \r
 259      * @return SequenceSet\r
 260      */\r
 261     public jalview.binding.SequenceSet[] getSequenceSet()\r
 262     {\r
 263         int size = _sequenceSetList.size();\r
 264         jalview.binding.SequenceSet[] mArray = new jalview.binding.SequenceSet[size];\r
 265         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 266             mArray[index] = (jalview.binding.SequenceSet) _sequenceSetList.elementAt(index);\r
 267         }\r
 268         return mArray;\r
 269     } //-- jalview.binding.SequenceSet[] getSequenceSet() \r
 270 \r
 271     /**\r
 272      * Method getSequenceSetCount\r
 273      * \r
 274      * \r
 275      * \r
 276      * @return int\r
 277      */\r
 278     public int getSequenceSetCount()\r
 279     {\r
 280         return _sequenceSetList.size();\r
 281     } //-- int getSequenceSetCount() \r
 282 \r
 283     /**\r
 284      * Method getTree\r
 285      * \r
 286      * \r
 287      * \r
 288      * @param index\r
 289      * @return String\r
 290      */\r
 291     public java.lang.String getTree(int index)\r
 292         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 293     {\r
 294         //-- check bounds for index\r
 295         if ((index < 0) || (index > _treeList.size())) {\r
 296             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 297         }\r
 298         \r
 299         return (String)_treeList.elementAt(index);\r
 300     } //-- java.lang.String getTree(int) \r
 301 \r
 302     /**\r
 303      * Method getTree\r
 304      * \r
 305      * \r
 306      * \r
 307      * @return String\r
 308      */\r
 309     public java.lang.String[] getTree()\r
 310     {\r
 311         int size = _treeList.size();\r
 312         java.lang.String[] mArray = new java.lang.String[size];\r
 313         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 314             mArray[index] = (String)_treeList.elementAt(index);\r
 315         }\r
 316         return mArray;\r
 317     } //-- java.lang.String[] getTree() \r
 318 \r
 319     /**\r
 320      * Method getTreeCount\r
 321      * \r
 322      * \r
 323      * \r
 324      * @return int\r
 325      */\r
 326     public int getTreeCount()\r
 327     {\r
 328         return _treeList.size();\r
 329     } //-- int getTreeCount() \r
 330 \r
 331     /**\r
 332      * Method isValid\r
 333      * \r
 334      * \r
 335      * \r
 336      * @return boolean\r
 337      */\r
 338     public boolean isValid()\r
 339     {\r
 340         try {\r
 341             validate();\r
 342         }\r
 343         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 344             return false;\r
 345         }\r
 346         return true;\r
 347     } //-- boolean isValid() \r
 348 \r
 349     /**\r
 350      * Method marshal\r
 351      * \r
 352      * \r
 353      * \r
 354      * @param out\r
 355      */\r
 356     public void marshal(java.io.Writer out)\r
 357         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 358     {\r
 359         \r
 360         Marshaller.marshal(this, out);\r
 361     } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
 362 \r
 363     /**\r
 364      * Method marshal\r
 365      * \r
 366      * \r
 367      * \r
 368      * @param handler\r
 369      */\r
 370     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 371         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 372     {\r
 373         \r
 374         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 375     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
 376 \r
 377     /**\r
 378      * Method removeAlignment\r
 379      * \r
 380      * \r
 381      * \r
 382      * @param index\r
 383      * @return Alignment\r
 384      */\r
 385     public jalview.binding.Alignment removeAlignment(int index)\r
 386     {\r
 387         java.lang.Object obj = _alignmentList.elementAt(index);\r
 388         _alignmentList.removeElementAt(index);\r
 389         return (jalview.binding.Alignment) obj;\r
 390     } //-- jalview.binding.Alignment removeAlignment(int) \r
 391 \r
 392     /**\r
 393      * Method removeAllAlignment\r
 394      * \r
 395      */\r
 396     public void removeAllAlignment()\r
 397     {\r
 398         _alignmentList.removeAllElements();\r
 399     } //-- void removeAllAlignment() \r
 400 \r
 401     /**\r
 402      * Method removeAllSequenceSet\r
 403      * \r
 404      */\r
 405     public void removeAllSequenceSet()\r
 406     {\r
 407         _sequenceSetList.removeAllElements();\r
 408     } //-- void removeAllSequenceSet() \r
 409 \r
 410     /**\r
 411      * Method removeAllTree\r
 412      * \r
 413      */\r
 414     public void removeAllTree()\r
 415     {\r
 416         _treeList.removeAllElements();\r
 417     } //-- void removeAllTree() \r
 418 \r
 419     /**\r
 420      * Method removeSequenceSet\r
 421      * \r
 422      * \r
 423      * \r
 424      * @param index\r
 425      * @return SequenceSet\r
 426      */\r
 427     public jalview.binding.SequenceSet removeSequenceSet(int index)\r
 428     {\r
 429         java.lang.Object obj = _sequenceSetList.elementAt(index);\r
 430         _sequenceSetList.removeElementAt(index);\r
 431         return (jalview.binding.SequenceSet) obj;\r
 432     } //-- jalview.binding.SequenceSet removeSequenceSet(int) \r
 433 \r
 434     /**\r
 435      * Method removeTree\r
 436      * \r
 437      * \r
 438      * \r
 439      * @param index\r
 440      * @return String\r
 441      */\r
 442     public java.lang.String removeTree(int index)\r
 443     {\r
 444         java.lang.Object obj = _treeList.elementAt(index);\r
 445         _treeList.removeElementAt(index);\r
 446         return (String)obj;\r
 447     } //-- java.lang.String removeTree(int) \r
 448 \r
 449     /**\r
 450      * Method setAlignment\r
 451      * \r
 452      * \r
 453      * \r
 454      * @param index\r
 455      * @param vAlignment\r
 456      */\r
 457     public void setAlignment(int index, jalview.binding.Alignment vAlignment)\r
 458         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 459     {\r
 460         //-- check bounds for index\r
 461         if ((index < 0) || (index > _alignmentList.size())) {\r
 462             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 463         }\r
 464         _alignmentList.setElementAt(vAlignment, index);\r
 465     } //-- void setAlignment(int, jalview.binding.Alignment) \r
 466 \r
 467     /**\r
 468      * Method setAlignment\r
 469      * \r
 470      * \r
 471      * \r
 472      * @param alignmentArray\r
 473      */\r
 474     public void setAlignment(jalview.binding.Alignment[] alignmentArray)\r
 475     {\r
 476         //-- copy array\r
 477         _alignmentList.removeAllElements();\r
 478         for (int i = 0; i < alignmentArray.length; i++) {\r
 479             _alignmentList.addElement(alignmentArray[i]);\r
 480         }\r
 481     } //-- void setAlignment(jalview.binding.Alignment) \r
 482 \r
 483     /**\r
 484      * Method setSequenceSet\r
 485      * \r
 486      * \r
 487      * \r
 488      * @param index\r
 489      * @param vSequenceSet\r
 490      */\r
 491     public void setSequenceSet(int index, jalview.binding.SequenceSet vSequenceSet)\r
 492         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 493     {\r
 494         //-- check bounds for index\r
 495         if ((index < 0) || (index > _sequenceSetList.size())) {\r
 496             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 497         }\r
 498         _sequenceSetList.setElementAt(vSequenceSet, index);\r
 499     } //-- void setSequenceSet(int, jalview.binding.SequenceSet) \r
 500 \r
 501     /**\r
 502      * Method setSequenceSet\r
 503      * \r
 504      * \r
 505      * \r
 506      * @param sequenceSetArray\r
 507      */\r
 508     public void setSequenceSet(jalview.binding.SequenceSet[] sequenceSetArray)\r
 509     {\r
 510         //-- copy array\r
 511         _sequenceSetList.removeAllElements();\r
 512         for (int i = 0; i < sequenceSetArray.length; i++) {\r
 513             _sequenceSetList.addElement(sequenceSetArray[i]);\r
 514         }\r
 515     } //-- void setSequenceSet(jalview.binding.SequenceSet) \r
 516 \r
 517     /**\r
 518      * Method setTree\r
 519      * \r
 520      * \r
 521      * \r
 522      * @param index\r
 523      * @param vTree\r
 524      */\r
 525     public void setTree(int index, java.lang.String vTree)\r
 526         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 527     {\r
 528         //-- check bounds for index\r
 529         if ((index < 0) || (index > _treeList.size())) {\r
 530             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 531         }\r
 532         _treeList.setElementAt(vTree, index);\r
 533     } //-- void setTree(int, java.lang.String) \r
 534 \r
 535     /**\r
 536      * Method setTree\r
 537      * \r
 538      * \r
 539      * \r
 540      * @param treeArray\r
 541      */\r
 542     public void setTree(java.lang.String[] treeArray)\r
 543     {\r
 544         //-- copy array\r
 545         _treeList.removeAllElements();\r
 546         for (int i = 0; i < treeArray.length; i++) {\r
 547             _treeList.addElement(treeArray[i]);\r
 548         }\r
 549     } //-- void setTree(java.lang.String) \r
 550 \r
 551     /**\r
 552      * Method unmarshal\r
 553      * \r
 554      * \r
 555      * \r
 556      * @param reader\r
 557      * @return Object\r
 558      */\r
 559     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
 560         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 561     {\r
 562         return (jalview.binding.VAMSAS) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.VAMSAS.class, reader);\r
 563     } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
 564 \r
 565     /**\r
 566      * Method validate\r
 567      * \r
 568      */\r
 569     public void validate()\r
 570         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 571     {\r
 572         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 573         validator.validate(this);\r
 574     } //-- void validate() \r
 575 \r
 576 }\r