src/jalview/commands/JustifyLeftOrRightCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 import java.util.List;
  24
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.ContiguousI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.util.Comparison;
  29
  30 public class JustifyLeftOrRightCommand extends EditCommand
  31 {
  32   /**
  33    * Constructs and performs a trim alignment command
  34    *
  35    * @param description
  36    *          (to show in Undo/Redo menu)
  37    * @param justifyLeft
  38    *          if true left justify, otherwise right
  39    * @param seqs
  40    *          the sequences to justify
  41    * @param start
  42    *          - leftmost column (base 0) to justify
  43    *
  44    * @param end
  45    *          - rightmost column (base 0) to justify
  46    *
  47    * @param al
  48    */
  49   public JustifyLeftOrRightCommand(String description, boolean left,
  50           List<SequenceI> seqs, int from, int to, AlignmentI al)
  51   {
  52     this.description = description;
  53
  54     for (SequenceI seq : seqs)
  55     {
  56       ContiguousI cont = seq.findPositions(from + 1, to + 1);
  57       if (cont == null)
  58       {
  59         continue;
  60       }
  61       char[] range = seq.getSequence(from, to+1);
  62       if (range==null || range.length==0)
  63       {
  64         continue;
  65       }
  66       int dsstart = seq.getDatasetSequence().getStart();
  67       char[] sqchar = seq.getDatasetSequence().getSequence(
  68               -dsstart + cont.getBegin(), -dsstart + cont.getEnd() + 1);
  69       // debug
  70       // println sqchar;
  71       char[] alseq = new char[to - from + 1];
  72       int sqstart = left ? 0 : alseq.length - sqchar.length;
  73       int gaps = alseq.length - sqchar.length;
  74       int gapstart = left ? sqchar.length : 0;
  75       char gc = al.getGapCharacter();
  76       for (int gp = 0; gp < gaps; gp++)
  77       {
  78         alseq[gapstart + gp] = gc;
  79       }
  80
  81       for (int sqp = 0,insp=0; sqp<alseq.length; sqp++)
  82       {
  83         if (sqp < range.length && !Comparison.isGap(range[sqp]))
  84         {
  85           alseq[insp++ + sqstart] = range[sqp];
  86         }
  87       }
  88       SequenceI[] sqa = new SequenceI[1];
  89       sqa[0] = seq;
  90
  91       addEdit(new jalview.commands.EditCommand.Edit(
  92               jalview.commands.EditCommand.Action.REPLACE, sqa, from,
  93               to + 1, al, new String(alseq)));
  94     }
  95
  96     performEdit(0, null);
  97   }
  98 }