Merge branch 'JAL-1378_jb2.1cli' into RNAalifold
[jalview.git] / src / jalview / binding / Viewport.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  *  
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 package jalview.binding;
19
20 //---------------------------------/
21 //- Imported classes and packages -/
22 //---------------------------------/
23
24 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
25 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
26
27 /**
28  * Class Viewport.
29  * 
30  * @version $Revision$ $Date$
31  */
32 public class Viewport implements java.io.Serializable
33 {
34
35   // --------------------------/
36   // - Class/Member Variables -/
37   // --------------------------/
38
39   /**
40    * Field _conservationSelected.
41    */
42   private boolean _conservationSelected;
43
44   /**
45    * keeps track of state for field: _conservationSelected
46    */
47   private boolean _has_conservationSelected;
48
49   /**
50    * Field _pidSelected.
51    */
52   private boolean _pidSelected;
53
54   /**
55    * keeps track of state for field: _pidSelected
56    */
57   private boolean _has_pidSelected;
58
59   /**
60    * Field _bgColour.
61    */
62   private java.lang.String _bgColour;
63
64   /**
65    * Field _consThreshold.
66    */
67   private int _consThreshold;
68
69   /**
70    * keeps track of state for field: _consThreshold
71    */
72   private boolean _has_consThreshold;
73
74   /**
75    * Field _pidThreshold.
76    */
77   private int _pidThreshold;
78
79   /**
80    * keeps track of state for field: _pidThreshold
81    */
82   private boolean _has_pidThreshold;
83
84   /**
85    * Field _title.
86    */
87   private java.lang.String _title;
88
89   /**
90    * Field _showFullId.
91    */
92   private boolean _showFullId;
93
94   /**
95    * keeps track of state for field: _showFullId
96    */
97   private boolean _has_showFullId;
98
99   /**
100    * Field _showText.
101    */
102   private boolean _showText;
103
104   /**
105    * keeps track of state for field: _showText
106    */
107   private boolean _has_showText;
108
109   /**
110    * Field _showColourText.
111    */
112   private boolean _showColourText;
113
114   /**
115    * keeps track of state for field: _showColourText
116    */
117   private boolean _has_showColourText;
118
119   /**
120    * Field _showBoxes.
121    */
122   private boolean _showBoxes;
123
124   /**
125    * keeps track of state for field: _showBoxes
126    */
127   private boolean _has_showBoxes;
128
129   /**
130    * Field _wrapAlignment.
131    */
132   private boolean _wrapAlignment;
133
134   /**
135    * keeps track of state for field: _wrapAlignment
136    */
137   private boolean _has_wrapAlignment;
138
139   /**
140    * Field _renderGaps.
141    */
142   private boolean _renderGaps;
143
144   /**
145    * keeps track of state for field: _renderGaps
146    */
147   private boolean _has_renderGaps;
148
149   /**
150    * Field _showSequenceFeatures.
151    */
152   private boolean _showSequenceFeatures;
153
154   /**
155    * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures
156    */
157   private boolean _has_showSequenceFeatures;
158
159   /**
160    * Field _showAnnotation.
161    */
162   private boolean _showAnnotation;
163
164   /**
165    * keeps track of state for field: _showAnnotation
166    */
167   private boolean _has_showAnnotation;
168
169   /**
170    * Field _showConservation.
171    */
172   private boolean _showConservation;
173
174   /**
175    * keeps track of state for field: _showConservation
176    */
177   private boolean _has_showConservation;
178
179   /**
180    * Field _showQuality.
181    */
182   private boolean _showQuality;
183
184   /**
185    * keeps track of state for field: _showQuality
186    */
187   private boolean _has_showQuality;
188
189   /**
190    * Field _showIdentity.
191    */
192   private boolean _showIdentity;
193
194   /**
195    * keeps track of state for field: _showIdentity
196    */
197   private boolean _has_showIdentity;
198
199   /**
200    * Field _xpos.
201    */
202   private int _xpos;
203
204   /**
205    * keeps track of state for field: _xpos
206    */
207   private boolean _has_xpos;
208
209   /**
210    * Field _ypos.
211    */
212   private int _ypos;
213
214   /**
215    * keeps track of state for field: _ypos
216    */
217   private boolean _has_ypos;
218
219   /**
220    * Field _width.
221    */
222   private int _width;
223
224   /**
225    * keeps track of state for field: _width
226    */
227   private boolean _has_width;
228
229   /**
230    * Field _height.
231    */
232   private int _height;
233
234   /**
235    * keeps track of state for field: _height
236    */
237   private boolean _has_height;
238
239   /**
240    * Field _startRes.
241    */
242   private int _startRes;
243
244   /**
245    * keeps track of state for field: _startRes
246    */
247   private boolean _has_startRes;
248
249   /**
250    * Field _startSeq.
251    */
252   private int _startSeq;
253
254   /**
255    * keeps track of state for field: _startSeq
256    */
257   private boolean _has_startSeq;
258
259   /**
260    * Field _fontName.
261    */
262   private java.lang.String _fontName;
263
264   /**
265    * Field _fontSize.
266    */
267   private int _fontSize;
268
269   /**
270    * keeps track of state for field: _fontSize
271    */
272   private boolean _has_fontSize;
273
274   /**
275    * Field _fontStyle.
276    */
277   private int _fontStyle;
278
279   /**
280    * keeps track of state for field: _fontStyle
281    */
282   private boolean _has_fontStyle;
283
284   // ----------------/
285   // - Constructors -/
286   // ----------------/
287
288   public Viewport()
289   {
290     super();
291   }
292
293   // -----------/
294   // - Methods -/
295   // -----------/
296
297   /**
298      */
299   public void deleteConsThreshold()
300   {
301     this._has_consThreshold = false;
302   }
303
304   /**
305      */
306   public void deleteConservationSelected()
307   {
308     this._has_conservationSelected = false;
309   }
310
311   /**
312      */
313   public void deleteFontSize()
314   {
315     this._has_fontSize = false;
316   }
317
318   /**
319      */
320   public void deleteFontStyle()
321   {
322     this._has_fontStyle = false;
323   }
324
325   /**
326      */
327   public void deleteHeight()
328   {
329     this._has_height = false;
330   }
331
332   /**
333      */
334   public void deletePidSelected()
335   {
336     this._has_pidSelected = false;
337   }
338
339   /**
340      */
341   public void deletePidThreshold()
342   {
343     this._has_pidThreshold = false;
344   }
345
346   /**
347      */
348   public void deleteRenderGaps()
349   {
350     this._has_renderGaps = false;
351   }
352
353   /**
354      */
355   public void deleteShowAnnotation()
356   {
357     this._has_showAnnotation = false;
358   }
359
360   /**
361      */
362   public void deleteShowBoxes()
363   {
364     this._has_showBoxes = false;
365   }
366
367   /**
368      */
369   public void deleteShowColourText()
370   {
371     this._has_showColourText = false;
372   }
373
374   /**
375      */
376   public void deleteShowConservation()
377   {
378     this._has_showConservation = false;
379   }
380
381   /**
382      */
383   public void deleteShowFullId()
384   {
385     this._has_showFullId = false;
386   }
387
388   /**
389      */
390   public void deleteShowIdentity()
391   {
392     this._has_showIdentity = false;
393   }
394
395   /**
396      */
397   public void deleteShowQuality()
398   {
399     this._has_showQuality = false;
400   }
401
402   /**
403      */
404   public void deleteShowSequenceFeatures()
405   {
406     this._has_showSequenceFeatures = false;
407   }
408
409   /**
410      */
411   public void deleteShowText()
412   {
413     this._has_showText = false;
414   }
415
416   /**
417      */
418   public void deleteStartRes()
419   {
420     this._has_startRes = false;
421   }
422
423   /**
424      */
425   public void deleteStartSeq()
426   {
427     this._has_startSeq = false;
428   }
429
430   /**
431      */
432   public void deleteWidth()
433   {
434     this._has_width = false;
435   }
436
437   /**
438      */
439   public void deleteWrapAlignment()
440   {
441     this._has_wrapAlignment = false;
442   }
443
444   /**
445      */
446   public void deleteXpos()
447   {
448     this._has_xpos = false;
449   }
450
451   /**
452      */
453   public void deleteYpos()
454   {
455     this._has_ypos = false;
456   }
457
458   /**
459    * Returns the value of field 'bgColour'.
460    * 
461    * @return the value of field 'BgColour'.
462    */
463   public java.lang.String getBgColour()
464   {
465     return this._bgColour;
466   }
467
468   /**
469    * Returns the value of field 'consThreshold'.
470    * 
471    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
472    */
473   public int getConsThreshold()
474   {
475     return this._consThreshold;
476   }
477
478   /**
479    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
480    * 
481    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
482    */
483   public boolean getConservationSelected()
484   {
485     return this._conservationSelected;
486   }
487
488   /**
489    * Returns the value of field 'fontName'.
490    * 
491    * @return the value of field 'FontName'.
492    */
493   public java.lang.String getFontName()
494   {
495     return this._fontName;
496   }
497
498   /**
499    * Returns the value of field 'fontSize'.
500    * 
501    * @return the value of field 'FontSize'.
502    */
503   public int getFontSize()
504   {
505     return this._fontSize;
506   }
507
508   /**
509    * Returns the value of field 'fontStyle'.
510    * 
511    * @return the value of field 'FontStyle'.
512    */
513   public int getFontStyle()
514   {
515     return this._fontStyle;
516   }
517
518   /**
519    * Returns the value of field 'height'.
520    * 
521    * @return the value of field 'Height'.
522    */
523   public int getHeight()
524   {
525     return this._height;
526   }
527
528   /**
529    * Returns the value of field 'pidSelected'.
530    * 
531    * @return the value of field 'PidSelected'.
532    */
533   public boolean getPidSelected()
534   {
535     return this._pidSelected;
536   }
537
538   /**
539    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
540    * 
541    * @return the value of field 'PidThreshold'.
542    */
543   public int getPidThreshold()
544   {
545     return this._pidThreshold;
546   }
547
548   /**
549    * Returns the value of field 'renderGaps'.
550    * 
551    * @return the value of field 'RenderGaps'.
552    */
553   public boolean getRenderGaps()
554   {
555     return this._renderGaps;
556   }
557
558   /**
559    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
560    * 
561    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
562    */
563   public boolean getShowAnnotation()
564   {
565     return this._showAnnotation;
566   }
567
568   /**
569    * Returns the value of field 'showBoxes'.
570    * 
571    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
572    */
573   public boolean getShowBoxes()
574   {
575     return this._showBoxes;
576   }
577
578   /**
579    * Returns the value of field 'showColourText'.
580    * 
581    * @return the value of field 'ShowColourText'.
582    */
583   public boolean getShowColourText()
584   {
585     return this._showColourText;
586   }
587
588   /**
589    * Returns the value of field 'showConservation'.
590    * 
591    * @return the value of field 'ShowConservation'.
592    */
593   public boolean getShowConservation()
594   {
595     return this._showConservation;
596   }
597
598   /**
599    * Returns the value of field 'showFullId'.
600    * 
601    * @return the value of field 'ShowFullId'.
602    */
603   public boolean getShowFullId()
604   {
605     return this._showFullId;
606   }
607
608   /**
609    * Returns the value of field 'showIdentity'.
610    * 
611    * @return the value of field 'ShowIdentity'.
612    */
613   public boolean getShowIdentity()
614   {
615     return this._showIdentity;
616   }
617
618   /**
619    * Returns the value of field 'showQuality'.
620    * 
621    * @return the value of field 'ShowQuality'.
622    */
623   public boolean getShowQuality()
624   {
625     return this._showQuality;
626   }
627
628   /**
629    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
630    * 
631    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
632    */
633   public boolean getShowSequenceFeatures()
634   {
635     return this._showSequenceFeatures;
636   }
637
638   /**
639    * Returns the value of field 'showText'.
640    * 
641    * @return the value of field 'ShowText'.
642    */
643   public boolean getShowText()
644   {
645     return this._showText;
646   }
647
648   /**
649    * Returns the value of field 'startRes'.
650    * 
651    * @return the value of field 'StartRes'.
652    */
653   public int getStartRes()
654   {
655     return this._startRes;
656   }
657
658   /**
659    * Returns the value of field 'startSeq'.
660    * 
661    * @return the value of field 'StartSeq'.
662    */
663   public int getStartSeq()
664   {
665     return this._startSeq;
666   }
667
668   /**
669    * Returns the value of field 'title'.
670    * 
671    * @return the value of field 'Title'.
672    */
673   public java.lang.String getTitle()
674   {
675     return this._title;
676   }
677
678   /**
679    * Returns the value of field 'width'.
680    * 
681    * @return the value of field 'Width'.
682    */
683   public int getWidth()
684   {
685     return this._width;
686   }
687
688   /**
689    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
690    * 
691    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
692    */
693   public boolean getWrapAlignment()
694   {
695     return this._wrapAlignment;
696   }
697
698   /**
699    * Returns the value of field 'xpos'.
700    * 
701    * @return the value of field 'Xpos'.
702    */
703   public int getXpos()
704   {
705     return this._xpos;
706   }
707
708   /**
709    * Returns the value of field 'ypos'.
710    * 
711    * @return the value of field 'Ypos'.
712    */
713   public int getYpos()
714   {
715     return this._ypos;
716   }
717
718   /**
719    * Method hasConsThreshold.
720    * 
721    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
722    */
723   public boolean hasConsThreshold()
724   {
725     return this._has_consThreshold;
726   }
727
728   /**
729    * Method hasConservationSelected.
730    * 
731    * @return true if at least one ConservationSelected has been added
732    */
733   public boolean hasConservationSelected()
734   {
735     return this._has_conservationSelected;
736   }
737
738   /**
739    * Method hasFontSize.
740    * 
741    * @return true if at least one FontSize has been added
742    */
743   public boolean hasFontSize()
744   {
745     return this._has_fontSize;
746   }
747
748   /**
749    * Method hasFontStyle.
750    * 
751    * @return true if at least one FontStyle has been added
752    */
753   public boolean hasFontStyle()
754   {
755     return this._has_fontStyle;
756   }
757
758   /**
759    * Method hasHeight.
760    * 
761    * @return true if at least one Height has been added
762    */
763   public boolean hasHeight()
764   {
765     return this._has_height;
766   }
767
768   /**
769    * Method hasPidSelected.
770    * 
771    * @return true if at least one PidSelected has been added
772    */
773   public boolean hasPidSelected()
774   {
775     return this._has_pidSelected;
776   }
777
778   /**
779    * Method hasPidThreshold.
780    * 
781    * @return true if at least one PidThreshold has been added
782    */
783   public boolean hasPidThreshold()
784   {
785     return this._has_pidThreshold;
786   }
787
788   /**
789    * Method hasRenderGaps.
790    * 
791    * @return true if at least one RenderGaps has been added
792    */
793   public boolean hasRenderGaps()
794   {
795     return this._has_renderGaps;
796   }
797
798   /**
799    * Method hasShowAnnotation.
800    * 
801    * @return true if at least one ShowAnnotation has been added
802    */
803   public boolean hasShowAnnotation()
804   {
805     return this._has_showAnnotation;
806   }
807
808   /**
809    * Method hasShowBoxes.
810    * 
811    * @return true if at least one ShowBoxes has been added
812    */
813   public boolean hasShowBoxes()
814   {
815     return this._has_showBoxes;
816   }
817
818   /**
819    * Method hasShowColourText.
820    * 
821    * @return true if at least one ShowColourText has been added
822    */
823   public boolean hasShowColourText()
824   {
825     return this._has_showColourText;
826   }
827
828   /**
829    * Method hasShowConservation.
830    * 
831    * @return true if at least one ShowConservation has been added
832    */
833   public boolean hasShowConservation()
834   {
835     return this._has_showConservation;
836   }
837
838   /**
839    * Method hasShowFullId.
840    * 
841    * @return true if at least one ShowFullId has been added
842    */
843   public boolean hasShowFullId()
844   {
845     return this._has_showFullId;
846   }
847
848   /**
849    * Method hasShowIdentity.
850    * 
851    * @return true if at least one ShowIdentity has been added
852    */
853   public boolean hasShowIdentity()
854   {
855     return this._has_showIdentity;
856   }
857
858   /**
859    * Method hasShowQuality.
860    * 
861    * @return true if at least one ShowQuality has been added
862    */
863   public boolean hasShowQuality()
864   {
865     return this._has_showQuality;
866   }
867
868   /**
869    * Method hasShowSequenceFeatures.
870    * 
871    * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been added
872    */
873   public boolean hasShowSequenceFeatures()
874   {
875     return this._has_showSequenceFeatures;
876   }
877
878   /**
879    * Method hasShowText.
880    * 
881    * @return true if at least one ShowText has been added
882    */
883   public boolean hasShowText()
884   {
885     return this._has_showText;
886   }
887
888   /**
889    * Method hasStartRes.
890    * 
891    * @return true if at least one StartRes has been added
892    */
893   public boolean hasStartRes()
894   {
895     return this._has_startRes;
896   }
897
898   /**
899    * Method hasStartSeq.
900    * 
901    * @return true if at least one StartSeq has been added
902    */
903   public boolean hasStartSeq()
904   {
905     return this._has_startSeq;
906   }
907
908   /**
909    * Method hasWidth.
910    * 
911    * @return true if at least one Width has been added
912    */
913   public boolean hasWidth()
914   {
915     return this._has_width;
916   }
917
918   /**
919    * Method hasWrapAlignment.
920    * 
921    * @return true if at least one WrapAlignment has been added
922    */
923   public boolean hasWrapAlignment()
924   {
925     return this._has_wrapAlignment;
926   }
927
928   /**
929    * Method hasXpos.
930    * 
931    * @return true if at least one Xpos has been added
932    */
933   public boolean hasXpos()
934   {
935     return this._has_xpos;
936   }
937
938   /**
939    * Method hasYpos.
940    * 
941    * @return true if at least one Ypos has been added
942    */
943   public boolean hasYpos()
944   {
945     return this._has_ypos;
946   }
947
948   /**
949    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
950    * 
951    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
952    */
953   public boolean isConservationSelected()
954   {
955     return this._conservationSelected;
956   }
957
958   /**
959    * Returns the value of field 'pidSelected'.
960    * 
961    * @return the value of field 'PidSelected'.
962    */
963   public boolean isPidSelected()
964   {
965     return this._pidSelected;
966   }
967
968   /**
969    * Returns the value of field 'renderGaps'.
970    * 
971    * @return the value of field 'RenderGaps'.
972    */
973   public boolean isRenderGaps()
974   {
975     return this._renderGaps;
976   }
977
978   /**
979    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
980    * 
981    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
982    */
983   public boolean isShowAnnotation()
984   {
985     return this._showAnnotation;
986   }
987
988   /**
989    * Returns the value of field 'showBoxes'.
990    * 
991    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
992    */
993   public boolean isShowBoxes()
994   {
995     return this._showBoxes;
996   }
997
998   /**
999    * Returns the value of field 'showColourText'.
1000    * 
1001    * @return the value of field 'ShowColourText'.
1002    */
1003   public boolean isShowColourText()
1004   {
1005     return this._showColourText;
1006   }
1007
1008   /**
1009    * Returns the value of field 'showConservation'.
1010    * 
1011    * @return the value of field 'ShowConservation'.
1012    */
1013   public boolean isShowConservation()
1014   {
1015     return this._showConservation;
1016   }
1017
1018   /**
1019    * Returns the value of field 'showFullId'.
1020    * 
1021    * @return the value of field 'ShowFullId'.
1022    */
1023   public boolean isShowFullId()
1024   {
1025     return this._showFullId;
1026   }
1027
1028   /**
1029    * Returns the value of field 'showIdentity'.
1030    * 
1031    * @return the value of field 'ShowIdentity'.
1032    */
1033   public boolean isShowIdentity()
1034   {
1035     return this._showIdentity;
1036   }
1037
1038   /**
1039    * Returns the value of field 'showQuality'.
1040    * 
1041    * @return the value of field 'ShowQuality'.
1042    */
1043   public boolean isShowQuality()
1044   {
1045     return this._showQuality;
1046   }
1047
1048   /**
1049    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1050    * 
1051    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1052    */
1053   public boolean isShowSequenceFeatures()
1054   {
1055     return this._showSequenceFeatures;
1056   }
1057
1058   /**
1059    * Returns the value of field 'showText'.
1060    * 
1061    * @return the value of field 'ShowText'.
1062    */
1063   public boolean isShowText()
1064   {
1065     return this._showText;
1066   }
1067
1068   /**
1069    * Method isValid.
1070    * 
1071    * @return true if this object is valid according to the schema
1072    */
1073   public boolean isValid()
1074   {
1075     try
1076     {
1077       validate();
1078     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
1079     {
1080       return false;
1081     }
1082     return true;
1083   }
1084
1085   /**
1086    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1087    * 
1088    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1089    */
1090   public boolean isWrapAlignment()
1091   {
1092     return this._wrapAlignment;
1093   }
1094
1095   /**
1096    * 
1097    * 
1098    * @param out
1099    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1100    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1101    *           marshaling
1102    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1103    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1104    */
1105   public void marshal(final java.io.Writer out)
1106           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1107           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1108   {
1109     Marshaller.marshal(this, out);
1110   }
1111
1112   /**
1113    * 
1114    * 
1115    * @param handler
1116    * @throws java.io.IOException
1117    *           if an IOException occurs during marshaling
1118    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1119    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1120    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1121    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1122    *           marshaling
1123    */
1124   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
1125           throws java.io.IOException,
1126           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1127           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1128   {
1129     Marshaller.marshal(this, handler);
1130   }
1131
1132   /**
1133    * Sets the value of field 'bgColour'.
1134    * 
1135    * @param bgColour
1136    *          the value of field 'bgColour'.
1137    */
1138   public void setBgColour(final java.lang.String bgColour)
1139   {
1140     this._bgColour = bgColour;
1141   }
1142
1143   /**
1144    * Sets the value of field 'consThreshold'.
1145    * 
1146    * @param consThreshold
1147    *          the value of field 'consThreshold'.
1148    */
1149   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
1150   {
1151     this._consThreshold = consThreshold;
1152     this._has_consThreshold = true;
1153   }
1154
1155   /**
1156    * Sets the value of field 'conservationSelected'.
1157    * 
1158    * @param conservationSelected
1159    *          the value of field 'conservationSelected'.
1160    */
1161   public void setConservationSelected(final boolean conservationSelected)
1162   {
1163     this._conservationSelected = conservationSelected;
1164     this._has_conservationSelected = true;
1165   }
1166
1167   /**
1168    * Sets the value of field 'fontName'.
1169    * 
1170    * @param fontName
1171    *          the value of field 'fontName'.
1172    */
1173   public void setFontName(final java.lang.String fontName)
1174   {
1175     this._fontName = fontName;
1176   }
1177
1178   /**
1179    * Sets the value of field 'fontSize'.
1180    * 
1181    * @param fontSize
1182    *          the value of field 'fontSize'.
1183    */
1184   public void setFontSize(final int fontSize)
1185   {
1186     this._fontSize = fontSize;
1187     this._has_fontSize = true;
1188   }
1189
1190   /**
1191    * Sets the value of field 'fontStyle'.
1192    * 
1193    * @param fontStyle
1194    *          the value of field 'fontStyle'.
1195    */
1196   public void setFontStyle(final int fontStyle)
1197   {
1198     this._fontStyle = fontStyle;
1199     this._has_fontStyle = true;
1200   }
1201
1202   /**
1203    * Sets the value of field 'height'.
1204    * 
1205    * @param height
1206    *          the value of field 'height'.
1207    */
1208   public void setHeight(final int height)
1209   {
1210     this._height = height;
1211     this._has_height = true;
1212   }
1213
1214   /**
1215    * Sets the value of field 'pidSelected'.
1216    * 
1217    * @param pidSelected
1218    *          the value of field 'pidSelected'.
1219    */
1220   public void setPidSelected(final boolean pidSelected)
1221   {
1222     this._pidSelected = pidSelected;
1223     this._has_pidSelected = true;
1224   }
1225
1226   /**
1227    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
1228    * 
1229    * @param pidThreshold
1230    *          the value of field 'pidThreshold'.
1231    */
1232   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
1233   {
1234     this._pidThreshold = pidThreshold;
1235     this._has_pidThreshold = true;
1236   }
1237
1238   /**
1239    * Sets the value of field 'renderGaps'.
1240    * 
1241    * @param renderGaps
1242    *          the value of field 'renderGaps'.
1243    */
1244   public void setRenderGaps(final boolean renderGaps)
1245   {
1246     this._renderGaps = renderGaps;
1247     this._has_renderGaps = true;
1248   }
1249
1250   /**
1251    * Sets the value of field 'showAnnotation'.
1252    * 
1253    * @param showAnnotation
1254    *          the value of field 'showAnnotation'.
1255    */
1256   public void setShowAnnotation(final boolean showAnnotation)
1257   {
1258     this._showAnnotation = showAnnotation;
1259     this._has_showAnnotation = true;
1260   }
1261
1262   /**
1263    * Sets the value of field 'showBoxes'.
1264    * 
1265    * @param showBoxes
1266    *          the value of field 'showBoxes'.
1267    */
1268   public void setShowBoxes(final boolean showBoxes)
1269   {
1270     this._showBoxes = showBoxes;
1271     this._has_showBoxes = true;
1272   }
1273
1274   /**
1275    * Sets the value of field 'showColourText'.
1276    * 
1277    * @param showColourText
1278    *          the value of field 'showColourText'.
1279    */
1280   public void setShowColourText(final boolean showColourText)
1281   {
1282     this._showColourText = showColourText;
1283     this._has_showColourText = true;
1284   }
1285
1286   /**
1287    * Sets the value of field 'showConservation'.
1288    * 
1289    * @param showConservation
1290    *          the value of field 'showConservation'
1291    */
1292   public void setShowConservation(final boolean showConservation)
1293   {
1294     this._showConservation = showConservation;
1295     this._has_showConservation = true;
1296   }
1297
1298   /**
1299    * Sets the value of field 'showFullId'.
1300    * 
1301    * @param showFullId
1302    *          the value of field 'showFullId'.
1303    */
1304   public void setShowFullId(final boolean showFullId)
1305   {
1306     this._showFullId = showFullId;
1307     this._has_showFullId = true;
1308   }
1309
1310   /**
1311    * Sets the value of field 'showIdentity'.
1312    * 
1313    * @param showIdentity
1314    *          the value of field 'showIdentity'.
1315    */
1316   public void setShowIdentity(final boolean showIdentity)
1317   {
1318     this._showIdentity = showIdentity;
1319     this._has_showIdentity = true;
1320   }
1321
1322   /**
1323    * Sets the value of field 'showQuality'.
1324    * 
1325    * @param showQuality
1326    *          the value of field 'showQuality'.
1327    */
1328   public void setShowQuality(final boolean showQuality)
1329   {
1330     this._showQuality = showQuality;
1331     this._has_showQuality = true;
1332   }
1333
1334   /**
1335    * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.
1336    * 
1337    * @param showSequenceFeatures
1338    *          the value of field 'showSequenceFeatures'.
1339    */
1340   public void setShowSequenceFeatures(final boolean showSequenceFeatures)
1341   {
1342     this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;
1343     this._has_showSequenceFeatures = true;
1344   }
1345
1346   /**
1347    * Sets the value of field 'showText'.
1348    * 
1349    * @param showText
1350    *          the value of field 'showText'.
1351    */
1352   public void setShowText(final boolean showText)
1353   {
1354     this._showText = showText;
1355     this._has_showText = true;
1356   }
1357
1358   /**
1359    * Sets the value of field 'startRes'.
1360    * 
1361    * @param startRes
1362    *          the value of field 'startRes'.
1363    */
1364   public void setStartRes(final int startRes)
1365   {
1366     this._startRes = startRes;
1367     this._has_startRes = true;
1368   }
1369
1370   /**
1371    * Sets the value of field 'startSeq'.
1372    * 
1373    * @param startSeq
1374    *          the value of field 'startSeq'.
1375    */
1376   public void setStartSeq(final int startSeq)
1377   {
1378     this._startSeq = startSeq;
1379     this._has_startSeq = true;
1380   }
1381
1382   /**
1383    * Sets the value of field 'title'.
1384    * 
1385    * @param title
1386    *          the value of field 'title'.
1387    */
1388   public void setTitle(final java.lang.String title)
1389   {
1390     this._title = title;
1391   }
1392
1393   /**
1394    * Sets the value of field 'width'.
1395    * 
1396    * @param width
1397    *          the value of field 'width'.
1398    */
1399   public void setWidth(final int width)
1400   {
1401     this._width = width;
1402     this._has_width = true;
1403   }
1404
1405   /**
1406    * Sets the value of field 'wrapAlignment'.
1407    * 
1408    * @param wrapAlignment
1409    *          the value of field 'wrapAlignment'.
1410    */
1411   public void setWrapAlignment(final boolean wrapAlignment)
1412   {
1413     this._wrapAlignment = wrapAlignment;
1414     this._has_wrapAlignment = true;
1415   }
1416
1417   /**
1418    * Sets the value of field 'xpos'.
1419    * 
1420    * @param xpos
1421    *          the value of field 'xpos'.
1422    */
1423   public void setXpos(final int xpos)
1424   {
1425     this._xpos = xpos;
1426     this._has_xpos = true;
1427   }
1428
1429   /**
1430    * Sets the value of field 'ypos'.
1431    * 
1432    * @param ypos
1433    *          the value of field 'ypos'.
1434    */
1435   public void setYpos(final int ypos)
1436   {
1437     this._ypos = ypos;
1438     this._has_ypos = true;
1439   }
1440
1441   /**
1442    * Method unmarshal.
1443    * 
1444    * @param reader
1445    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1446    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1447    *           marshaling
1448    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1449    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1450    * @return the unmarshaled jalview.binding.Viewport
1451    */
1452   public static jalview.binding.Viewport unmarshal(
1453           final java.io.Reader reader)
1454           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1455           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1456   {
1457     return (jalview.binding.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(
1458             jalview.binding.Viewport.class, reader);
1459   }
1460
1461   /**
1462    * 
1463    * 
1464    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1465    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1466    */
1467   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1468   {
1469     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1470     validator.validate(this);
1471   }
1472
1473 }