src/jalview/binding/Viewport.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.binding;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import java.io.IOException;\r
  15 import java.io.Reader;\r
  16 import java.io.Serializable;\r
  17 import java.io.Writer;\r
  18 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  19 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  20 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  21 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  22 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  23 \r
  24 /**\r
  25  * Class Viewport.\r
  26  * \r
  27  * @version $Revision$ $Date$\r
  28  */\r
  29 public class Viewport implements java.io.Serializable {\r
  30 \r
  31 \r
  32       //--------------------------/\r
  33      //- Class/Member Variables -/\r
  34     //--------------------------/\r
  35 \r
  36     /**\r
  37      * Field _conservationSelected\r
  38      */\r
  39     private boolean _conservationSelected;\r
  40 \r
  41     /**\r
  42      * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
  43      */\r
  44     private boolean _has_conservationSelected;\r
  45 \r
  46     /**\r
  47      * Field _pidSelected\r
  48      */\r
  49     private boolean _pidSelected;\r
  50 \r
  51     /**\r
  52      * keeps track of state for field: _pidSelected\r
  53      */\r
  54     private boolean _has_pidSelected;\r
  55 \r
  56     /**\r
  57      * Field _bgColour\r
  58      */\r
  59     private java.lang.String _bgColour;\r
  60 \r
  61     /**\r
  62      * Field _consThreshold\r
  63      */\r
  64     private int _consThreshold;\r
  65 \r
  66     /**\r
  67      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  68      */\r
  69     private boolean _has_consThreshold;\r
  70 \r
  71     /**\r
  72      * Field _pidThreshold\r
  73      */\r
  74     private int _pidThreshold;\r
  75 \r
  76     /**\r
  77      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  78      */\r
  79     private boolean _has_pidThreshold;\r
  80 \r
  81     /**\r
  82      * Field _title\r
  83      */\r
  84     private java.lang.String _title;\r
  85 \r
  86     /**\r
  87      * Field _showFullId\r
  88      */\r
  89     private boolean _showFullId;\r
  90 \r
  91     /**\r
  92      * keeps track of state for field: _showFullId\r
  93      */\r
  94     private boolean _has_showFullId;\r
  95 \r
  96     /**\r
  97      * Field _showText\r
  98      */\r
  99     private boolean _showText;\r
 100 \r
 101     /**\r
 102      * keeps track of state for field: _showText\r
 103      */\r
 104     private boolean _has_showText;\r
 105 \r
 106     /**\r
 107      * Field _showColourText\r
 108      */\r
 109     private boolean _showColourText;\r
 110 \r
 111     /**\r
 112      * keeps track of state for field: _showColourText\r
 113      */\r
 114     private boolean _has_showColourText;\r
 115 \r
 116     /**\r
 117      * Field _showBoxes\r
 118      */\r
 119     private boolean _showBoxes;\r
 120 \r
 121     /**\r
 122      * keeps track of state for field: _showBoxes\r
 123      */\r
 124     private boolean _has_showBoxes;\r
 125 \r
 126     /**\r
 127      * Field _wrapAlignment\r
 128      */\r
 129     private boolean _wrapAlignment;\r
 130 \r
 131     /**\r
 132      * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
 133      */\r
 134     private boolean _has_wrapAlignment;\r
 135 \r
 136     /**\r
 137      * Field _renderGaps\r
 138      */\r
 139     private boolean _renderGaps;\r
 140 \r
 141     /**\r
 142      * keeps track of state for field: _renderGaps\r
 143      */\r
 144     private boolean _has_renderGaps;\r
 145 \r
 146     /**\r
 147      * Field _showSequenceFeatures\r
 148      */\r
 149     private boolean _showSequenceFeatures;\r
 150 \r
 151     /**\r
 152      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
 153      */\r
 154     private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
 155 \r
 156     /**\r
 157      * Field _showAnnotation\r
 158      */\r
 159     private boolean _showAnnotation;\r
 160 \r
 161     /**\r
 162      * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
 163      */\r
 164     private boolean _has_showAnnotation;\r
 165 \r
 166     /**\r
 167      * Field _showConservation\r
 168      */\r
 169     private boolean _showConservation;\r
 170 \r
 171     /**\r
 172      * keeps track of state for field: _showConservation\r
 173      */\r
 174     private boolean _has_showConservation;\r
 175 \r
 176     /**\r
 177      * Field _showQuality\r
 178      */\r
 179     private boolean _showQuality;\r
 180 \r
 181     /**\r
 182      * keeps track of state for field: _showQuality\r
 183      */\r
 184     private boolean _has_showQuality;\r
 185 \r
 186     /**\r
 187      * Field _showIdentity\r
 188      */\r
 189     private boolean _showIdentity;\r
 190 \r
 191     /**\r
 192      * keeps track of state for field: _showIdentity\r
 193      */\r
 194     private boolean _has_showIdentity;\r
 195 \r
 196     /**\r
 197      * Field _xpos\r
 198      */\r
 199     private int _xpos;\r
 200 \r
 201     /**\r
 202      * keeps track of state for field: _xpos\r
 203      */\r
 204     private boolean _has_xpos;\r
 205 \r
 206     /**\r
 207      * Field _ypos\r
 208      */\r
 209     private int _ypos;\r
 210 \r
 211     /**\r
 212      * keeps track of state for field: _ypos\r
 213      */\r
 214     private boolean _has_ypos;\r
 215 \r
 216     /**\r
 217      * Field _width\r
 218      */\r
 219     private int _width;\r
 220 \r
 221     /**\r
 222      * keeps track of state for field: _width\r
 223      */\r
 224     private boolean _has_width;\r
 225 \r
 226     /**\r
 227      * Field _height\r
 228      */\r
 229     private int _height;\r
 230 \r
 231     /**\r
 232      * keeps track of state for field: _height\r
 233      */\r
 234     private boolean _has_height;\r
 235 \r
 236     /**\r
 237      * Field _startRes\r
 238      */\r
 239     private int _startRes;\r
 240 \r
 241     /**\r
 242      * keeps track of state for field: _startRes\r
 243      */\r
 244     private boolean _has_startRes;\r
 245 \r
 246     /**\r
 247      * Field _startSeq\r
 248      */\r
 249     private int _startSeq;\r
 250 \r
 251     /**\r
 252      * keeps track of state for field: _startSeq\r
 253      */\r
 254     private boolean _has_startSeq;\r
 255 \r
 256     /**\r
 257      * Field _fontName\r
 258      */\r
 259     private java.lang.String _fontName;\r
 260 \r
 261     /**\r
 262      * Field _fontSize\r
 263      */\r
 264     private int _fontSize;\r
 265 \r
 266     /**\r
 267      * keeps track of state for field: _fontSize\r
 268      */\r
 269     private boolean _has_fontSize;\r
 270 \r
 271     /**\r
 272      * Field _fontStyle\r
 273      */\r
 274     private int _fontStyle;\r
 275 \r
 276     /**\r
 277      * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 278      */\r
 279     private boolean _has_fontStyle;\r
 280 \r
 281 \r
 282       //----------------/\r
 283      //- Constructors -/\r
 284     //----------------/\r
 285 \r
 286     public Viewport() {\r
 287         super();\r
 288     } //-- jalview.binding.Viewport()\r
 289 \r
 290 \r
 291       //-----------/\r
 292      //- Methods -/\r
 293     //-----------/\r
 294 \r
 295     /**\r
 296      * Method deleteConsThreshold\r
 297      * \r
 298      */\r
 299     public void deleteConsThreshold()\r
 300     {\r
 301         this._has_consThreshold= false;\r
 302     } //-- void deleteConsThreshold() \r
 303 \r
 304     /**\r
 305      * Method deleteConservationSelected\r
 306      * \r
 307      */\r
 308     public void deleteConservationSelected()\r
 309     {\r
 310         this._has_conservationSelected= false;\r
 311     } //-- void deleteConservationSelected() \r
 312 \r
 313     /**\r
 314      * Method deleteFontSize\r
 315      * \r
 316      */\r
 317     public void deleteFontSize()\r
 318     {\r
 319         this._has_fontSize= false;\r
 320     } //-- void deleteFontSize() \r
 321 \r
 322     /**\r
 323      * Method deleteFontStyle\r
 324      * \r
 325      */\r
 326     public void deleteFontStyle()\r
 327     {\r
 328         this._has_fontStyle= false;\r
 329     } //-- void deleteFontStyle() \r
 330 \r
 331     /**\r
 332      * Method deleteHeight\r
 333      * \r
 334      */\r
 335     public void deleteHeight()\r
 336     {\r
 337         this._has_height= false;\r
 338     } //-- void deleteHeight() \r
 339 \r
 340     /**\r
 341      * Method deletePidSelected\r
 342      * \r
 343      */\r
 344     public void deletePidSelected()\r
 345     {\r
 346         this._has_pidSelected= false;\r
 347     } //-- void deletePidSelected() \r
 348 \r
 349     /**\r
 350      * Method deletePidThreshold\r
 351      * \r
 352      */\r
 353     public void deletePidThreshold()\r
 354     {\r
 355         this._has_pidThreshold= false;\r
 356     } //-- void deletePidThreshold() \r
 357 \r
 358     /**\r
 359      * Method deleteRenderGaps\r
 360      * \r
 361      */\r
 362     public void deleteRenderGaps()\r
 363     {\r
 364         this._has_renderGaps= false;\r
 365     } //-- void deleteRenderGaps() \r
 366 \r
 367     /**\r
 368      * Method deleteShowAnnotation\r
 369      * \r
 370      */\r
 371     public void deleteShowAnnotation()\r
 372     {\r
 373         this._has_showAnnotation= false;\r
 374     } //-- void deleteShowAnnotation() \r
 375 \r
 376     /**\r
 377      * Method deleteShowBoxes\r
 378      * \r
 379      */\r
 380     public void deleteShowBoxes()\r
 381     {\r
 382         this._has_showBoxes= false;\r
 383     } //-- void deleteShowBoxes() \r
 384 \r
 385     /**\r
 386      * Method deleteShowColourText\r
 387      * \r
 388      */\r
 389     public void deleteShowColourText()\r
 390     {\r
 391         this._has_showColourText= false;\r
 392     } //-- void deleteShowColourText() \r
 393 \r
 394     /**\r
 395      * Method deleteShowConservation\r
 396      * \r
 397      */\r
 398     public void deleteShowConservation()\r
 399     {\r
 400         this._has_showConservation= false;\r
 401     } //-- void deleteShowConservation() \r
 402 \r
 403     /**\r
 404      * Method deleteShowFullId\r
 405      * \r
 406      */\r
 407     public void deleteShowFullId()\r
 408     {\r
 409         this._has_showFullId= false;\r
 410     } //-- void deleteShowFullId() \r
 411 \r
 412     /**\r
 413      * Method deleteShowIdentity\r
 414      * \r
 415      */\r
 416     public void deleteShowIdentity()\r
 417     {\r
 418         this._has_showIdentity= false;\r
 419     } //-- void deleteShowIdentity() \r
 420 \r
 421     /**\r
 422      * Method deleteShowQuality\r
 423      * \r
 424      */\r
 425     public void deleteShowQuality()\r
 426     {\r
 427         this._has_showQuality= false;\r
 428     } //-- void deleteShowQuality() \r
 429 \r
 430     /**\r
 431      * Method deleteShowSequenceFeatures\r
 432      * \r
 433      */\r
 434     public void deleteShowSequenceFeatures()\r
 435     {\r
 436         this._has_showSequenceFeatures= false;\r
 437     } //-- void deleteShowSequenceFeatures() \r
 438 \r
 439     /**\r
 440      * Method deleteShowText\r
 441      * \r
 442      */\r
 443     public void deleteShowText()\r
 444     {\r
 445         this._has_showText= false;\r
 446     } //-- void deleteShowText() \r
 447 \r
 448     /**\r
 449      * Method deleteStartRes\r
 450      * \r
 451      */\r
 452     public void deleteStartRes()\r
 453     {\r
 454         this._has_startRes= false;\r
 455     } //-- void deleteStartRes() \r
 456 \r
 457     /**\r
 458      * Method deleteStartSeq\r
 459      * \r
 460      */\r
 461     public void deleteStartSeq()\r
 462     {\r
 463         this._has_startSeq= false;\r
 464     } //-- void deleteStartSeq() \r
 465 \r
 466     /**\r
 467      * Method deleteWidth\r
 468      * \r
 469      */\r
 470     public void deleteWidth()\r
 471     {\r
 472         this._has_width= false;\r
 473     } //-- void deleteWidth() \r
 474 \r
 475     /**\r
 476      * Method deleteWrapAlignment\r
 477      * \r
 478      */\r
 479     public void deleteWrapAlignment()\r
 480     {\r
 481         this._has_wrapAlignment= false;\r
 482     } //-- void deleteWrapAlignment() \r
 483 \r
 484     /**\r
 485      * Method deleteXpos\r
 486      * \r
 487      */\r
 488     public void deleteXpos()\r
 489     {\r
 490         this._has_xpos= false;\r
 491     } //-- void deleteXpos() \r
 492 \r
 493     /**\r
 494      * Method deleteYpos\r
 495      * \r
 496      */\r
 497     public void deleteYpos()\r
 498     {\r
 499         this._has_ypos= false;\r
 500     } //-- void deleteYpos() \r
 501 \r
 502     /**\r
 503      * Returns the value of field 'bgColour'.\r
 504      * \r
 505      * @return String\r
 506      * @return the value of field 'bgColour'.\r
 507      */\r
 508     public java.lang.String getBgColour()\r
 509     {\r
 510         return this._bgColour;\r
 511     } //-- java.lang.String getBgColour() \r
 512 \r
 513     /**\r
 514      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 515      * \r
 516      * @return int\r
 517      * @return the value of field 'consThreshold'.\r
 518      */\r
 519     public int getConsThreshold()\r
 520     {\r
 521         return this._consThreshold;\r
 522     } //-- int getConsThreshold() \r
 523 \r
 524     /**\r
 525      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
 526      * \r
 527      * @return boolean\r
 528      * @return the value of field 'conservationSelected'.\r
 529      */\r
 530     public boolean getConservationSelected()\r
 531     {\r
 532         return this._conservationSelected;\r
 533     } //-- boolean getConservationSelected() \r
 534 \r
 535     /**\r
 536      * Returns the value of field 'fontName'.\r
 537      * \r
 538      * @return String\r
 539      * @return the value of field 'fontName'.\r
 540      */\r
 541     public java.lang.String getFontName()\r
 542     {\r
 543         return this._fontName;\r
 544     } //-- java.lang.String getFontName() \r
 545 \r
 546     /**\r
 547      * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 548      * \r
 549      * @return int\r
 550      * @return the value of field 'fontSize'.\r
 551      */\r
 552     public int getFontSize()\r
 553     {\r
 554         return this._fontSize;\r
 555     } //-- int getFontSize() \r
 556 \r
 557     /**\r
 558      * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 559      * \r
 560      * @return int\r
 561      * @return the value of field 'fontStyle'.\r
 562      */\r
 563     public int getFontStyle()\r
 564     {\r
 565         return this._fontStyle;\r
 566     } //-- int getFontStyle() \r
 567 \r
 568     /**\r
 569      * Returns the value of field 'height'.\r
 570      * \r
 571      * @return int\r
 572      * @return the value of field 'height'.\r
 573      */\r
 574     public int getHeight()\r
 575     {\r
 576         return this._height;\r
 577     } //-- int getHeight() \r
 578 \r
 579     /**\r
 580      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
 581      * \r
 582      * @return boolean\r
 583      * @return the value of field 'pidSelected'.\r
 584      */\r
 585     public boolean getPidSelected()\r
 586     {\r
 587         return this._pidSelected;\r
 588     } //-- boolean getPidSelected() \r
 589 \r
 590     /**\r
 591      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 592      * \r
 593      * @return int\r
 594      * @return the value of field 'pidThreshold'.\r
 595      */\r
 596     public int getPidThreshold()\r
 597     {\r
 598         return this._pidThreshold;\r
 599     } //-- int getPidThreshold() \r
 600 \r
 601     /**\r
 602      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
 603      * \r
 604      * @return boolean\r
 605      * @return the value of field 'renderGaps'.\r
 606      */\r
 607     public boolean getRenderGaps()\r
 608     {\r
 609         return this._renderGaps;\r
 610     } //-- boolean getRenderGaps() \r
 611 \r
 612     /**\r
 613      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
 614      * \r
 615      * @return boolean\r
 616      * @return the value of field 'showAnnotation'.\r
 617      */\r
 618     public boolean getShowAnnotation()\r
 619     {\r
 620         return this._showAnnotation;\r
 621     } //-- boolean getShowAnnotation() \r
 622 \r
 623     /**\r
 624      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
 625      * \r
 626      * @return boolean\r
 627      * @return the value of field 'showBoxes'.\r
 628      */\r
 629     public boolean getShowBoxes()\r
 630     {\r
 631         return this._showBoxes;\r
 632     } //-- boolean getShowBoxes() \r
 633 \r
 634     /**\r
 635      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
 636      * \r
 637      * @return boolean\r
 638      * @return the value of field 'showColourText'.\r
 639      */\r
 640     public boolean getShowColourText()\r
 641     {\r
 642         return this._showColourText;\r
 643     } //-- boolean getShowColourText() \r
 644 \r
 645     /**\r
 646      * Returns the value of field 'showConservation'.\r
 647      * \r
 648      * @return boolean\r
 649      * @return the value of field 'showConservation'.\r
 650      */\r
 651     public boolean getShowConservation()\r
 652     {\r
 653         return this._showConservation;\r
 654     } //-- boolean getShowConservation() \r
 655 \r
 656     /**\r
 657      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
 658      * \r
 659      * @return boolean\r
 660      * @return the value of field 'showFullId'.\r
 661      */\r
 662     public boolean getShowFullId()\r
 663     {\r
 664         return this._showFullId;\r
 665     } //-- boolean getShowFullId() \r
 666 \r
 667     /**\r
 668      * Returns the value of field 'showIdentity'.\r
 669      * \r
 670      * @return boolean\r
 671      * @return the value of field 'showIdentity'.\r
 672      */\r
 673     public boolean getShowIdentity()\r
 674     {\r
 675         return this._showIdentity;\r
 676     } //-- boolean getShowIdentity() \r
 677 \r
 678     /**\r
 679      * Returns the value of field 'showQuality'.\r
 680      * \r
 681      * @return boolean\r
 682      * @return the value of field 'showQuality'.\r
 683      */\r
 684     public boolean getShowQuality()\r
 685     {\r
 686         return this._showQuality;\r
 687     } //-- boolean getShowQuality() \r
 688 \r
 689     /**\r
 690      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 691      * \r
 692      * @return boolean\r
 693      * @return the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 694      */\r
 695     public boolean getShowSequenceFeatures()\r
 696     {\r
 697         return this._showSequenceFeatures;\r
 698     } //-- boolean getShowSequenceFeatures() \r
 699 \r
 700     /**\r
 701      * Returns the value of field 'showText'.\r
 702      * \r
 703      * @return boolean\r
 704      * @return the value of field 'showText'.\r
 705      */\r
 706     public boolean getShowText()\r
 707     {\r
 708         return this._showText;\r
 709     } //-- boolean getShowText() \r
 710 \r
 711     /**\r
 712      * Returns the value of field 'startRes'.\r
 713      * \r
 714      * @return int\r
 715      * @return the value of field 'startRes'.\r
 716      */\r
 717     public int getStartRes()\r
 718     {\r
 719         return this._startRes;\r
 720     } //-- int getStartRes() \r
 721 \r
 722     /**\r
 723      * Returns the value of field 'startSeq'.\r
 724      * \r
 725      * @return int\r
 726      * @return the value of field 'startSeq'.\r
 727      */\r
 728     public int getStartSeq()\r
 729     {\r
 730         return this._startSeq;\r
 731     } //-- int getStartSeq() \r
 732 \r
 733     /**\r
 734      * Returns the value of field 'title'.\r
 735      * \r
 736      * @return String\r
 737      * @return the value of field 'title'.\r
 738      */\r
 739     public java.lang.String getTitle()\r
 740     {\r
 741         return this._title;\r
 742     } //-- java.lang.String getTitle() \r
 743 \r
 744     /**\r
 745      * Returns the value of field 'width'.\r
 746      * \r
 747      * @return int\r
 748      * @return the value of field 'width'.\r
 749      */\r
 750     public int getWidth()\r
 751     {\r
 752         return this._width;\r
 753     } //-- int getWidth() \r
 754 \r
 755     /**\r
 756      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
 757      * \r
 758      * @return boolean\r
 759      * @return the value of field 'wrapAlignment'.\r
 760      */\r
 761     public boolean getWrapAlignment()\r
 762     {\r
 763         return this._wrapAlignment;\r
 764     } //-- boolean getWrapAlignment() \r
 765 \r
 766     /**\r
 767      * Returns the value of field 'xpos'.\r
 768      * \r
 769      * @return int\r
 770      * @return the value of field 'xpos'.\r
 771      */\r
 772     public int getXpos()\r
 773     {\r
 774         return this._xpos;\r
 775     } //-- int getXpos() \r
 776 \r
 777     /**\r
 778      * Returns the value of field 'ypos'.\r
 779      * \r
 780      * @return int\r
 781      * @return the value of field 'ypos'.\r
 782      */\r
 783     public int getYpos()\r
 784     {\r
 785         return this._ypos;\r
 786     } //-- int getYpos() \r
 787 \r
 788     /**\r
 789      * Method hasConsThreshold\r
 790      * \r
 791      * \r
 792      * \r
 793      * @return boolean\r
 794      */\r
 795     public boolean hasConsThreshold()\r
 796     {\r
 797         return this._has_consThreshold;\r
 798     } //-- boolean hasConsThreshold() \r
 799 \r
 800     /**\r
 801      * Method hasConservationSelected\r
 802      * \r
 803      * \r
 804      * \r
 805      * @return boolean\r
 806      */\r
 807     public boolean hasConservationSelected()\r
 808     {\r
 809         return this._has_conservationSelected;\r
 810     } //-- boolean hasConservationSelected() \r
 811 \r
 812     /**\r
 813      * Method hasFontSize\r
 814      * \r
 815      * \r
 816      * \r
 817      * @return boolean\r
 818      */\r
 819     public boolean hasFontSize()\r
 820     {\r
 821         return this._has_fontSize;\r
 822     } //-- boolean hasFontSize() \r
 823 \r
 824     /**\r
 825      * Method hasFontStyle\r
 826      * \r
 827      * \r
 828      * \r
 829      * @return boolean\r
 830      */\r
 831     public boolean hasFontStyle()\r
 832     {\r
 833         return this._has_fontStyle;\r
 834     } //-- boolean hasFontStyle() \r
 835 \r
 836     /**\r
 837      * Method hasHeight\r
 838      * \r
 839      * \r
 840      * \r
 841      * @return boolean\r
 842      */\r
 843     public boolean hasHeight()\r
 844     {\r
 845         return this._has_height;\r
 846     } //-- boolean hasHeight() \r
 847 \r
 848     /**\r
 849      * Method hasPidSelected\r
 850      * \r
 851      * \r
 852      * \r
 853      * @return boolean\r
 854      */\r
 855     public boolean hasPidSelected()\r
 856     {\r
 857         return this._has_pidSelected;\r
 858     } //-- boolean hasPidSelected() \r
 859 \r
 860     /**\r
 861      * Method hasPidThreshold\r
 862      * \r
 863      * \r
 864      * \r
 865      * @return boolean\r
 866      */\r
 867     public boolean hasPidThreshold()\r
 868     {\r
 869         return this._has_pidThreshold;\r
 870     } //-- boolean hasPidThreshold() \r
 871 \r
 872     /**\r
 873      * Method hasRenderGaps\r
 874      * \r
 875      * \r
 876      * \r
 877      * @return boolean\r
 878      */\r
 879     public boolean hasRenderGaps()\r
 880     {\r
 881         return this._has_renderGaps;\r
 882     } //-- boolean hasRenderGaps() \r
 883 \r
 884     /**\r
 885      * Method hasShowAnnotation\r
 886      * \r
 887      * \r
 888      * \r
 889      * @return boolean\r
 890      */\r
 891     public boolean hasShowAnnotation()\r
 892     {\r
 893         return this._has_showAnnotation;\r
 894     } //-- boolean hasShowAnnotation() \r
 895 \r
 896     /**\r
 897      * Method hasShowBoxes\r
 898      * \r
 899      * \r
 900      * \r
 901      * @return boolean\r
 902      */\r
 903     public boolean hasShowBoxes()\r
 904     {\r
 905         return this._has_showBoxes;\r
 906     } //-- boolean hasShowBoxes() \r
 907 \r
 908     /**\r
 909      * Method hasShowColourText\r
 910      * \r
 911      * \r
 912      * \r
 913      * @return boolean\r
 914      */\r
 915     public boolean hasShowColourText()\r
 916     {\r
 917         return this._has_showColourText;\r
 918     } //-- boolean hasShowColourText() \r
 919 \r
 920     /**\r
 921      * Method hasShowConservation\r
 922      * \r
 923      * \r
 924      * \r
 925      * @return boolean\r
 926      */\r
 927     public boolean hasShowConservation()\r
 928     {\r
 929         return this._has_showConservation;\r
 930     } //-- boolean hasShowConservation() \r
 931 \r
 932     /**\r
 933      * Method hasShowFullId\r
 934      * \r
 935      * \r
 936      * \r
 937      * @return boolean\r
 938      */\r
 939     public boolean hasShowFullId()\r
 940     {\r
 941         return this._has_showFullId;\r
 942     } //-- boolean hasShowFullId() \r
 943 \r
 944     /**\r
 945      * Method hasShowIdentity\r
 946      * \r
 947      * \r
 948      * \r
 949      * @return boolean\r
 950      */\r
 951     public boolean hasShowIdentity()\r
 952     {\r
 953         return this._has_showIdentity;\r
 954     } //-- boolean hasShowIdentity() \r
 955 \r
 956     /**\r
 957      * Method hasShowQuality\r
 958      * \r
 959      * \r
 960      * \r
 961      * @return boolean\r
 962      */\r
 963     public boolean hasShowQuality()\r
 964     {\r
 965         return this._has_showQuality;\r
 966     } //-- boolean hasShowQuality() \r
 967 \r
 968     /**\r
 969      * Method hasShowSequenceFeatures\r
 970      * \r
 971      * \r
 972      * \r
 973      * @return boolean\r
 974      */\r
 975     public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
 976     {\r
 977         return this._has_showSequenceFeatures;\r
 978     } //-- boolean hasShowSequenceFeatures() \r
 979 \r
 980     /**\r
 981      * Method hasShowText\r
 982      * \r
 983      * \r
 984      * \r
 985      * @return boolean\r
 986      */\r
 987     public boolean hasShowText()\r
 988     {\r
 989         return this._has_showText;\r
 990     } //-- boolean hasShowText() \r
 991 \r
 992     /**\r
 993      * Method hasStartRes\r
 994      * \r
 995      * \r
 996      * \r
 997      * @return boolean\r
 998      */\r
 999     public boolean hasStartRes()\r
1000     {\r
1001         return this._has_startRes;\r
1002     } //-- boolean hasStartRes() \r
1003 \r
1004     /**\r
1005      * Method hasStartSeq\r
1006      * \r
1007      * \r
1008      * \r
1009      * @return boolean\r
1010      */\r
1011     public boolean hasStartSeq()\r
1012     {\r
1013         return this._has_startSeq;\r
1014     } //-- boolean hasStartSeq() \r
1015 \r
1016     /**\r
1017      * Method hasWidth\r
1018      * \r
1019      * \r
1020      * \r
1021      * @return boolean\r
1022      */\r
1023     public boolean hasWidth()\r
1024     {\r
1025         return this._has_width;\r
1026     } //-- boolean hasWidth() \r
1027 \r
1028     /**\r
1029      * Method hasWrapAlignment\r
1030      * \r
1031      * \r
1032      * \r
1033      * @return boolean\r
1034      */\r
1035     public boolean hasWrapAlignment()\r
1036     {\r
1037         return this._has_wrapAlignment;\r
1038     } //-- boolean hasWrapAlignment() \r
1039 \r
1040     /**\r
1041      * Method hasXpos\r
1042      * \r
1043      * \r
1044      * \r
1045      * @return boolean\r
1046      */\r
1047     public boolean hasXpos()\r
1048     {\r
1049         return this._has_xpos;\r
1050     } //-- boolean hasXpos() \r
1051 \r
1052     /**\r
1053      * Method hasYpos\r
1054      * \r
1055      * \r
1056      * \r
1057      * @return boolean\r
1058      */\r
1059     public boolean hasYpos()\r
1060     {\r
1061         return this._has_ypos;\r
1062     } //-- boolean hasYpos() \r
1063 \r
1064     /**\r
1065      * Method isValid\r
1066      * \r
1067      * \r
1068      * \r
1069      * @return boolean\r
1070      */\r
1071     public boolean isValid()\r
1072     {\r
1073         try {\r
1074             validate();\r
1075         }\r
1076         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
1077             return false;\r
1078         }\r
1079         return true;\r
1080     } //-- boolean isValid() \r
1081 \r
1082     /**\r
1083      * Method marshal\r
1084      * \r
1085      * \r
1086      * \r
1087      * @param out\r
1088      */\r
1089     public void marshal(java.io.Writer out)\r
1090         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1091     {\r
1092         \r
1093         Marshaller.marshal(this, out);\r
1094     } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
1095 \r
1096     /**\r
1097      * Method marshal\r
1098      * \r
1099      * \r
1100      * \r
1101      * @param handler\r
1102      */\r
1103     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1104         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1105     {\r
1106         \r
1107         Marshaller.marshal(this, handler);\r
1108     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
1109 \r
1110     /**\r
1111      * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1112      * \r
1113      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
1114      */\r
1115     public void setBgColour(java.lang.String bgColour)\r
1116     {\r
1117         this._bgColour = bgColour;\r
1118     } //-- void setBgColour(java.lang.String) \r
1119 \r
1120     /**\r
1121      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1122      * \r
1123      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
1124      */\r
1125     public void setConsThreshold(int consThreshold)\r
1126     {\r
1127         this._consThreshold = consThreshold;\r
1128         this._has_consThreshold = true;\r
1129     } //-- void setConsThreshold(int) \r
1130 \r
1131     /**\r
1132      * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1133      * \r
1134      * @param conservationSelected the value of field\r
1135      * 'conservationSelected'.\r
1136      */\r
1137     public void setConservationSelected(boolean conservationSelected)\r
1138     {\r
1139         this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1140         this._has_conservationSelected = true;\r
1141     } //-- void setConservationSelected(boolean) \r
1142 \r
1143     /**\r
1144      * Sets the value of field 'fontName'.\r
1145      * \r
1146      * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
1147      */\r
1148     public void setFontName(java.lang.String fontName)\r
1149     {\r
1150         this._fontName = fontName;\r
1151     } //-- void setFontName(java.lang.String) \r
1152 \r
1153     /**\r
1154      * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1155      * \r
1156      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
1157      */\r
1158     public void setFontSize(int fontSize)\r
1159     {\r
1160         this._fontSize = fontSize;\r
1161         this._has_fontSize = true;\r
1162     } //-- void setFontSize(int) \r
1163 \r
1164     /**\r
1165      * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
1166      * \r
1167      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
1168      */\r
1169     public void setFontStyle(int fontStyle)\r
1170     {\r
1171         this._fontStyle = fontStyle;\r
1172         this._has_fontStyle = true;\r
1173     } //-- void setFontStyle(int) \r
1174 \r
1175     /**\r
1176      * Sets the value of field 'height'.\r
1177      * \r
1178      * @param height the value of field 'height'.\r
1179      */\r
1180     public void setHeight(int height)\r
1181     {\r
1182         this._height = height;\r
1183         this._has_height = true;\r
1184     } //-- void setHeight(int) \r
1185 \r
1186     /**\r
1187      * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
1188      * \r
1189      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
1190      */\r
1191     public void setPidSelected(boolean pidSelected)\r
1192     {\r
1193         this._pidSelected = pidSelected;\r
1194         this._has_pidSelected = true;\r
1195     } //-- void setPidSelected(boolean) \r
1196 \r
1197     /**\r
1198      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
1199      * \r
1200      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
1201      */\r
1202     public void setPidThreshold(int pidThreshold)\r
1203     {\r
1204         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
1205         this._has_pidThreshold = true;\r
1206     } //-- void setPidThreshold(int) \r
1207 \r
1208     /**\r
1209      * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
1210      * \r
1211      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
1212      */\r
1213     public void setRenderGaps(boolean renderGaps)\r
1214     {\r
1215         this._renderGaps = renderGaps;\r
1216         this._has_renderGaps = true;\r
1217     } //-- void setRenderGaps(boolean) \r
1218 \r
1219     /**\r
1220      * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
1221      * \r
1222      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
1223      */\r
1224     public void setShowAnnotation(boolean showAnnotation)\r
1225     {\r
1226         this._showAnnotation = showAnnotation;\r
1227         this._has_showAnnotation = true;\r
1228     } //-- void setShowAnnotation(boolean) \r
1229 \r
1230     /**\r
1231      * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
1232      * \r
1233      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
1234      */\r
1235     public void setShowBoxes(boolean showBoxes)\r
1236     {\r
1237         this._showBoxes = showBoxes;\r
1238         this._has_showBoxes = true;\r
1239     } //-- void setShowBoxes(boolean) \r
1240 \r
1241     /**\r
1242      * Sets the value of field 'showColourText'.\r
1243      * \r
1244      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
1245      */\r
1246     public void setShowColourText(boolean showColourText)\r
1247     {\r
1248         this._showColourText = showColourText;\r
1249         this._has_showColourText = true;\r
1250     } //-- void setShowColourText(boolean) \r
1251 \r
1252     /**\r
1253      * Sets the value of field 'showConservation'.\r
1254      * \r
1255      * @param showConservation the value of field 'showConservation'\r
1256      */\r
1257     public void setShowConservation(boolean showConservation)\r
1258     {\r
1259         this._showConservation = showConservation;\r
1260         this._has_showConservation = true;\r
1261     } //-- void setShowConservation(boolean) \r
1262 \r
1263     /**\r
1264      * Sets the value of field 'showFullId'.\r
1265      * \r
1266      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
1267      */\r
1268     public void setShowFullId(boolean showFullId)\r
1269     {\r
1270         this._showFullId = showFullId;\r
1271         this._has_showFullId = true;\r
1272     } //-- void setShowFullId(boolean) \r
1273 \r
1274     /**\r
1275      * Sets the value of field 'showIdentity'.\r
1276      * \r
1277      * @param showIdentity the value of field 'showIdentity'.\r
1278      */\r
1279     public void setShowIdentity(boolean showIdentity)\r
1280     {\r
1281         this._showIdentity = showIdentity;\r
1282         this._has_showIdentity = true;\r
1283     } //-- void setShowIdentity(boolean) \r
1284 \r
1285     /**\r
1286      * Sets the value of field 'showQuality'.\r
1287      * \r
1288      * @param showQuality the value of field 'showQuality'.\r
1289      */\r
1290     public void setShowQuality(boolean showQuality)\r
1291     {\r
1292         this._showQuality = showQuality;\r
1293         this._has_showQuality = true;\r
1294     } //-- void setShowQuality(boolean) \r
1295 \r
1296     /**\r
1297      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1298      * \r
1299      * @param showSequenceFeatures the value of field\r
1300      * 'showSequenceFeatures'.\r
1301      */\r
1302     public void setShowSequenceFeatures(boolean showSequenceFeatures)\r
1303     {\r
1304         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
1305         this._has_showSequenceFeatures = true;\r
1306     } //-- void setShowSequenceFeatures(boolean) \r
1307 \r
1308     /**\r
1309      * Sets the value of field 'showText'.\r
1310      * \r
1311      * @param showText the value of field 'showText'.\r
1312      */\r
1313     public void setShowText(boolean showText)\r
1314     {\r
1315         this._showText = showText;\r
1316         this._has_showText = true;\r
1317     } //-- void setShowText(boolean) \r
1318 \r
1319     /**\r
1320      * Sets the value of field 'startRes'.\r
1321      * \r
1322      * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
1323      */\r
1324     public void setStartRes(int startRes)\r
1325     {\r
1326         this._startRes = startRes;\r
1327         this._has_startRes = true;\r
1328     } //-- void setStartRes(int) \r
1329 \r
1330     /**\r
1331      * Sets the value of field 'startSeq'.\r
1332      * \r
1333      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
1334      */\r
1335     public void setStartSeq(int startSeq)\r
1336     {\r
1337         this._startSeq = startSeq;\r
1338         this._has_startSeq = true;\r
1339     } //-- void setStartSeq(int) \r
1340 \r
1341     /**\r
1342      * Sets the value of field 'title'.\r
1343      * \r
1344      * @param title the value of field 'title'.\r
1345      */\r
1346     public void setTitle(java.lang.String title)\r
1347     {\r
1348         this._title = title;\r
1349     } //-- void setTitle(java.lang.String) \r
1350 \r
1351     /**\r
1352      * Sets the value of field 'width'.\r
1353      * \r
1354      * @param width the value of field 'width'.\r
1355      */\r
1356     public void setWidth(int width)\r
1357     {\r
1358         this._width = width;\r
1359         this._has_width = true;\r
1360     } //-- void setWidth(int) \r
1361 \r
1362     /**\r
1363      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
1364      * \r
1365      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
1366      */\r
1367     public void setWrapAlignment(boolean wrapAlignment)\r
1368     {\r
1369         this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
1370         this._has_wrapAlignment = true;\r
1371     } //-- void setWrapAlignment(boolean) \r
1372 \r
1373     /**\r
1374      * Sets the value of field 'xpos'.\r
1375      * \r
1376      * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
1377      */\r
1378     public void setXpos(int xpos)\r
1379     {\r
1380         this._xpos = xpos;\r
1381         this._has_xpos = true;\r
1382     } //-- void setXpos(int) \r
1383 \r
1384     /**\r
1385      * Sets the value of field 'ypos'.\r
1386      * \r
1387      * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
1388      */\r
1389     public void setYpos(int ypos)\r
1390     {\r
1391         this._ypos = ypos;\r
1392         this._has_ypos = true;\r
1393     } //-- void setYpos(int) \r
1394 \r
1395     /**\r
1396      * Method unmarshal\r
1397      * \r
1398      * \r
1399      * \r
1400      * @param reader\r
1401      * @return Object\r
1402      */\r
1403     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
1404         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1405     {\r
1406         return (jalview.binding.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.Viewport.class, reader);\r
1407     } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
1408 \r
1409     /**\r
1410      * Method validate\r
1411      * \r
1412      */\r
1413     public void validate()\r
1414         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1415     {\r
1416         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
1417         validator.validate(this);\r
1418     } //-- void validate() \r
1419 \r
1420 }\r