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[jalview.git] / src / jalview / commands / RemoveGapColCommand.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  * 
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 package jalview.commands;
19
20 /*
21  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer Copyright (C) 2007 AM
22  * Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
23  * 
24  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under
25  * the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
26  * Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later
27  * version.
28  * 
29  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
30  * ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
31  * FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more
32  * details.
33  * 
34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with
35  * this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc., 51
36  * Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
37  */
38
39 import jalview.datamodel.*;
40
41 public class RemoveGapColCommand extends EditCommand
42 {
43   int columnsDeleted;
44
45   public RemoveGapColCommand(String description, SequenceI[] seqs,
46           int start, int end, AlignmentI al)
47   {
48     this.description = description;
49
50     int j, jSize = seqs.length;
51
52     int startCol = -1, endCol = -1;
53     columnsDeleted = 0;
54
55     edits = new Edit[0];
56
57     boolean delete = true;
58     for (int i = start; i <= end; i++)
59     {
60       delete = true;
61
62       for (j = 0; j < jSize; j++)
63       {
64         if (seqs[j].getLength() > i)
65         {
66           if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqs[j].getCharAt(i)))
67           {
68             if (delete)
69             {
70               endCol = i;
71             }
72
73             delete = false;
74             break;
75           }
76         }
77       }
78
79       if (delete && startCol == -1)
80       {
81         startCol = i;
82       }
83
84       if (!delete && startCol > -1)
85       {
86         this.appendEdit(DELETE_GAP, seqs, startCol - columnsDeleted, endCol
87                 - startCol, al, false, null);
88
89         columnsDeleted += (endCol - startCol);
90         startCol = -1;
91         endCol = -1;
92       }
93     }
94
95     if (delete && startCol > -1)
96     {
97       // This is for empty columns at the
98       // end of the alignment
99
100       this.appendEdit(DELETE_GAP, seqs, startCol - columnsDeleted, end
101               - startCol + 1, al, false, null);
102
103       columnsDeleted += (end - startCol + 1);
104     }
105
106     performEdit(0, null);
107   }
108
109   public int getSize()
110   {
111     // We're interested in the number of columns deleted,
112     // Not the number of sequence edits.
113     return columnsDeleted;
114   }
115
116 }