src/jalview/binding/Viewport.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with\r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.binding;\r
   9 \r
  10 //---------------------------------/\r
  11 //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import org.exolab.castor.xml.*;\r
  15 \r
  16 /**\r
  17  * Class Viewport.\r
  18  *\r
  19  * @version $Revision$ $Date$\r
  20  */\r
  21 public class Viewport\r
  22     implements java.io.Serializable\r
  23 {\r
  24 \r
  25   //--------------------------/\r
  26   //- Class/Member Variables -/\r
  27   //--------------------------/\r
  28 \r
  29   /**\r
  30    * Field _conservationSelected\r
  31    */\r
  32   private boolean _conservationSelected;\r
  33 \r
  34   /**\r
  35    * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
  36    */\r
  37   private boolean _has_conservationSelected;\r
  38 \r
  39   /**\r
  40    * Field _pidSelected\r
  41    */\r
  42   private boolean _pidSelected;\r
  43 \r
  44   /**\r
  45    * keeps track of state for field: _pidSelected\r
  46    */\r
  47   private boolean _has_pidSelected;\r
  48 \r
  49   /**\r
  50    * Field _bgColour\r
  51    */\r
  52   private java.lang.String _bgColour;\r
  53 \r
  54   /**\r
  55    * Field _consThreshold\r
  56    */\r
  57   private int _consThreshold;\r
  58 \r
  59   /**\r
  60    * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  61    */\r
  62   private boolean _has_consThreshold;\r
  63 \r
  64   /**\r
  65    * Field _pidThreshold\r
  66    */\r
  67   private int _pidThreshold;\r
  68 \r
  69   /**\r
  70    * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  71    */\r
  72   private boolean _has_pidThreshold;\r
  73 \r
  74   /**\r
  75    * Field _title\r
  76    */\r
  77   private java.lang.String _title;\r
  78 \r
  79   /**\r
  80    * Field _showFullId\r
  81    */\r
  82   private boolean _showFullId;\r
  83 \r
  84   /**\r
  85    * keeps track of state for field: _showFullId\r
  86    */\r
  87   private boolean _has_showFullId;\r
  88 \r
  89   /**\r
  90    * Field _showText\r
  91    */\r
  92   private boolean _showText;\r
  93 \r
  94   /**\r
  95    * keeps track of state for field: _showText\r
  96    */\r
  97   private boolean _has_showText;\r
  98 \r
  99   /**\r
 100    * Field _showColourText\r
 101    */\r
 102   private boolean _showColourText;\r
 103 \r
 104   /**\r
 105    * keeps track of state for field: _showColourText\r
 106    */\r
 107   private boolean _has_showColourText;\r
 108 \r
 109   /**\r
 110    * Field _showBoxes\r
 111    */\r
 112   private boolean _showBoxes;\r
 113 \r
 114   /**\r
 115    * keeps track of state for field: _showBoxes\r
 116    */\r
 117   private boolean _has_showBoxes;\r
 118 \r
 119   /**\r
 120    * Field _wrapAlignment\r
 121    */\r
 122   private boolean _wrapAlignment;\r
 123 \r
 124   /**\r
 125    * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
 126    */\r
 127   private boolean _has_wrapAlignment;\r
 128 \r
 129   /**\r
 130    * Field _renderGaps\r
 131    */\r
 132   private boolean _renderGaps;\r
 133 \r
 134   /**\r
 135    * keeps track of state for field: _renderGaps\r
 136    */\r
 137   private boolean _has_renderGaps;\r
 138 \r
 139   /**\r
 140    * Field _showSequenceFeatures\r
 141    */\r
 142   private boolean _showSequenceFeatures;\r
 143 \r
 144   /**\r
 145    * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
 146    */\r
 147   private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
 148 \r
 149   /**\r
 150    * Field _showAnnotation\r
 151    */\r
 152   private boolean _showAnnotation;\r
 153 \r
 154   /**\r
 155    * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
 156    */\r
 157   private boolean _has_showAnnotation;\r
 158 \r
 159   /**\r
 160    * Field _showConservation\r
 161    */\r
 162   private boolean _showConservation;\r
 163 \r
 164   /**\r
 165    * keeps track of state for field: _showConservation\r
 166    */\r
 167   private boolean _has_showConservation;\r
 168 \r
 169   /**\r
 170    * Field _showQuality\r
 171    */\r
 172   private boolean _showQuality;\r
 173 \r
 174   /**\r
 175    * keeps track of state for field: _showQuality\r
 176    */\r
 177   private boolean _has_showQuality;\r
 178 \r
 179   /**\r
 180    * Field _showIdentity\r
 181    */\r
 182   private boolean _showIdentity;\r
 183 \r
 184   /**\r
 185    * keeps track of state for field: _showIdentity\r
 186    */\r
 187   private boolean _has_showIdentity;\r
 188 \r
 189   /**\r
 190    * Field _xpos\r
 191    */\r
 192   private int _xpos;\r
 193 \r
 194   /**\r
 195    * keeps track of state for field: _xpos\r
 196    */\r
 197   private boolean _has_xpos;\r
 198 \r
 199   /**\r
 200    * Field _ypos\r
 201    */\r
 202   private int _ypos;\r
 203 \r
 204   /**\r
 205    * keeps track of state for field: _ypos\r
 206    */\r
 207   private boolean _has_ypos;\r
 208 \r
 209   /**\r
 210    * Field _width\r
 211    */\r
 212   private int _width;\r
 213 \r
 214   /**\r
 215    * keeps track of state for field: _width\r
 216    */\r
 217   private boolean _has_width;\r
 218 \r
 219   /**\r
 220    * Field _height\r
 221    */\r
 222   private int _height;\r
 223 \r
 224   /**\r
 225    * keeps track of state for field: _height\r
 226    */\r
 227   private boolean _has_height;\r
 228 \r
 229   /**\r
 230    * Field _startRes\r
 231    */\r
 232   private int _startRes;\r
 233 \r
 234   /**\r
 235    * keeps track of state for field: _startRes\r
 236    */\r
 237   private boolean _has_startRes;\r
 238 \r
 239   /**\r
 240    * Field _startSeq\r
 241    */\r
 242   private int _startSeq;\r
 243 \r
 244   /**\r
 245    * keeps track of state for field: _startSeq\r
 246    */\r
 247   private boolean _has_startSeq;\r
 248 \r
 249   /**\r
 250    * Field _fontName\r
 251    */\r
 252   private java.lang.String _fontName;\r
 253 \r
 254   /**\r
 255    * Field _fontSize\r
 256    */\r
 257   private int _fontSize;\r
 258 \r
 259   /**\r
 260    * keeps track of state for field: _fontSize\r
 261    */\r
 262   private boolean _has_fontSize;\r
 263 \r
 264   /**\r
 265    * Field _fontStyle\r
 266    */\r
 267   private int _fontStyle;\r
 268 \r
 269   /**\r
 270    * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 271    */\r
 272   private boolean _has_fontStyle;\r
 273 \r
 274   //----------------/\r
 275   //- Constructors -/\r
 276   //----------------/\r
 277 \r
 278   public Viewport()\r
 279   {\r
 280     super();\r
 281   } //-- jalview.binding.Viewport()\r
 282 \r
 283   //-----------/\r
 284   //- Methods -/\r
 285   //-----------/\r
 286 \r
 287   /**\r
 288    * Method deleteConsThreshold\r
 289    *\r
 290    */\r
 291   public void deleteConsThreshold()\r
 292   {\r
 293     this._has_consThreshold = false;\r
 294   } //-- void deleteConsThreshold()\r
 295 \r
 296   /**\r
 297    * Method deleteConservationSelected\r
 298    *\r
 299    */\r
 300   public void deleteConservationSelected()\r
 301   {\r
 302     this._has_conservationSelected = false;\r
 303   } //-- void deleteConservationSelected()\r
 304 \r
 305   /**\r
 306    * Method deleteFontSize\r
 307    *\r
 308    */\r
 309   public void deleteFontSize()\r
 310   {\r
 311     this._has_fontSize = false;\r
 312   } //-- void deleteFontSize()\r
 313 \r
 314   /**\r
 315    * Method deleteFontStyle\r
 316    *\r
 317    */\r
 318   public void deleteFontStyle()\r
 319   {\r
 320     this._has_fontStyle = false;\r
 321   } //-- void deleteFontStyle()\r
 322 \r
 323   /**\r
 324    * Method deleteHeight\r
 325    *\r
 326    */\r
 327   public void deleteHeight()\r
 328   {\r
 329     this._has_height = false;\r
 330   } //-- void deleteHeight()\r
 331 \r
 332   /**\r
 333    * Method deletePidSelected\r
 334    *\r
 335    */\r
 336   public void deletePidSelected()\r
 337   {\r
 338     this._has_pidSelected = false;\r
 339   } //-- void deletePidSelected()\r
 340 \r
 341   /**\r
 342    * Method deletePidThreshold\r
 343    *\r
 344    */\r
 345   public void deletePidThreshold()\r
 346   {\r
 347     this._has_pidThreshold = false;\r
 348   } //-- void deletePidThreshold()\r
 349 \r
 350   /**\r
 351    * Method deleteRenderGaps\r
 352    *\r
 353    */\r
 354   public void deleteRenderGaps()\r
 355   {\r
 356     this._has_renderGaps = false;\r
 357   } //-- void deleteRenderGaps()\r
 358 \r
 359   /**\r
 360    * Method deleteShowAnnotation\r
 361    *\r
 362    */\r
 363   public void deleteShowAnnotation()\r
 364   {\r
 365     this._has_showAnnotation = false;\r
 366   } //-- void deleteShowAnnotation()\r
 367 \r
 368   /**\r
 369    * Method deleteShowBoxes\r
 370    *\r
 371    */\r
 372   public void deleteShowBoxes()\r
 373   {\r
 374     this._has_showBoxes = false;\r
 375   } //-- void deleteShowBoxes()\r
 376 \r
 377   /**\r
 378    * Method deleteShowColourText\r
 379    *\r
 380    */\r
 381   public void deleteShowColourText()\r
 382   {\r
 383     this._has_showColourText = false;\r
 384   } //-- void deleteShowColourText()\r
 385 \r
 386   /**\r
 387    * Method deleteShowConservation\r
 388    *\r
 389    */\r
 390   public void deleteShowConservation()\r
 391   {\r
 392     this._has_showConservation = false;\r
 393   } //-- void deleteShowConservation()\r
 394 \r
 395   /**\r
 396    * Method deleteShowFullId\r
 397    *\r
 398    */\r
 399   public void deleteShowFullId()\r
 400   {\r
 401     this._has_showFullId = false;\r
 402   } //-- void deleteShowFullId()\r
 403 \r
 404   /**\r
 405    * Method deleteShowIdentity\r
 406    *\r
 407    */\r
 408   public void deleteShowIdentity()\r
 409   {\r
 410     this._has_showIdentity = false;\r
 411   } //-- void deleteShowIdentity()\r
 412 \r
 413   /**\r
 414    * Method deleteShowQuality\r
 415    *\r
 416    */\r
 417   public void deleteShowQuality()\r
 418   {\r
 419     this._has_showQuality = false;\r
 420   } //-- void deleteShowQuality()\r
 421 \r
 422   /**\r
 423    * Method deleteShowSequenceFeatures\r
 424    *\r
 425    */\r
 426   public void deleteShowSequenceFeatures()\r
 427   {\r
 428     this._has_showSequenceFeatures = false;\r
 429   } //-- void deleteShowSequenceFeatures()\r
 430 \r
 431   /**\r
 432    * Method deleteShowText\r
 433    *\r
 434    */\r
 435   public void deleteShowText()\r
 436   {\r
 437     this._has_showText = false;\r
 438   } //-- void deleteShowText()\r
 439 \r
 440   /**\r
 441    * Method deleteStartRes\r
 442    *\r
 443    */\r
 444   public void deleteStartRes()\r
 445   {\r
 446     this._has_startRes = false;\r
 447   } //-- void deleteStartRes()\r
 448 \r
 449   /**\r
 450    * Method deleteStartSeq\r
 451    *\r
 452    */\r
 453   public void deleteStartSeq()\r
 454   {\r
 455     this._has_startSeq = false;\r
 456   } //-- void deleteStartSeq()\r
 457 \r
 458   /**\r
 459    * Method deleteWidth\r
 460    *\r
 461    */\r
 462   public void deleteWidth()\r
 463   {\r
 464     this._has_width = false;\r
 465   } //-- void deleteWidth()\r
 466 \r
 467   /**\r
 468    * Method deleteWrapAlignment\r
 469    *\r
 470    */\r
 471   public void deleteWrapAlignment()\r
 472   {\r
 473     this._has_wrapAlignment = false;\r
 474   } //-- void deleteWrapAlignment()\r
 475 \r
 476   /**\r
 477    * Method deleteXpos\r
 478    *\r
 479    */\r
 480   public void deleteXpos()\r
 481   {\r
 482     this._has_xpos = false;\r
 483   } //-- void deleteXpos()\r
 484 \r
 485   /**\r
 486    * Method deleteYpos\r
 487    *\r
 488    */\r
 489   public void deleteYpos()\r
 490   {\r
 491     this._has_ypos = false;\r
 492   } //-- void deleteYpos()\r
 493 \r
 494   /**\r
 495    * Returns the value of field 'bgColour'.\r
 496    *\r
 497    * @return String\r
 498    * @return the value of field 'bgColour'.\r
 499    */\r
 500   public java.lang.String getBgColour()\r
 501   {\r
 502     return this._bgColour;\r
 503   } //-- java.lang.String getBgColour()\r
 504 \r
 505   /**\r
 506    * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 507    *\r
 508    * @return int\r
 509    * @return the value of field 'consThreshold'.\r
 510    */\r
 511   public int getConsThreshold()\r
 512   {\r
 513     return this._consThreshold;\r
 514   } //-- int getConsThreshold()\r
 515 \r
 516   /**\r
 517    * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
 518    *\r
 519    * @return boolean\r
 520    * @return the value of field 'conservationSelected'.\r
 521    */\r
 522   public boolean getConservationSelected()\r
 523   {\r
 524     return this._conservationSelected;\r
 525   } //-- boolean getConservationSelected()\r
 526 \r
 527   /**\r
 528    * Returns the value of field 'fontName'.\r
 529    *\r
 530    * @return String\r
 531    * @return the value of field 'fontName'.\r
 532    */\r
 533   public java.lang.String getFontName()\r
 534   {\r
 535     return this._fontName;\r
 536   } //-- java.lang.String getFontName()\r
 537 \r
 538   /**\r
 539    * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 540    *\r
 541    * @return int\r
 542    * @return the value of field 'fontSize'.\r
 543    */\r
 544   public int getFontSize()\r
 545   {\r
 546     return this._fontSize;\r
 547   } //-- int getFontSize()\r
 548 \r
 549   /**\r
 550    * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 551    *\r
 552    * @return int\r
 553    * @return the value of field 'fontStyle'.\r
 554    */\r
 555   public int getFontStyle()\r
 556   {\r
 557     return this._fontStyle;\r
 558   } //-- int getFontStyle()\r
 559 \r
 560   /**\r
 561    * Returns the value of field 'height'.\r
 562    *\r
 563    * @return int\r
 564    * @return the value of field 'height'.\r
 565    */\r
 566   public int getHeight()\r
 567   {\r
 568     return this._height;\r
 569   } //-- int getHeight()\r
 570 \r
 571   /**\r
 572    * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
 573    *\r
 574    * @return boolean\r
 575    * @return the value of field 'pidSelected'.\r
 576    */\r
 577   public boolean getPidSelected()\r
 578   {\r
 579     return this._pidSelected;\r
 580   } //-- boolean getPidSelected()\r
 581 \r
 582   /**\r
 583    * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 584    *\r
 585    * @return int\r
 586    * @return the value of field 'pidThreshold'.\r
 587    */\r
 588   public int getPidThreshold()\r
 589   {\r
 590     return this._pidThreshold;\r
 591   } //-- int getPidThreshold()\r
 592 \r
 593   /**\r
 594    * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
 595    *\r
 596    * @return boolean\r
 597    * @return the value of field 'renderGaps'.\r
 598    */\r
 599   public boolean getRenderGaps()\r
 600   {\r
 601     return this._renderGaps;\r
 602   } //-- boolean getRenderGaps()\r
 603 \r
 604   /**\r
 605    * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
 606    *\r
 607    * @return boolean\r
 608    * @return the value of field 'showAnnotation'.\r
 609    */\r
 610   public boolean getShowAnnotation()\r
 611   {\r
 612     return this._showAnnotation;\r
 613   } //-- boolean getShowAnnotation()\r
 614 \r
 615   /**\r
 616    * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
 617    *\r
 618    * @return boolean\r
 619    * @return the value of field 'showBoxes'.\r
 620    */\r
 621   public boolean getShowBoxes()\r
 622   {\r
 623     return this._showBoxes;\r
 624   } //-- boolean getShowBoxes()\r
 625 \r
 626   /**\r
 627    * Returns the value of field 'showColourText'.\r
 628    *\r
 629    * @return boolean\r
 630    * @return the value of field 'showColourText'.\r
 631    */\r
 632   public boolean getShowColourText()\r
 633   {\r
 634     return this._showColourText;\r
 635   } //-- boolean getShowColourText()\r
 636 \r
 637   /**\r
 638    * Returns the value of field 'showConservation'.\r
 639    *\r
 640    * @return boolean\r
 641    * @return the value of field 'showConservation'.\r
 642    */\r
 643   public boolean getShowConservation()\r
 644   {\r
 645     return this._showConservation;\r
 646   } //-- boolean getShowConservation()\r
 647 \r
 648   /**\r
 649    * Returns the value of field 'showFullId'.\r
 650    *\r
 651    * @return boolean\r
 652    * @return the value of field 'showFullId'.\r
 653    */\r
 654   public boolean getShowFullId()\r
 655   {\r
 656     return this._showFullId;\r
 657   } //-- boolean getShowFullId()\r
 658 \r
 659   /**\r
 660    * Returns the value of field 'showIdentity'.\r
 661    *\r
 662    * @return boolean\r
 663    * @return the value of field 'showIdentity'.\r
 664    */\r
 665   public boolean getShowIdentity()\r
 666   {\r
 667     return this._showIdentity;\r
 668   } //-- boolean getShowIdentity()\r
 669 \r
 670   /**\r
 671    * Returns the value of field 'showQuality'.\r
 672    *\r
 673    * @return boolean\r
 674    * @return the value of field 'showQuality'.\r
 675    */\r
 676   public boolean getShowQuality()\r
 677   {\r
 678     return this._showQuality;\r
 679   } //-- boolean getShowQuality()\r
 680 \r
 681   /**\r
 682    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 683    *\r
 684    * @return boolean\r
 685    * @return the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 686    */\r
 687   public boolean getShowSequenceFeatures()\r
 688   {\r
 689     return this._showSequenceFeatures;\r
 690   } //-- boolean getShowSequenceFeatures()\r
 691 \r
 692   /**\r
 693    * Returns the value of field 'showText'.\r
 694    *\r
 695    * @return boolean\r
 696    * @return the value of field 'showText'.\r
 697    */\r
 698   public boolean getShowText()\r
 699   {\r
 700     return this._showText;\r
 701   } //-- boolean getShowText()\r
 702 \r
 703   /**\r
 704    * Returns the value of field 'startRes'.\r
 705    *\r
 706    * @return int\r
 707    * @return the value of field 'startRes'.\r
 708    */\r
 709   public int getStartRes()\r
 710   {\r
 711     return this._startRes;\r
 712   } //-- int getStartRes()\r
 713 \r
 714   /**\r
 715    * Returns the value of field 'startSeq'.\r
 716    *\r
 717    * @return int\r
 718    * @return the value of field 'startSeq'.\r
 719    */\r
 720   public int getStartSeq()\r
 721   {\r
 722     return this._startSeq;\r
 723   } //-- int getStartSeq()\r
 724 \r
 725   /**\r
 726    * Returns the value of field 'title'.\r
 727    *\r
 728    * @return String\r
 729    * @return the value of field 'title'.\r
 730    */\r
 731   public java.lang.String getTitle()\r
 732   {\r
 733     return this._title;\r
 734   } //-- java.lang.String getTitle()\r
 735 \r
 736   /**\r
 737    * Returns the value of field 'width'.\r
 738    *\r
 739    * @return int\r
 740    * @return the value of field 'width'.\r
 741    */\r
 742   public int getWidth()\r
 743   {\r
 744     return this._width;\r
 745   } //-- int getWidth()\r
 746 \r
 747   /**\r
 748    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
 749    *\r
 750    * @return boolean\r
 751    * @return the value of field 'wrapAlignment'.\r
 752    */\r
 753   public boolean getWrapAlignment()\r
 754   {\r
 755     return this._wrapAlignment;\r
 756   } //-- boolean getWrapAlignment()\r
 757 \r
 758   /**\r
 759    * Returns the value of field 'xpos'.\r
 760    *\r
 761    * @return int\r
 762    * @return the value of field 'xpos'.\r
 763    */\r
 764   public int getXpos()\r
 765   {\r
 766     return this._xpos;\r
 767   } //-- int getXpos()\r
 768 \r
 769   /**\r
 770    * Returns the value of field 'ypos'.\r
 771    *\r
 772    * @return int\r
 773    * @return the value of field 'ypos'.\r
 774    */\r
 775   public int getYpos()\r
 776   {\r
 777     return this._ypos;\r
 778   } //-- int getYpos()\r
 779 \r
 780   /**\r
 781    * Method hasConsThreshold\r
 782    *\r
 783    *\r
 784    *\r
 785    * @return boolean\r
 786    */\r
 787   public boolean hasConsThreshold()\r
 788   {\r
 789     return this._has_consThreshold;\r
 790   } //-- boolean hasConsThreshold()\r
 791 \r
 792   /**\r
 793    * Method hasConservationSelected\r
 794    *\r
 795    *\r
 796    *\r
 797    * @return boolean\r
 798    */\r
 799   public boolean hasConservationSelected()\r
 800   {\r
 801     return this._has_conservationSelected;\r
 802   } //-- boolean hasConservationSelected()\r
 803 \r
 804   /**\r
 805    * Method hasFontSize\r
 806    *\r
 807    *\r
 808    *\r
 809    * @return boolean\r
 810    */\r
 811   public boolean hasFontSize()\r
 812   {\r
 813     return this._has_fontSize;\r
 814   } //-- boolean hasFontSize()\r
 815 \r
 816   /**\r
 817    * Method hasFontStyle\r
 818    *\r
 819    *\r
 820    *\r
 821    * @return boolean\r
 822    */\r
 823   public boolean hasFontStyle()\r
 824   {\r
 825     return this._has_fontStyle;\r
 826   } //-- boolean hasFontStyle()\r
 827 \r
 828   /**\r
 829    * Method hasHeight\r
 830    *\r
 831    *\r
 832    *\r
 833    * @return boolean\r
 834    */\r
 835   public boolean hasHeight()\r
 836   {\r
 837     return this._has_height;\r
 838   } //-- boolean hasHeight()\r
 839 \r
 840   /**\r
 841    * Method hasPidSelected\r
 842    *\r
 843    *\r
 844    *\r
 845    * @return boolean\r
 846    */\r
 847   public boolean hasPidSelected()\r
 848   {\r
 849     return this._has_pidSelected;\r
 850   } //-- boolean hasPidSelected()\r
 851 \r
 852   /**\r
 853    * Method hasPidThreshold\r
 854    *\r
 855    *\r
 856    *\r
 857    * @return boolean\r
 858    */\r
 859   public boolean hasPidThreshold()\r
 860   {\r
 861     return this._has_pidThreshold;\r
 862   } //-- boolean hasPidThreshold()\r
 863 \r
 864   /**\r
 865    * Method hasRenderGaps\r
 866    *\r
 867    *\r
 868    *\r
 869    * @return boolean\r
 870    */\r
 871   public boolean hasRenderGaps()\r
 872   {\r
 873     return this._has_renderGaps;\r
 874   } //-- boolean hasRenderGaps()\r
 875 \r
 876   /**\r
 877    * Method hasShowAnnotation\r
 878    *\r
 879    *\r
 880    *\r
 881    * @return boolean\r
 882    */\r
 883   public boolean hasShowAnnotation()\r
 884   {\r
 885     return this._has_showAnnotation;\r
 886   } //-- boolean hasShowAnnotation()\r
 887 \r
 888   /**\r
 889    * Method hasShowBoxes\r
 890    *\r
 891    *\r
 892    *\r
 893    * @return boolean\r
 894    */\r
 895   public boolean hasShowBoxes()\r
 896   {\r
 897     return this._has_showBoxes;\r
 898   } //-- boolean hasShowBoxes()\r
 899 \r
 900   /**\r
 901    * Method hasShowColourText\r
 902    *\r
 903    *\r
 904    *\r
 905    * @return boolean\r
 906    */\r
 907   public boolean hasShowColourText()\r
 908   {\r
 909     return this._has_showColourText;\r
 910   } //-- boolean hasShowColourText()\r
 911 \r
 912   /**\r
 913    * Method hasShowConservation\r
 914    *\r
 915    *\r
 916    *\r
 917    * @return boolean\r
 918    */\r
 919   public boolean hasShowConservation()\r
 920   {\r
 921     return this._has_showConservation;\r
 922   } //-- boolean hasShowConservation()\r
 923 \r
 924   /**\r
 925    * Method hasShowFullId\r
 926    *\r
 927    *\r
 928    *\r
 929    * @return boolean\r
 930    */\r
 931   public boolean hasShowFullId()\r
 932   {\r
 933     return this._has_showFullId;\r
 934   } //-- boolean hasShowFullId()\r
 935 \r
 936   /**\r
 937    * Method hasShowIdentity\r
 938    *\r
 939    *\r
 940    *\r
 941    * @return boolean\r
 942    */\r
 943   public boolean hasShowIdentity()\r
 944   {\r
 945     return this._has_showIdentity;\r
 946   } //-- boolean hasShowIdentity()\r
 947 \r
 948   /**\r
 949    * Method hasShowQuality\r
 950    *\r
 951    *\r
 952    *\r
 953    * @return boolean\r
 954    */\r
 955   public boolean hasShowQuality()\r
 956   {\r
 957     return this._has_showQuality;\r
 958   } //-- boolean hasShowQuality()\r
 959 \r
 960   /**\r
 961    * Method hasShowSequenceFeatures\r
 962    *\r
 963    *\r
 964    *\r
 965    * @return boolean\r
 966    */\r
 967   public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
 968   {\r
 969     return this._has_showSequenceFeatures;\r
 970   } //-- boolean hasShowSequenceFeatures()\r
 971 \r
 972   /**\r
 973    * Method hasShowText\r
 974    *\r
 975    *\r
 976    *\r
 977    * @return boolean\r
 978    */\r
 979   public boolean hasShowText()\r
 980   {\r
 981     return this._has_showText;\r
 982   } //-- boolean hasShowText()\r
 983 \r
 984   /**\r
 985    * Method hasStartRes\r
 986    *\r
 987    *\r
 988    *\r
 989    * @return boolean\r
 990    */\r
 991   public boolean hasStartRes()\r
 992   {\r
 993     return this._has_startRes;\r
 994   } //-- boolean hasStartRes()\r
 995 \r
 996   /**\r
 997    * Method hasStartSeq\r
 998    *\r
 999    *\r
1000    *\r
1001    * @return boolean\r
1002    */\r
1003   public boolean hasStartSeq()\r
1004   {\r
1005     return this._has_startSeq;\r
1006   } //-- boolean hasStartSeq()\r
1007 \r
1008   /**\r
1009    * Method hasWidth\r
1010    *\r
1011    *\r
1012    *\r
1013    * @return boolean\r
1014    */\r
1015   public boolean hasWidth()\r
1016   {\r
1017     return this._has_width;\r
1018   } //-- boolean hasWidth()\r
1019 \r
1020   /**\r
1021    * Method hasWrapAlignment\r
1022    *\r
1023    *\r
1024    *\r
1025    * @return boolean\r
1026    */\r
1027   public boolean hasWrapAlignment()\r
1028   {\r
1029     return this._has_wrapAlignment;\r
1030   } //-- boolean hasWrapAlignment()\r
1031 \r
1032   /**\r
1033    * Method hasXpos\r
1034    *\r
1035    *\r
1036    *\r
1037    * @return boolean\r
1038    */\r
1039   public boolean hasXpos()\r
1040   {\r
1041     return this._has_xpos;\r
1042   } //-- boolean hasXpos()\r
1043 \r
1044   /**\r
1045    * Method hasYpos\r
1046    *\r
1047    *\r
1048    *\r
1049    * @return boolean\r
1050    */\r
1051   public boolean hasYpos()\r
1052   {\r
1053     return this._has_ypos;\r
1054   } //-- boolean hasYpos()\r
1055 \r
1056   /**\r
1057    * Method isValid\r
1058    *\r
1059    *\r
1060    *\r
1061    * @return boolean\r
1062    */\r
1063   public boolean isValid()\r
1064   {\r
1065     try\r
1066     {\r
1067       validate();\r
1068     }\r
1069     catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
1070     {\r
1071       return false;\r
1072     }\r
1073     return true;\r
1074   } //-- boolean isValid()\r
1075 \r
1076   /**\r
1077    * Method marshal\r
1078    *\r
1079    *\r
1080    *\r
1081    * @param out\r
1082    */\r
1083   public void marshal(java.io.Writer out)\r
1084       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
1085       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1086   {\r
1087 \r
1088     Marshaller.marshal(this, out);\r
1089   } //-- void marshal(java.io.Writer)\r
1090 \r
1091   /**\r
1092    * Method marshal\r
1093    *\r
1094    *\r
1095    *\r
1096    * @param handler\r
1097    */\r
1098   public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1099       throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
1100       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1101   {\r
1102 \r
1103     Marshaller.marshal(this, handler);\r
1104   } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
1105 \r
1106   /**\r
1107    * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1108    *\r
1109    * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
1110    */\r
1111   public void setBgColour(java.lang.String bgColour)\r
1112   {\r
1113     this._bgColour = bgColour;\r
1114   } //-- void setBgColour(java.lang.String)\r
1115 \r
1116   /**\r
1117    * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1118    *\r
1119    * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
1120    */\r
1121   public void setConsThreshold(int consThreshold)\r
1122   {\r
1123     this._consThreshold = consThreshold;\r
1124     this._has_consThreshold = true;\r
1125   } //-- void setConsThreshold(int)\r
1126 \r
1127   /**\r
1128    * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1129    *\r
1130    * @param conservationSelected the value of field\r
1131    * 'conservationSelected'.\r
1132    */\r
1133   public void setConservationSelected(boolean conservationSelected)\r
1134   {\r
1135     this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1136     this._has_conservationSelected = true;\r
1137   } //-- void setConservationSelected(boolean)\r
1138 \r
1139   /**\r
1140    * Sets the value of field 'fontName'.\r
1141    *\r
1142    * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
1143    */\r
1144   public void setFontName(java.lang.String fontName)\r
1145   {\r
1146     this._fontName = fontName;\r
1147   } //-- void setFontName(java.lang.String)\r
1148 \r
1149   /**\r
1150    * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1151    *\r
1152    * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
1153    */\r
1154   public void setFontSize(int fontSize)\r
1155   {\r
1156     this._fontSize = fontSize;\r
1157     this._has_fontSize = true;\r
1158   } //-- void setFontSize(int)\r
1159 \r
1160   /**\r
1161    * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
1162    *\r
1163    * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
1164    */\r
1165   public void setFontStyle(int fontStyle)\r
1166   {\r
1167     this._fontStyle = fontStyle;\r
1168     this._has_fontStyle = true;\r
1169   } //-- void setFontStyle(int)\r
1170 \r
1171   /**\r
1172    * Sets the value of field 'height'.\r
1173    *\r
1174    * @param height the value of field 'height'.\r
1175    */\r
1176   public void setHeight(int height)\r
1177   {\r
1178     this._height = height;\r
1179     this._has_height = true;\r
1180   } //-- void setHeight(int)\r
1181 \r
1182   /**\r
1183    * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
1184    *\r
1185    * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
1186    */\r
1187   public void setPidSelected(boolean pidSelected)\r
1188   {\r
1189     this._pidSelected = pidSelected;\r
1190     this._has_pidSelected = true;\r
1191   } //-- void setPidSelected(boolean)\r
1192 \r
1193   /**\r
1194    * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
1195    *\r
1196    * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
1197    */\r
1198   public void setPidThreshold(int pidThreshold)\r
1199   {\r
1200     this._pidThreshold = pidThreshold;\r
1201     this._has_pidThreshold = true;\r
1202   } //-- void setPidThreshold(int)\r
1203 \r
1204   /**\r
1205    * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
1206    *\r
1207    * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
1208    */\r
1209   public void setRenderGaps(boolean renderGaps)\r
1210   {\r
1211     this._renderGaps = renderGaps;\r
1212     this._has_renderGaps = true;\r
1213   } //-- void setRenderGaps(boolean)\r
1214 \r
1215   /**\r
1216    * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
1217    *\r
1218    * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
1219    */\r
1220   public void setShowAnnotation(boolean showAnnotation)\r
1221   {\r
1222     this._showAnnotation = showAnnotation;\r
1223     this._has_showAnnotation = true;\r
1224   } //-- void setShowAnnotation(boolean)\r
1225 \r
1226   /**\r
1227    * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
1228    *\r
1229    * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
1230    */\r
1231   public void setShowBoxes(boolean showBoxes)\r
1232   {\r
1233     this._showBoxes = showBoxes;\r
1234     this._has_showBoxes = true;\r
1235   } //-- void setShowBoxes(boolean)\r
1236 \r
1237   /**\r
1238    * Sets the value of field 'showColourText'.\r
1239    *\r
1240    * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
1241    */\r
1242   public void setShowColourText(boolean showColourText)\r
1243   {\r
1244     this._showColourText = showColourText;\r
1245     this._has_showColourText = true;\r
1246   } //-- void setShowColourText(boolean)\r
1247 \r
1248   /**\r
1249    * Sets the value of field 'showConservation'.\r
1250    *\r
1251    * @param showConservation the value of field 'showConservation'\r
1252    */\r
1253   public void setShowConservation(boolean showConservation)\r
1254   {\r
1255     this._showConservation = showConservation;\r
1256     this._has_showConservation = true;\r
1257   } //-- void setShowConservation(boolean)\r
1258 \r
1259   /**\r
1260    * Sets the value of field 'showFullId'.\r
1261    *\r
1262    * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
1263    */\r
1264   public void setShowFullId(boolean showFullId)\r
1265   {\r
1266     this._showFullId = showFullId;\r
1267     this._has_showFullId = true;\r
1268   } //-- void setShowFullId(boolean)\r
1269 \r
1270   /**\r
1271    * Sets the value of field 'showIdentity'.\r
1272    *\r
1273    * @param showIdentity the value of field 'showIdentity'.\r
1274    */\r
1275   public void setShowIdentity(boolean showIdentity)\r
1276   {\r
1277     this._showIdentity = showIdentity;\r
1278     this._has_showIdentity = true;\r
1279   } //-- void setShowIdentity(boolean)\r
1280 \r
1281   /**\r
1282    * Sets the value of field 'showQuality'.\r
1283    *\r
1284    * @param showQuality the value of field 'showQuality'.\r
1285    */\r
1286   public void setShowQuality(boolean showQuality)\r
1287   {\r
1288     this._showQuality = showQuality;\r
1289     this._has_showQuality = true;\r
1290   } //-- void setShowQuality(boolean)\r
1291 \r
1292   /**\r
1293    * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1294    *\r
1295    * @param showSequenceFeatures the value of field\r
1296    * 'showSequenceFeatures'.\r
1297    */\r
1298   public void setShowSequenceFeatures(boolean showSequenceFeatures)\r
1299   {\r
1300     this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
1301     this._has_showSequenceFeatures = true;\r
1302   } //-- void setShowSequenceFeatures(boolean)\r
1303 \r
1304   /**\r
1305    * Sets the value of field 'showText'.\r
1306    *\r
1307    * @param showText the value of field 'showText'.\r
1308    */\r
1309   public void setShowText(boolean showText)\r
1310   {\r
1311     this._showText = showText;\r
1312     this._has_showText = true;\r
1313   } //-- void setShowText(boolean)\r
1314 \r
1315   /**\r
1316    * Sets the value of field 'startRes'.\r
1317    *\r
1318    * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
1319    */\r
1320   public void setStartRes(int startRes)\r
1321   {\r
1322     this._startRes = startRes;\r
1323     this._has_startRes = true;\r
1324   } //-- void setStartRes(int)\r
1325 \r
1326   /**\r
1327    * Sets the value of field 'startSeq'.\r
1328    *\r
1329    * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
1330    */\r
1331   public void setStartSeq(int startSeq)\r
1332   {\r
1333     this._startSeq = startSeq;\r
1334     this._has_startSeq = true;\r
1335   } //-- void setStartSeq(int)\r
1336 \r
1337   /**\r
1338    * Sets the value of field 'title'.\r
1339    *\r
1340    * @param title the value of field 'title'.\r
1341    */\r
1342   public void setTitle(java.lang.String title)\r
1343   {\r
1344     this._title = title;\r
1345   } //-- void setTitle(java.lang.String)\r
1346 \r
1347   /**\r
1348    * Sets the value of field 'width'.\r
1349    *\r
1350    * @param width the value of field 'width'.\r
1351    */\r
1352   public void setWidth(int width)\r
1353   {\r
1354     this._width = width;\r
1355     this._has_width = true;\r
1356   } //-- void setWidth(int)\r
1357 \r
1358   /**\r
1359    * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
1360    *\r
1361    * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
1362    */\r
1363   public void setWrapAlignment(boolean wrapAlignment)\r
1364   {\r
1365     this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
1366     this._has_wrapAlignment = true;\r
1367   } //-- void setWrapAlignment(boolean)\r
1368 \r
1369   /**\r
1370    * Sets the value of field 'xpos'.\r
1371    *\r
1372    * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
1373    */\r
1374   public void setXpos(int xpos)\r
1375   {\r
1376     this._xpos = xpos;\r
1377     this._has_xpos = true;\r
1378   } //-- void setXpos(int)\r
1379 \r
1380   /**\r
1381    * Sets the value of field 'ypos'.\r
1382    *\r
1383    * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
1384    */\r
1385   public void setYpos(int ypos)\r
1386   {\r
1387     this._ypos = ypos;\r
1388     this._has_ypos = true;\r
1389   } //-- void setYpos(int)\r
1390 \r
1391   /**\r
1392    * Method unmarshal\r
1393    *\r
1394    *\r
1395    *\r
1396    * @param reader\r
1397    * @return Object\r
1398    */\r
1399   public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
1400       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
1401       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1402   {\r
1403     return (jalview.binding.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.\r
1404         Viewport.class, reader);\r
1405   } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
1406 \r
1407   /**\r
1408    * Method validate\r
1409    *\r
1410    */\r
1411   public void validate()\r
1412       throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1413   {\r
1414     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.\r
1415         Validator();\r
1416     validator.validate(this);\r
1417   } //-- void validate()\r
1418 \r
1419 }\r