Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_Branch
[jalview.git] / src / jalview / commands / RemoveGapColCommand.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.commands;
22
23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
24 import jalview.datamodel.SequenceI;
25
26 public class RemoveGapColCommand extends EditCommand
27 {
28   int columnsDeleted;
29
30   public RemoveGapColCommand(String description, SequenceI[] seqs,
31           int start, int end, AlignmentI al)
32   {
33     this.description = description;
34
35     int j, jSize = seqs.length;
36
37     int startCol = -1, endCol = -1;
38     columnsDeleted = 0;
39
40     clearEdits();
41
42     boolean delete = true;
43     for (int i = start; i <= end; i++)
44     {
45       delete = true;
46
47       for (j = 0; j < jSize; j++)
48       {
49         if (seqs[j].getLength() > i)
50         {
51           if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqs[j].getCharAt(i)))
52           {
53             if (delete)
54             {
55               endCol = i;
56             }
57
58             delete = false;
59             break;
60           }
61         }
62       }
63
64       if (delete && startCol == -1)
65       {
66         startCol = i;
67       }
68
69       if (!delete && startCol > -1)
70       {
71         this.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seqs, startCol - columnsDeleted,
72                 endCol - startCol, al, false, null);
73
74         columnsDeleted += (endCol - startCol);
75         startCol = -1;
76         endCol = -1;
77       }
78     }
79
80     if (delete && startCol > -1)
81     {
82       // This is for empty columns at the
83       // end of the alignment
84
85       this.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seqs, startCol - columnsDeleted,
86               end - startCol + 1, al, false, null);
87
88       columnsDeleted += (end - startCol + 1);
89     }
90
91     performEdit(0, null);
92   }
93
94   @Override
95   public int getSize()
96   {
97     // We're interested in the number of columns deleted,
98     // Not the number of sequence edits.
99     return columnsDeleted;
100   }
101
102 }