src/jalview/commands/OrderCommand.java

   1   /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.commands;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.analysis.AlignmentSorter;\r
  24 \r
  25 public class OrderCommand implements CommandI\r
  26 {\r
  27     String description;\r
  28     SequenceI [] seqs;\r
  29     SequenceI [] seqs2;\r
  30     AlignmentI al;\r
  31 \r
  32     public OrderCommand(String description,\r
  33                              SequenceI[] seqs,\r
  34                              AlignmentI al)\r
  35     {\r
  36       this.description = description;\r
  37       this.seqs = seqs;\r
  38       this.seqs2 = al.getSequencesArray();\r
  39       this.al = al;\r
  40       doCommand();\r
  41     }\r
  42 \r
  43     public String getDescription()\r
  44     {\r
  45       return description;\r
  46     }\r
  47 \r
  48     public int getSize()\r
  49     {\r
  50       return 1;\r
  51     }\r
  52 \r
  53     public void doCommand()\r
  54     {\r
  55       AlignmentSorter.setOrder(al, seqs2);\r
  56     }\r
  57 \r
  58     public void undoCommand()\r
  59     {\r
  60       AlignmentSorter.setOrder(al, seqs);\r
  61     }\r
  62 }\r