src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java

   1 package jalview.commands;\r
   2   /*\r
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   4  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   5  *\r
   6  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   7  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   8  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   9  * of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  *\r
  11  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  12  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  13  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  14  * GNU General Public License for more details.\r
  15  *\r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  17  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  18  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  19  */\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 public class RemoveGapsCommand  extends EditCommand\r
  24 {\r
  25   public RemoveGapsCommand(  String description,\r
  26                              SequenceI[] seqs, char gapChar)\r
  27   {\r
  28     this.description = description;\r
  29     int width = 0;\r
  30     for(int i=0; i<seqs.length; i++)\r
  31       if(seqs[i].getLength()>width)\r
  32         width = seqs[i].getLength();\r
  33 \r
  34     findGaps(seqs, 0, width, gapChar);\r
  35   }\r
  36 \r
  37   public RemoveGapsCommand(  String description,\r
  38                              SequenceI[] seqs,\r
  39                              int start, int end, char gapChar)\r
  40   {\r
  41     this.description = description;\r
  42     findGaps(seqs, start, end, gapChar);\r
  43   }\r
  44 \r
  45   void findGaps(SequenceI [] seqs, int start, int end, char gapChar)\r
  46   {\r
  47 \r
  48     int startCol = -1, endCol = -1;\r
  49     int deletedCols = 0;\r
  50 \r
  51     int j, jSize;\r
  52 \r
  53     edits = new Edit[0];\r
  54 \r
  55     boolean delete = true;\r
  56     char [] sequence;\r
  57 \r
  58     for(int s=0; s<seqs.length; s++)\r
  59     {\r
  60       deletedCols = 0;\r
  61       startCol = -1;\r
  62       endCol = -1;\r
  63       sequence = seqs[s].getSequence(start, end+1).toCharArray();\r
  64 \r
  65       jSize = sequence.length;\r
  66       for (j=0; j<jSize; j++)\r
  67       {\r
  68         delete = true;\r
  69 \r
  70 \r
  71         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence[j]))\r
  72         {\r
  73           if (delete)\r
  74             endCol = j;\r
  75 \r
  76           delete = false;\r
  77         }\r
  78 \r
  79 \r
  80         if (delete && startCol == -1)\r
  81         {\r
  82           startCol = j;\r
  83         }\r
  84 \r
  85         if (!delete && startCol > -1)\r
  86         {\r
  87           this.appendEdit(DELETE_GAP, new SequenceI[]{seqs[s]},\r
  88                           start + startCol - deletedCols,\r
  89                           endCol - startCol,\r
  90                           gapChar,\r
  91                           false);\r
  92 \r
  93           deletedCols += (endCol - startCol);\r
  94           startCol = -1;\r
  95           endCol = -1;\r
  96         }\r
  97       }\r
  98       if (delete && startCol > -1)\r
  99       {\r
 100         this.appendEdit(DELETE_GAP, new SequenceI[]{seqs[s]},\r
 101                         start + startCol - deletedCols,\r
 102                         jSize - startCol,\r
 103                         gapChar,\r
 104                         false);\r
 105       }\r
 106 \r
 107     }\r
 108 \r
 109     performEdit(0);\r
 110   }\r
 111 \r
 112 }\r