src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java

   1   /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.commands;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 public class ChangeCaseCommand implements CommandI\r
  24 {\r
  25   String description;\r
  26   public static int TO_LOWER = 0;\r
  27   public static int TO_UPPER = 1;\r
  28   public static int TOGGLE_CASE = 2;\r
  29   int caseChange = -1;\r
  30   SequenceI [] seqs;\r
  31   int [][] regions;\r
  32   public ChangeCaseCommand(String description,\r
  33                            SequenceI[] seqs,\r
  34                            int [][] regions,\r
  35                            int caseChange)\r
  36   {\r
  37     this.description = description;\r
  38     this.seqs = seqs;\r
  39     this.regions = regions;\r
  40     this.caseChange = caseChange;\r
  41     doCommand();\r
  42   }\r
  43 \r
  44   public String getDescription()\r
  45   {\r
  46     return description;\r
  47   }\r
  48 \r
  49   public int getSize()\r
  50   {\r
  51     return 1;\r
  52   }\r
  53 \r
  54   public void doCommand()\r
  55   {\r
  56     changeCase(true);\r
  57   }\r
  58 \r
  59   public void undoCommand()\r
  60   {\r
  61     changeCase(false);\r
  62   }\r
  63 \r
  64   void changeCase(boolean doCommand)\r
  65   {\r
  66     String sequence;\r
  67     int start, end;\r
  68     char nextChar;\r
  69     for (int r = 0; r < regions.length; r++)\r
  70     {\r
  71       start = regions[r][0];\r
  72       for (int s = 0; s < seqs.length; s++)\r
  73       {\r
  74         sequence = seqs[s].getSequenceAsString();\r
  75         StringBuffer newSeq = new StringBuffer();\r
  76 \r
  77         if (regions[r][1] > sequence.length())\r
  78           end = sequence.length();\r
  79         else\r
  80           end = regions[r][1];\r
  81 \r
  82         if (start > 0)\r
  83         {\r
  84           newSeq.append(sequence.substring(0, start));\r
  85         }\r
  86 \r
  87         if ( (caseChange == TO_UPPER && doCommand)\r
  88             || (caseChange == TO_LOWER && !doCommand))\r
  89           newSeq.append(sequence.substring(start, end).toUpperCase());\r
  90 \r
  91         else if ( (caseChange == TO_LOWER && doCommand)\r
  92                  || (caseChange == TO_UPPER && !doCommand))\r
  93           newSeq.append(sequence.substring(start, end).toLowerCase());\r
  94 \r
  95         else //TOGGLE CASE\r
  96         {\r
  97           for (int c = start; c < end; c++)\r
  98           {\r
  99             nextChar = sequence.charAt(c);\r
 100             if ('a' <= nextChar && nextChar <= 'z')\r
 101             {\r
 102               // TO UPPERCASE !!!\r
 103               nextChar -= ('a' - 'A');\r
 104             }\r
 105             else if ('A' <= nextChar && nextChar <= 'Z')\r
 106             {\r
 107               // TO LOWERCASE !!!\r
 108               nextChar += ('a' - 'A');\r
 109             }\r
 110             newSeq.append(nextChar);\r
 111           }\r
 112         }\r
 113 \r
 114         if (end < sequence.length())\r
 115           newSeq.append(sequence.substring(end));\r
 116 \r
 117         seqs[s].setSequence(newSeq.toString());\r
 118       }\r
 119     }\r
 120   }\r
 121 \r
 122 }\r