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[jalview.git] / src / jalview / commands / OrderCommand.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
4  *
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
8  * of the License, or (at your option) any later version.
9  *
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13  * GNU General Public License for more details.
14  *
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
18  */
19 package jalview.commands;
20
21 import jalview.analysis.*;
22 import jalview.datamodel.*;
23
24 public class OrderCommand
25     implements CommandI
26 {
27   String description;
28   SequenceI[] seqs;
29   SequenceI[] seqs2;
30   AlignmentI al;
31
32   public OrderCommand(String description,
33                       SequenceI[] seqs,
34                       AlignmentI al)
35   {
36     this.description = description;
37     this.seqs = seqs;
38     this.seqs2 = al.getSequencesArray();
39     this.al = al;
40     doCommand(null);
41   }
42
43   public String getDescription()
44   {
45     return description;
46   }
47
48   public int getSize()
49   {
50     return 1;
51   }
52
53   public void doCommand(AlignmentI[] views)
54   {
55     AlignmentSorter.setOrder(al, seqs2);
56   }
57
58   public void undoCommand(AlignmentI[] views)
59   {
60     AlignmentSorter.setOrder(al, seqs);
61   }
62 }