src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 public class RemoveGapColCommand extends EditCommand
  27 {
  28   int columnsDeleted;
  29
  30   public RemoveGapColCommand(String description, SequenceI[] seqs,
  31           int start, int end, AlignmentI al)
  32   {
  33     this.description = description;
  34
  35     int j, jSize = seqs.length;
  36
  37     int startCol = -1, endCol = -1;
  38     columnsDeleted = 0;
  39
  40     clearEdits();
  41
  42     boolean delete = true;
  43     for (int i = start; i <= end; i++)
  44     {
  45       delete = true;
  46
  47       for (j = 0; j < jSize; j++)
  48       {
  49         if (seqs[j].getLength() > i)
  50         {
  51           if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqs[j].getCharAt(i)))
  52           {
  53             if (delete)
  54             {
  55               endCol = i;
  56             }
  57
  58             delete = false;
  59             break;
  60           }
  61         }
  62       }
  63
  64       if (delete && startCol == -1)
  65       {
  66         startCol = i;
  67       }
  68
  69       if (!delete && startCol > -1)
  70       {
  71         this.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seqs, startCol - columnsDeleted,
  72                 endCol - startCol, al, false, null);
  73
  74         columnsDeleted += (endCol - startCol);
  75         startCol = -1;
  76         endCol = -1;
  77       }
  78     }
  79
  80     if (delete && startCol > -1)
  81     {
  82       // This is for empty columns at the
  83       // end of the alignment
  84
  85       this.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seqs, startCol - columnsDeleted,
  86               end - startCol + 1, al, false, null);
  87
  88       columnsDeleted += (end - startCol + 1);
  89     }
  90
  91     performEdit(0, null);
  92   }
  93
  94   @Override
  95   public int getSize()
  96   {
  97     // We're interested in the number of columns deleted,
  98     // Not the number of sequence edits.
  99     return columnsDeleted;
 100   }
 101
 102 }