src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java

   1 package jalview.commands;
   2
   3 /*
   4  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   5  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   6  *
   7  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  13  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  14  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  15  * GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with this program; if not, write to the Free Software
  19  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  20  */
  21
  22 import jalview.datamodel.*;
  23
  24 public class RemoveGapsCommand
  25     extends EditCommand
  26 {
  27   public RemoveGapsCommand(String description,
  28                            SequenceI[] seqs, AlignmentI al)
  29   {
  30     this.description = description;
  31     int width = 0;
  32     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  33     {
  34       if (seqs[i].getLength() > width)
  35       {
  36         width = seqs[i].getLength();
  37       }
  38     }
  39
  40     findGaps(seqs, 0, width, al);
  41   }
  42
  43   public RemoveGapsCommand(String description,
  44                            SequenceI[] seqs,
  45                            int start, int end, AlignmentI al)
  46   {
  47     this.description = description;
  48     findGaps(seqs, start, end, al);
  49   }
  50
  51   void findGaps(SequenceI[] seqs, int start, int end, AlignmentI al)
  52   {
  53
  54     int startCol = -1, endCol = -1;
  55     int deletedCols = 0;
  56
  57     int j, jSize;
  58
  59     edits = new Edit[0];
  60
  61     boolean delete = true;
  62     char[] sequence;
  63
  64     for (int s = 0; s < seqs.length; s++)
  65     {
  66       deletedCols = 0;
  67       startCol = -1;
  68       endCol = -1;
  69       sequence = seqs[s].getSequence(start, end + 1);
  70
  71       jSize = sequence.length;
  72       for (j = 0; j < jSize; j++)
  73       {
  74         delete = true;
  75
  76         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence[j]))
  77         {
  78           if (delete)
  79           {
  80             endCol = j;
  81           }
  82
  83           delete = false;
  84         }
  85
  86         if (delete && startCol == -1)
  87         {
  88           startCol = j;
  89         }
  90
  91         if (!delete && startCol > -1)
  92         {
  93           this.appendEdit(DELETE_GAP, new SequenceI[]
  94                           {seqs[s]},
  95                           start + startCol - deletedCols,
  96                           endCol - startCol,
  97                           al,
  98                           false,null);
  99
 100           deletedCols += (endCol - startCol);
 101           startCol = -1;
 102           endCol = -1;
 103         }
 104       }
 105       if (delete && startCol > -1)
 106       {
 107         this.appendEdit(DELETE_GAP, new SequenceI[]
 108                         {seqs[s]},
 109                         start + startCol - deletedCols,
 110                         jSize - startCol,
 111                         al,
 112                         false,null);
 113       }
 114
 115     }
 116
 117     performEdit(0,null);
 118   }
 119
 120 }