src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 public class RemoveGapsCommand extends EditCommand
  27 {
  28   public RemoveGapsCommand(String description, SequenceI[] seqs,
  29           AlignmentI al)
  30   {
  31     this.description = description;
  32     int width = 0;
  33     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  34     {
  35       if (seqs[i].getLength() > width)
  36       {
  37         width = seqs[i].getLength();
  38       }
  39     }
  40
  41     findGaps(seqs, 0, width, al);
  42   }
  43
  44   public RemoveGapsCommand(String description, SequenceI[] seqs, int start,
  45           int end, AlignmentI al)
  46   {
  47     this.description = description;
  48     findGaps(seqs, start, end, al);
  49   }
  50
  51   void findGaps(SequenceI[] seqs, int start, int end, AlignmentI al)
  52   {
  53
  54     int startCol = -1, endCol = -1;
  55     int deletedCols = 0;
  56
  57     int j, jSize;
  58
  59     clearEdits();
  60
  61     boolean delete = true;
  62     char[] sequence;
  63
  64     for (int s = 0; s < seqs.length; s++)
  65     {
  66       deletedCols = 0;
  67       startCol = -1;
  68       endCol = -1;
  69       sequence = seqs[s].getSequence(start, end + 1);
  70
  71       jSize = sequence.length;
  72       for (j = 0; j < jSize; j++)
  73       {
  74         delete = true;
  75
  76         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence[j]))
  77         {
  78           if (delete)
  79           {
  80             endCol = j;
  81           }
  82
  83           delete = false;
  84         }
  85
  86         if (delete && startCol == -1)
  87         {
  88           startCol = j;
  89         }
  90
  91         if (!delete && startCol > -1)
  92         {
  93           this.appendEdit(
  94                   Action.DELETE_GAP, new SequenceI[]
  95                   { seqs[s] }, start + startCol - deletedCols,
  96                   endCol - startCol, al, false, null);
  97
  98           deletedCols += (endCol - startCol);
  99           startCol = -1;
 100           endCol = -1;
 101         }
 102       }
 103       if (delete && startCol > -1)
 104       {
 105         this.appendEdit(
 106                 Action.DELETE_GAP, new SequenceI[]
 107                 { seqs[s] }, start + startCol - deletedCols,
 108                 jSize - startCol, al, false, null);
 109       }
 110
 111     }
 112
 113     performEdit(0, null);
 114   }
 115
 116 }