experiment with reinstating the sandbox permissions
[jalview.git] / src / jalview / commands / OrderCommand.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  *  
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 package jalview.commands;
19
20 import jalview.analysis.*;
21 import jalview.datamodel.*;
22
23 public class OrderCommand implements CommandI
24 {
25   String description;
26
27   SequenceI[] seqs;
28
29   SequenceI[] seqs2;
30
31   AlignmentI al;
32
33   public OrderCommand(String description, SequenceI[] seqs, AlignmentI al)
34   {
35     this.description = description;
36     this.seqs = seqs;
37     this.seqs2 = al.getSequencesArray();
38     this.al = al;
39     doCommand(null);
40   }
41
42   public String getDescription()
43   {
44     return description;
45   }
46
47   public int getSize()
48   {
49     return 1;
50   }
51
52   public void doCommand(AlignmentI[] views)
53   {
54     AlignmentSorter.setOrder(al, seqs2);
55   }
56
57   public void undoCommand(AlignmentI[] views)
58   {
59     AlignmentSorter.setOrder(al, seqs);
60   }
61 }