src/jalview/commands/OrderCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.commands;
  20
  21 import jalview.analysis.*;
  22 import jalview.datamodel.*;
  23
  24 public class OrderCommand
  25     implements CommandI
  26 {
  27   String description;
  28   SequenceI[] seqs;
  29   SequenceI[] seqs2;
  30   AlignmentI al;
  31
  32   public OrderCommand(String description,
  33                       SequenceI[] seqs,
  34                       AlignmentI al)
  35   {
  36     this.description = description;
  37     this.seqs = seqs;
  38     this.seqs2 = al.getSequencesArray();
  39     this.al = al;
  40     doCommand(null);
  41   }
  42
  43   public String getDescription()
  44   {
  45     return description;
  46   }
  47
  48   public int getSize()
  49   {
  50     return 1;
  51   }
  52
  53   public void doCommand(AlignmentI[] views)
  54   {
  55     AlignmentSorter.setOrder(al, seqs2);
  56   }
  57
  58   public void undoCommand(AlignmentI[] views)
  59   {
  60     AlignmentSorter.setOrder(al, seqs);
  61   }
  62 }