src/jalview/biojava/dasobert/das2/Das2SourceImpl.java

   1 /*
   2  *                  BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
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   7  * see:
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   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on Feb 9, 2006
  21  *
  22  */
  23 package org.biojava.dasobert.das2;
  24
  25 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;
  26 import org.biojava.dasobert.dasregistry.DasSource;
  27
  28 public class Das2SourceImpl
  29 extends Das1Source
  30 implements Das2Source
  31
  32 {
  33
  34     Das2Capability[] capabilities;
  35
  36     public Das2SourceImpl() {
  37         super();
  38
  39         capabilities = new Das2Capability[0];
  40     }
  41
  42
  43     /**  compare if two DasSources are identical
  44      *
  45      */
  46     public boolean equals(DasSource other){
  47
  48         if ( this == other)
  49             return true;
  50
  51         if ( ( other == null) || (other.getClass() != this.getClass()))
  52             return false;
  53
  54         // to compare if two Das2Sources are identical we do the following:
  55         //  we check the capabilities
  56
  57         Das2SourceImpl d2o = (Das2SourceImpl)other;
  58
  59         if ( nickname.equals(d2o.getNickname()))
  60             return true;
  61
  62         Das2Capability[] othercaps = d2o.getDas2Capabilities();
  63
  64         if ( ! (capabilities.length == othercaps.length))
  65             return false;
  66
  67         for ( int x=0;x<capabilities.length;x++){
  68             Das2Capability tmpcap = capabilities[x];
  69             boolean foundCap = false;
  70             for (int y=0; y< othercaps.length;y++){
  71                 Das2Capability tmpcapo = othercaps[y];
  72                 if ( tmpcap.equals(tmpcapo))
  73                     foundCap = true;
  74             }
  75             if ( ! foundCap)
  76                 return false;
  77         }
  78
  79
  80         //TODO?
  81         // should we add a check for coordinate systems?
  82         // but we already check for the endpoints, that should be enough...
  83
  84         return true;
  85
  86     }
  87
  88     public int hashCode(){
  89         int h = 7 ;
  90
  91         h = 31 * h + (null == nickname ? 0 :  nickname.hashCode());
  92
  93         for ( int x=0;x<capabilities.length;x++){
  94             Das2Capability cap = capabilities[x];
  95             h = 31 * h + cap.hashCode();
  96         }
  97
  98         return h;
  99     }
 100
 101
 102     public boolean hasDas1Capabilities(){
 103
 104         // test if any of the capabilities is a das1 capabilitiy
 105
 106         for (int i = 0 ; i < capabilities.length; i++) {
 107             Das2Capability cap = capabilities[i];
 108             if ( cap.isDas1Style())
 109                 return true;
 110         }
 111         return false;
 112
 113
 114     }
 115
 116     public String[] getCapabilities() {
 117         //todo mark as not needed / not appropriate ...
 118         return super.getCapabilities();
 119     }
 120
 121
 122
 123     public void setCapabilities(String[] u) {
 124         // TODO Auto-generated method stub
 125         super.setCapabilities(u);
 126     }
 127
 128
 129
 130     public Das2Capability[] getDas2Capabilities() {
 131         // TODO Auto-generated method stub
 132         return capabilities;
 133     }
 134
 135     public void setDas2Capabilities(Das2Capability[] capabilities) {
 136         // TODO Auto-generated method stub
 137         this.capabilities = capabilities;
 138
 139     }
 140
 141
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 143
 144 }