src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.commands;
  19
  20 /*
  21  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer Copyright (C) 2007 AM
  22  * Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  23  *
  24  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under
  25  * the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
  26  * Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later
  27  * version.
  28  *
  29  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
  30  * ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
  31  * FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more
  32  * details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with
  35  * this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc., 51
  36  * Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  37  */
  38
  39 import jalview.datamodel.*;
  40
  41 public class RemoveGapsCommand extends EditCommand
  42 {
  43   public RemoveGapsCommand(String description, SequenceI[] seqs,
  44           AlignmentI al)
  45   {
  46     this.description = description;
  47     int width = 0;
  48     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  49     {
  50       if (seqs[i].getLength() > width)
  51       {
  52         width = seqs[i].getLength();
  53       }
  54     }
  55
  56     findGaps(seqs, 0, width, al);
  57   }
  58
  59   public RemoveGapsCommand(String description, SequenceI[] seqs, int start,
  60           int end, AlignmentI al)
  61   {
  62     this.description = description;
  63     findGaps(seqs, start, end, al);
  64   }
  65
  66   void findGaps(SequenceI[] seqs, int start, int end, AlignmentI al)
  67   {
  68
  69     int startCol = -1, endCol = -1;
  70     int deletedCols = 0;
  71
  72     int j, jSize;
  73
  74     edits = new Edit[0];
  75
  76     boolean delete = true;
  77     char[] sequence;
  78
  79     for (int s = 0; s < seqs.length; s++)
  80     {
  81       deletedCols = 0;
  82       startCol = -1;
  83       endCol = -1;
  84       sequence = seqs[s].getSequence(start, end + 1);
  85
  86       jSize = sequence.length;
  87       for (j = 0; j < jSize; j++)
  88       {
  89         delete = true;
  90
  91         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence[j]))
  92         {
  93           if (delete)
  94           {
  95             endCol = j;
  96           }
  97
  98           delete = false;
  99         }
 100
 101         if (delete && startCol == -1)
 102         {
 103           startCol = j;
 104         }
 105
 106         if (!delete && startCol > -1)
 107         {
 108           this.appendEdit(DELETE_GAP, new SequenceI[]
 109           { seqs[s] }, start + startCol - deletedCols, endCol - startCol,
 110                   al, false, null);
 111
 112           deletedCols += (endCol - startCol);
 113           startCol = -1;
 114           endCol = -1;
 115         }
 116       }
 117       if (delete && startCol > -1)
 118       {
 119         this.appendEdit(DELETE_GAP, new SequenceI[]
 120         { seqs[s] }, start + startCol - deletedCols, jSize - startCol, al,
 121                 false, null);
 122       }
 123
 124     }
 125
 126     performEdit(0, null);
 127   }
 128
 129 }