added help and documentation for annotation editing.
[jalview.git] / src / jalview / binding / Viewport.java
1 /*\r
2  * This class was automatically generated with\r
3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
4  * Schema.\r
5  * $Id$\r
6  */\r
7 \r
8 package jalview.binding;\r
9 \r
10 //---------------------------------/\r
11 //- Imported classes and packages -/\r
12 //---------------------------------/\r
13 \r
14 import org.exolab.castor.xml.*;\r
15 \r
16 /**\r
17  * Class Viewport.\r
18  *\r
19  * @version $Revision$ $Date$\r
20  */\r
21 public class Viewport\r
22     implements java.io.Serializable\r
23 {\r
24 \r
25   //--------------------------/\r
26   //- Class/Member Variables -/\r
27   //--------------------------/\r
28 \r
29   /**\r
30    * Field _conservationSelected\r
31    */\r
32   private boolean _conservationSelected;\r
33 \r
34   /**\r
35    * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
36    */\r
37   private boolean _has_conservationSelected;\r
38 \r
39   /**\r
40    * Field _pidSelected\r
41    */\r
42   private boolean _pidSelected;\r
43 \r
44   /**\r
45    * keeps track of state for field: _pidSelected\r
46    */\r
47   private boolean _has_pidSelected;\r
48 \r
49   /**\r
50    * Field _bgColour\r
51    */\r
52   private java.lang.String _bgColour;\r
53 \r
54   /**\r
55    * Field _consThreshold\r
56    */\r
57   private int _consThreshold;\r
58 \r
59   /**\r
60    * keeps track of state for field: _consThreshold\r
61    */\r
62   private boolean _has_consThreshold;\r
63 \r
64   /**\r
65    * Field _pidThreshold\r
66    */\r
67   private int _pidThreshold;\r
68 \r
69   /**\r
70    * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
71    */\r
72   private boolean _has_pidThreshold;\r
73 \r
74   /**\r
75    * Field _title\r
76    */\r
77   private java.lang.String _title;\r
78 \r
79   /**\r
80    * Field _showFullId\r
81    */\r
82   private boolean _showFullId;\r
83 \r
84   /**\r
85    * keeps track of state for field: _showFullId\r
86    */\r
87   private boolean _has_showFullId;\r
88 \r
89   /**\r
90    * Field _showText\r
91    */\r
92   private boolean _showText;\r
93 \r
94   /**\r
95    * keeps track of state for field: _showText\r
96    */\r
97   private boolean _has_showText;\r
98 \r
99   /**\r
100    * Field _showColourText\r
101    */\r
102   private boolean _showColourText;\r
103 \r
104   /**\r
105    * keeps track of state for field: _showColourText\r
106    */\r
107   private boolean _has_showColourText;\r
108 \r
109   /**\r
110    * Field _showBoxes\r
111    */\r
112   private boolean _showBoxes;\r
113 \r
114   /**\r
115    * keeps track of state for field: _showBoxes\r
116    */\r
117   private boolean _has_showBoxes;\r
118 \r
119   /**\r
120    * Field _wrapAlignment\r
121    */\r
122   private boolean _wrapAlignment;\r
123 \r
124   /**\r
125    * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
126    */\r
127   private boolean _has_wrapAlignment;\r
128 \r
129   /**\r
130    * Field _renderGaps\r
131    */\r
132   private boolean _renderGaps;\r
133 \r
134   /**\r
135    * keeps track of state for field: _renderGaps\r
136    */\r
137   private boolean _has_renderGaps;\r
138 \r
139   /**\r
140    * Field _showSequenceFeatures\r
141    */\r
142   private boolean _showSequenceFeatures;\r
143 \r
144   /**\r
145    * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
146    */\r
147   private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
148 \r
149   /**\r
150    * Field _showAnnotation\r
151    */\r
152   private boolean _showAnnotation;\r
153 \r
154   /**\r
155    * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
156    */\r
157   private boolean _has_showAnnotation;\r
158 \r
159   /**\r
160    * Field _showConservation\r
161    */\r
162   private boolean _showConservation;\r
163 \r
164   /**\r
165    * keeps track of state for field: _showConservation\r
166    */\r
167   private boolean _has_showConservation;\r
168 \r
169   /**\r
170    * Field _showQuality\r
171    */\r
172   private boolean _showQuality;\r
173 \r
174   /**\r
175    * keeps track of state for field: _showQuality\r
176    */\r
177   private boolean _has_showQuality;\r
178 \r
179   /**\r
180    * Field _showIdentity\r
181    */\r
182   private boolean _showIdentity;\r
183 \r
184   /**\r
185    * keeps track of state for field: _showIdentity\r
186    */\r
187   private boolean _has_showIdentity;\r
188 \r
189   /**\r
190    * Field _xpos\r
191    */\r
192   private int _xpos;\r
193 \r
194   /**\r
195    * keeps track of state for field: _xpos\r
196    */\r
197   private boolean _has_xpos;\r
198 \r
199   /**\r
200    * Field _ypos\r
201    */\r
202   private int _ypos;\r
203 \r
204   /**\r
205    * keeps track of state for field: _ypos\r
206    */\r
207   private boolean _has_ypos;\r
208 \r
209   /**\r
210    * Field _width\r
211    */\r
212   private int _width;\r
213 \r
214   /**\r
215    * keeps track of state for field: _width\r
216    */\r
217   private boolean _has_width;\r
218 \r
219   /**\r
220    * Field _height\r
221    */\r
222   private int _height;\r
223 \r
224   /**\r
225    * keeps track of state for field: _height\r
226    */\r
227   private boolean _has_height;\r
228 \r
229   /**\r
230    * Field _startRes\r
231    */\r
232   private int _startRes;\r
233 \r
234   /**\r
235    * keeps track of state for field: _startRes\r
236    */\r
237   private boolean _has_startRes;\r
238 \r
239   /**\r
240    * Field _startSeq\r
241    */\r
242   private int _startSeq;\r
243 \r
244   /**\r
245    * keeps track of state for field: _startSeq\r
246    */\r
247   private boolean _has_startSeq;\r
248 \r
249   /**\r
250    * Field _fontName\r
251    */\r
252   private java.lang.String _fontName;\r
253 \r
254   /**\r
255    * Field _fontSize\r
256    */\r
257   private int _fontSize;\r
258 \r
259   /**\r
260    * keeps track of state for field: _fontSize\r
261    */\r
262   private boolean _has_fontSize;\r
263 \r
264   /**\r
265    * Field _fontStyle\r
266    */\r
267   private int _fontStyle;\r
268 \r
269   /**\r
270    * keeps track of state for field: _fontStyle\r
271    */\r
272   private boolean _has_fontStyle;\r
273 \r
274   //----------------/\r
275   //- Constructors -/\r
276   //----------------/\r
277 \r
278   public Viewport()\r
279   {\r
280     super();\r
281   } //-- jalview.binding.Viewport()\r
282 \r
283   //-----------/\r
284   //- Methods -/\r
285   //-----------/\r
286 \r
287   /**\r
288    * Method deleteConsThreshold\r
289    *\r
290    */\r
291   public void deleteConsThreshold()\r
292   {\r
293     this._has_consThreshold = false;\r
294   } //-- void deleteConsThreshold()\r
295 \r
296   /**\r
297    * Method deleteConservationSelected\r
298    *\r
299    */\r
300   public void deleteConservationSelected()\r
301   {\r
302     this._has_conservationSelected = false;\r
303   } //-- void deleteConservationSelected()\r
304 \r
305   /**\r
306    * Method deleteFontSize\r
307    *\r
308    */\r
309   public void deleteFontSize()\r
310   {\r
311     this._has_fontSize = false;\r
312   } //-- void deleteFontSize()\r
313 \r
314   /**\r
315    * Method deleteFontStyle\r
316    *\r
317    */\r
318   public void deleteFontStyle()\r
319   {\r
320     this._has_fontStyle = false;\r
321   } //-- void deleteFontStyle()\r
322 \r
323   /**\r
324    * Method deleteHeight\r
325    *\r
326    */\r
327   public void deleteHeight()\r
328   {\r
329     this._has_height = false;\r
330   } //-- void deleteHeight()\r
331 \r
332   /**\r
333    * Method deletePidSelected\r
334    *\r
335    */\r
336   public void deletePidSelected()\r
337   {\r
338     this._has_pidSelected = false;\r
339   } //-- void deletePidSelected()\r
340 \r
341   /**\r
342    * Method deletePidThreshold\r
343    *\r
344    */\r
345   public void deletePidThreshold()\r
346   {\r
347     this._has_pidThreshold = false;\r
348   } //-- void deletePidThreshold()\r
349 \r
350   /**\r
351    * Method deleteRenderGaps\r
352    *\r
353    */\r
354   public void deleteRenderGaps()\r
355   {\r
356     this._has_renderGaps = false;\r
357   } //-- void deleteRenderGaps()\r
358 \r
359   /**\r
360    * Method deleteShowAnnotation\r
361    *\r
362    */\r
363   public void deleteShowAnnotation()\r
364   {\r
365     this._has_showAnnotation = false;\r
366   } //-- void deleteShowAnnotation()\r
367 \r
368   /**\r
369    * Method deleteShowBoxes\r
370    *\r
371    */\r
372   public void deleteShowBoxes()\r
373   {\r
374     this._has_showBoxes = false;\r
375   } //-- void deleteShowBoxes()\r
376 \r
377   /**\r
378    * Method deleteShowColourText\r
379    *\r
380    */\r
381   public void deleteShowColourText()\r
382   {\r
383     this._has_showColourText = false;\r
384   } //-- void deleteShowColourText()\r
385 \r
386   /**\r
387    * Method deleteShowConservation\r
388    *\r
389    */\r
390   public void deleteShowConservation()\r
391   {\r
392     this._has_showConservation = false;\r
393   } //-- void deleteShowConservation()\r
394 \r
395   /**\r
396    * Method deleteShowFullId\r
397    *\r
398    */\r
399   public void deleteShowFullId()\r
400   {\r
401     this._has_showFullId = false;\r
402   } //-- void deleteShowFullId()\r
403 \r
404   /**\r
405    * Method deleteShowIdentity\r
406    *\r
407    */\r
408   public void deleteShowIdentity()\r
409   {\r
410     this._has_showIdentity = false;\r
411   } //-- void deleteShowIdentity()\r
412 \r
413   /**\r
414    * Method deleteShowQuality\r
415    *\r
416    */\r
417   public void deleteShowQuality()\r
418   {\r
419     this._has_showQuality = false;\r
420   } //-- void deleteShowQuality()\r
421 \r
422   /**\r
423    * Method deleteShowSequenceFeatures\r
424    *\r
425    */\r
426   public void deleteShowSequenceFeatures()\r
427   {\r
428     this._has_showSequenceFeatures = false;\r
429   } //-- void deleteShowSequenceFeatures()\r
430 \r
431   /**\r
432    * Method deleteShowText\r
433    *\r
434    */\r
435   public void deleteShowText()\r
436   {\r
437     this._has_showText = false;\r
438   } //-- void deleteShowText()\r
439 \r
440   /**\r
441    * Method deleteStartRes\r
442    *\r
443    */\r
444   public void deleteStartRes()\r
445   {\r
446     this._has_startRes = false;\r
447   } //-- void deleteStartRes()\r
448 \r
449   /**\r
450    * Method deleteStartSeq\r
451    *\r
452    */\r
453   public void deleteStartSeq()\r
454   {\r
455     this._has_startSeq = false;\r
456   } //-- void deleteStartSeq()\r
457 \r
458   /**\r
459    * Method deleteWidth\r
460    *\r
461    */\r
462   public void deleteWidth()\r
463   {\r
464     this._has_width = false;\r
465   } //-- void deleteWidth()\r
466 \r
467   /**\r
468    * Method deleteWrapAlignment\r
469    *\r
470    */\r
471   public void deleteWrapAlignment()\r
472   {\r
473     this._has_wrapAlignment = false;\r
474   } //-- void deleteWrapAlignment()\r
475 \r
476   /**\r
477    * Method deleteXpos\r
478    *\r
479    */\r
480   public void deleteXpos()\r
481   {\r
482     this._has_xpos = false;\r
483   } //-- void deleteXpos()\r
484 \r
485   /**\r
486    * Method deleteYpos\r
487    *\r
488    */\r
489   public void deleteYpos()\r
490   {\r
491     this._has_ypos = false;\r
492   } //-- void deleteYpos()\r
493 \r
494   /**\r
495    * Returns the value of field 'bgColour'.\r
496    *\r
497    * @return String\r
498    * @return the value of field 'bgColour'.\r
499    */\r
500   public java.lang.String getBgColour()\r
501   {\r
502     return this._bgColour;\r
503   } //-- java.lang.String getBgColour()\r
504 \r
505   /**\r
506    * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
507    *\r
508    * @return int\r
509    * @return the value of field 'consThreshold'.\r
510    */\r
511   public int getConsThreshold()\r
512   {\r
513     return this._consThreshold;\r
514   } //-- int getConsThreshold()\r
515 \r
516   /**\r
517    * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
518    *\r
519    * @return boolean\r
520    * @return the value of field 'conservationSelected'.\r
521    */\r
522   public boolean getConservationSelected()\r
523   {\r
524     return this._conservationSelected;\r
525   } //-- boolean getConservationSelected()\r
526 \r
527   /**\r
528    * Returns the value of field 'fontName'.\r
529    *\r
530    * @return String\r
531    * @return the value of field 'fontName'.\r
532    */\r
533   public java.lang.String getFontName()\r
534   {\r
535     return this._fontName;\r
536   } //-- java.lang.String getFontName()\r
537 \r
538   /**\r
539    * Returns the value of field 'fontSize'.\r
540    *\r
541    * @return int\r
542    * @return the value of field 'fontSize'.\r
543    */\r
544   public int getFontSize()\r
545   {\r
546     return this._fontSize;\r
547   } //-- int getFontSize()\r
548 \r
549   /**\r
550    * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
551    *\r
552    * @return int\r
553    * @return the value of field 'fontStyle'.\r
554    */\r
555   public int getFontStyle()\r
556   {\r
557     return this._fontStyle;\r
558   } //-- int getFontStyle()\r
559 \r
560   /**\r
561    * Returns the value of field 'height'.\r
562    *\r
563    * @return int\r
564    * @return the value of field 'height'.\r
565    */\r
566   public int getHeight()\r
567   {\r
568     return this._height;\r
569   } //-- int getHeight()\r
570 \r
571   /**\r
572    * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
573    *\r
574    * @return boolean\r
575    * @return the value of field 'pidSelected'.\r
576    */\r
577   public boolean getPidSelected()\r
578   {\r
579     return this._pidSelected;\r
580   } //-- boolean getPidSelected()\r
581 \r
582   /**\r
583    * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
584    *\r
585    * @return int\r
586    * @return the value of field 'pidThreshold'.\r
587    */\r
588   public int getPidThreshold()\r
589   {\r
590     return this._pidThreshold;\r
591   } //-- int getPidThreshold()\r
592 \r
593   /**\r
594    * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
595    *\r
596    * @return boolean\r
597    * @return the value of field 'renderGaps'.\r
598    */\r
599   public boolean getRenderGaps()\r
600   {\r
601     return this._renderGaps;\r
602   } //-- boolean getRenderGaps()\r
603 \r
604   /**\r
605    * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
606    *\r
607    * @return boolean\r
608    * @return the value of field 'showAnnotation'.\r
609    */\r
610   public boolean getShowAnnotation()\r
611   {\r
612     return this._showAnnotation;\r
613   } //-- boolean getShowAnnotation()\r
614 \r
615   /**\r
616    * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
617    *\r
618    * @return boolean\r
619    * @return the value of field 'showBoxes'.\r
620    */\r
621   public boolean getShowBoxes()\r
622   {\r
623     return this._showBoxes;\r
624   } //-- boolean getShowBoxes()\r
625 \r
626   /**\r
627    * Returns the value of field 'showColourText'.\r
628    *\r
629    * @return boolean\r
630    * @return the value of field 'showColourText'.\r
631    */\r
632   public boolean getShowColourText()\r
633   {\r
634     return this._showColourText;\r
635   } //-- boolean getShowColourText()\r
636 \r
637   /**\r
638    * Returns the value of field 'showConservation'.\r
639    *\r
640    * @return boolean\r
641    * @return the value of field 'showConservation'.\r
642    */\r
643   public boolean getShowConservation()\r
644   {\r
645     return this._showConservation;\r
646   } //-- boolean getShowConservation()\r
647 \r
648   /**\r
649    * Returns the value of field 'showFullId'.\r
650    *\r
651    * @return boolean\r
652    * @return the value of field 'showFullId'.\r
653    */\r
654   public boolean getShowFullId()\r
655   {\r
656     return this._showFullId;\r
657   } //-- boolean getShowFullId()\r
658 \r
659   /**\r
660    * Returns the value of field 'showIdentity'.\r
661    *\r
662    * @return boolean\r
663    * @return the value of field 'showIdentity'.\r
664    */\r
665   public boolean getShowIdentity()\r
666   {\r
667     return this._showIdentity;\r
668   } //-- boolean getShowIdentity()\r
669 \r
670   /**\r
671    * Returns the value of field 'showQuality'.\r
672    *\r
673    * @return boolean\r
674    * @return the value of field 'showQuality'.\r
675    */\r
676   public boolean getShowQuality()\r
677   {\r
678     return this._showQuality;\r
679   } //-- boolean getShowQuality()\r
680 \r
681   /**\r
682    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
683    *\r
684    * @return boolean\r
685    * @return the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
686    */\r
687   public boolean getShowSequenceFeatures()\r
688   {\r
689     return this._showSequenceFeatures;\r
690   } //-- boolean getShowSequenceFeatures()\r
691 \r
692   /**\r
693    * Returns the value of field 'showText'.\r
694    *\r
695    * @return boolean\r
696    * @return the value of field 'showText'.\r
697    */\r
698   public boolean getShowText()\r
699   {\r
700     return this._showText;\r
701   } //-- boolean getShowText()\r
702 \r
703   /**\r
704    * Returns the value of field 'startRes'.\r
705    *\r
706    * @return int\r
707    * @return the value of field 'startRes'.\r
708    */\r
709   public int getStartRes()\r
710   {\r
711     return this._startRes;\r
712   } //-- int getStartRes()\r
713 \r
714   /**\r
715    * Returns the value of field 'startSeq'.\r
716    *\r
717    * @return int\r
718    * @return the value of field 'startSeq'.\r
719    */\r
720   public int getStartSeq()\r
721   {\r
722     return this._startSeq;\r
723   } //-- int getStartSeq()\r
724 \r
725   /**\r
726    * Returns the value of field 'title'.\r
727    *\r
728    * @return String\r
729    * @return the value of field 'title'.\r
730    */\r
731   public java.lang.String getTitle()\r
732   {\r
733     return this._title;\r
734   } //-- java.lang.String getTitle()\r
735 \r
736   /**\r
737    * Returns the value of field 'width'.\r
738    *\r
739    * @return int\r
740    * @return the value of field 'width'.\r
741    */\r
742   public int getWidth()\r
743   {\r
744     return this._width;\r
745   } //-- int getWidth()\r
746 \r
747   /**\r
748    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
749    *\r
750    * @return boolean\r
751    * @return the value of field 'wrapAlignment'.\r
752    */\r
753   public boolean getWrapAlignment()\r
754   {\r
755     return this._wrapAlignment;\r
756   } //-- boolean getWrapAlignment()\r
757 \r
758   /**\r
759    * Returns the value of field 'xpos'.\r
760    *\r
761    * @return int\r
762    * @return the value of field 'xpos'.\r
763    */\r
764   public int getXpos()\r
765   {\r
766     return this._xpos;\r
767   } //-- int getXpos()\r
768 \r
769   /**\r
770    * Returns the value of field 'ypos'.\r
771    *\r
772    * @return int\r
773    * @return the value of field 'ypos'.\r
774    */\r
775   public int getYpos()\r
776   {\r
777     return this._ypos;\r
778   } //-- int getYpos()\r
779 \r
780   /**\r
781    * Method hasConsThreshold\r
782    *\r
783    *\r
784    *\r
785    * @return boolean\r
786    */\r
787   public boolean hasConsThreshold()\r
788   {\r
789     return this._has_consThreshold;\r
790   } //-- boolean hasConsThreshold()\r
791 \r
792   /**\r
793    * Method hasConservationSelected\r
794    *\r
795    *\r
796    *\r
797    * @return boolean\r
798    */\r
799   public boolean hasConservationSelected()\r
800   {\r
801     return this._has_conservationSelected;\r
802   } //-- boolean hasConservationSelected()\r
803 \r
804   /**\r
805    * Method hasFontSize\r
806    *\r
807    *\r
808    *\r
809    * @return boolean\r
810    */\r
811   public boolean hasFontSize()\r
812   {\r
813     return this._has_fontSize;\r
814   } //-- boolean hasFontSize()\r
815 \r
816   /**\r
817    * Method hasFontStyle\r
818    *\r
819    *\r
820    *\r
821    * @return boolean\r
822    */\r
823   public boolean hasFontStyle()\r
824   {\r
825     return this._has_fontStyle;\r
826   } //-- boolean hasFontStyle()\r
827 \r
828   /**\r
829    * Method hasHeight\r
830    *\r
831    *\r
832    *\r
833    * @return boolean\r
834    */\r
835   public boolean hasHeight()\r
836   {\r
837     return this._has_height;\r
838   } //-- boolean hasHeight()\r
839 \r
840   /**\r
841    * Method hasPidSelected\r
842    *\r
843    *\r
844    *\r
845    * @return boolean\r
846    */\r
847   public boolean hasPidSelected()\r
848   {\r
849     return this._has_pidSelected;\r
850   } //-- boolean hasPidSelected()\r
851 \r
852   /**\r
853    * Method hasPidThreshold\r
854    *\r
855    *\r
856    *\r
857    * @return boolean\r
858    */\r
859   public boolean hasPidThreshold()\r
860   {\r
861     return this._has_pidThreshold;\r
862   } //-- boolean hasPidThreshold()\r
863 \r
864   /**\r
865    * Method hasRenderGaps\r
866    *\r
867    *\r
868    *\r
869    * @return boolean\r
870    */\r
871   public boolean hasRenderGaps()\r
872   {\r
873     return this._has_renderGaps;\r
874   } //-- boolean hasRenderGaps()\r
875 \r
876   /**\r
877    * Method hasShowAnnotation\r
878    *\r
879    *\r
880    *\r
881    * @return boolean\r
882    */\r
883   public boolean hasShowAnnotation()\r
884   {\r
885     return this._has_showAnnotation;\r
886   } //-- boolean hasShowAnnotation()\r
887 \r
888   /**\r
889    * Method hasShowBoxes\r
890    *\r
891    *\r
892    *\r
893    * @return boolean\r
894    */\r
895   public boolean hasShowBoxes()\r
896   {\r
897     return this._has_showBoxes;\r
898   } //-- boolean hasShowBoxes()\r
899 \r
900   /**\r
901    * Method hasShowColourText\r
902    *\r
903    *\r
904    *\r
905    * @return boolean\r
906    */\r
907   public boolean hasShowColourText()\r
908   {\r
909     return this._has_showColourText;\r
910   } //-- boolean hasShowColourText()\r
911 \r
912   /**\r
913    * Method hasShowConservation\r
914    *\r
915    *\r
916    *\r
917    * @return boolean\r
918    */\r
919   public boolean hasShowConservation()\r
920   {\r
921     return this._has_showConservation;\r
922   } //-- boolean hasShowConservation()\r
923 \r
924   /**\r
925    * Method hasShowFullId\r
926    *\r
927    *\r
928    *\r
929    * @return boolean\r
930    */\r
931   public boolean hasShowFullId()\r
932   {\r
933     return this._has_showFullId;\r
934   } //-- boolean hasShowFullId()\r
935 \r
936   /**\r
937    * Method hasShowIdentity\r
938    *\r
939    *\r
940    *\r
941    * @return boolean\r
942    */\r
943   public boolean hasShowIdentity()\r
944   {\r
945     return this._has_showIdentity;\r
946   } //-- boolean hasShowIdentity()\r
947 \r
948   /**\r
949    * Method hasShowQuality\r
950    *\r
951    *\r
952    *\r
953    * @return boolean\r
954    */\r
955   public boolean hasShowQuality()\r
956   {\r
957     return this._has_showQuality;\r
958   } //-- boolean hasShowQuality()\r
959 \r
960   /**\r
961    * Method hasShowSequenceFeatures\r
962    *\r
963    *\r
964    *\r
965    * @return boolean\r
966    */\r
967   public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
968   {\r
969     return this._has_showSequenceFeatures;\r
970   } //-- boolean hasShowSequenceFeatures()\r
971 \r
972   /**\r
973    * Method hasShowText\r
974    *\r
975    *\r
976    *\r
977    * @return boolean\r
978    */\r
979   public boolean hasShowText()\r
980   {\r
981     return this._has_showText;\r
982   } //-- boolean hasShowText()\r
983 \r
984   /**\r
985    * Method hasStartRes\r
986    *\r
987    *\r
988    *\r
989    * @return boolean\r
990    */\r
991   public boolean hasStartRes()\r
992   {\r
993     return this._has_startRes;\r
994   } //-- boolean hasStartRes()\r
995 \r
996   /**\r
997    * Method hasStartSeq\r
998    *\r
999    *\r
1000    *\r
1001    * @return boolean\r
1002    */\r
1003   public boolean hasStartSeq()\r
1004   {\r
1005     return this._has_startSeq;\r
1006   } //-- boolean hasStartSeq()\r
1007 \r
1008   /**\r
1009    * Method hasWidth\r
1010    *\r
1011    *\r
1012    *\r
1013    * @return boolean\r
1014    */\r
1015   public boolean hasWidth()\r
1016   {\r
1017     return this._has_width;\r
1018   } //-- boolean hasWidth()\r
1019 \r
1020   /**\r
1021    * Method hasWrapAlignment\r
1022    *\r
1023    *\r
1024    *\r
1025    * @return boolean\r
1026    */\r
1027   public boolean hasWrapAlignment()\r
1028   {\r
1029     return this._has_wrapAlignment;\r
1030   } //-- boolean hasWrapAlignment()\r
1031 \r
1032   /**\r
1033    * Method hasXpos\r
1034    *\r
1035    *\r
1036    *\r
1037    * @return boolean\r
1038    */\r
1039   public boolean hasXpos()\r
1040   {\r
1041     return this._has_xpos;\r
1042   } //-- boolean hasXpos()\r
1043 \r
1044   /**\r
1045    * Method hasYpos\r
1046    *\r
1047    *\r
1048    *\r
1049    * @return boolean\r
1050    */\r
1051   public boolean hasYpos()\r
1052   {\r
1053     return this._has_ypos;\r
1054   } //-- boolean hasYpos()\r
1055 \r
1056   /**\r
1057    * Method isValid\r
1058    *\r
1059    *\r
1060    *\r
1061    * @return boolean\r
1062    */\r
1063   public boolean isValid()\r
1064   {\r
1065     try\r
1066     {\r
1067       validate();\r
1068     }\r
1069     catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
1070     {\r
1071       return false;\r
1072     }\r
1073     return true;\r
1074   } //-- boolean isValid()\r
1075 \r
1076   /**\r
1077    * Method marshal\r
1078    *\r
1079    *\r
1080    *\r
1081    * @param out\r
1082    */\r
1083   public void marshal(java.io.Writer out)\r
1084       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
1085       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1086   {\r
1087 \r
1088     Marshaller.marshal(this, out);\r
1089   } //-- void marshal(java.io.Writer)\r
1090 \r
1091   /**\r
1092    * Method marshal\r
1093    *\r
1094    *\r
1095    *\r
1096    * @param handler\r
1097    */\r
1098   public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1099       throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
1100       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1101   {\r
1102 \r
1103     Marshaller.marshal(this, handler);\r
1104   } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
1105 \r
1106   /**\r
1107    * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1108    *\r
1109    * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
1110    */\r
1111   public void setBgColour(java.lang.String bgColour)\r
1112   {\r
1113     this._bgColour = bgColour;\r
1114   } //-- void setBgColour(java.lang.String)\r
1115 \r
1116   /**\r
1117    * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1118    *\r
1119    * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
1120    */\r
1121   public void setConsThreshold(int consThreshold)\r
1122   {\r
1123     this._consThreshold = consThreshold;\r
1124     this._has_consThreshold = true;\r
1125   } //-- void setConsThreshold(int)\r
1126 \r
1127   /**\r
1128    * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1129    *\r
1130    * @param conservationSelected the value of field\r
1131    * 'conservationSelected'.\r
1132    */\r
1133   public void setConservationSelected(boolean conservationSelected)\r
1134   {\r
1135     this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1136     this._has_conservationSelected = true;\r
1137   } //-- void setConservationSelected(boolean)\r
1138 \r
1139   /**\r
1140    * Sets the value of field 'fontName'.\r
1141    *\r
1142    * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
1143    */\r
1144   public void setFontName(java.lang.String fontName)\r
1145   {\r
1146     this._fontName = fontName;\r
1147   } //-- void setFontName(java.lang.String)\r
1148 \r
1149   /**\r
1150    * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1151    *\r
1152    * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
1153    */\r
1154   public void setFontSize(int fontSize)\r
1155   {\r
1156     this._fontSize = fontSize;\r
1157     this._has_fontSize = true;\r
1158   } //-- void setFontSize(int)\r
1159 \r
1160   /**\r
1161    * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
1162    *\r
1163    * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
1164    */\r
1165   public void setFontStyle(int fontStyle)\r
1166   {\r
1167     this._fontStyle = fontStyle;\r
1168     this._has_fontStyle = true;\r
1169   } //-- void setFontStyle(int)\r
1170 \r
1171   /**\r
1172    * Sets the value of field 'height'.\r
1173    *\r
1174    * @param height the value of field 'height'.\r
1175    */\r
1176   public void setHeight(int height)\r
1177   {\r
1178     this._height = height;\r
1179     this._has_height = true;\r
1180   } //-- void setHeight(int)\r
1181 \r
1182   /**\r
1183    * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
1184    *\r
1185    * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
1186    */\r
1187   public void setPidSelected(boolean pidSelected)\r
1188   {\r
1189     this._pidSelected = pidSelected;\r
1190     this._has_pidSelected = true;\r
1191   } //-- void setPidSelected(boolean)\r
1192 \r
1193   /**\r
1194    * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
1195    *\r
1196    * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
1197    */\r
1198   public void setPidThreshold(int pidThreshold)\r
1199   {\r
1200     this._pidThreshold = pidThreshold;\r
1201     this._has_pidThreshold = true;\r
1202   } //-- void setPidThreshold(int)\r
1203 \r
1204   /**\r
1205    * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
1206    *\r
1207    * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
1208    */\r
1209   public void setRenderGaps(boolean renderGaps)\r
1210   {\r
1211     this._renderGaps = renderGaps;\r
1212     this._has_renderGaps = true;\r
1213   } //-- void setRenderGaps(boolean)\r
1214 \r
1215   /**\r
1216    * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
1217    *\r
1218    * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
1219    */\r
1220   public void setShowAnnotation(boolean showAnnotation)\r
1221   {\r
1222     this._showAnnotation = showAnnotation;\r
1223     this._has_showAnnotation = true;\r
1224   } //-- void setShowAnnotation(boolean)\r
1225 \r
1226   /**\r
1227    * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
1228    *\r
1229    * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
1230    */\r
1231   public void setShowBoxes(boolean showBoxes)\r
1232   {\r
1233     this._showBoxes = showBoxes;\r
1234     this._has_showBoxes = true;\r
1235   } //-- void setShowBoxes(boolean)\r
1236 \r
1237   /**\r
1238    * Sets the value of field 'showColourText'.\r
1239    *\r
1240    * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
1241    */\r
1242   public void setShowColourText(boolean showColourText)\r
1243   {\r
1244     this._showColourText = showColourText;\r
1245     this._has_showColourText = true;\r
1246   } //-- void setShowColourText(boolean)\r
1247 \r
1248   /**\r
1249    * Sets the value of field 'showConservation'.\r
1250    *\r
1251    * @param showConservation the value of field 'showConservation'\r
1252    */\r
1253   public void setShowConservation(boolean showConservation)\r
1254   {\r
1255     this._showConservation = showConservation;\r
1256     this._has_showConservation = true;\r
1257   } //-- void setShowConservation(boolean)\r
1258 \r
1259   /**\r
1260    * Sets the value of field 'showFullId'.\r
1261    *\r
1262    * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
1263    */\r
1264   public void setShowFullId(boolean showFullId)\r
1265   {\r
1266     this._showFullId = showFullId;\r
1267     this._has_showFullId = true;\r
1268   } //-- void setShowFullId(boolean)\r
1269 \r
1270   /**\r
1271    * Sets the value of field 'showIdentity'.\r
1272    *\r
1273    * @param showIdentity the value of field 'showIdentity'.\r
1274    */\r
1275   public void setShowIdentity(boolean showIdentity)\r
1276   {\r
1277     this._showIdentity = showIdentity;\r
1278     this._has_showIdentity = true;\r
1279   } //-- void setShowIdentity(boolean)\r
1280 \r
1281   /**\r
1282    * Sets the value of field 'showQuality'.\r
1283    *\r
1284    * @param showQuality the value of field 'showQuality'.\r
1285    */\r
1286   public void setShowQuality(boolean showQuality)\r
1287   {\r
1288     this._showQuality = showQuality;\r
1289     this._has_showQuality = true;\r
1290   } //-- void setShowQuality(boolean)\r
1291 \r
1292   /**\r
1293    * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1294    *\r
1295    * @param showSequenceFeatures the value of field\r
1296    * 'showSequenceFeatures'.\r
1297    */\r
1298   public void setShowSequenceFeatures(boolean showSequenceFeatures)\r
1299   {\r
1300     this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
1301     this._has_showSequenceFeatures = true;\r
1302   } //-- void setShowSequenceFeatures(boolean)\r
1303 \r
1304   /**\r
1305    * Sets the value of field 'showText'.\r
1306    *\r
1307    * @param showText the value of field 'showText'.\r
1308    */\r
1309   public void setShowText(boolean showText)\r
1310   {\r
1311     this._showText = showText;\r
1312     this._has_showText = true;\r
1313   } //-- void setShowText(boolean)\r
1314 \r
1315   /**\r
1316    * Sets the value of field 'startRes'.\r
1317    *\r
1318    * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
1319    */\r
1320   public void setStartRes(int startRes)\r
1321   {\r
1322     this._startRes = startRes;\r
1323     this._has_startRes = true;\r
1324   } //-- void setStartRes(int)\r
1325 \r
1326   /**\r
1327    * Sets the value of field 'startSeq'.\r
1328    *\r
1329    * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
1330    */\r
1331   public void setStartSeq(int startSeq)\r
1332   {\r
1333     this._startSeq = startSeq;\r
1334     this._has_startSeq = true;\r
1335   } //-- void setStartSeq(int)\r
1336 \r
1337   /**\r
1338    * Sets the value of field 'title'.\r
1339    *\r
1340    * @param title the value of field 'title'.\r
1341    */\r
1342   public void setTitle(java.lang.String title)\r
1343   {\r
1344     this._title = title;\r
1345   } //-- void setTitle(java.lang.String)\r
1346 \r
1347   /**\r
1348    * Sets the value of field 'width'.\r
1349    *\r
1350    * @param width the value of field 'width'.\r
1351    */\r
1352   public void setWidth(int width)\r
1353   {\r
1354     this._width = width;\r
1355     this._has_width = true;\r
1356   } //-- void setWidth(int)\r
1357 \r
1358   /**\r
1359    * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
1360    *\r
1361    * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
1362    */\r
1363   public void setWrapAlignment(boolean wrapAlignment)\r
1364   {\r
1365     this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
1366     this._has_wrapAlignment = true;\r
1367   } //-- void setWrapAlignment(boolean)\r
1368 \r
1369   /**\r
1370    * Sets the value of field 'xpos'.\r
1371    *\r
1372    * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
1373    */\r
1374   public void setXpos(int xpos)\r
1375   {\r
1376     this._xpos = xpos;\r
1377     this._has_xpos = true;\r
1378   } //-- void setXpos(int)\r
1379 \r
1380   /**\r
1381    * Sets the value of field 'ypos'.\r
1382    *\r
1383    * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
1384    */\r
1385   public void setYpos(int ypos)\r
1386   {\r
1387     this._ypos = ypos;\r
1388     this._has_ypos = true;\r
1389   } //-- void setYpos(int)\r
1390 \r
1391   /**\r
1392    * Method unmarshal\r
1393    *\r
1394    *\r
1395    *\r
1396    * @param reader\r
1397    * @return Object\r
1398    */\r
1399   public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
1400       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
1401       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1402   {\r
1403     return (jalview.binding.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.\r
1404         Viewport.class, reader);\r
1405   } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
1406 \r
1407   /**\r
1408    * Method validate\r
1409    *\r
1410    */\r
1411   public void validate()\r
1412       throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1413   {\r
1414     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.\r
1415         Validator();\r
1416     validator.validate(this);\r
1417   } //-- void validate()\r
1418 \r
1419 }\r