src/jalview/commands/OrderCommand.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.commands;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 \r
  24 public class OrderCommand\r
  25     implements CommandI\r
  26 {\r
  27   String description;\r
  28   SequenceI[] seqs;\r
  29   SequenceI[] seqs2;\r
  30   AlignmentI al;\r
  31 \r
  32   public OrderCommand(String description,\r
  33                       SequenceI[] seqs,\r
  34                       AlignmentI al)\r
  35   {\r
  36     this.description = description;\r
  37     this.seqs = seqs;\r
  38     this.seqs2 = al.getSequencesArray();\r
  39     this.al = al;\r
  40     doCommand();\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public String getDescription()\r
  44   {\r
  45     return description;\r
  46   }\r
  47 \r
  48   public int getSize()\r
  49   {\r
  50     return 1;\r
  51   }\r
  52 \r
  53   public void doCommand()\r
  54   {\r
  55     AlignmentSorter.setOrder(al, seqs2);\r
  56   }\r
  57 \r
  58   public void undoCommand()\r
  59   {\r
  60     AlignmentSorter.setOrder(al, seqs);\r
  61   }\r
  62 }\r