src/jalview/commands/ChangeCaseCommand.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.commands;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 public class ChangeCaseCommand\r
  24     implements CommandI\r
  25 {\r
  26   String description;\r
  27   public static int TO_LOWER = 0;\r
  28   public static int TO_UPPER = 1;\r
  29   public static int TOGGLE_CASE = 2;\r
  30   int caseChange = -1;\r
  31   SequenceI[] seqs;\r
  32   int[][] regions;\r
  33   public ChangeCaseCommand(String description,\r
  34                            SequenceI[] seqs,\r
  35                            int[][] regions,\r
  36                            int caseChange)\r
  37   {\r
  38     this.description = description;\r
  39     this.seqs = seqs;\r
  40     this.regions = regions;\r
  41     this.caseChange = caseChange;\r
  42     doCommand();\r
  43   }\r
  44 \r
  45   public String getDescription()\r
  46   {\r
  47     return description;\r
  48   }\r
  49 \r
  50   public int getSize()\r
  51   {\r
  52     return 1;\r
  53   }\r
  54 \r
  55   public void doCommand()\r
  56   {\r
  57     changeCase(true);\r
  58   }\r
  59 \r
  60   public void undoCommand()\r
  61   {\r
  62     changeCase(false);\r
  63   }\r
  64 \r
  65   void changeCase(boolean doCommand)\r
  66   {\r
  67     String sequence;\r
  68     int start, end;\r
  69     char nextChar;\r
  70     for (int r = 0; r < regions.length; r++)\r
  71     {\r
  72       start = regions[r][0];\r
  73       for (int s = 0; s < seqs.length; s++)\r
  74       {\r
  75         sequence = seqs[s].getSequenceAsString();\r
  76         StringBuffer newSeq = new StringBuffer();\r
  77 \r
  78         if (regions[r][1] > sequence.length())\r
  79         {\r
  80           end = sequence.length();\r
  81         }\r
  82         else\r
  83         {\r
  84           end = regions[r][1];\r
  85         }\r
  86 \r
  87         if (start > 0)\r
  88         {\r
  89           newSeq.append(sequence.substring(0, start));\r
  90         }\r
  91 \r
  92         if ( (caseChange == TO_UPPER && doCommand)\r
  93             || (caseChange == TO_LOWER && !doCommand))\r
  94         {\r
  95           newSeq.append(sequence.substring(start, end).toUpperCase());\r
  96         }\r
  97 \r
  98         else if ( (caseChange == TO_LOWER && doCommand)\r
  99                  || (caseChange == TO_UPPER && !doCommand))\r
 100         {\r
 101           newSeq.append(sequence.substring(start, end).toLowerCase());\r
 102         }\r
 103 \r
 104         else //TOGGLE CASE\r
 105         {\r
 106           for (int c = start; c < end; c++)\r
 107           {\r
 108             nextChar = sequence.charAt(c);\r
 109             if ('a' <= nextChar && nextChar <= 'z')\r
 110             {\r
 111               // TO UPPERCASE !!!\r
 112               nextChar -= ('a' - 'A');\r
 113             }\r
 114             else if ('A' <= nextChar && nextChar <= 'Z')\r
 115             {\r
 116               // TO LOWERCASE !!!\r
 117               nextChar += ('a' - 'A');\r
 118             }\r
 119             newSeq.append(nextChar);\r
 120           }\r
 121         }\r
 122 \r
 123         if (end < sequence.length())\r
 124         {\r
 125           newSeq.append(sequence.substring(end));\r
 126         }\r
 127 \r
 128         seqs[s].setSequence(newSeq.toString());\r
 129       }\r
 130     }\r
 131   }\r
 132 \r
 133 }\r