src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 public class ChangeCaseCommand implements CommandI
  26 {
  27   String description;
  28
  29   public static int TO_LOWER = 0;
  30
  31   public static int TO_UPPER = 1;
  32
  33   public static int TOGGLE_CASE = 2;
  34
  35   int caseChange = -1;
  36
  37   SequenceI[] seqs;
  38
  39   int[][] regions;
  40
  41   public ChangeCaseCommand(String description, SequenceI[] seqs,
  42           int[][] regions, int caseChange)
  43   {
  44     this.description = description;
  45     this.seqs = seqs;
  46     this.regions = regions;
  47     this.caseChange = caseChange;
  48     doCommand(null);
  49   }
  50
  51   public String getDescription()
  52   {
  53     return description;
  54   }
  55
  56   public int getSize()
  57   {
  58     return 1;
  59   }
  60
  61   public void doCommand(AlignmentI[] views)
  62   {
  63     changeCase(true);
  64   }
  65
  66   public void undoCommand(AlignmentI[] views)
  67   {
  68     changeCase(false);
  69   }
  70
  71   void changeCase(boolean doCommand)
  72   {
  73     String sequence;
  74     int start, end;
  75     char nextChar;
  76     for (int r = 0; r < regions.length; r++)
  77     {
  78       start = regions[r][0];
  79       for (int s = 0; s < seqs.length; s++)
  80       {
  81         sequence = seqs[s].getSequenceAsString();
  82         StringBuffer newSeq = new StringBuffer();
  83
  84         if (regions[r][1] > sequence.length())
  85         {
  86           end = sequence.length();
  87         }
  88         else
  89         {
  90           end = regions[r][1];
  91         }
  92
  93         if (start > 0)
  94         {
  95           newSeq.append(sequence.substring(0, start));
  96         }
  97
  98         if ((caseChange == TO_UPPER && doCommand)
  99                 || (caseChange == TO_LOWER && !doCommand))
 100         {
 101           newSeq.append(sequence.substring(start, end).toUpperCase());
 102         }
 103
 104         else if ((caseChange == TO_LOWER && doCommand)
 105                 || (caseChange == TO_UPPER && !doCommand))
 106         {
 107           newSeq.append(sequence.substring(start, end).toLowerCase());
 108         }
 109
 110         else
 111         // TOGGLE CASE
 112         {
 113           for (int c = start; c < end; c++)
 114           {
 115             nextChar = sequence.charAt(c);
 116             if ('a' <= nextChar && nextChar <= 'z')
 117             {
 118               // TO UPPERCASE !!!
 119               nextChar -= ('a' - 'A');
 120             }
 121             else if ('A' <= nextChar && nextChar <= 'Z')
 122             {
 123               // TO LOWERCASE !!!
 124               nextChar += ('a' - 'A');
 125             }
 126             newSeq.append(nextChar);
 127           }
 128         }
 129
 130         if (end < sequence.length())
 131         {
 132           newSeq.append(sequence.substring(end));
 133         }
 134
 135         seqs[s].setSequence(newSeq.toString());
 136       }
 137     }
 138   }
 139
 140 }