Add pdb ref
[jalview.git] / src / jalview / binding / Viewport.java
1 /*\r
2  * This class was automatically generated with \r
3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
4  * Schema.\r
5  * $Id$\r
6  */\r
7 \r
8 package jalview.binding;\r
9 \r
10   //---------------------------------/\r
11  //- Imported classes and packages -/\r
12 //---------------------------------/\r
13 \r
14 import java.io.IOException;\r
15 import java.io.Reader;\r
16 import java.io.Serializable;\r
17 import java.io.Writer;\r
18 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
19 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
20 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
21 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
22 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
23 \r
24 /**\r
25  * Class Viewport.\r
26  * \r
27  * @version $Revision$ $Date$\r
28  */\r
29 public class Viewport implements java.io.Serializable {\r
30 \r
31 \r
32       //--------------------------/\r
33      //- Class/Member Variables -/\r
34     //--------------------------/\r
35 \r
36     /**\r
37      * Field _conservationSelected\r
38      */\r
39     private boolean _conservationSelected;\r
40 \r
41     /**\r
42      * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
43      */\r
44     private boolean _has_conservationSelected;\r
45 \r
46     /**\r
47      * Field _pidSelected\r
48      */\r
49     private boolean _pidSelected;\r
50 \r
51     /**\r
52      * keeps track of state for field: _pidSelected\r
53      */\r
54     private boolean _has_pidSelected;\r
55 \r
56     /**\r
57      * Field _bgColour\r
58      */\r
59     private java.lang.String _bgColour;\r
60 \r
61     /**\r
62      * Field _consThreshold\r
63      */\r
64     private int _consThreshold;\r
65 \r
66     /**\r
67      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
68      */\r
69     private boolean _has_consThreshold;\r
70 \r
71     /**\r
72      * Field _pidThreshold\r
73      */\r
74     private int _pidThreshold;\r
75 \r
76     /**\r
77      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
78      */\r
79     private boolean _has_pidThreshold;\r
80 \r
81     /**\r
82      * Field _title\r
83      */\r
84     private java.lang.String _title;\r
85 \r
86     /**\r
87      * Field _showFullId\r
88      */\r
89     private boolean _showFullId;\r
90 \r
91     /**\r
92      * keeps track of state for field: _showFullId\r
93      */\r
94     private boolean _has_showFullId;\r
95 \r
96     /**\r
97      * Field _showText\r
98      */\r
99     private boolean _showText;\r
100 \r
101     /**\r
102      * keeps track of state for field: _showText\r
103      */\r
104     private boolean _has_showText;\r
105 \r
106     /**\r
107      * Field _showColourText\r
108      */\r
109     private boolean _showColourText;\r
110 \r
111     /**\r
112      * keeps track of state for field: _showColourText\r
113      */\r
114     private boolean _has_showColourText;\r
115 \r
116     /**\r
117      * Field _showBoxes\r
118      */\r
119     private boolean _showBoxes;\r
120 \r
121     /**\r
122      * keeps track of state for field: _showBoxes\r
123      */\r
124     private boolean _has_showBoxes;\r
125 \r
126     /**\r
127      * Field _wrapAlignment\r
128      */\r
129     private boolean _wrapAlignment;\r
130 \r
131     /**\r
132      * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
133      */\r
134     private boolean _has_wrapAlignment;\r
135 \r
136     /**\r
137      * Field _renderGaps\r
138      */\r
139     private boolean _renderGaps;\r
140 \r
141     /**\r
142      * keeps track of state for field: _renderGaps\r
143      */\r
144     private boolean _has_renderGaps;\r
145 \r
146     /**\r
147      * Field _showSequenceFeatures\r
148      */\r
149     private boolean _showSequenceFeatures;\r
150 \r
151     /**\r
152      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
153      */\r
154     private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
155 \r
156     /**\r
157      * Field _showAnnotation\r
158      */\r
159     private boolean _showAnnotation;\r
160 \r
161     /**\r
162      * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
163      */\r
164     private boolean _has_showAnnotation;\r
165 \r
166     /**\r
167      * Field _showConservation\r
168      */\r
169     private boolean _showConservation;\r
170 \r
171     /**\r
172      * keeps track of state for field: _showConservation\r
173      */\r
174     private boolean _has_showConservation;\r
175 \r
176     /**\r
177      * Field _showQuality\r
178      */\r
179     private boolean _showQuality;\r
180 \r
181     /**\r
182      * keeps track of state for field: _showQuality\r
183      */\r
184     private boolean _has_showQuality;\r
185 \r
186     /**\r
187      * Field _showIdentity\r
188      */\r
189     private boolean _showIdentity;\r
190 \r
191     /**\r
192      * keeps track of state for field: _showIdentity\r
193      */\r
194     private boolean _has_showIdentity;\r
195 \r
196     /**\r
197      * Field _xpos\r
198      */\r
199     private int _xpos;\r
200 \r
201     /**\r
202      * keeps track of state for field: _xpos\r
203      */\r
204     private boolean _has_xpos;\r
205 \r
206     /**\r
207      * Field _ypos\r
208      */\r
209     private int _ypos;\r
210 \r
211     /**\r
212      * keeps track of state for field: _ypos\r
213      */\r
214     private boolean _has_ypos;\r
215 \r
216     /**\r
217      * Field _width\r
218      */\r
219     private int _width;\r
220 \r
221     /**\r
222      * keeps track of state for field: _width\r
223      */\r
224     private boolean _has_width;\r
225 \r
226     /**\r
227      * Field _height\r
228      */\r
229     private int _height;\r
230 \r
231     /**\r
232      * keeps track of state for field: _height\r
233      */\r
234     private boolean _has_height;\r
235 \r
236     /**\r
237      * Field _startRes\r
238      */\r
239     private int _startRes;\r
240 \r
241     /**\r
242      * keeps track of state for field: _startRes\r
243      */\r
244     private boolean _has_startRes;\r
245 \r
246     /**\r
247      * Field _startSeq\r
248      */\r
249     private int _startSeq;\r
250 \r
251     /**\r
252      * keeps track of state for field: _startSeq\r
253      */\r
254     private boolean _has_startSeq;\r
255 \r
256     /**\r
257      * Field _fontName\r
258      */\r
259     private java.lang.String _fontName;\r
260 \r
261     /**\r
262      * Field _fontSize\r
263      */\r
264     private int _fontSize;\r
265 \r
266     /**\r
267      * keeps track of state for field: _fontSize\r
268      */\r
269     private boolean _has_fontSize;\r
270 \r
271     /**\r
272      * Field _fontStyle\r
273      */\r
274     private int _fontStyle;\r
275 \r
276     /**\r
277      * keeps track of state for field: _fontStyle\r
278      */\r
279     private boolean _has_fontStyle;\r
280 \r
281 \r
282       //----------------/\r
283      //- Constructors -/\r
284     //----------------/\r
285 \r
286     public Viewport() {\r
287         super();\r
288     } //-- jalview.binding.Viewport()\r
289 \r
290 \r
291       //-----------/\r
292      //- Methods -/\r
293     //-----------/\r
294 \r
295     /**\r
296      * Method deleteConsThreshold\r
297      * \r
298      */\r
299     public void deleteConsThreshold()\r
300     {\r
301         this._has_consThreshold= false;\r
302     } //-- void deleteConsThreshold() \r
303 \r
304     /**\r
305      * Method deleteConservationSelected\r
306      * \r
307      */\r
308     public void deleteConservationSelected()\r
309     {\r
310         this._has_conservationSelected= false;\r
311     } //-- void deleteConservationSelected() \r
312 \r
313     /**\r
314      * Method deleteFontSize\r
315      * \r
316      */\r
317     public void deleteFontSize()\r
318     {\r
319         this._has_fontSize= false;\r
320     } //-- void deleteFontSize() \r
321 \r
322     /**\r
323      * Method deleteFontStyle\r
324      * \r
325      */\r
326     public void deleteFontStyle()\r
327     {\r
328         this._has_fontStyle= false;\r
329     } //-- void deleteFontStyle() \r
330 \r
331     /**\r
332      * Method deleteHeight\r
333      * \r
334      */\r
335     public void deleteHeight()\r
336     {\r
337         this._has_height= false;\r
338     } //-- void deleteHeight() \r
339 \r
340     /**\r
341      * Method deletePidSelected\r
342      * \r
343      */\r
344     public void deletePidSelected()\r
345     {\r
346         this._has_pidSelected= false;\r
347     } //-- void deletePidSelected() \r
348 \r
349     /**\r
350      * Method deletePidThreshold\r
351      * \r
352      */\r
353     public void deletePidThreshold()\r
354     {\r
355         this._has_pidThreshold= false;\r
356     } //-- void deletePidThreshold() \r
357 \r
358     /**\r
359      * Method deleteRenderGaps\r
360      * \r
361      */\r
362     public void deleteRenderGaps()\r
363     {\r
364         this._has_renderGaps= false;\r
365     } //-- void deleteRenderGaps() \r
366 \r
367     /**\r
368      * Method deleteShowAnnotation\r
369      * \r
370      */\r
371     public void deleteShowAnnotation()\r
372     {\r
373         this._has_showAnnotation= false;\r
374     } //-- void deleteShowAnnotation() \r
375 \r
376     /**\r
377      * Method deleteShowBoxes\r
378      * \r
379      */\r
380     public void deleteShowBoxes()\r
381     {\r
382         this._has_showBoxes= false;\r
383     } //-- void deleteShowBoxes() \r
384 \r
385     /**\r
386      * Method deleteShowColourText\r
387      * \r
388      */\r
389     public void deleteShowColourText()\r
390     {\r
391         this._has_showColourText= false;\r
392     } //-- void deleteShowColourText() \r
393 \r
394     /**\r
395      * Method deleteShowConservation\r
396      * \r
397      */\r
398     public void deleteShowConservation()\r
399     {\r
400         this._has_showConservation= false;\r
401     } //-- void deleteShowConservation() \r
402 \r
403     /**\r
404      * Method deleteShowFullId\r
405      * \r
406      */\r
407     public void deleteShowFullId()\r
408     {\r
409         this._has_showFullId= false;\r
410     } //-- void deleteShowFullId() \r
411 \r
412     /**\r
413      * Method deleteShowIdentity\r
414      * \r
415      */\r
416     public void deleteShowIdentity()\r
417     {\r
418         this._has_showIdentity= false;\r
419     } //-- void deleteShowIdentity() \r
420 \r
421     /**\r
422      * Method deleteShowQuality\r
423      * \r
424      */\r
425     public void deleteShowQuality()\r
426     {\r
427         this._has_showQuality= false;\r
428     } //-- void deleteShowQuality() \r
429 \r
430     /**\r
431      * Method deleteShowSequenceFeatures\r
432      * \r
433      */\r
434     public void deleteShowSequenceFeatures()\r
435     {\r
436         this._has_showSequenceFeatures= false;\r
437     } //-- void deleteShowSequenceFeatures() \r
438 \r
439     /**\r
440      * Method deleteShowText\r
441      * \r
442      */\r
443     public void deleteShowText()\r
444     {\r
445         this._has_showText= false;\r
446     } //-- void deleteShowText() \r
447 \r
448     /**\r
449      * Method deleteStartRes\r
450      * \r
451      */\r
452     public void deleteStartRes()\r
453     {\r
454         this._has_startRes= false;\r
455     } //-- void deleteStartRes() \r
456 \r
457     /**\r
458      * Method deleteStartSeq\r
459      * \r
460      */\r
461     public void deleteStartSeq()\r
462     {\r
463         this._has_startSeq= false;\r
464     } //-- void deleteStartSeq() \r
465 \r
466     /**\r
467      * Method deleteWidth\r
468      * \r
469      */\r
470     public void deleteWidth()\r
471     {\r
472         this._has_width= false;\r
473     } //-- void deleteWidth() \r
474 \r
475     /**\r
476      * Method deleteWrapAlignment\r
477      * \r
478      */\r
479     public void deleteWrapAlignment()\r
480     {\r
481         this._has_wrapAlignment= false;\r
482     } //-- void deleteWrapAlignment() \r
483 \r
484     /**\r
485      * Method deleteXpos\r
486      * \r
487      */\r
488     public void deleteXpos()\r
489     {\r
490         this._has_xpos= false;\r
491     } //-- void deleteXpos() \r
492 \r
493     /**\r
494      * Method deleteYpos\r
495      * \r
496      */\r
497     public void deleteYpos()\r
498     {\r
499         this._has_ypos= false;\r
500     } //-- void deleteYpos() \r
501 \r
502     /**\r
503      * Returns the value of field 'bgColour'.\r
504      * \r
505      * @return String\r
506      * @return the value of field 'bgColour'.\r
507      */\r
508     public java.lang.String getBgColour()\r
509     {\r
510         return this._bgColour;\r
511     } //-- java.lang.String getBgColour() \r
512 \r
513     /**\r
514      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
515      * \r
516      * @return int\r
517      * @return the value of field 'consThreshold'.\r
518      */\r
519     public int getConsThreshold()\r
520     {\r
521         return this._consThreshold;\r
522     } //-- int getConsThreshold() \r
523 \r
524     /**\r
525      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
526      * \r
527      * @return boolean\r
528      * @return the value of field 'conservationSelected'.\r
529      */\r
530     public boolean getConservationSelected()\r
531     {\r
532         return this._conservationSelected;\r
533     } //-- boolean getConservationSelected() \r
534 \r
535     /**\r
536      * Returns the value of field 'fontName'.\r
537      * \r
538      * @return String\r
539      * @return the value of field 'fontName'.\r
540      */\r
541     public java.lang.String getFontName()\r
542     {\r
543         return this._fontName;\r
544     } //-- java.lang.String getFontName() \r
545 \r
546     /**\r
547      * Returns the value of field 'fontSize'.\r
548      * \r
549      * @return int\r
550      * @return the value of field 'fontSize'.\r
551      */\r
552     public int getFontSize()\r
553     {\r
554         return this._fontSize;\r
555     } //-- int getFontSize() \r
556 \r
557     /**\r
558      * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
559      * \r
560      * @return int\r
561      * @return the value of field 'fontStyle'.\r
562      */\r
563     public int getFontStyle()\r
564     {\r
565         return this._fontStyle;\r
566     } //-- int getFontStyle() \r
567 \r
568     /**\r
569      * Returns the value of field 'height'.\r
570      * \r
571      * @return int\r
572      * @return the value of field 'height'.\r
573      */\r
574     public int getHeight()\r
575     {\r
576         return this._height;\r
577     } //-- int getHeight() \r
578 \r
579     /**\r
580      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
581      * \r
582      * @return boolean\r
583      * @return the value of field 'pidSelected'.\r
584      */\r
585     public boolean getPidSelected()\r
586     {\r
587         return this._pidSelected;\r
588     } //-- boolean getPidSelected() \r
589 \r
590     /**\r
591      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
592      * \r
593      * @return int\r
594      * @return the value of field 'pidThreshold'.\r
595      */\r
596     public int getPidThreshold()\r
597     {\r
598         return this._pidThreshold;\r
599     } //-- int getPidThreshold() \r
600 \r
601     /**\r
602      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
603      * \r
604      * @return boolean\r
605      * @return the value of field 'renderGaps'.\r
606      */\r
607     public boolean getRenderGaps()\r
608     {\r
609         return this._renderGaps;\r
610     } //-- boolean getRenderGaps() \r
611 \r
612     /**\r
613      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
614      * \r
615      * @return boolean\r
616      * @return the value of field 'showAnnotation'.\r
617      */\r
618     public boolean getShowAnnotation()\r
619     {\r
620         return this._showAnnotation;\r
621     } //-- boolean getShowAnnotation() \r
622 \r
623     /**\r
624      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
625      * \r
626      * @return boolean\r
627      * @return the value of field 'showBoxes'.\r
628      */\r
629     public boolean getShowBoxes()\r
630     {\r
631         return this._showBoxes;\r
632     } //-- boolean getShowBoxes() \r
633 \r
634     /**\r
635      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
636      * \r
637      * @return boolean\r
638      * @return the value of field 'showColourText'.\r
639      */\r
640     public boolean getShowColourText()\r
641     {\r
642         return this._showColourText;\r
643     } //-- boolean getShowColourText() \r
644 \r
645     /**\r
646      * Returns the value of field 'showConservation'.\r
647      * \r
648      * @return boolean\r
649      * @return the value of field 'showConservation'.\r
650      */\r
651     public boolean getShowConservation()\r
652     {\r
653         return this._showConservation;\r
654     } //-- boolean getShowConservation() \r
655 \r
656     /**\r
657      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
658      * \r
659      * @return boolean\r
660      * @return the value of field 'showFullId'.\r
661      */\r
662     public boolean getShowFullId()\r
663     {\r
664         return this._showFullId;\r
665     } //-- boolean getShowFullId() \r
666 \r
667     /**\r
668      * Returns the value of field 'showIdentity'.\r
669      * \r
670      * @return boolean\r
671      * @return the value of field 'showIdentity'.\r
672      */\r
673     public boolean getShowIdentity()\r
674     {\r
675         return this._showIdentity;\r
676     } //-- boolean getShowIdentity() \r
677 \r
678     /**\r
679      * Returns the value of field 'showQuality'.\r
680      * \r
681      * @return boolean\r
682      * @return the value of field 'showQuality'.\r
683      */\r
684     public boolean getShowQuality()\r
685     {\r
686         return this._showQuality;\r
687     } //-- boolean getShowQuality() \r
688 \r
689     /**\r
690      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
691      * \r
692      * @return boolean\r
693      * @return the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
694      */\r
695     public boolean getShowSequenceFeatures()\r
696     {\r
697         return this._showSequenceFeatures;\r
698     } //-- boolean getShowSequenceFeatures() \r
699 \r
700     /**\r
701      * Returns the value of field 'showText'.\r
702      * \r
703      * @return boolean\r
704      * @return the value of field 'showText'.\r
705      */\r
706     public boolean getShowText()\r
707     {\r
708         return this._showText;\r
709     } //-- boolean getShowText() \r
710 \r
711     /**\r
712      * Returns the value of field 'startRes'.\r
713      * \r
714      * @return int\r
715      * @return the value of field 'startRes'.\r
716      */\r
717     public int getStartRes()\r
718     {\r
719         return this._startRes;\r
720     } //-- int getStartRes() \r
721 \r
722     /**\r
723      * Returns the value of field 'startSeq'.\r
724      * \r
725      * @return int\r
726      * @return the value of field 'startSeq'.\r
727      */\r
728     public int getStartSeq()\r
729     {\r
730         return this._startSeq;\r
731     } //-- int getStartSeq() \r
732 \r
733     /**\r
734      * Returns the value of field 'title'.\r
735      * \r
736      * @return String\r
737      * @return the value of field 'title'.\r
738      */\r
739     public java.lang.String getTitle()\r
740     {\r
741         return this._title;\r
742     } //-- java.lang.String getTitle() \r
743 \r
744     /**\r
745      * Returns the value of field 'width'.\r
746      * \r
747      * @return int\r
748      * @return the value of field 'width'.\r
749      */\r
750     public int getWidth()\r
751     {\r
752         return this._width;\r
753     } //-- int getWidth() \r
754 \r
755     /**\r
756      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
757      * \r
758      * @return boolean\r
759      * @return the value of field 'wrapAlignment'.\r
760      */\r
761     public boolean getWrapAlignment()\r
762     {\r
763         return this._wrapAlignment;\r
764     } //-- boolean getWrapAlignment() \r
765 \r
766     /**\r
767      * Returns the value of field 'xpos'.\r
768      * \r
769      * @return int\r
770      * @return the value of field 'xpos'.\r
771      */\r
772     public int getXpos()\r
773     {\r
774         return this._xpos;\r
775     } //-- int getXpos() \r
776 \r
777     /**\r
778      * Returns the value of field 'ypos'.\r
779      * \r
780      * @return int\r
781      * @return the value of field 'ypos'.\r
782      */\r
783     public int getYpos()\r
784     {\r
785         return this._ypos;\r
786     } //-- int getYpos() \r
787 \r
788     /**\r
789      * Method hasConsThreshold\r
790      * \r
791      * \r
792      * \r
793      * @return boolean\r
794      */\r
795     public boolean hasConsThreshold()\r
796     {\r
797         return this._has_consThreshold;\r
798     } //-- boolean hasConsThreshold() \r
799 \r
800     /**\r
801      * Method hasConservationSelected\r
802      * \r
803      * \r
804      * \r
805      * @return boolean\r
806      */\r
807     public boolean hasConservationSelected()\r
808     {\r
809         return this._has_conservationSelected;\r
810     } //-- boolean hasConservationSelected() \r
811 \r
812     /**\r
813      * Method hasFontSize\r
814      * \r
815      * \r
816      * \r
817      * @return boolean\r
818      */\r
819     public boolean hasFontSize()\r
820     {\r
821         return this._has_fontSize;\r
822     } //-- boolean hasFontSize() \r
823 \r
824     /**\r
825      * Method hasFontStyle\r
826      * \r
827      * \r
828      * \r
829      * @return boolean\r
830      */\r
831     public boolean hasFontStyle()\r
832     {\r
833         return this._has_fontStyle;\r
834     } //-- boolean hasFontStyle() \r
835 \r
836     /**\r
837      * Method hasHeight\r
838      * \r
839      * \r
840      * \r
841      * @return boolean\r
842      */\r
843     public boolean hasHeight()\r
844     {\r
845         return this._has_height;\r
846     } //-- boolean hasHeight() \r
847 \r
848     /**\r
849      * Method hasPidSelected\r
850      * \r
851      * \r
852      * \r
853      * @return boolean\r
854      */\r
855     public boolean hasPidSelected()\r
856     {\r
857         return this._has_pidSelected;\r
858     } //-- boolean hasPidSelected() \r
859 \r
860     /**\r
861      * Method hasPidThreshold\r
862      * \r
863      * \r
864      * \r
865      * @return boolean\r
866      */\r
867     public boolean hasPidThreshold()\r
868     {\r
869         return this._has_pidThreshold;\r
870     } //-- boolean hasPidThreshold() \r
871 \r
872     /**\r
873      * Method hasRenderGaps\r
874      * \r
875      * \r
876      * \r
877      * @return boolean\r
878      */\r
879     public boolean hasRenderGaps()\r
880     {\r
881         return this._has_renderGaps;\r
882     } //-- boolean hasRenderGaps() \r
883 \r
884     /**\r
885      * Method hasShowAnnotation\r
886      * \r
887      * \r
888      * \r
889      * @return boolean\r
890      */\r
891     public boolean hasShowAnnotation()\r
892     {\r
893         return this._has_showAnnotation;\r
894     } //-- boolean hasShowAnnotation() \r
895 \r
896     /**\r
897      * Method hasShowBoxes\r
898      * \r
899      * \r
900      * \r
901      * @return boolean\r
902      */\r
903     public boolean hasShowBoxes()\r
904     {\r
905         return this._has_showBoxes;\r
906     } //-- boolean hasShowBoxes() \r
907 \r
908     /**\r
909      * Method hasShowColourText\r
910      * \r
911      * \r
912      * \r
913      * @return boolean\r
914      */\r
915     public boolean hasShowColourText()\r
916     {\r
917         return this._has_showColourText;\r
918     } //-- boolean hasShowColourText() \r
919 \r
920     /**\r
921      * Method hasShowConservation\r
922      * \r
923      * \r
924      * \r
925      * @return boolean\r
926      */\r
927     public boolean hasShowConservation()\r
928     {\r
929         return this._has_showConservation;\r
930     } //-- boolean hasShowConservation() \r
931 \r
932     /**\r
933      * Method hasShowFullId\r
934      * \r
935      * \r
936      * \r
937      * @return boolean\r
938      */\r
939     public boolean hasShowFullId()\r
940     {\r
941         return this._has_showFullId;\r
942     } //-- boolean hasShowFullId() \r
943 \r
944     /**\r
945      * Method hasShowIdentity\r
946      * \r
947      * \r
948      * \r
949      * @return boolean\r
950      */\r
951     public boolean hasShowIdentity()\r
952     {\r
953         return this._has_showIdentity;\r
954     } //-- boolean hasShowIdentity() \r
955 \r
956     /**\r
957      * Method hasShowQuality\r
958      * \r
959      * \r
960      * \r
961      * @return boolean\r
962      */\r
963     public boolean hasShowQuality()\r
964     {\r
965         return this._has_showQuality;\r
966     } //-- boolean hasShowQuality() \r
967 \r
968     /**\r
969      * Method hasShowSequenceFeatures\r
970      * \r
971      * \r
972      * \r
973      * @return boolean\r
974      */\r
975     public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
976     {\r
977         return this._has_showSequenceFeatures;\r
978     } //-- boolean hasShowSequenceFeatures() \r
979 \r
980     /**\r
981      * Method hasShowText\r
982      * \r
983      * \r
984      * \r
985      * @return boolean\r
986      */\r
987     public boolean hasShowText()\r
988     {\r
989         return this._has_showText;\r
990     } //-- boolean hasShowText() \r
991 \r
992     /**\r
993      * Method hasStartRes\r
994      * \r
995      * \r
996      * \r
997      * @return boolean\r
998      */\r
999     public boolean hasStartRes()\r
1000     {\r
1001         return this._has_startRes;\r
1002     } //-- boolean hasStartRes() \r
1003 \r
1004     /**\r
1005      * Method hasStartSeq\r
1006      * \r
1007      * \r
1008      * \r
1009      * @return boolean\r
1010      */\r
1011     public boolean hasStartSeq()\r
1012     {\r
1013         return this._has_startSeq;\r
1014     } //-- boolean hasStartSeq() \r
1015 \r
1016     /**\r
1017      * Method hasWidth\r
1018      * \r
1019      * \r
1020      * \r
1021      * @return boolean\r
1022      */\r
1023     public boolean hasWidth()\r
1024     {\r
1025         return this._has_width;\r
1026     } //-- boolean hasWidth() \r
1027 \r
1028     /**\r
1029      * Method hasWrapAlignment\r
1030      * \r
1031      * \r
1032      * \r
1033      * @return boolean\r
1034      */\r
1035     public boolean hasWrapAlignment()\r
1036     {\r
1037         return this._has_wrapAlignment;\r
1038     } //-- boolean hasWrapAlignment() \r
1039 \r
1040     /**\r
1041      * Method hasXpos\r
1042      * \r
1043      * \r
1044      * \r
1045      * @return boolean\r
1046      */\r
1047     public boolean hasXpos()\r
1048     {\r
1049         return this._has_xpos;\r
1050     } //-- boolean hasXpos() \r
1051 \r
1052     /**\r
1053      * Method hasYpos\r
1054      * \r
1055      * \r
1056      * \r
1057      * @return boolean\r
1058      */\r
1059     public boolean hasYpos()\r
1060     {\r
1061         return this._has_ypos;\r
1062     } //-- boolean hasYpos() \r
1063 \r
1064     /**\r
1065      * Method isValid\r
1066      * \r
1067      * \r
1068      * \r
1069      * @return boolean\r
1070      */\r
1071     public boolean isValid()\r
1072     {\r
1073         try {\r
1074             validate();\r
1075         }\r
1076         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
1077             return false;\r
1078         }\r
1079         return true;\r
1080     } //-- boolean isValid() \r
1081 \r
1082     /**\r
1083      * Method marshal\r
1084      * \r
1085      * \r
1086      * \r
1087      * @param out\r
1088      */\r
1089     public void marshal(java.io.Writer out)\r
1090         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1091     {\r
1092         \r
1093         Marshaller.marshal(this, out);\r
1094     } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
1095 \r
1096     /**\r
1097      * Method marshal\r
1098      * \r
1099      * \r
1100      * \r
1101      * @param handler\r
1102      */\r
1103     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1104         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1105     {\r
1106         \r
1107         Marshaller.marshal(this, handler);\r
1108     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
1109 \r
1110     /**\r
1111      * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1112      * \r
1113      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
1114      */\r
1115     public void setBgColour(java.lang.String bgColour)\r
1116     {\r
1117         this._bgColour = bgColour;\r
1118     } //-- void setBgColour(java.lang.String) \r
1119 \r
1120     /**\r
1121      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1122      * \r
1123      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
1124      */\r
1125     public void setConsThreshold(int consThreshold)\r
1126     {\r
1127         this._consThreshold = consThreshold;\r
1128         this._has_consThreshold = true;\r
1129     } //-- void setConsThreshold(int) \r
1130 \r
1131     /**\r
1132      * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1133      * \r
1134      * @param conservationSelected the value of field\r
1135      * 'conservationSelected'.\r
1136      */\r
1137     public void setConservationSelected(boolean conservationSelected)\r
1138     {\r
1139         this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1140         this._has_conservationSelected = true;\r
1141     } //-- void setConservationSelected(boolean) \r
1142 \r
1143     /**\r
1144      * Sets the value of field 'fontName'.\r
1145      * \r
1146      * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
1147      */\r
1148     public void setFontName(java.lang.String fontName)\r
1149     {\r
1150         this._fontName = fontName;\r
1151     } //-- void setFontName(java.lang.String) \r
1152 \r
1153     /**\r
1154      * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1155      * \r
1156      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
1157      */\r
1158     public void setFontSize(int fontSize)\r
1159     {\r
1160         this._fontSize = fontSize;\r
1161         this._has_fontSize = true;\r
1162     } //-- void setFontSize(int) \r
1163 \r
1164     /**\r
1165      * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
1166      * \r
1167      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
1168      */\r
1169     public void setFontStyle(int fontStyle)\r
1170     {\r
1171         this._fontStyle = fontStyle;\r
1172         this._has_fontStyle = true;\r
1173     } //-- void setFontStyle(int) \r
1174 \r
1175     /**\r
1176      * Sets the value of field 'height'.\r
1177      * \r
1178      * @param height the value of field 'height'.\r
1179      */\r
1180     public void setHeight(int height)\r
1181     {\r
1182         this._height = height;\r
1183         this._has_height = true;\r
1184     } //-- void setHeight(int) \r
1185 \r
1186     /**\r
1187      * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
1188      * \r
1189      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
1190      */\r
1191     public void setPidSelected(boolean pidSelected)\r
1192     {\r
1193         this._pidSelected = pidSelected;\r
1194         this._has_pidSelected = true;\r
1195     } //-- void setPidSelected(boolean) \r
1196 \r
1197     /**\r
1198      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
1199      * \r
1200      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
1201      */\r
1202     public void setPidThreshold(int pidThreshold)\r
1203     {\r
1204         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
1205         this._has_pidThreshold = true;\r
1206     } //-- void setPidThreshold(int) \r
1207 \r
1208     /**\r
1209      * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
1210      * \r
1211      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
1212      */\r
1213     public void setRenderGaps(boolean renderGaps)\r
1214     {\r
1215         this._renderGaps = renderGaps;\r
1216         this._has_renderGaps = true;\r
1217     } //-- void setRenderGaps(boolean) \r
1218 \r
1219     /**\r
1220      * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
1221      * \r
1222      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
1223      */\r
1224     public void setShowAnnotation(boolean showAnnotation)\r
1225     {\r
1226         this._showAnnotation = showAnnotation;\r
1227         this._has_showAnnotation = true;\r
1228     } //-- void setShowAnnotation(boolean) \r
1229 \r
1230     /**\r
1231      * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
1232      * \r
1233      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
1234      */\r
1235     public void setShowBoxes(boolean showBoxes)\r
1236     {\r
1237         this._showBoxes = showBoxes;\r
1238         this._has_showBoxes = true;\r
1239     } //-- void setShowBoxes(boolean) \r
1240 \r
1241     /**\r
1242      * Sets the value of field 'showColourText'.\r
1243      * \r
1244      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
1245      */\r
1246     public void setShowColourText(boolean showColourText)\r
1247     {\r
1248         this._showColourText = showColourText;\r
1249         this._has_showColourText = true;\r
1250     } //-- void setShowColourText(boolean) \r
1251 \r
1252     /**\r
1253      * Sets the value of field 'showConservation'.\r
1254      * \r
1255      * @param showConservation the value of field 'showConservation'\r
1256      */\r
1257     public void setShowConservation(boolean showConservation)\r
1258     {\r
1259         this._showConservation = showConservation;\r
1260         this._has_showConservation = true;\r
1261     } //-- void setShowConservation(boolean) \r
1262 \r
1263     /**\r
1264      * Sets the value of field 'showFullId'.\r
1265      * \r
1266      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
1267      */\r
1268     public void setShowFullId(boolean showFullId)\r
1269     {\r
1270         this._showFullId = showFullId;\r
1271         this._has_showFullId = true;\r
1272     } //-- void setShowFullId(boolean) \r
1273 \r
1274     /**\r
1275      * Sets the value of field 'showIdentity'.\r
1276      * \r
1277      * @param showIdentity the value of field 'showIdentity'.\r
1278      */\r
1279     public void setShowIdentity(boolean showIdentity)\r
1280     {\r
1281         this._showIdentity = showIdentity;\r
1282         this._has_showIdentity = true;\r
1283     } //-- void setShowIdentity(boolean) \r
1284 \r
1285     /**\r
1286      * Sets the value of field 'showQuality'.\r
1287      * \r
1288      * @param showQuality the value of field 'showQuality'.\r
1289      */\r
1290     public void setShowQuality(boolean showQuality)\r
1291     {\r
1292         this._showQuality = showQuality;\r
1293         this._has_showQuality = true;\r
1294     } //-- void setShowQuality(boolean) \r
1295 \r
1296     /**\r
1297      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1298      * \r
1299      * @param showSequenceFeatures the value of field\r
1300      * 'showSequenceFeatures'.\r
1301      */\r
1302     public void setShowSequenceFeatures(boolean showSequenceFeatures)\r
1303     {\r
1304         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
1305         this._has_showSequenceFeatures = true;\r
1306     } //-- void setShowSequenceFeatures(boolean) \r
1307 \r
1308     /**\r
1309      * Sets the value of field 'showText'.\r
1310      * \r
1311      * @param showText the value of field 'showText'.\r
1312      */\r
1313     public void setShowText(boolean showText)\r
1314     {\r
1315         this._showText = showText;\r
1316         this._has_showText = true;\r
1317     } //-- void setShowText(boolean) \r
1318 \r
1319     /**\r
1320      * Sets the value of field 'startRes'.\r
1321      * \r
1322      * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
1323      */\r
1324     public void setStartRes(int startRes)\r
1325     {\r
1326         this._startRes = startRes;\r
1327         this._has_startRes = true;\r
1328     } //-- void setStartRes(int) \r
1329 \r
1330     /**\r
1331      * Sets the value of field 'startSeq'.\r
1332      * \r
1333      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
1334      */\r
1335     public void setStartSeq(int startSeq)\r
1336     {\r
1337         this._startSeq = startSeq;\r
1338         this._has_startSeq = true;\r
1339     } //-- void setStartSeq(int) \r
1340 \r
1341     /**\r
1342      * Sets the value of field 'title'.\r
1343      * \r
1344      * @param title the value of field 'title'.\r
1345      */\r
1346     public void setTitle(java.lang.String title)\r
1347     {\r
1348         this._title = title;\r
1349     } //-- void setTitle(java.lang.String) \r
1350 \r
1351     /**\r
1352      * Sets the value of field 'width'.\r
1353      * \r
1354      * @param width the value of field 'width'.\r
1355      */\r
1356     public void setWidth(int width)\r
1357     {\r
1358         this._width = width;\r
1359         this._has_width = true;\r
1360     } //-- void setWidth(int) \r
1361 \r
1362     /**\r
1363      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
1364      * \r
1365      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
1366      */\r
1367     public void setWrapAlignment(boolean wrapAlignment)\r
1368     {\r
1369         this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
1370         this._has_wrapAlignment = true;\r
1371     } //-- void setWrapAlignment(boolean) \r
1372 \r
1373     /**\r
1374      * Sets the value of field 'xpos'.\r
1375      * \r
1376      * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
1377      */\r
1378     public void setXpos(int xpos)\r
1379     {\r
1380         this._xpos = xpos;\r
1381         this._has_xpos = true;\r
1382     } //-- void setXpos(int) \r
1383 \r
1384     /**\r
1385      * Sets the value of field 'ypos'.\r
1386      * \r
1387      * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
1388      */\r
1389     public void setYpos(int ypos)\r
1390     {\r
1391         this._ypos = ypos;\r
1392         this._has_ypos = true;\r
1393     } //-- void setYpos(int) \r
1394 \r
1395     /**\r
1396      * Method unmarshal\r
1397      * \r
1398      * \r
1399      * \r
1400      * @param reader\r
1401      * @return Object\r
1402      */\r
1403     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
1404         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1405     {\r
1406         return (jalview.binding.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Viewport.class, reader);\r
1407     } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
1408 \r
1409     /**\r
1410      * Method validate\r
1411      * \r
1412      */\r
1413     public void validate()\r
1414         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1415     {\r
1416         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
1417         validator.validate(this);\r
1418     } //-- void validate() \r
1419 \r
1420 }\r