src/jalview/binding/Viewport.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  *******************************************************************************/
  21 /*
  22  * This class was automatically generated with
  23  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  24  * Schema.
  25  * $Id$
  26  */
  27
  28 package jalview.binding;
  29
  30 //---------------------------------/
  31 //- Imported classes and packages -/
  32 //---------------------------------/
  33
  34 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  35 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  36
  37 /**
  38  * Class Viewport.
  39  *
  40  * @version $Revision$ $Date$
  41  */
  42 public class Viewport implements java.io.Serializable
  43 {
  44
  45   // --------------------------/
  46   // - Class/Member Variables -/
  47   // --------------------------/
  48
  49   /**
  50    * Field _conservationSelected.
  51    */
  52   private boolean _conservationSelected;
  53
  54   /**
  55    * keeps track of state for field: _conservationSelected
  56    */
  57   private boolean _has_conservationSelected;
  58
  59   /**
  60    * Field _pidSelected.
  61    */
  62   private boolean _pidSelected;
  63
  64   /**
  65    * keeps track of state for field: _pidSelected
  66    */
  67   private boolean _has_pidSelected;
  68
  69   /**
  70    * Field _bgColour.
  71    */
  72   private java.lang.String _bgColour;
  73
  74   /**
  75    * Field _consThreshold.
  76    */
  77   private int _consThreshold;
  78
  79   /**
  80    * keeps track of state for field: _consThreshold
  81    */
  82   private boolean _has_consThreshold;
  83
  84   /**
  85    * Field _pidThreshold.
  86    */
  87   private int _pidThreshold;
  88
  89   /**
  90    * keeps track of state for field: _pidThreshold
  91    */
  92   private boolean _has_pidThreshold;
  93
  94   /**
  95    * Field _title.
  96    */
  97   private java.lang.String _title;
  98
  99   /**
 100    * Field _showFullId.
 101    */
 102   private boolean _showFullId;
 103
 104   /**
 105    * keeps track of state for field: _showFullId
 106    */
 107   private boolean _has_showFullId;
 108
 109   /**
 110    * Field _showText.
 111    */
 112   private boolean _showText;
 113
 114   /**
 115    * keeps track of state for field: _showText
 116    */
 117   private boolean _has_showText;
 118
 119   /**
 120    * Field _showColourText.
 121    */
 122   private boolean _showColourText;
 123
 124   /**
 125    * keeps track of state for field: _showColourText
 126    */
 127   private boolean _has_showColourText;
 128
 129   /**
 130    * Field _showBoxes.
 131    */
 132   private boolean _showBoxes;
 133
 134   /**
 135    * keeps track of state for field: _showBoxes
 136    */
 137   private boolean _has_showBoxes;
 138
 139   /**
 140    * Field _wrapAlignment.
 141    */
 142   private boolean _wrapAlignment;
 143
 144   /**
 145    * keeps track of state for field: _wrapAlignment
 146    */
 147   private boolean _has_wrapAlignment;
 148
 149   /**
 150    * Field _renderGaps.
 151    */
 152   private boolean _renderGaps;
 153
 154   /**
 155    * keeps track of state for field: _renderGaps
 156    */
 157   private boolean _has_renderGaps;
 158
 159   /**
 160    * Field _showSequenceFeatures.
 161    */
 162   private boolean _showSequenceFeatures;
 163
 164   /**
 165    * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures
 166    */
 167   private boolean _has_showSequenceFeatures;
 168
 169   /**
 170    * Field _showAnnotation.
 171    */
 172   private boolean _showAnnotation;
 173
 174   /**
 175    * keeps track of state for field: _showAnnotation
 176    */
 177   private boolean _has_showAnnotation;
 178
 179   /**
 180    * Field _showConservation.
 181    */
 182   private boolean _showConservation;
 183
 184   /**
 185    * keeps track of state for field: _showConservation
 186    */
 187   private boolean _has_showConservation;
 188
 189   /**
 190    * Field _showQuality.
 191    */
 192   private boolean _showQuality;
 193
 194   /**
 195    * keeps track of state for field: _showQuality
 196    */
 197   private boolean _has_showQuality;
 198
 199   /**
 200    * Field _showIdentity.
 201    */
 202   private boolean _showIdentity;
 203
 204   /**
 205    * keeps track of state for field: _showIdentity
 206    */
 207   private boolean _has_showIdentity;
 208
 209   /**
 210    * Field _xpos.
 211    */
 212   private int _xpos;
 213
 214   /**
 215    * keeps track of state for field: _xpos
 216    */
 217   private boolean _has_xpos;
 218
 219   /**
 220    * Field _ypos.
 221    */
 222   private int _ypos;
 223
 224   /**
 225    * keeps track of state for field: _ypos
 226    */
 227   private boolean _has_ypos;
 228
 229   /**
 230    * Field _width.
 231    */
 232   private int _width;
 233
 234   /**
 235    * keeps track of state for field: _width
 236    */
 237   private boolean _has_width;
 238
 239   /**
 240    * Field _height.
 241    */
 242   private int _height;
 243
 244   /**
 245    * keeps track of state for field: _height
 246    */
 247   private boolean _has_height;
 248
 249   /**
 250    * Field _startRes.
 251    */
 252   private int _startRes;
 253
 254   /**
 255    * keeps track of state for field: _startRes
 256    */
 257   private boolean _has_startRes;
 258
 259   /**
 260    * Field _startSeq.
 261    */
 262   private int _startSeq;
 263
 264   /**
 265    * keeps track of state for field: _startSeq
 266    */
 267   private boolean _has_startSeq;
 268
 269   /**
 270    * Field _fontName.
 271    */
 272   private java.lang.String _fontName;
 273
 274   /**
 275    * Field _fontSize.
 276    */
 277   private int _fontSize;
 278
 279   /**
 280    * keeps track of state for field: _fontSize
 281    */
 282   private boolean _has_fontSize;
 283
 284   /**
 285    * Field _fontStyle.
 286    */
 287   private int _fontStyle;
 288
 289   /**
 290    * keeps track of state for field: _fontStyle
 291    */
 292   private boolean _has_fontStyle;
 293
 294   // ----------------/
 295   // - Constructors -/
 296   // ----------------/
 297
 298   public Viewport()
 299   {
 300     super();
 301   }
 302
 303   // -----------/
 304   // - Methods -/
 305   // -----------/
 306
 307   /**
 308      */
 309   public void deleteConsThreshold()
 310   {
 311     this._has_consThreshold = false;
 312   }
 313
 314   /**
 315      */
 316   public void deleteConservationSelected()
 317   {
 318     this._has_conservationSelected = false;
 319   }
 320
 321   /**
 322      */
 323   public void deleteFontSize()
 324   {
 325     this._has_fontSize = false;
 326   }
 327
 328   /**
 329      */
 330   public void deleteFontStyle()
 331   {
 332     this._has_fontStyle = false;
 333   }
 334
 335   /**
 336      */
 337   public void deleteHeight()
 338   {
 339     this._has_height = false;
 340   }
 341
 342   /**
 343      */
 344   public void deletePidSelected()
 345   {
 346     this._has_pidSelected = false;
 347   }
 348
 349   /**
 350      */
 351   public void deletePidThreshold()
 352   {
 353     this._has_pidThreshold = false;
 354   }
 355
 356   /**
 357      */
 358   public void deleteRenderGaps()
 359   {
 360     this._has_renderGaps = false;
 361   }
 362
 363   /**
 364      */
 365   public void deleteShowAnnotation()
 366   {
 367     this._has_showAnnotation = false;
 368   }
 369
 370   /**
 371      */
 372   public void deleteShowBoxes()
 373   {
 374     this._has_showBoxes = false;
 375   }
 376
 377   /**
 378      */
 379   public void deleteShowColourText()
 380   {
 381     this._has_showColourText = false;
 382   }
 383
 384   /**
 385      */
 386   public void deleteShowConservation()
 387   {
 388     this._has_showConservation = false;
 389   }
 390
 391   /**
 392      */
 393   public void deleteShowFullId()
 394   {
 395     this._has_showFullId = false;
 396   }
 397
 398   /**
 399      */
 400   public void deleteShowIdentity()
 401   {
 402     this._has_showIdentity = false;
 403   }
 404
 405   /**
 406      */
 407   public void deleteShowQuality()
 408   {
 409     this._has_showQuality = false;
 410   }
 411
 412   /**
 413      */
 414   public void deleteShowSequenceFeatures()
 415   {
 416     this._has_showSequenceFeatures = false;
 417   }
 418
 419   /**
 420      */
 421   public void deleteShowText()
 422   {
 423     this._has_showText = false;
 424   }
 425
 426   /**
 427      */
 428   public void deleteStartRes()
 429   {
 430     this._has_startRes = false;
 431   }
 432
 433   /**
 434      */
 435   public void deleteStartSeq()
 436   {
 437     this._has_startSeq = false;
 438   }
 439
 440   /**
 441      */
 442   public void deleteWidth()
 443   {
 444     this._has_width = false;
 445   }
 446
 447   /**
 448      */
 449   public void deleteWrapAlignment()
 450   {
 451     this._has_wrapAlignment = false;
 452   }
 453
 454   /**
 455      */
 456   public void deleteXpos()
 457   {
 458     this._has_xpos = false;
 459   }
 460
 461   /**
 462      */
 463   public void deleteYpos()
 464   {
 465     this._has_ypos = false;
 466   }
 467
 468   /**
 469    * Returns the value of field 'bgColour'.
 470    *
 471    * @return the value of field 'BgColour'.
 472    */
 473   public java.lang.String getBgColour()
 474   {
 475     return this._bgColour;
 476   }
 477
 478   /**
 479    * Returns the value of field 'consThreshold'.
 480    *
 481    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 482    */
 483   public int getConsThreshold()
 484   {
 485     return this._consThreshold;
 486   }
 487
 488   /**
 489    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
 490    *
 491    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
 492    */
 493   public boolean getConservationSelected()
 494   {
 495     return this._conservationSelected;
 496   }
 497
 498   /**
 499    * Returns the value of field 'fontName'.
 500    *
 501    * @return the value of field 'FontName'.
 502    */
 503   public java.lang.String getFontName()
 504   {
 505     return this._fontName;
 506   }
 507
 508   /**
 509    * Returns the value of field 'fontSize'.
 510    *
 511    * @return the value of field 'FontSize'.
 512    */
 513   public int getFontSize()
 514   {
 515     return this._fontSize;
 516   }
 517
 518   /**
 519    * Returns the value of field 'fontStyle'.
 520    *
 521    * @return the value of field 'FontStyle'.
 522    */
 523   public int getFontStyle()
 524   {
 525     return this._fontStyle;
 526   }
 527
 528   /**
 529    * Returns the value of field 'height'.
 530    *
 531    * @return the value of field 'Height'.
 532    */
 533   public int getHeight()
 534   {
 535     return this._height;
 536   }
 537
 538   /**
 539    * Returns the value of field 'pidSelected'.
 540    *
 541    * @return the value of field 'PidSelected'.
 542    */
 543   public boolean getPidSelected()
 544   {
 545     return this._pidSelected;
 546   }
 547
 548   /**
 549    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
 550    *
 551    * @return the value of field 'PidThreshold'.
 552    */
 553   public int getPidThreshold()
 554   {
 555     return this._pidThreshold;
 556   }
 557
 558   /**
 559    * Returns the value of field 'renderGaps'.
 560    *
 561    * @return the value of field 'RenderGaps'.
 562    */
 563   public boolean getRenderGaps()
 564   {
 565     return this._renderGaps;
 566   }
 567
 568   /**
 569    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
 570    *
 571    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
 572    */
 573   public boolean getShowAnnotation()
 574   {
 575     return this._showAnnotation;
 576   }
 577
 578   /**
 579    * Returns the value of field 'showBoxes'.
 580    *
 581    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
 582    */
 583   public boolean getShowBoxes()
 584   {
 585     return this._showBoxes;
 586   }
 587
 588   /**
 589    * Returns the value of field 'showColourText'.
 590    *
 591    * @return the value of field 'ShowColourText'.
 592    */
 593   public boolean getShowColourText()
 594   {
 595     return this._showColourText;
 596   }
 597
 598   /**
 599    * Returns the value of field 'showConservation'.
 600    *
 601    * @return the value of field 'ShowConservation'.
 602    */
 603   public boolean getShowConservation()
 604   {
 605     return this._showConservation;
 606   }
 607
 608   /**
 609    * Returns the value of field 'showFullId'.
 610    *
 611    * @return the value of field 'ShowFullId'.
 612    */
 613   public boolean getShowFullId()
 614   {
 615     return this._showFullId;
 616   }
 617
 618   /**
 619    * Returns the value of field 'showIdentity'.
 620    *
 621    * @return the value of field 'ShowIdentity'.
 622    */
 623   public boolean getShowIdentity()
 624   {
 625     return this._showIdentity;
 626   }
 627
 628   /**
 629    * Returns the value of field 'showQuality'.
 630    *
 631    * @return the value of field 'ShowQuality'.
 632    */
 633   public boolean getShowQuality()
 634   {
 635     return this._showQuality;
 636   }
 637
 638   /**
 639    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
 640    *
 641    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
 642    */
 643   public boolean getShowSequenceFeatures()
 644   {
 645     return this._showSequenceFeatures;
 646   }
 647
 648   /**
 649    * Returns the value of field 'showText'.
 650    *
 651    * @return the value of field 'ShowText'.
 652    */
 653   public boolean getShowText()
 654   {
 655     return this._showText;
 656   }
 657
 658   /**
 659    * Returns the value of field 'startRes'.
 660    *
 661    * @return the value of field 'StartRes'.
 662    */
 663   public int getStartRes()
 664   {
 665     return this._startRes;
 666   }
 667
 668   /**
 669    * Returns the value of field 'startSeq'.
 670    *
 671    * @return the value of field 'StartSeq'.
 672    */
 673   public int getStartSeq()
 674   {
 675     return this._startSeq;
 676   }
 677
 678   /**
 679    * Returns the value of field 'title'.
 680    *
 681    * @return the value of field 'Title'.
 682    */
 683   public java.lang.String getTitle()
 684   {
 685     return this._title;
 686   }
 687
 688   /**
 689    * Returns the value of field 'width'.
 690    *
 691    * @return the value of field 'Width'.
 692    */
 693   public int getWidth()
 694   {
 695     return this._width;
 696   }
 697
 698   /**
 699    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
 700    *
 701    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
 702    */
 703   public boolean getWrapAlignment()
 704   {
 705     return this._wrapAlignment;
 706   }
 707
 708   /**
 709    * Returns the value of field 'xpos'.
 710    *
 711    * @return the value of field 'Xpos'.
 712    */
 713   public int getXpos()
 714   {
 715     return this._xpos;
 716   }
 717
 718   /**
 719    * Returns the value of field 'ypos'.
 720    *
 721    * @return the value of field 'Ypos'.
 722    */
 723   public int getYpos()
 724   {
 725     return this._ypos;
 726   }
 727
 728   /**
 729    * Method hasConsThreshold.
 730    *
 731    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
 732    */
 733   public boolean hasConsThreshold()
 734   {
 735     return this._has_consThreshold;
 736   }
 737
 738   /**
 739    * Method hasConservationSelected.
 740    *
 741    * @return true if at least one ConservationSelected has been added
 742    */
 743   public boolean hasConservationSelected()
 744   {
 745     return this._has_conservationSelected;
 746   }
 747
 748   /**
 749    * Method hasFontSize.
 750    *
 751    * @return true if at least one FontSize has been added
 752    */
 753   public boolean hasFontSize()
 754   {
 755     return this._has_fontSize;
 756   }
 757
 758   /**
 759    * Method hasFontStyle.
 760    *
 761    * @return true if at least one FontStyle has been added
 762    */
 763   public boolean hasFontStyle()
 764   {
 765     return this._has_fontStyle;
 766   }
 767
 768   /**
 769    * Method hasHeight.
 770    *
 771    * @return true if at least one Height has been added
 772    */
 773   public boolean hasHeight()
 774   {
 775     return this._has_height;
 776   }
 777
 778   /**
 779    * Method hasPidSelected.
 780    *
 781    * @return true if at least one PidSelected has been added
 782    */
 783   public boolean hasPidSelected()
 784   {
 785     return this._has_pidSelected;
 786   }
 787
 788   /**
 789    * Method hasPidThreshold.
 790    *
 791    * @return true if at least one PidThreshold has been added
 792    */
 793   public boolean hasPidThreshold()
 794   {
 795     return this._has_pidThreshold;
 796   }
 797
 798   /**
 799    * Method hasRenderGaps.
 800    *
 801    * @return true if at least one RenderGaps has been added
 802    */
 803   public boolean hasRenderGaps()
 804   {
 805     return this._has_renderGaps;
 806   }
 807
 808   /**
 809    * Method hasShowAnnotation.
 810    *
 811    * @return true if at least one ShowAnnotation has been added
 812    */
 813   public boolean hasShowAnnotation()
 814   {
 815     return this._has_showAnnotation;
 816   }
 817
 818   /**
 819    * Method hasShowBoxes.
 820    *
 821    * @return true if at least one ShowBoxes has been added
 822    */
 823   public boolean hasShowBoxes()
 824   {
 825     return this._has_showBoxes;
 826   }
 827
 828   /**
 829    * Method hasShowColourText.
 830    *
 831    * @return true if at least one ShowColourText has been added
 832    */
 833   public boolean hasShowColourText()
 834   {
 835     return this._has_showColourText;
 836   }
 837
 838   /**
 839    * Method hasShowConservation.
 840    *
 841    * @return true if at least one ShowConservation has been added
 842    */
 843   public boolean hasShowConservation()
 844   {
 845     return this._has_showConservation;
 846   }
 847
 848   /**
 849    * Method hasShowFullId.
 850    *
 851    * @return true if at least one ShowFullId has been added
 852    */
 853   public boolean hasShowFullId()
 854   {
 855     return this._has_showFullId;
 856   }
 857
 858   /**
 859    * Method hasShowIdentity.
 860    *
 861    * @return true if at least one ShowIdentity has been added
 862    */
 863   public boolean hasShowIdentity()
 864   {
 865     return this._has_showIdentity;
 866   }
 867
 868   /**
 869    * Method hasShowQuality.
 870    *
 871    * @return true if at least one ShowQuality has been added
 872    */
 873   public boolean hasShowQuality()
 874   {
 875     return this._has_showQuality;
 876   }
 877
 878   /**
 879    * Method hasShowSequenceFeatures.
 880    *
 881    * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been added
 882    */
 883   public boolean hasShowSequenceFeatures()
 884   {
 885     return this._has_showSequenceFeatures;
 886   }
 887
 888   /**
 889    * Method hasShowText.
 890    *
 891    * @return true if at least one ShowText has been added
 892    */
 893   public boolean hasShowText()
 894   {
 895     return this._has_showText;
 896   }
 897
 898   /**
 899    * Method hasStartRes.
 900    *
 901    * @return true if at least one StartRes has been added
 902    */
 903   public boolean hasStartRes()
 904   {
 905     return this._has_startRes;
 906   }
 907
 908   /**
 909    * Method hasStartSeq.
 910    *
 911    * @return true if at least one StartSeq has been added
 912    */
 913   public boolean hasStartSeq()
 914   {
 915     return this._has_startSeq;
 916   }
 917
 918   /**
 919    * Method hasWidth.
 920    *
 921    * @return true if at least one Width has been added
 922    */
 923   public boolean hasWidth()
 924   {
 925     return this._has_width;
 926   }
 927
 928   /**
 929    * Method hasWrapAlignment.
 930    *
 931    * @return true if at least one WrapAlignment has been added
 932    */
 933   public boolean hasWrapAlignment()
 934   {
 935     return this._has_wrapAlignment;
 936   }
 937
 938   /**
 939    * Method hasXpos.
 940    *
 941    * @return true if at least one Xpos has been added
 942    */
 943   public boolean hasXpos()
 944   {
 945     return this._has_xpos;
 946   }
 947
 948   /**
 949    * Method hasYpos.
 950    *
 951    * @return true if at least one Ypos has been added
 952    */
 953   public boolean hasYpos()
 954   {
 955     return this._has_ypos;
 956   }
 957
 958   /**
 959    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
 960    *
 961    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
 962    */
 963   public boolean isConservationSelected()
 964   {
 965     return this._conservationSelected;
 966   }
 967
 968   /**
 969    * Returns the value of field 'pidSelected'.
 970    *
 971    * @return the value of field 'PidSelected'.
 972    */
 973   public boolean isPidSelected()
 974   {
 975     return this._pidSelected;
 976   }
 977
 978   /**
 979    * Returns the value of field 'renderGaps'.
 980    *
 981    * @return the value of field 'RenderGaps'.
 982    */
 983   public boolean isRenderGaps()
 984   {
 985     return this._renderGaps;
 986   }
 987
 988   /**
 989    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
 990    *
 991    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
 992    */
 993   public boolean isShowAnnotation()
 994   {
 995     return this._showAnnotation;
 996   }
 997
 998   /**
 999    * Returns the value of field 'showBoxes'.
1000    *
1001    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
1002    */
1003   public boolean isShowBoxes()
1004   {
1005     return this._showBoxes;
1006   }
1007
1008   /**
1009    * Returns the value of field 'showColourText'.
1010    *
1011    * @return the value of field 'ShowColourText'.
1012    */
1013   public boolean isShowColourText()
1014   {
1015     return this._showColourText;
1016   }
1017
1018   /**
1019    * Returns the value of field 'showConservation'.
1020    *
1021    * @return the value of field 'ShowConservation'.
1022    */
1023   public boolean isShowConservation()
1024   {
1025     return this._showConservation;
1026   }
1027
1028   /**
1029    * Returns the value of field 'showFullId'.
1030    *
1031    * @return the value of field 'ShowFullId'.
1032    */
1033   public boolean isShowFullId()
1034   {
1035     return this._showFullId;
1036   }
1037
1038   /**
1039    * Returns the value of field 'showIdentity'.
1040    *
1041    * @return the value of field 'ShowIdentity'.
1042    */
1043   public boolean isShowIdentity()
1044   {
1045     return this._showIdentity;
1046   }
1047
1048   /**
1049    * Returns the value of field 'showQuality'.
1050    *
1051    * @return the value of field 'ShowQuality'.
1052    */
1053   public boolean isShowQuality()
1054   {
1055     return this._showQuality;
1056   }
1057
1058   /**
1059    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1060    *
1061    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1062    */
1063   public boolean isShowSequenceFeatures()
1064   {
1065     return this._showSequenceFeatures;
1066   }
1067
1068   /**
1069    * Returns the value of field 'showText'.
1070    *
1071    * @return the value of field 'ShowText'.
1072    */
1073   public boolean isShowText()
1074   {
1075     return this._showText;
1076   }
1077
1078   /**
1079    * Method isValid.
1080    *
1081    * @return true if this object is valid according to the schema
1082    */
1083   public boolean isValid()
1084   {
1085     try
1086     {
1087       validate();
1088     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
1089     {
1090       return false;
1091     }
1092     return true;
1093   }
1094
1095   /**
1096    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1097    *
1098    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1099    */
1100   public boolean isWrapAlignment()
1101   {
1102     return this._wrapAlignment;
1103   }
1104
1105   /**
1106    *
1107    *
1108    * @param out
1109    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1110    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1111    *           marshaling
1112    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1113    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1114    */
1115   public void marshal(final java.io.Writer out)
1116           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1117           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1118   {
1119     Marshaller.marshal(this, out);
1120   }
1121
1122   /**
1123    *
1124    *
1125    * @param handler
1126    * @throws java.io.IOException
1127    *           if an IOException occurs during marshaling
1128    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1129    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1130    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1131    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1132    *           marshaling
1133    */
1134   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
1135           throws java.io.IOException,
1136           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1137           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1138   {
1139     Marshaller.marshal(this, handler);
1140   }
1141
1142   /**
1143    * Sets the value of field 'bgColour'.
1144    *
1145    * @param bgColour
1146    *          the value of field 'bgColour'.
1147    */
1148   public void setBgColour(final java.lang.String bgColour)
1149   {
1150     this._bgColour = bgColour;
1151   }
1152
1153   /**
1154    * Sets the value of field 'consThreshold'.
1155    *
1156    * @param consThreshold
1157    *          the value of field 'consThreshold'.
1158    */
1159   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
1160   {
1161     this._consThreshold = consThreshold;
1162     this._has_consThreshold = true;
1163   }
1164
1165   /**
1166    * Sets the value of field 'conservationSelected'.
1167    *
1168    * @param conservationSelected
1169    *          the value of field 'conservationSelected'.
1170    */
1171   public void setConservationSelected(final boolean conservationSelected)
1172   {
1173     this._conservationSelected = conservationSelected;
1174     this._has_conservationSelected = true;
1175   }
1176
1177   /**
1178    * Sets the value of field 'fontName'.
1179    *
1180    * @param fontName
1181    *          the value of field 'fontName'.
1182    */
1183   public void setFontName(final java.lang.String fontName)
1184   {
1185     this._fontName = fontName;
1186   }
1187
1188   /**
1189    * Sets the value of field 'fontSize'.
1190    *
1191    * @param fontSize
1192    *          the value of field 'fontSize'.
1193    */
1194   public void setFontSize(final int fontSize)
1195   {
1196     this._fontSize = fontSize;
1197     this._has_fontSize = true;
1198   }
1199
1200   /**
1201    * Sets the value of field 'fontStyle'.
1202    *
1203    * @param fontStyle
1204    *          the value of field 'fontStyle'.
1205    */
1206   public void setFontStyle(final int fontStyle)
1207   {
1208     this._fontStyle = fontStyle;
1209     this._has_fontStyle = true;
1210   }
1211
1212   /**
1213    * Sets the value of field 'height'.
1214    *
1215    * @param height
1216    *          the value of field 'height'.
1217    */
1218   public void setHeight(final int height)
1219   {
1220     this._height = height;
1221     this._has_height = true;
1222   }
1223
1224   /**
1225    * Sets the value of field 'pidSelected'.
1226    *
1227    * @param pidSelected
1228    *          the value of field 'pidSelected'.
1229    */
1230   public void setPidSelected(final boolean pidSelected)
1231   {
1232     this._pidSelected = pidSelected;
1233     this._has_pidSelected = true;
1234   }
1235
1236   /**
1237    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
1238    *
1239    * @param pidThreshold
1240    *          the value of field 'pidThreshold'.
1241    */
1242   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
1243   {
1244     this._pidThreshold = pidThreshold;
1245     this._has_pidThreshold = true;
1246   }
1247
1248   /**
1249    * Sets the value of field 'renderGaps'.
1250    *
1251    * @param renderGaps
1252    *          the value of field 'renderGaps'.
1253    */
1254   public void setRenderGaps(final boolean renderGaps)
1255   {
1256     this._renderGaps = renderGaps;
1257     this._has_renderGaps = true;
1258   }
1259
1260   /**
1261    * Sets the value of field 'showAnnotation'.
1262    *
1263    * @param showAnnotation
1264    *          the value of field 'showAnnotation'.
1265    */
1266   public void setShowAnnotation(final boolean showAnnotation)
1267   {
1268     this._showAnnotation = showAnnotation;
1269     this._has_showAnnotation = true;
1270   }
1271
1272   /**
1273    * Sets the value of field 'showBoxes'.
1274    *
1275    * @param showBoxes
1276    *          the value of field 'showBoxes'.
1277    */
1278   public void setShowBoxes(final boolean showBoxes)
1279   {
1280     this._showBoxes = showBoxes;
1281     this._has_showBoxes = true;
1282   }
1283
1284   /**
1285    * Sets the value of field 'showColourText'.
1286    *
1287    * @param showColourText
1288    *          the value of field 'showColourText'.
1289    */
1290   public void setShowColourText(final boolean showColourText)
1291   {
1292     this._showColourText = showColourText;
1293     this._has_showColourText = true;
1294   }
1295
1296   /**
1297    * Sets the value of field 'showConservation'.
1298    *
1299    * @param showConservation
1300    *          the value of field 'showConservation'
1301    */
1302   public void setShowConservation(final boolean showConservation)
1303   {
1304     this._showConservation = showConservation;
1305     this._has_showConservation = true;
1306   }
1307
1308   /**
1309    * Sets the value of field 'showFullId'.
1310    *
1311    * @param showFullId
1312    *          the value of field 'showFullId'.
1313    */
1314   public void setShowFullId(final boolean showFullId)
1315   {
1316     this._showFullId = showFullId;
1317     this._has_showFullId = true;
1318   }
1319
1320   /**
1321    * Sets the value of field 'showIdentity'.
1322    *
1323    * @param showIdentity
1324    *          the value of field 'showIdentity'.
1325    */
1326   public void setShowIdentity(final boolean showIdentity)
1327   {
1328     this._showIdentity = showIdentity;
1329     this._has_showIdentity = true;
1330   }
1331
1332   /**
1333    * Sets the value of field 'showQuality'.
1334    *
1335    * @param showQuality
1336    *          the value of field 'showQuality'.
1337    */
1338   public void setShowQuality(final boolean showQuality)
1339   {
1340     this._showQuality = showQuality;
1341     this._has_showQuality = true;
1342   }
1343
1344   /**
1345    * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.
1346    *
1347    * @param showSequenceFeatures
1348    *          the value of field 'showSequenceFeatures'.
1349    */
1350   public void setShowSequenceFeatures(final boolean showSequenceFeatures)
1351   {
1352     this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;
1353     this._has_showSequenceFeatures = true;
1354   }
1355
1356   /**
1357    * Sets the value of field 'showText'.
1358    *
1359    * @param showText
1360    *          the value of field 'showText'.
1361    */
1362   public void setShowText(final boolean showText)
1363   {
1364     this._showText = showText;
1365     this._has_showText = true;
1366   }
1367
1368   /**
1369    * Sets the value of field 'startRes'.
1370    *
1371    * @param startRes
1372    *          the value of field 'startRes'.
1373    */
1374   public void setStartRes(final int startRes)
1375   {
1376     this._startRes = startRes;
1377     this._has_startRes = true;
1378   }
1379
1380   /**
1381    * Sets the value of field 'startSeq'.
1382    *
1383    * @param startSeq
1384    *          the value of field 'startSeq'.
1385    */
1386   public void setStartSeq(final int startSeq)
1387   {
1388     this._startSeq = startSeq;
1389     this._has_startSeq = true;
1390   }
1391
1392   /**
1393    * Sets the value of field 'title'.
1394    *
1395    * @param title
1396    *          the value of field 'title'.
1397    */
1398   public void setTitle(final java.lang.String title)
1399   {
1400     this._title = title;
1401   }
1402
1403   /**
1404    * Sets the value of field 'width'.
1405    *
1406    * @param width
1407    *          the value of field 'width'.
1408    */
1409   public void setWidth(final int width)
1410   {
1411     this._width = width;
1412     this._has_width = true;
1413   }
1414
1415   /**
1416    * Sets the value of field 'wrapAlignment'.
1417    *
1418    * @param wrapAlignment
1419    *          the value of field 'wrapAlignment'.
1420    */
1421   public void setWrapAlignment(final boolean wrapAlignment)
1422   {
1423     this._wrapAlignment = wrapAlignment;
1424     this._has_wrapAlignment = true;
1425   }
1426
1427   /**
1428    * Sets the value of field 'xpos'.
1429    *
1430    * @param xpos
1431    *          the value of field 'xpos'.
1432    */
1433   public void setXpos(final int xpos)
1434   {
1435     this._xpos = xpos;
1436     this._has_xpos = true;
1437   }
1438
1439   /**
1440    * Sets the value of field 'ypos'.
1441    *
1442    * @param ypos
1443    *          the value of field 'ypos'.
1444    */
1445   public void setYpos(final int ypos)
1446   {
1447     this._ypos = ypos;
1448     this._has_ypos = true;
1449   }
1450
1451   /**
1452    * Method unmarshal.
1453    *
1454    * @param reader
1455    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1456    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1457    *           marshaling
1458    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1459    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1460    * @return the unmarshaled jalview.binding.Viewport
1461    */
1462   public static jalview.binding.Viewport unmarshal(
1463           final java.io.Reader reader)
1464           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1465           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1466   {
1467     return (jalview.binding.Viewport) Unmarshaller
1468             .unmarshal(jalview.binding.Viewport.class, reader);
1469   }
1470
1471   /**
1472    *
1473    *
1474    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1475    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1476    */
1477   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1478   {
1479     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1480     validator.validate(this);
1481   }
1482
1483 }