src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.commands;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 public class ChangeCaseCommand
  24     implements CommandI
  25 {
  26   String description;
  27   public static int TO_LOWER = 0;
  28   public static int TO_UPPER = 1;
  29   public static int TOGGLE_CASE = 2;
  30   int caseChange = -1;
  31   SequenceI[] seqs;
  32   int[][] regions;
  33   public ChangeCaseCommand(String description,
  34                            SequenceI[] seqs,
  35                            int[][] regions,
  36                            int caseChange)
  37   {
  38     this.description = description;
  39     this.seqs = seqs;
  40     this.regions = regions;
  41     this.caseChange = caseChange;
  42     doCommand(null);
  43   }
  44
  45   public String getDescription()
  46   {
  47     return description;
  48   }
  49
  50   public int getSize()
  51   {
  52     return 1;
  53   }
  54
  55   public void doCommand(AlignmentI[] views)
  56   {
  57     changeCase(true);
  58   }
  59
  60   public void undoCommand(AlignmentI[] views)
  61   {
  62     changeCase(false);
  63   }
  64
  65   void changeCase(boolean doCommand)
  66   {
  67     String sequence;
  68     int start, end;
  69     char nextChar;
  70     for (int r = 0; r < regions.length; r++)
  71     {
  72       start = regions[r][0];
  73       for (int s = 0; s < seqs.length; s++)
  74       {
  75         sequence = seqs[s].getSequenceAsString();
  76         StringBuffer newSeq = new StringBuffer();
  77
  78         if (regions[r][1] > sequence.length())
  79         {
  80           end = sequence.length();
  81         }
  82         else
  83         {
  84           end = regions[r][1];
  85         }
  86
  87         if (start > 0)
  88         {
  89           newSeq.append(sequence.substring(0, start));
  90         }
  91
  92         if ( (caseChange == TO_UPPER && doCommand)
  93             || (caseChange == TO_LOWER && !doCommand))
  94         {
  95           newSeq.append(sequence.substring(start, end).toUpperCase());
  96         }
  97
  98         else if ( (caseChange == TO_LOWER && doCommand)
  99                  || (caseChange == TO_UPPER && !doCommand))
 100         {
 101           newSeq.append(sequence.substring(start, end).toLowerCase());
 102         }
 103
 104         else //TOGGLE CASE
 105         {
 106           for (int c = start; c < end; c++)
 107           {
 108             nextChar = sequence.charAt(c);
 109             if ('a' <= nextChar && nextChar <= 'z')
 110             {
 111               // TO UPPERCASE !!!
 112               nextChar -= ('a' - 'A');
 113             }
 114             else if ('A' <= nextChar && nextChar <= 'Z')
 115             {
 116               // TO LOWERCASE !!!
 117               nextChar += ('a' - 'A');
 118             }
 119             newSeq.append(nextChar);
 120           }
 121         }
 122
 123         if (end < sequence.length())
 124         {
 125           newSeq.append(sequence.substring(end));
 126         }
 127
 128         seqs[s].setSequence(newSeq.toString());
 129       }
 130     }
 131   }
 132
 133 }