src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.commands;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 public class ChangeCaseCommand implements CommandI
  24 {
  25   String description;
  26
  27   public static int TO_LOWER = 0;
  28
  29   public static int TO_UPPER = 1;
  30
  31   public static int TOGGLE_CASE = 2;
  32
  33   int caseChange = -1;
  34
  35   SequenceI[] seqs;
  36
  37   int[][] regions;
  38
  39   public ChangeCaseCommand(String description, SequenceI[] seqs,
  40           int[][] regions, int caseChange)
  41   {
  42     this.description = description;
  43     this.seqs = seqs;
  44     this.regions = regions;
  45     this.caseChange = caseChange;
  46     doCommand(null);
  47   }
  48
  49   public String getDescription()
  50   {
  51     return description;
  52   }
  53
  54   public int getSize()
  55   {
  56     return 1;
  57   }
  58
  59   public void doCommand(AlignmentI[] views)
  60   {
  61     changeCase(true);
  62   }
  63
  64   public void undoCommand(AlignmentI[] views)
  65   {
  66     changeCase(false);
  67   }
  68
  69   void changeCase(boolean doCommand)
  70   {
  71     String sequence;
  72     int start, end;
  73     char nextChar;
  74     for (int r = 0; r < regions.length; r++)
  75     {
  76       start = regions[r][0];
  77       for (int s = 0; s < seqs.length; s++)
  78       {
  79         sequence = seqs[s].getSequenceAsString();
  80         StringBuffer newSeq = new StringBuffer();
  81
  82         if (regions[r][1] > sequence.length())
  83         {
  84           end = sequence.length();
  85         }
  86         else
  87         {
  88           end = regions[r][1];
  89         }
  90
  91         if (start > 0)
  92         {
  93           newSeq.append(sequence.substring(0, start));
  94         }
  95
  96         if ((caseChange == TO_UPPER && doCommand)
  97                 || (caseChange == TO_LOWER && !doCommand))
  98         {
  99           newSeq.append(sequence.substring(start, end).toUpperCase());
 100         }
 101
 102         else if ((caseChange == TO_LOWER && doCommand)
 103                 || (caseChange == TO_UPPER && !doCommand))
 104         {
 105           newSeq.append(sequence.substring(start, end).toLowerCase());
 106         }
 107
 108         else
 109         // TOGGLE CASE
 110         {
 111           for (int c = start; c < end; c++)
 112           {
 113             nextChar = sequence.charAt(c);
 114             if ('a' <= nextChar && nextChar <= 'z')
 115             {
 116               // TO UPPERCASE !!!
 117               nextChar -= ('a' - 'A');
 118             }
 119             else if ('A' <= nextChar && nextChar <= 'Z')
 120             {
 121               // TO LOWERCASE !!!
 122               nextChar += ('a' - 'A');
 123             }
 124             newSeq.append(nextChar);
 125           }
 126         }
 127
 128         if (end < sequence.length())
 129         {
 130           newSeq.append(sequence.substring(end));
 131         }
 132
 133         seqs[s].setSequence(newSeq.toString());
 134       }
 135     }
 136   }
 137
 138 }