Merge branch 'documentation/JAL-2325_release2101' into develop
[jalview.git] / src / jalview / binding / Viewport.java
1 /*
2  * This class was automatically generated with 
3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
4  * Schema.
5  * $Id$
6  */
7
8 package jalview.binding;
9
10 //---------------------------------/
11 //- Imported classes and packages -/
12 //---------------------------------/
13
14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
16
17 /**
18  * Class Viewport.
19  * 
20  * @version $Revision$ $Date$
21  */
22 public class Viewport implements java.io.Serializable
23 {
24
25   // --------------------------/
26   // - Class/Member Variables -/
27   // --------------------------/
28
29   /**
30    * Field _conservationSelected.
31    */
32   private boolean _conservationSelected;
33
34   /**
35    * keeps track of state for field: _conservationSelected
36    */
37   private boolean _has_conservationSelected;
38
39   /**
40    * Field _pidSelected.
41    */
42   private boolean _pidSelected;
43
44   /**
45    * keeps track of state for field: _pidSelected
46    */
47   private boolean _has_pidSelected;
48
49   /**
50    * Field _bgColour.
51    */
52   private java.lang.String _bgColour;
53
54   /**
55    * Field _consThreshold.
56    */
57   private int _consThreshold;
58
59   /**
60    * keeps track of state for field: _consThreshold
61    */
62   private boolean _has_consThreshold;
63
64   /**
65    * Field _pidThreshold.
66    */
67   private int _pidThreshold;
68
69   /**
70    * keeps track of state for field: _pidThreshold
71    */
72   private boolean _has_pidThreshold;
73
74   /**
75    * Field _title.
76    */
77   private java.lang.String _title;
78
79   /**
80    * Field _showFullId.
81    */
82   private boolean _showFullId;
83
84   /**
85    * keeps track of state for field: _showFullId
86    */
87   private boolean _has_showFullId;
88
89   /**
90    * Field _showText.
91    */
92   private boolean _showText;
93
94   /**
95    * keeps track of state for field: _showText
96    */
97   private boolean _has_showText;
98
99   /**
100    * Field _showColourText.
101    */
102   private boolean _showColourText;
103
104   /**
105    * keeps track of state for field: _showColourText
106    */
107   private boolean _has_showColourText;
108
109   /**
110    * Field _showBoxes.
111    */
112   private boolean _showBoxes;
113
114   /**
115    * keeps track of state for field: _showBoxes
116    */
117   private boolean _has_showBoxes;
118
119   /**
120    * Field _wrapAlignment.
121    */
122   private boolean _wrapAlignment;
123
124   /**
125    * keeps track of state for field: _wrapAlignment
126    */
127   private boolean _has_wrapAlignment;
128
129   /**
130    * Field _renderGaps.
131    */
132   private boolean _renderGaps;
133
134   /**
135    * keeps track of state for field: _renderGaps
136    */
137   private boolean _has_renderGaps;
138
139   /**
140    * Field _showSequenceFeatures.
141    */
142   private boolean _showSequenceFeatures;
143
144   /**
145    * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures
146    */
147   private boolean _has_showSequenceFeatures;
148
149   /**
150    * Field _showAnnotation.
151    */
152   private boolean _showAnnotation;
153
154   /**
155    * keeps track of state for field: _showAnnotation
156    */
157   private boolean _has_showAnnotation;
158
159   /**
160    * Field _showConservation.
161    */
162   private boolean _showConservation;
163
164   /**
165    * keeps track of state for field: _showConservation
166    */
167   private boolean _has_showConservation;
168
169   /**
170    * Field _showQuality.
171    */
172   private boolean _showQuality;
173
174   /**
175    * keeps track of state for field: _showQuality
176    */
177   private boolean _has_showQuality;
178
179   /**
180    * Field _showIdentity.
181    */
182   private boolean _showIdentity;
183
184   /**
185    * keeps track of state for field: _showIdentity
186    */
187   private boolean _has_showIdentity;
188
189   /**
190    * Field _xpos.
191    */
192   private int _xpos;
193
194   /**
195    * keeps track of state for field: _xpos
196    */
197   private boolean _has_xpos;
198
199   /**
200    * Field _ypos.
201    */
202   private int _ypos;
203
204   /**
205    * keeps track of state for field: _ypos
206    */
207   private boolean _has_ypos;
208
209   /**
210    * Field _width.
211    */
212   private int _width;
213
214   /**
215    * keeps track of state for field: _width
216    */
217   private boolean _has_width;
218
219   /**
220    * Field _height.
221    */
222   private int _height;
223
224   /**
225    * keeps track of state for field: _height
226    */
227   private boolean _has_height;
228
229   /**
230    * Field _startRes.
231    */
232   private int _startRes;
233
234   /**
235    * keeps track of state for field: _startRes
236    */
237   private boolean _has_startRes;
238
239   /**
240    * Field _startSeq.
241    */
242   private int _startSeq;
243
244   /**
245    * keeps track of state for field: _startSeq
246    */
247   private boolean _has_startSeq;
248
249   /**
250    * Field _fontName.
251    */
252   private java.lang.String _fontName;
253
254   /**
255    * Field _fontSize.
256    */
257   private int _fontSize;
258
259   /**
260    * keeps track of state for field: _fontSize
261    */
262   private boolean _has_fontSize;
263
264   /**
265    * Field _fontStyle.
266    */
267   private int _fontStyle;
268
269   /**
270    * keeps track of state for field: _fontStyle
271    */
272   private boolean _has_fontStyle;
273
274   // ----------------/
275   // - Constructors -/
276   // ----------------/
277
278   public Viewport()
279   {
280     super();
281   }
282
283   // -----------/
284   // - Methods -/
285   // -----------/
286
287   /**
288      */
289   public void deleteConsThreshold()
290   {
291     this._has_consThreshold = false;
292   }
293
294   /**
295      */
296   public void deleteConservationSelected()
297   {
298     this._has_conservationSelected = false;
299   }
300
301   /**
302      */
303   public void deleteFontSize()
304   {
305     this._has_fontSize = false;
306   }
307
308   /**
309      */
310   public void deleteFontStyle()
311   {
312     this._has_fontStyle = false;
313   }
314
315   /**
316      */
317   public void deleteHeight()
318   {
319     this._has_height = false;
320   }
321
322   /**
323      */
324   public void deletePidSelected()
325   {
326     this._has_pidSelected = false;
327   }
328
329   /**
330      */
331   public void deletePidThreshold()
332   {
333     this._has_pidThreshold = false;
334   }
335
336   /**
337      */
338   public void deleteRenderGaps()
339   {
340     this._has_renderGaps = false;
341   }
342
343   /**
344      */
345   public void deleteShowAnnotation()
346   {
347     this._has_showAnnotation = false;
348   }
349
350   /**
351      */
352   public void deleteShowBoxes()
353   {
354     this._has_showBoxes = false;
355   }
356
357   /**
358      */
359   public void deleteShowColourText()
360   {
361     this._has_showColourText = false;
362   }
363
364   /**
365      */
366   public void deleteShowConservation()
367   {
368     this._has_showConservation = false;
369   }
370
371   /**
372      */
373   public void deleteShowFullId()
374   {
375     this._has_showFullId = false;
376   }
377
378   /**
379      */
380   public void deleteShowIdentity()
381   {
382     this._has_showIdentity = false;
383   }
384
385   /**
386      */
387   public void deleteShowQuality()
388   {
389     this._has_showQuality = false;
390   }
391
392   /**
393      */
394   public void deleteShowSequenceFeatures()
395   {
396     this._has_showSequenceFeatures = false;
397   }
398
399   /**
400      */
401   public void deleteShowText()
402   {
403     this._has_showText = false;
404   }
405
406   /**
407      */
408   public void deleteStartRes()
409   {
410     this._has_startRes = false;
411   }
412
413   /**
414      */
415   public void deleteStartSeq()
416   {
417     this._has_startSeq = false;
418   }
419
420   /**
421      */
422   public void deleteWidth()
423   {
424     this._has_width = false;
425   }
426
427   /**
428      */
429   public void deleteWrapAlignment()
430   {
431     this._has_wrapAlignment = false;
432   }
433
434   /**
435      */
436   public void deleteXpos()
437   {
438     this._has_xpos = false;
439   }
440
441   /**
442      */
443   public void deleteYpos()
444   {
445     this._has_ypos = false;
446   }
447
448   /**
449    * Returns the value of field 'bgColour'.
450    * 
451    * @return the value of field 'BgColour'.
452    */
453   public java.lang.String getBgColour()
454   {
455     return this._bgColour;
456   }
457
458   /**
459    * Returns the value of field 'consThreshold'.
460    * 
461    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
462    */
463   public int getConsThreshold()
464   {
465     return this._consThreshold;
466   }
467
468   /**
469    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
470    * 
471    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
472    */
473   public boolean getConservationSelected()
474   {
475     return this._conservationSelected;
476   }
477
478   /**
479    * Returns the value of field 'fontName'.
480    * 
481    * @return the value of field 'FontName'.
482    */
483   public java.lang.String getFontName()
484   {
485     return this._fontName;
486   }
487
488   /**
489    * Returns the value of field 'fontSize'.
490    * 
491    * @return the value of field 'FontSize'.
492    */
493   public int getFontSize()
494   {
495     return this._fontSize;
496   }
497
498   /**
499    * Returns the value of field 'fontStyle'.
500    * 
501    * @return the value of field 'FontStyle'.
502    */
503   public int getFontStyle()
504   {
505     return this._fontStyle;
506   }
507
508   /**
509    * Returns the value of field 'height'.
510    * 
511    * @return the value of field 'Height'.
512    */
513   public int getHeight()
514   {
515     return this._height;
516   }
517
518   /**
519    * Returns the value of field 'pidSelected'.
520    * 
521    * @return the value of field 'PidSelected'.
522    */
523   public boolean getPidSelected()
524   {
525     return this._pidSelected;
526   }
527
528   /**
529    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
530    * 
531    * @return the value of field 'PidThreshold'.
532    */
533   public int getPidThreshold()
534   {
535     return this._pidThreshold;
536   }
537
538   /**
539    * Returns the value of field 'renderGaps'.
540    * 
541    * @return the value of field 'RenderGaps'.
542    */
543   public boolean getRenderGaps()
544   {
545     return this._renderGaps;
546   }
547
548   /**
549    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
550    * 
551    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
552    */
553   public boolean getShowAnnotation()
554   {
555     return this._showAnnotation;
556   }
557
558   /**
559    * Returns the value of field 'showBoxes'.
560    * 
561    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
562    */
563   public boolean getShowBoxes()
564   {
565     return this._showBoxes;
566   }
567
568   /**
569    * Returns the value of field 'showColourText'.
570    * 
571    * @return the value of field 'ShowColourText'.
572    */
573   public boolean getShowColourText()
574   {
575     return this._showColourText;
576   }
577
578   /**
579    * Returns the value of field 'showConservation'.
580    * 
581    * @return the value of field 'ShowConservation'.
582    */
583   public boolean getShowConservation()
584   {
585     return this._showConservation;
586   }
587
588   /**
589    * Returns the value of field 'showFullId'.
590    * 
591    * @return the value of field 'ShowFullId'.
592    */
593   public boolean getShowFullId()
594   {
595     return this._showFullId;
596   }
597
598   /**
599    * Returns the value of field 'showIdentity'.
600    * 
601    * @return the value of field 'ShowIdentity'.
602    */
603   public boolean getShowIdentity()
604   {
605     return this._showIdentity;
606   }
607
608   /**
609    * Returns the value of field 'showQuality'.
610    * 
611    * @return the value of field 'ShowQuality'.
612    */
613   public boolean getShowQuality()
614   {
615     return this._showQuality;
616   }
617
618   /**
619    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
620    * 
621    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
622    */
623   public boolean getShowSequenceFeatures()
624   {
625     return this._showSequenceFeatures;
626   }
627
628   /**
629    * Returns the value of field 'showText'.
630    * 
631    * @return the value of field 'ShowText'.
632    */
633   public boolean getShowText()
634   {
635     return this._showText;
636   }
637
638   /**
639    * Returns the value of field 'startRes'.
640    * 
641    * @return the value of field 'StartRes'.
642    */
643   public int getStartRes()
644   {
645     return this._startRes;
646   }
647
648   /**
649    * Returns the value of field 'startSeq'.
650    * 
651    * @return the value of field 'StartSeq'.
652    */
653   public int getStartSeq()
654   {
655     return this._startSeq;
656   }
657
658   /**
659    * Returns the value of field 'title'.
660    * 
661    * @return the value of field 'Title'.
662    */
663   public java.lang.String getTitle()
664   {
665     return this._title;
666   }
667
668   /**
669    * Returns the value of field 'width'.
670    * 
671    * @return the value of field 'Width'.
672    */
673   public int getWidth()
674   {
675     return this._width;
676   }
677
678   /**
679    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
680    * 
681    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
682    */
683   public boolean getWrapAlignment()
684   {
685     return this._wrapAlignment;
686   }
687
688   /**
689    * Returns the value of field 'xpos'.
690    * 
691    * @return the value of field 'Xpos'.
692    */
693   public int getXpos()
694   {
695     return this._xpos;
696   }
697
698   /**
699    * Returns the value of field 'ypos'.
700    * 
701    * @return the value of field 'Ypos'.
702    */
703   public int getYpos()
704   {
705     return this._ypos;
706   }
707
708   /**
709    * Method hasConsThreshold.
710    * 
711    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
712    */
713   public boolean hasConsThreshold()
714   {
715     return this._has_consThreshold;
716   }
717
718   /**
719    * Method hasConservationSelected.
720    * 
721    * @return true if at least one ConservationSelected has been added
722    */
723   public boolean hasConservationSelected()
724   {
725     return this._has_conservationSelected;
726   }
727
728   /**
729    * Method hasFontSize.
730    * 
731    * @return true if at least one FontSize has been added
732    */
733   public boolean hasFontSize()
734   {
735     return this._has_fontSize;
736   }
737
738   /**
739    * Method hasFontStyle.
740    * 
741    * @return true if at least one FontStyle has been added
742    */
743   public boolean hasFontStyle()
744   {
745     return this._has_fontStyle;
746   }
747
748   /**
749    * Method hasHeight.
750    * 
751    * @return true if at least one Height has been added
752    */
753   public boolean hasHeight()
754   {
755     return this._has_height;
756   }
757
758   /**
759    * Method hasPidSelected.
760    * 
761    * @return true if at least one PidSelected has been added
762    */
763   public boolean hasPidSelected()
764   {
765     return this._has_pidSelected;
766   }
767
768   /**
769    * Method hasPidThreshold.
770    * 
771    * @return true if at least one PidThreshold has been added
772    */
773   public boolean hasPidThreshold()
774   {
775     return this._has_pidThreshold;
776   }
777
778   /**
779    * Method hasRenderGaps.
780    * 
781    * @return true if at least one RenderGaps has been added
782    */
783   public boolean hasRenderGaps()
784   {
785     return this._has_renderGaps;
786   }
787
788   /**
789    * Method hasShowAnnotation.
790    * 
791    * @return true if at least one ShowAnnotation has been added
792    */
793   public boolean hasShowAnnotation()
794   {
795     return this._has_showAnnotation;
796   }
797
798   /**
799    * Method hasShowBoxes.
800    * 
801    * @return true if at least one ShowBoxes has been added
802    */
803   public boolean hasShowBoxes()
804   {
805     return this._has_showBoxes;
806   }
807
808   /**
809    * Method hasShowColourText.
810    * 
811    * @return true if at least one ShowColourText has been added
812    */
813   public boolean hasShowColourText()
814   {
815     return this._has_showColourText;
816   }
817
818   /**
819    * Method hasShowConservation.
820    * 
821    * @return true if at least one ShowConservation has been added
822    */
823   public boolean hasShowConservation()
824   {
825     return this._has_showConservation;
826   }
827
828   /**
829    * Method hasShowFullId.
830    * 
831    * @return true if at least one ShowFullId has been added
832    */
833   public boolean hasShowFullId()
834   {
835     return this._has_showFullId;
836   }
837
838   /**
839    * Method hasShowIdentity.
840    * 
841    * @return true if at least one ShowIdentity has been added
842    */
843   public boolean hasShowIdentity()
844   {
845     return this._has_showIdentity;
846   }
847
848   /**
849    * Method hasShowQuality.
850    * 
851    * @return true if at least one ShowQuality has been added
852    */
853   public boolean hasShowQuality()
854   {
855     return this._has_showQuality;
856   }
857
858   /**
859    * Method hasShowSequenceFeatures.
860    * 
861    * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been added
862    */
863   public boolean hasShowSequenceFeatures()
864   {
865     return this._has_showSequenceFeatures;
866   }
867
868   /**
869    * Method hasShowText.
870    * 
871    * @return true if at least one ShowText has been added
872    */
873   public boolean hasShowText()
874   {
875     return this._has_showText;
876   }
877
878   /**
879    * Method hasStartRes.
880    * 
881    * @return true if at least one StartRes has been added
882    */
883   public boolean hasStartRes()
884   {
885     return this._has_startRes;
886   }
887
888   /**
889    * Method hasStartSeq.
890    * 
891    * @return true if at least one StartSeq has been added
892    */
893   public boolean hasStartSeq()
894   {
895     return this._has_startSeq;
896   }
897
898   /**
899    * Method hasWidth.
900    * 
901    * @return true if at least one Width has been added
902    */
903   public boolean hasWidth()
904   {
905     return this._has_width;
906   }
907
908   /**
909    * Method hasWrapAlignment.
910    * 
911    * @return true if at least one WrapAlignment has been added
912    */
913   public boolean hasWrapAlignment()
914   {
915     return this._has_wrapAlignment;
916   }
917
918   /**
919    * Method hasXpos.
920    * 
921    * @return true if at least one Xpos has been added
922    */
923   public boolean hasXpos()
924   {
925     return this._has_xpos;
926   }
927
928   /**
929    * Method hasYpos.
930    * 
931    * @return true if at least one Ypos has been added
932    */
933   public boolean hasYpos()
934   {
935     return this._has_ypos;
936   }
937
938   /**
939    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
940    * 
941    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
942    */
943   public boolean isConservationSelected()
944   {
945     return this._conservationSelected;
946   }
947
948   /**
949    * Returns the value of field 'pidSelected'.
950    * 
951    * @return the value of field 'PidSelected'.
952    */
953   public boolean isPidSelected()
954   {
955     return this._pidSelected;
956   }
957
958   /**
959    * Returns the value of field 'renderGaps'.
960    * 
961    * @return the value of field 'RenderGaps'.
962    */
963   public boolean isRenderGaps()
964   {
965     return this._renderGaps;
966   }
967
968   /**
969    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
970    * 
971    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
972    */
973   public boolean isShowAnnotation()
974   {
975     return this._showAnnotation;
976   }
977
978   /**
979    * Returns the value of field 'showBoxes'.
980    * 
981    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
982    */
983   public boolean isShowBoxes()
984   {
985     return this._showBoxes;
986   }
987
988   /**
989    * Returns the value of field 'showColourText'.
990    * 
991    * @return the value of field 'ShowColourText'.
992    */
993   public boolean isShowColourText()
994   {
995     return this._showColourText;
996   }
997
998   /**
999    * Returns the value of field 'showConservation'.
1000    * 
1001    * @return the value of field 'ShowConservation'.
1002    */
1003   public boolean isShowConservation()
1004   {
1005     return this._showConservation;
1006   }
1007
1008   /**
1009    * Returns the value of field 'showFullId'.
1010    * 
1011    * @return the value of field 'ShowFullId'.
1012    */
1013   public boolean isShowFullId()
1014   {
1015     return this._showFullId;
1016   }
1017
1018   /**
1019    * Returns the value of field 'showIdentity'.
1020    * 
1021    * @return the value of field 'ShowIdentity'.
1022    */
1023   public boolean isShowIdentity()
1024   {
1025     return this._showIdentity;
1026   }
1027
1028   /**
1029    * Returns the value of field 'showQuality'.
1030    * 
1031    * @return the value of field 'ShowQuality'.
1032    */
1033   public boolean isShowQuality()
1034   {
1035     return this._showQuality;
1036   }
1037
1038   /**
1039    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1040    * 
1041    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1042    */
1043   public boolean isShowSequenceFeatures()
1044   {
1045     return this._showSequenceFeatures;
1046   }
1047
1048   /**
1049    * Returns the value of field 'showText'.
1050    * 
1051    * @return the value of field 'ShowText'.
1052    */
1053   public boolean isShowText()
1054   {
1055     return this._showText;
1056   }
1057
1058   /**
1059    * Method isValid.
1060    * 
1061    * @return true if this object is valid according to the schema
1062    */
1063   public boolean isValid()
1064   {
1065     try
1066     {
1067       validate();
1068     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
1069     {
1070       return false;
1071     }
1072     return true;
1073   }
1074
1075   /**
1076    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1077    * 
1078    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1079    */
1080   public boolean isWrapAlignment()
1081   {
1082     return this._wrapAlignment;
1083   }
1084
1085   /**
1086    * 
1087    * 
1088    * @param out
1089    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1090    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1091    *           marshaling
1092    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1093    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1094    */
1095   public void marshal(final java.io.Writer out)
1096           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1097           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1098   {
1099     Marshaller.marshal(this, out);
1100   }
1101
1102   /**
1103    * 
1104    * 
1105    * @param handler
1106    * @throws java.io.IOException
1107    *           if an IOException occurs during marshaling
1108    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1109    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1110    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1111    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1112    *           marshaling
1113    */
1114   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
1115           throws java.io.IOException,
1116           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1117           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1118   {
1119     Marshaller.marshal(this, handler);
1120   }
1121
1122   /**
1123    * Sets the value of field 'bgColour'.
1124    * 
1125    * @param bgColour
1126    *          the value of field 'bgColour'.
1127    */
1128   public void setBgColour(final java.lang.String bgColour)
1129   {
1130     this._bgColour = bgColour;
1131   }
1132
1133   /**
1134    * Sets the value of field 'consThreshold'.
1135    * 
1136    * @param consThreshold
1137    *          the value of field 'consThreshold'.
1138    */
1139   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
1140   {
1141     this._consThreshold = consThreshold;
1142     this._has_consThreshold = true;
1143   }
1144
1145   /**
1146    * Sets the value of field 'conservationSelected'.
1147    * 
1148    * @param conservationSelected
1149    *          the value of field 'conservationSelected'.
1150    */
1151   public void setConservationSelected(final boolean conservationSelected)
1152   {
1153     this._conservationSelected = conservationSelected;
1154     this._has_conservationSelected = true;
1155   }
1156
1157   /**
1158    * Sets the value of field 'fontName'.
1159    * 
1160    * @param fontName
1161    *          the value of field 'fontName'.
1162    */
1163   public void setFontName(final java.lang.String fontName)
1164   {
1165     this._fontName = fontName;
1166   }
1167
1168   /**
1169    * Sets the value of field 'fontSize'.
1170    * 
1171    * @param fontSize
1172    *          the value of field 'fontSize'.
1173    */
1174   public void setFontSize(final int fontSize)
1175   {
1176     this._fontSize = fontSize;
1177     this._has_fontSize = true;
1178   }
1179
1180   /**
1181    * Sets the value of field 'fontStyle'.
1182    * 
1183    * @param fontStyle
1184    *          the value of field 'fontStyle'.
1185    */
1186   public void setFontStyle(final int fontStyle)
1187   {
1188     this._fontStyle = fontStyle;
1189     this._has_fontStyle = true;
1190   }
1191
1192   /**
1193    * Sets the value of field 'height'.
1194    * 
1195    * @param height
1196    *          the value of field 'height'.
1197    */
1198   public void setHeight(final int height)
1199   {
1200     this._height = height;
1201     this._has_height = true;
1202   }
1203
1204   /**
1205    * Sets the value of field 'pidSelected'.
1206    * 
1207    * @param pidSelected
1208    *          the value of field 'pidSelected'.
1209    */
1210   public void setPidSelected(final boolean pidSelected)
1211   {
1212     this._pidSelected = pidSelected;
1213     this._has_pidSelected = true;
1214   }
1215
1216   /**
1217    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
1218    * 
1219    * @param pidThreshold
1220    *          the value of field 'pidThreshold'.
1221    */
1222   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
1223   {
1224     this._pidThreshold = pidThreshold;
1225     this._has_pidThreshold = true;
1226   }
1227
1228   /**
1229    * Sets the value of field 'renderGaps'.
1230    * 
1231    * @param renderGaps
1232    *          the value of field 'renderGaps'.
1233    */
1234   public void setRenderGaps(final boolean renderGaps)
1235   {
1236     this._renderGaps = renderGaps;
1237     this._has_renderGaps = true;
1238   }
1239
1240   /**
1241    * Sets the value of field 'showAnnotation'.
1242    * 
1243    * @param showAnnotation
1244    *          the value of field 'showAnnotation'.
1245    */
1246   public void setShowAnnotation(final boolean showAnnotation)
1247   {
1248     this._showAnnotation = showAnnotation;
1249     this._has_showAnnotation = true;
1250   }
1251
1252   /**
1253    * Sets the value of field 'showBoxes'.
1254    * 
1255    * @param showBoxes
1256    *          the value of field 'showBoxes'.
1257    */
1258   public void setShowBoxes(final boolean showBoxes)
1259   {
1260     this._showBoxes = showBoxes;
1261     this._has_showBoxes = true;
1262   }
1263
1264   /**
1265    * Sets the value of field 'showColourText'.
1266    * 
1267    * @param showColourText
1268    *          the value of field 'showColourText'.
1269    */
1270   public void setShowColourText(final boolean showColourText)
1271   {
1272     this._showColourText = showColourText;
1273     this._has_showColourText = true;
1274   }
1275
1276   /**
1277    * Sets the value of field 'showConservation'.
1278    * 
1279    * @param showConservation
1280    *          the value of field 'showConservation'
1281    */
1282   public void setShowConservation(final boolean showConservation)
1283   {
1284     this._showConservation = showConservation;
1285     this._has_showConservation = true;
1286   }
1287
1288   /**
1289    * Sets the value of field 'showFullId'.
1290    * 
1291    * @param showFullId
1292    *          the value of field 'showFullId'.
1293    */
1294   public void setShowFullId(final boolean showFullId)
1295   {
1296     this._showFullId = showFullId;
1297     this._has_showFullId = true;
1298   }
1299
1300   /**
1301    * Sets the value of field 'showIdentity'.
1302    * 
1303    * @param showIdentity
1304    *          the value of field 'showIdentity'.
1305    */
1306   public void setShowIdentity(final boolean showIdentity)
1307   {
1308     this._showIdentity = showIdentity;
1309     this._has_showIdentity = true;
1310   }
1311
1312   /**
1313    * Sets the value of field 'showQuality'.
1314    * 
1315    * @param showQuality
1316    *          the value of field 'showQuality'.
1317    */
1318   public void setShowQuality(final boolean showQuality)
1319   {
1320     this._showQuality = showQuality;
1321     this._has_showQuality = true;
1322   }
1323
1324   /**
1325    * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.
1326    * 
1327    * @param showSequenceFeatures
1328    *          the value of field 'showSequenceFeatures'.
1329    */
1330   public void setShowSequenceFeatures(final boolean showSequenceFeatures)
1331   {
1332     this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;
1333     this._has_showSequenceFeatures = true;
1334   }
1335
1336   /**
1337    * Sets the value of field 'showText'.
1338    * 
1339    * @param showText
1340    *          the value of field 'showText'.
1341    */
1342   public void setShowText(final boolean showText)
1343   {
1344     this._showText = showText;
1345     this._has_showText = true;
1346   }
1347
1348   /**
1349    * Sets the value of field 'startRes'.
1350    * 
1351    * @param startRes
1352    *          the value of field 'startRes'.
1353    */
1354   public void setStartRes(final int startRes)
1355   {
1356     this._startRes = startRes;
1357     this._has_startRes = true;
1358   }
1359
1360   /**
1361    * Sets the value of field 'startSeq'.
1362    * 
1363    * @param startSeq
1364    *          the value of field 'startSeq'.
1365    */
1366   public void setStartSeq(final int startSeq)
1367   {
1368     this._startSeq = startSeq;
1369     this._has_startSeq = true;
1370   }
1371
1372   /**
1373    * Sets the value of field 'title'.
1374    * 
1375    * @param title
1376    *          the value of field 'title'.
1377    */
1378   public void setTitle(final java.lang.String title)
1379   {
1380     this._title = title;
1381   }
1382
1383   /**
1384    * Sets the value of field 'width'.
1385    * 
1386    * @param width
1387    *          the value of field 'width'.
1388    */
1389   public void setWidth(final int width)
1390   {
1391     this._width = width;
1392     this._has_width = true;
1393   }
1394
1395   /**
1396    * Sets the value of field 'wrapAlignment'.
1397    * 
1398    * @param wrapAlignment
1399    *          the value of field 'wrapAlignment'.
1400    */
1401   public void setWrapAlignment(final boolean wrapAlignment)
1402   {
1403     this._wrapAlignment = wrapAlignment;
1404     this._has_wrapAlignment = true;
1405   }
1406
1407   /**
1408    * Sets the value of field 'xpos'.
1409    * 
1410    * @param xpos
1411    *          the value of field 'xpos'.
1412    */
1413   public void setXpos(final int xpos)
1414   {
1415     this._xpos = xpos;
1416     this._has_xpos = true;
1417   }
1418
1419   /**
1420    * Sets the value of field 'ypos'.
1421    * 
1422    * @param ypos
1423    *          the value of field 'ypos'.
1424    */
1425   public void setYpos(final int ypos)
1426   {
1427     this._ypos = ypos;
1428     this._has_ypos = true;
1429   }
1430
1431   /**
1432    * Method unmarshal.
1433    * 
1434    * @param reader
1435    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1436    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1437    *           marshaling
1438    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1439    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1440    * @return the unmarshaled jalview.binding.Viewport
1441    */
1442   public static jalview.binding.Viewport unmarshal(
1443           final java.io.Reader reader)
1444           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1445           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1446   {
1447     return (jalview.binding.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(
1448             jalview.binding.Viewport.class, reader);
1449   }
1450
1451   /**
1452    * 
1453    * 
1454    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1455    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1456    */
1457   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1458   {
1459     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1460     validator.validate(this);
1461   }
1462
1463 }