Check hiddenSequence before placing in tmp
[jalview.git] / src / jalview / commands / OrderCommand.java
1   /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.commands;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 \r
23 import jalview.analysis.AlignmentSorter;\r
24 \r
25 public class OrderCommand implements CommandI\r
26 {\r
27     String description;\r
28     SequenceI [] seqs;\r
29     SequenceI [] seqs2;\r
30     AlignmentI al;\r
31 \r
32     public OrderCommand(String description,\r
33                              SequenceI[] seqs,\r
34                              AlignmentI al)\r
35     {\r
36       this.description = description;\r
37       this.seqs = seqs;\r
38       this.seqs2 = al.getSequencesArray();\r
39       this.al = al;\r
40       doCommand();\r
41     }\r
42 \r
43     public String getDescription()\r
44     {\r
45       return description;\r
46     }\r
47 \r
48     public int getSize()\r
49     {\r
50       return 1;\r
51     }\r
52 \r
53     public void doCommand()\r
54     {\r
55       AlignmentSorter.setOrder(al, seqs2);\r
56     }\r
57 \r
58     public void undoCommand()\r
59     {\r
60       AlignmentSorter.setOrder(al, seqs);\r
61     }\r
62 }\r