src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.commands;
  20
  21 /*
  22  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer Copyright (C) 2007 AM
  23  * Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  24  *
  25  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under
  26  * the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
  27  * Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later
  28  * version.
  29  *
  30  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
  31  * ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
  32  * FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more
  33  * details.
  34  *
  35  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with
  36  * this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc., 51
  37  * Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  38  */
  39
  40 import jalview.datamodel.*;
  41
  42 public class RemoveGapColCommand extends EditCommand
  43 {
  44   int columnsDeleted;
  45
  46   public RemoveGapColCommand(String description, SequenceI[] seqs,
  47           int start, int end, AlignmentI al)
  48   {
  49     this.description = description;
  50
  51     int j, jSize = seqs.length;
  52
  53     int startCol = -1, endCol = -1;
  54     columnsDeleted = 0;
  55
  56     edits = new Edit[0];
  57
  58     boolean delete = true;
  59     for (int i = start; i <= end; i++)
  60     {
  61       delete = true;
  62
  63       for (j = 0; j < jSize; j++)
  64       {
  65         if (seqs[j].getLength() > i)
  66         {
  67           if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqs[j].getCharAt(i)))
  68           {
  69             if (delete)
  70             {
  71               endCol = i;
  72             }
  73
  74             delete = false;
  75             break;
  76           }
  77         }
  78       }
  79
  80       if (delete && startCol == -1)
  81       {
  82         startCol = i;
  83       }
  84
  85       if (!delete && startCol > -1)
  86       {
  87         this.appendEdit(DELETE_GAP, seqs, startCol - columnsDeleted, endCol
  88                 - startCol, al, false, null);
  89
  90         columnsDeleted += (endCol - startCol);
  91         startCol = -1;
  92         endCol = -1;
  93       }
  94     }
  95
  96     if (delete && startCol > -1)
  97     {
  98       // This is for empty columns at the
  99       // end of the alignment
 100
 101       this.appendEdit(DELETE_GAP, seqs, startCol - columnsDeleted, end
 102               - startCol + 1, al, false, null);
 103
 104       columnsDeleted += (end - startCol + 1);
 105     }
 106
 107     performEdit(0, null);
 108   }
 109
 110   public int getSize()
 111   {
 112     // We're interested in the number of columns deleted,
 113     // Not the number of sequence edits.
 114     return columnsDeleted;
 115   }
 116
 117 }