src/jalview/commands/OrderCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.commands;
  19
  20 import jalview.analysis.*;
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 public class OrderCommand implements CommandI
  24 {
  25   String description;
  26
  27   SequenceI[] seqs;
  28
  29   SequenceI[] seqs2;
  30
  31   AlignmentI al;
  32
  33   public OrderCommand(String description, SequenceI[] seqs, AlignmentI al)
  34   {
  35     this.description = description;
  36     this.seqs = seqs;
  37     this.seqs2 = al.getSequencesArray();
  38     this.al = al;
  39     doCommand(null);
  40   }
  41
  42   public String getDescription()
  43   {
  44     return description;
  45   }
  46
  47   public int getSize()
  48   {
  49     return 1;
  50   }
  51
  52   public void doCommand(AlignmentI[] views)
  53   {
  54     AlignmentSorter.setOrder(al, seqs2);
  55   }
  56
  57   public void undoCommand(AlignmentI[] views)
  58   {
  59     AlignmentSorter.setOrder(al, seqs);
  60   }
  61 }