src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 /*
  24  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer Copyright (C) 2007 AM
  25  * Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  26  *
  27  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under
  28  * the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
  29  * Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later
  30  * version.
  31  *
  32  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
  33  * ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
  34  * FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more
  35  * details.
  36  *
  37  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with
  38  * this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc., 51
  39  * Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  40  */
  41
  42 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  43 import jalview.datamodel.SequenceI;
  44
  45 public class RemoveGapsCommand extends EditCommand
  46 {
  47   public RemoveGapsCommand(String description, SequenceI[] seqs,
  48           AlignmentI al)
  49   {
  50     this.description = description;
  51     int width = 0;
  52     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  53     {
  54       if (seqs[i].getLength() > width)
  55       {
  56         width = seqs[i].getLength();
  57       }
  58     }
  59
  60     findGaps(seqs, 0, width, al);
  61   }
  62
  63   public RemoveGapsCommand(String description, SequenceI[] seqs, int start,
  64           int end, AlignmentI al)
  65   {
  66     this.description = description;
  67     findGaps(seqs, start, end, al);
  68   }
  69
  70   void findGaps(SequenceI[] seqs, int start, int end, AlignmentI al)
  71   {
  72
  73     int startCol = -1, endCol = -1;
  74     int deletedCols = 0;
  75
  76     int j, jSize;
  77
  78     clearEdits();
  79
  80     boolean delete = true;
  81     char[] sequence;
  82
  83     for (int s = 0; s < seqs.length; s++)
  84     {
  85       deletedCols = 0;
  86       startCol = -1;
  87       endCol = -1;
  88       sequence = seqs[s].getSequence(start, end + 1);
  89
  90       jSize = sequence.length;
  91       for (j = 0; j < jSize; j++)
  92       {
  93         delete = true;
  94
  95         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence[j]))
  96         {
  97           if (delete)
  98           {
  99             endCol = j;
 100           }
 101
 102           delete = false;
 103         }
 104
 105         if (delete && startCol == -1)
 106         {
 107           startCol = j;
 108         }
 109
 110         if (!delete && startCol > -1)
 111         {
 112           this.appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[]
 113           { seqs[s] }, start + startCol - deletedCols, endCol - startCol,
 114                   al, false, null);
 115
 116           deletedCols += (endCol - startCol);
 117           startCol = -1;
 118           endCol = -1;
 119         }
 120       }
 121       if (delete && startCol > -1)
 122       {
 123         this.appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[]
 124         { seqs[s] }, start + startCol - deletedCols, jSize - startCol, al,
 125                 false, null);
 126       }
 127
 128     }
 129
 130     performEdit(0, null);
 131   }
 132
 133 }