FileParse object can be re-used to read different files concatenated together
[jalview.git] / src / jalview / binding / Viewport.java
1 /*
2  * This class was automatically generated with 
3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
4  * Schema.
5  * $Id$
6  */
7
8 package jalview.binding;
9
10   //---------------------------------/
11  //- Imported classes and packages -/
12 //---------------------------------/
13
14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
16
17 /**
18  * Class Viewport.
19  * 
20  * @version $Revision$ $Date$
21  */
22 public class Viewport implements java.io.Serializable {
23
24
25       //--------------------------/
26      //- Class/Member Variables -/
27     //--------------------------/
28
29     /**
30      * Field _conservationSelected.
31      */
32     private boolean _conservationSelected;
33
34     /**
35      * keeps track of state for field: _conservationSelected
36      */
37     private boolean _has_conservationSelected;
38
39     /**
40      * Field _pidSelected.
41      */
42     private boolean _pidSelected;
43
44     /**
45      * keeps track of state for field: _pidSelected
46      */
47     private boolean _has_pidSelected;
48
49     /**
50      * Field _bgColour.
51      */
52     private java.lang.String _bgColour;
53
54     /**
55      * Field _consThreshold.
56      */
57     private int _consThreshold;
58
59     /**
60      * keeps track of state for field: _consThreshold
61      */
62     private boolean _has_consThreshold;
63
64     /**
65      * Field _pidThreshold.
66      */
67     private int _pidThreshold;
68
69     /**
70      * keeps track of state for field: _pidThreshold
71      */
72     private boolean _has_pidThreshold;
73
74     /**
75      * Field _title.
76      */
77     private java.lang.String _title;
78
79     /**
80      * Field _showFullId.
81      */
82     private boolean _showFullId;
83
84     /**
85      * keeps track of state for field: _showFullId
86      */
87     private boolean _has_showFullId;
88
89     /**
90      * Field _showText.
91      */
92     private boolean _showText;
93
94     /**
95      * keeps track of state for field: _showText
96      */
97     private boolean _has_showText;
98
99     /**
100      * Field _showColourText.
101      */
102     private boolean _showColourText;
103
104     /**
105      * keeps track of state for field: _showColourText
106      */
107     private boolean _has_showColourText;
108
109     /**
110      * Field _showBoxes.
111      */
112     private boolean _showBoxes;
113
114     /**
115      * keeps track of state for field: _showBoxes
116      */
117     private boolean _has_showBoxes;
118
119     /**
120      * Field _wrapAlignment.
121      */
122     private boolean _wrapAlignment;
123
124     /**
125      * keeps track of state for field: _wrapAlignment
126      */
127     private boolean _has_wrapAlignment;
128
129     /**
130      * Field _renderGaps.
131      */
132     private boolean _renderGaps;
133
134     /**
135      * keeps track of state for field: _renderGaps
136      */
137     private boolean _has_renderGaps;
138
139     /**
140      * Field _showSequenceFeatures.
141      */
142     private boolean _showSequenceFeatures;
143
144     /**
145      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures
146      */
147     private boolean _has_showSequenceFeatures;
148
149     /**
150      * Field _showAnnotation.
151      */
152     private boolean _showAnnotation;
153
154     /**
155      * keeps track of state for field: _showAnnotation
156      */
157     private boolean _has_showAnnotation;
158
159     /**
160      * Field _showConservation.
161      */
162     private boolean _showConservation;
163
164     /**
165      * keeps track of state for field: _showConservation
166      */
167     private boolean _has_showConservation;
168
169     /**
170      * Field _showQuality.
171      */
172     private boolean _showQuality;
173
174     /**
175      * keeps track of state for field: _showQuality
176      */
177     private boolean _has_showQuality;
178
179     /**
180      * Field _showIdentity.
181      */
182     private boolean _showIdentity;
183
184     /**
185      * keeps track of state for field: _showIdentity
186      */
187     private boolean _has_showIdentity;
188
189     /**
190      * Field _xpos.
191      */
192     private int _xpos;
193
194     /**
195      * keeps track of state for field: _xpos
196      */
197     private boolean _has_xpos;
198
199     /**
200      * Field _ypos.
201      */
202     private int _ypos;
203
204     /**
205      * keeps track of state for field: _ypos
206      */
207     private boolean _has_ypos;
208
209     /**
210      * Field _width.
211      */
212     private int _width;
213
214     /**
215      * keeps track of state for field: _width
216      */
217     private boolean _has_width;
218
219     /**
220      * Field _height.
221      */
222     private int _height;
223
224     /**
225      * keeps track of state for field: _height
226      */
227     private boolean _has_height;
228
229     /**
230      * Field _startRes.
231      */
232     private int _startRes;
233
234     /**
235      * keeps track of state for field: _startRes
236      */
237     private boolean _has_startRes;
238
239     /**
240      * Field _startSeq.
241      */
242     private int _startSeq;
243
244     /**
245      * keeps track of state for field: _startSeq
246      */
247     private boolean _has_startSeq;
248
249     /**
250      * Field _fontName.
251      */
252     private java.lang.String _fontName;
253
254     /**
255      * Field _fontSize.
256      */
257     private int _fontSize;
258
259     /**
260      * keeps track of state for field: _fontSize
261      */
262     private boolean _has_fontSize;
263
264     /**
265      * Field _fontStyle.
266      */
267     private int _fontStyle;
268
269     /**
270      * keeps track of state for field: _fontStyle
271      */
272     private boolean _has_fontStyle;
273
274
275       //----------------/
276      //- Constructors -/
277     //----------------/
278
279     public Viewport() {
280         super();
281     }
282
283
284       //-----------/
285      //- Methods -/
286     //-----------/
287
288     /**
289      */
290     public void deleteConsThreshold(
291     ) {
292         this._has_consThreshold= false;
293     }
294
295     /**
296      */
297     public void deleteConservationSelected(
298     ) {
299         this._has_conservationSelected= false;
300     }
301
302     /**
303      */
304     public void deleteFontSize(
305     ) {
306         this._has_fontSize= false;
307     }
308
309     /**
310      */
311     public void deleteFontStyle(
312     ) {
313         this._has_fontStyle= false;
314     }
315
316     /**
317      */
318     public void deleteHeight(
319     ) {
320         this._has_height= false;
321     }
322
323     /**
324      */
325     public void deletePidSelected(
326     ) {
327         this._has_pidSelected= false;
328     }
329
330     /**
331      */
332     public void deletePidThreshold(
333     ) {
334         this._has_pidThreshold= false;
335     }
336
337     /**
338      */
339     public void deleteRenderGaps(
340     ) {
341         this._has_renderGaps= false;
342     }
343
344     /**
345      */
346     public void deleteShowAnnotation(
347     ) {
348         this._has_showAnnotation= false;
349     }
350
351     /**
352      */
353     public void deleteShowBoxes(
354     ) {
355         this._has_showBoxes= false;
356     }
357
358     /**
359      */
360     public void deleteShowColourText(
361     ) {
362         this._has_showColourText= false;
363     }
364
365     /**
366      */
367     public void deleteShowConservation(
368     ) {
369         this._has_showConservation= false;
370     }
371
372     /**
373      */
374     public void deleteShowFullId(
375     ) {
376         this._has_showFullId= false;
377     }
378
379     /**
380      */
381     public void deleteShowIdentity(
382     ) {
383         this._has_showIdentity= false;
384     }
385
386     /**
387      */
388     public void deleteShowQuality(
389     ) {
390         this._has_showQuality= false;
391     }
392
393     /**
394      */
395     public void deleteShowSequenceFeatures(
396     ) {
397         this._has_showSequenceFeatures= false;
398     }
399
400     /**
401      */
402     public void deleteShowText(
403     ) {
404         this._has_showText= false;
405     }
406
407     /**
408      */
409     public void deleteStartRes(
410     ) {
411         this._has_startRes= false;
412     }
413
414     /**
415      */
416     public void deleteStartSeq(
417     ) {
418         this._has_startSeq= false;
419     }
420
421     /**
422      */
423     public void deleteWidth(
424     ) {
425         this._has_width= false;
426     }
427
428     /**
429      */
430     public void deleteWrapAlignment(
431     ) {
432         this._has_wrapAlignment= false;
433     }
434
435     /**
436      */
437     public void deleteXpos(
438     ) {
439         this._has_xpos= false;
440     }
441
442     /**
443      */
444     public void deleteYpos(
445     ) {
446         this._has_ypos= false;
447     }
448
449     /**
450      * Returns the value of field 'bgColour'.
451      * 
452      * @return the value of field 'BgColour'.
453      */
454     public java.lang.String getBgColour(
455     ) {
456         return this._bgColour;
457     }
458
459     /**
460      * Returns the value of field 'consThreshold'.
461      * 
462      * @return the value of field 'ConsThreshold'.
463      */
464     public int getConsThreshold(
465     ) {
466         return this._consThreshold;
467     }
468
469     /**
470      * Returns the value of field 'conservationSelected'.
471      * 
472      * @return the value of field 'ConservationSelected'.
473      */
474     public boolean getConservationSelected(
475     ) {
476         return this._conservationSelected;
477     }
478
479     /**
480      * Returns the value of field 'fontName'.
481      * 
482      * @return the value of field 'FontName'.
483      */
484     public java.lang.String getFontName(
485     ) {
486         return this._fontName;
487     }
488
489     /**
490      * Returns the value of field 'fontSize'.
491      * 
492      * @return the value of field 'FontSize'.
493      */
494     public int getFontSize(
495     ) {
496         return this._fontSize;
497     }
498
499     /**
500      * Returns the value of field 'fontStyle'.
501      * 
502      * @return the value of field 'FontStyle'.
503      */
504     public int getFontStyle(
505     ) {
506         return this._fontStyle;
507     }
508
509     /**
510      * Returns the value of field 'height'.
511      * 
512      * @return the value of field 'Height'.
513      */
514     public int getHeight(
515     ) {
516         return this._height;
517     }
518
519     /**
520      * Returns the value of field 'pidSelected'.
521      * 
522      * @return the value of field 'PidSelected'.
523      */
524     public boolean getPidSelected(
525     ) {
526         return this._pidSelected;
527     }
528
529     /**
530      * Returns the value of field 'pidThreshold'.
531      * 
532      * @return the value of field 'PidThreshold'.
533      */
534     public int getPidThreshold(
535     ) {
536         return this._pidThreshold;
537     }
538
539     /**
540      * Returns the value of field 'renderGaps'.
541      * 
542      * @return the value of field 'RenderGaps'.
543      */
544     public boolean getRenderGaps(
545     ) {
546         return this._renderGaps;
547     }
548
549     /**
550      * Returns the value of field 'showAnnotation'.
551      * 
552      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
553      */
554     public boolean getShowAnnotation(
555     ) {
556         return this._showAnnotation;
557     }
558
559     /**
560      * Returns the value of field 'showBoxes'.
561      * 
562      * @return the value of field 'ShowBoxes'.
563      */
564     public boolean getShowBoxes(
565     ) {
566         return this._showBoxes;
567     }
568
569     /**
570      * Returns the value of field 'showColourText'.
571      * 
572      * @return the value of field 'ShowColourText'.
573      */
574     public boolean getShowColourText(
575     ) {
576         return this._showColourText;
577     }
578
579     /**
580      * Returns the value of field 'showConservation'.
581      * 
582      * @return the value of field 'ShowConservation'.
583      */
584     public boolean getShowConservation(
585     ) {
586         return this._showConservation;
587     }
588
589     /**
590      * Returns the value of field 'showFullId'.
591      * 
592      * @return the value of field 'ShowFullId'.
593      */
594     public boolean getShowFullId(
595     ) {
596         return this._showFullId;
597     }
598
599     /**
600      * Returns the value of field 'showIdentity'.
601      * 
602      * @return the value of field 'ShowIdentity'.
603      */
604     public boolean getShowIdentity(
605     ) {
606         return this._showIdentity;
607     }
608
609     /**
610      * Returns the value of field 'showQuality'.
611      * 
612      * @return the value of field 'ShowQuality'.
613      */
614     public boolean getShowQuality(
615     ) {
616         return this._showQuality;
617     }
618
619     /**
620      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
621      * 
622      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
623      */
624     public boolean getShowSequenceFeatures(
625     ) {
626         return this._showSequenceFeatures;
627     }
628
629     /**
630      * Returns the value of field 'showText'.
631      * 
632      * @return the value of field 'ShowText'.
633      */
634     public boolean getShowText(
635     ) {
636         return this._showText;
637     }
638
639     /**
640      * Returns the value of field 'startRes'.
641      * 
642      * @return the value of field 'StartRes'.
643      */
644     public int getStartRes(
645     ) {
646         return this._startRes;
647     }
648
649     /**
650      * Returns the value of field 'startSeq'.
651      * 
652      * @return the value of field 'StartSeq'.
653      */
654     public int getStartSeq(
655     ) {
656         return this._startSeq;
657     }
658
659     /**
660      * Returns the value of field 'title'.
661      * 
662      * @return the value of field 'Title'.
663      */
664     public java.lang.String getTitle(
665     ) {
666         return this._title;
667     }
668
669     /**
670      * Returns the value of field 'width'.
671      * 
672      * @return the value of field 'Width'.
673      */
674     public int getWidth(
675     ) {
676         return this._width;
677     }
678
679     /**
680      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
681      * 
682      * @return the value of field 'WrapAlignment'.
683      */
684     public boolean getWrapAlignment(
685     ) {
686         return this._wrapAlignment;
687     }
688
689     /**
690      * Returns the value of field 'xpos'.
691      * 
692      * @return the value of field 'Xpos'.
693      */
694     public int getXpos(
695     ) {
696         return this._xpos;
697     }
698
699     /**
700      * Returns the value of field 'ypos'.
701      * 
702      * @return the value of field 'Ypos'.
703      */
704     public int getYpos(
705     ) {
706         return this._ypos;
707     }
708
709     /**
710      * Method hasConsThreshold.
711      * 
712      * @return true if at least one ConsThreshold has been added
713      */
714     public boolean hasConsThreshold(
715     ) {
716         return this._has_consThreshold;
717     }
718
719     /**
720      * Method hasConservationSelected.
721      * 
722      * @return true if at least one ConservationSelected has been
723      * added
724      */
725     public boolean hasConservationSelected(
726     ) {
727         return this._has_conservationSelected;
728     }
729
730     /**
731      * Method hasFontSize.
732      * 
733      * @return true if at least one FontSize has been added
734      */
735     public boolean hasFontSize(
736     ) {
737         return this._has_fontSize;
738     }
739
740     /**
741      * Method hasFontStyle.
742      * 
743      * @return true if at least one FontStyle has been added
744      */
745     public boolean hasFontStyle(
746     ) {
747         return this._has_fontStyle;
748     }
749
750     /**
751      * Method hasHeight.
752      * 
753      * @return true if at least one Height has been added
754      */
755     public boolean hasHeight(
756     ) {
757         return this._has_height;
758     }
759
760     /**
761      * Method hasPidSelected.
762      * 
763      * @return true if at least one PidSelected has been added
764      */
765     public boolean hasPidSelected(
766     ) {
767         return this._has_pidSelected;
768     }
769
770     /**
771      * Method hasPidThreshold.
772      * 
773      * @return true if at least one PidThreshold has been added
774      */
775     public boolean hasPidThreshold(
776     ) {
777         return this._has_pidThreshold;
778     }
779
780     /**
781      * Method hasRenderGaps.
782      * 
783      * @return true if at least one RenderGaps has been added
784      */
785     public boolean hasRenderGaps(
786     ) {
787         return this._has_renderGaps;
788     }
789
790     /**
791      * Method hasShowAnnotation.
792      * 
793      * @return true if at least one ShowAnnotation has been added
794      */
795     public boolean hasShowAnnotation(
796     ) {
797         return this._has_showAnnotation;
798     }
799
800     /**
801      * Method hasShowBoxes.
802      * 
803      * @return true if at least one ShowBoxes has been added
804      */
805     public boolean hasShowBoxes(
806     ) {
807         return this._has_showBoxes;
808     }
809
810     /**
811      * Method hasShowColourText.
812      * 
813      * @return true if at least one ShowColourText has been added
814      */
815     public boolean hasShowColourText(
816     ) {
817         return this._has_showColourText;
818     }
819
820     /**
821      * Method hasShowConservation.
822      * 
823      * @return true if at least one ShowConservation has been added
824      */
825     public boolean hasShowConservation(
826     ) {
827         return this._has_showConservation;
828     }
829
830     /**
831      * Method hasShowFullId.
832      * 
833      * @return true if at least one ShowFullId has been added
834      */
835     public boolean hasShowFullId(
836     ) {
837         return this._has_showFullId;
838     }
839
840     /**
841      * Method hasShowIdentity.
842      * 
843      * @return true if at least one ShowIdentity has been added
844      */
845     public boolean hasShowIdentity(
846     ) {
847         return this._has_showIdentity;
848     }
849
850     /**
851      * Method hasShowQuality.
852      * 
853      * @return true if at least one ShowQuality has been added
854      */
855     public boolean hasShowQuality(
856     ) {
857         return this._has_showQuality;
858     }
859
860     /**
861      * Method hasShowSequenceFeatures.
862      * 
863      * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been
864      * added
865      */
866     public boolean hasShowSequenceFeatures(
867     ) {
868         return this._has_showSequenceFeatures;
869     }
870
871     /**
872      * Method hasShowText.
873      * 
874      * @return true if at least one ShowText has been added
875      */
876     public boolean hasShowText(
877     ) {
878         return this._has_showText;
879     }
880
881     /**
882      * Method hasStartRes.
883      * 
884      * @return true if at least one StartRes has been added
885      */
886     public boolean hasStartRes(
887     ) {
888         return this._has_startRes;
889     }
890
891     /**
892      * Method hasStartSeq.
893      * 
894      * @return true if at least one StartSeq has been added
895      */
896     public boolean hasStartSeq(
897     ) {
898         return this._has_startSeq;
899     }
900
901     /**
902      * Method hasWidth.
903      * 
904      * @return true if at least one Width has been added
905      */
906     public boolean hasWidth(
907     ) {
908         return this._has_width;
909     }
910
911     /**
912      * Method hasWrapAlignment.
913      * 
914      * @return true if at least one WrapAlignment has been added
915      */
916     public boolean hasWrapAlignment(
917     ) {
918         return this._has_wrapAlignment;
919     }
920
921     /**
922      * Method hasXpos.
923      * 
924      * @return true if at least one Xpos has been added
925      */
926     public boolean hasXpos(
927     ) {
928         return this._has_xpos;
929     }
930
931     /**
932      * Method hasYpos.
933      * 
934      * @return true if at least one Ypos has been added
935      */
936     public boolean hasYpos(
937     ) {
938         return this._has_ypos;
939     }
940
941     /**
942      * Returns the value of field 'conservationSelected'.
943      * 
944      * @return the value of field 'ConservationSelected'.
945      */
946     public boolean isConservationSelected(
947     ) {
948         return this._conservationSelected;
949     }
950
951     /**
952      * Returns the value of field 'pidSelected'.
953      * 
954      * @return the value of field 'PidSelected'.
955      */
956     public boolean isPidSelected(
957     ) {
958         return this._pidSelected;
959     }
960
961     /**
962      * Returns the value of field 'renderGaps'.
963      * 
964      * @return the value of field 'RenderGaps'.
965      */
966     public boolean isRenderGaps(
967     ) {
968         return this._renderGaps;
969     }
970
971     /**
972      * Returns the value of field 'showAnnotation'.
973      * 
974      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
975      */
976     public boolean isShowAnnotation(
977     ) {
978         return this._showAnnotation;
979     }
980
981     /**
982      * Returns the value of field 'showBoxes'.
983      * 
984      * @return the value of field 'ShowBoxes'.
985      */
986     public boolean isShowBoxes(
987     ) {
988         return this._showBoxes;
989     }
990
991     /**
992      * Returns the value of field 'showColourText'.
993      * 
994      * @return the value of field 'ShowColourText'.
995      */
996     public boolean isShowColourText(
997     ) {
998         return this._showColourText;
999     }
1000
1001     /**
1002      * Returns the value of field 'showConservation'.
1003      * 
1004      * @return the value of field 'ShowConservation'.
1005      */
1006     public boolean isShowConservation(
1007     ) {
1008         return this._showConservation;
1009     }
1010
1011     /**
1012      * Returns the value of field 'showFullId'.
1013      * 
1014      * @return the value of field 'ShowFullId'.
1015      */
1016     public boolean isShowFullId(
1017     ) {
1018         return this._showFullId;
1019     }
1020
1021     /**
1022      * Returns the value of field 'showIdentity'.
1023      * 
1024      * @return the value of field 'ShowIdentity'.
1025      */
1026     public boolean isShowIdentity(
1027     ) {
1028         return this._showIdentity;
1029     }
1030
1031     /**
1032      * Returns the value of field 'showQuality'.
1033      * 
1034      * @return the value of field 'ShowQuality'.
1035      */
1036     public boolean isShowQuality(
1037     ) {
1038         return this._showQuality;
1039     }
1040
1041     /**
1042      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1043      * 
1044      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1045      */
1046     public boolean isShowSequenceFeatures(
1047     ) {
1048         return this._showSequenceFeatures;
1049     }
1050
1051     /**
1052      * Returns the value of field 'showText'.
1053      * 
1054      * @return the value of field 'ShowText'.
1055      */
1056     public boolean isShowText(
1057     ) {
1058         return this._showText;
1059     }
1060
1061     /**
1062      * Method isValid.
1063      * 
1064      * @return true if this object is valid according to the schema
1065      */
1066     public boolean isValid(
1067     ) {
1068         try {
1069             validate();
1070         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
1071             return false;
1072         }
1073         return true;
1074     }
1075
1076     /**
1077      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1078      * 
1079      * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1080      */
1081     public boolean isWrapAlignment(
1082     ) {
1083         return this._wrapAlignment;
1084     }
1085
1086     /**
1087      * 
1088      * 
1089      * @param out
1090      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
1091      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
1092      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1093      * object is an invalid instance according to the schema
1094      */
1095     public void marshal(
1096             final java.io.Writer out)
1097     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1098         Marshaller.marshal(this, out);
1099     }
1100
1101     /**
1102      * 
1103      * 
1104      * @param handler
1105      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
1106      * marshaling
1107      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1108      * object is an invalid instance according to the schema
1109      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
1110      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
1111      */
1112     public void marshal(
1113             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
1114     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1115         Marshaller.marshal(this, handler);
1116     }
1117
1118     /**
1119      * Sets the value of field 'bgColour'.
1120      * 
1121      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.
1122      */
1123     public void setBgColour(
1124             final java.lang.String bgColour) {
1125         this._bgColour = bgColour;
1126     }
1127
1128     /**
1129      * Sets the value of field 'consThreshold'.
1130      * 
1131      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.
1132      */
1133     public void setConsThreshold(
1134             final int consThreshold) {
1135         this._consThreshold = consThreshold;
1136         this._has_consThreshold = true;
1137     }
1138
1139     /**
1140      * Sets the value of field 'conservationSelected'.
1141      * 
1142      * @param conservationSelected the value of field
1143      * 'conservationSelected'.
1144      */
1145     public void setConservationSelected(
1146             final boolean conservationSelected) {
1147         this._conservationSelected = conservationSelected;
1148         this._has_conservationSelected = true;
1149     }
1150
1151     /**
1152      * Sets the value of field 'fontName'.
1153      * 
1154      * @param fontName the value of field 'fontName'.
1155      */
1156     public void setFontName(
1157             final java.lang.String fontName) {
1158         this._fontName = fontName;
1159     }
1160
1161     /**
1162      * Sets the value of field 'fontSize'.
1163      * 
1164      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.
1165      */
1166     public void setFontSize(
1167             final int fontSize) {
1168         this._fontSize = fontSize;
1169         this._has_fontSize = true;
1170     }
1171
1172     /**
1173      * Sets the value of field 'fontStyle'.
1174      * 
1175      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.
1176      */
1177     public void setFontStyle(
1178             final int fontStyle) {
1179         this._fontStyle = fontStyle;
1180         this._has_fontStyle = true;
1181     }
1182
1183     /**
1184      * Sets the value of field 'height'.
1185      * 
1186      * @param height the value of field 'height'.
1187      */
1188     public void setHeight(
1189             final int height) {
1190         this._height = height;
1191         this._has_height = true;
1192     }
1193
1194     /**
1195      * Sets the value of field 'pidSelected'.
1196      * 
1197      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.
1198      */
1199     public void setPidSelected(
1200             final boolean pidSelected) {
1201         this._pidSelected = pidSelected;
1202         this._has_pidSelected = true;
1203     }
1204
1205     /**
1206      * Sets the value of field 'pidThreshold'.
1207      * 
1208      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.
1209      */
1210     public void setPidThreshold(
1211             final int pidThreshold) {
1212         this._pidThreshold = pidThreshold;
1213         this._has_pidThreshold = true;
1214     }
1215
1216     /**
1217      * Sets the value of field 'renderGaps'.
1218      * 
1219      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.
1220      */
1221     public void setRenderGaps(
1222             final boolean renderGaps) {
1223         this._renderGaps = renderGaps;
1224         this._has_renderGaps = true;
1225     }
1226
1227     /**
1228      * Sets the value of field 'showAnnotation'.
1229      * 
1230      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.
1231      */
1232     public void setShowAnnotation(
1233             final boolean showAnnotation) {
1234         this._showAnnotation = showAnnotation;
1235         this._has_showAnnotation = true;
1236     }
1237
1238     /**
1239      * Sets the value of field 'showBoxes'.
1240      * 
1241      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.
1242      */
1243     public void setShowBoxes(
1244             final boolean showBoxes) {
1245         this._showBoxes = showBoxes;
1246         this._has_showBoxes = true;
1247     }
1248
1249     /**
1250      * Sets the value of field 'showColourText'.
1251      * 
1252      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.
1253      */
1254     public void setShowColourText(
1255             final boolean showColourText) {
1256         this._showColourText = showColourText;
1257         this._has_showColourText = true;
1258     }
1259
1260     /**
1261      * Sets the value of field 'showConservation'.
1262      * 
1263      * @param showConservation the value of field 'showConservation'
1264      */
1265     public void setShowConservation(
1266             final boolean showConservation) {
1267         this._showConservation = showConservation;
1268         this._has_showConservation = true;
1269     }
1270
1271     /**
1272      * Sets the value of field 'showFullId'.
1273      * 
1274      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.
1275      */
1276     public void setShowFullId(
1277             final boolean showFullId) {
1278         this._showFullId = showFullId;
1279         this._has_showFullId = true;
1280     }
1281
1282     /**
1283      * Sets the value of field 'showIdentity'.
1284      * 
1285      * @param showIdentity the value of field 'showIdentity'.
1286      */
1287     public void setShowIdentity(
1288             final boolean showIdentity) {
1289         this._showIdentity = showIdentity;
1290         this._has_showIdentity = true;
1291     }
1292
1293     /**
1294      * Sets the value of field 'showQuality'.
1295      * 
1296      * @param showQuality the value of field 'showQuality'.
1297      */
1298     public void setShowQuality(
1299             final boolean showQuality) {
1300         this._showQuality = showQuality;
1301         this._has_showQuality = true;
1302     }
1303
1304     /**
1305      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.
1306      * 
1307      * @param showSequenceFeatures the value of field
1308      * 'showSequenceFeatures'.
1309      */
1310     public void setShowSequenceFeatures(
1311             final boolean showSequenceFeatures) {
1312         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;
1313         this._has_showSequenceFeatures = true;
1314     }
1315
1316     /**
1317      * Sets the value of field 'showText'.
1318      * 
1319      * @param showText the value of field 'showText'.
1320      */
1321     public void setShowText(
1322             final boolean showText) {
1323         this._showText = showText;
1324         this._has_showText = true;
1325     }
1326
1327     /**
1328      * Sets the value of field 'startRes'.
1329      * 
1330      * @param startRes the value of field 'startRes'.
1331      */
1332     public void setStartRes(
1333             final int startRes) {
1334         this._startRes = startRes;
1335         this._has_startRes = true;
1336     }
1337
1338     /**
1339      * Sets the value of field 'startSeq'.
1340      * 
1341      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.
1342      */
1343     public void setStartSeq(
1344             final int startSeq) {
1345         this._startSeq = startSeq;
1346         this._has_startSeq = true;
1347     }
1348
1349     /**
1350      * Sets the value of field 'title'.
1351      * 
1352      * @param title the value of field 'title'.
1353      */
1354     public void setTitle(
1355             final java.lang.String title) {
1356         this._title = title;
1357     }
1358
1359     /**
1360      * Sets the value of field 'width'.
1361      * 
1362      * @param width the value of field 'width'.
1363      */
1364     public void setWidth(
1365             final int width) {
1366         this._width = width;
1367         this._has_width = true;
1368     }
1369
1370     /**
1371      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.
1372      * 
1373      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.
1374      */
1375     public void setWrapAlignment(
1376             final boolean wrapAlignment) {
1377         this._wrapAlignment = wrapAlignment;
1378         this._has_wrapAlignment = true;
1379     }
1380
1381     /**
1382      * Sets the value of field 'xpos'.
1383      * 
1384      * @param xpos the value of field 'xpos'.
1385      */
1386     public void setXpos(
1387             final int xpos) {
1388         this._xpos = xpos;
1389         this._has_xpos = true;
1390     }
1391
1392     /**
1393      * Sets the value of field 'ypos'.
1394      * 
1395      * @param ypos the value of field 'ypos'.
1396      */
1397     public void setYpos(
1398             final int ypos) {
1399         this._ypos = ypos;
1400         this._has_ypos = true;
1401     }
1402
1403     /**
1404      * Method unmarshal.
1405      * 
1406      * @param reader
1407      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
1408      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
1409      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1410      * object is an invalid instance according to the schema
1411      * @return the unmarshaled jalview.binding.Viewport
1412      */
1413     public static jalview.binding.Viewport unmarshal(
1414             final java.io.Reader reader)
1415     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1416         return (jalview.binding.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Viewport.class, reader);
1417     }
1418
1419     /**
1420      * 
1421      * 
1422      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
1423      * object is an invalid instance according to the schema
1424      */
1425     public void validate(
1426     )
1427     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
1428         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1429         validator.validate(this);
1430     }
1431
1432 }