src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.commands;
  19
  20 import jalview.datamodel.*;
  21
  22 public class ChangeCaseCommand implements CommandI
  23 {
  24   String description;
  25
  26   public static int TO_LOWER = 0;
  27
  28   public static int TO_UPPER = 1;
  29
  30   public static int TOGGLE_CASE = 2;
  31
  32   int caseChange = -1;
  33
  34   SequenceI[] seqs;
  35
  36   int[][] regions;
  37
  38   public ChangeCaseCommand(String description, SequenceI[] seqs,
  39           int[][] regions, int caseChange)
  40   {
  41     this.description = description;
  42     this.seqs = seqs;
  43     this.regions = regions;
  44     this.caseChange = caseChange;
  45     doCommand(null);
  46   }
  47
  48   public String getDescription()
  49   {
  50     return description;
  51   }
  52
  53   public int getSize()
  54   {
  55     return 1;
  56   }
  57
  58   public void doCommand(AlignmentI[] views)
  59   {
  60     changeCase(true);
  61   }
  62
  63   public void undoCommand(AlignmentI[] views)
  64   {
  65     changeCase(false);
  66   }
  67
  68   void changeCase(boolean doCommand)
  69   {
  70     String sequence;
  71     int start, end;
  72     char nextChar;
  73     for (int r = 0; r < regions.length; r++)
  74     {
  75       start = regions[r][0];
  76       for (int s = 0; s < seqs.length; s++)
  77       {
  78         sequence = seqs[s].getSequenceAsString();
  79         StringBuffer newSeq = new StringBuffer();
  80
  81         if (regions[r][1] > sequence.length())
  82         {
  83           end = sequence.length();
  84         }
  85         else
  86         {
  87           end = regions[r][1];
  88         }
  89
  90         if (start > 0)
  91         {
  92           newSeq.append(sequence.substring(0, start));
  93         }
  94
  95         if ((caseChange == TO_UPPER && doCommand)
  96                 || (caseChange == TO_LOWER && !doCommand))
  97         {
  98           newSeq.append(sequence.substring(start, end).toUpperCase());
  99         }
 100
 101         else if ((caseChange == TO_LOWER && doCommand)
 102                 || (caseChange == TO_UPPER && !doCommand))
 103         {
 104           newSeq.append(sequence.substring(start, end).toLowerCase());
 105         }
 106
 107         else
 108         // TOGGLE CASE
 109         {
 110           for (int c = start; c < end; c++)
 111           {
 112             nextChar = sequence.charAt(c);
 113             if ('a' <= nextChar && nextChar <= 'z')
 114             {
 115               // TO UPPERCASE !!!
 116               nextChar -= ('a' - 'A');
 117             }
 118             else if ('A' <= nextChar && nextChar <= 'Z')
 119             {
 120               // TO LOWERCASE !!!
 121               nextChar += ('a' - 'A');
 122             }
 123             newSeq.append(nextChar);
 124           }
 125         }
 126
 127         if (end < sequence.length())
 128         {
 129           newSeq.append(sequence.substring(end));
 130         }
 131
 132         seqs[s].setSequence(newSeq.toString());
 133       }
 134     }
 135   }
 136
 137 }