src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.commands;
  20
  21 /*
  22  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
  23  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  24  *
  25  * This program is free software; you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
  28  * of the License, or (at your option) any later version.
  29  *
  30  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  31  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  32  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  33  * GNU General Public License for more details.
  34  *
  35  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  36  * along with this program; if not, write to the Free Software
  37  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  38  */
  39
  40 import jalview.datamodel.*;
  41
  42 public class RemoveGapsCommand
  43     extends EditCommand
  44 {
  45   public RemoveGapsCommand(String description,
  46                            SequenceI[] seqs, AlignmentI al)
  47   {
  48     this.description = description;
  49     int width = 0;
  50     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  51     {
  52       if (seqs[i].getLength() > width)
  53       {
  54         width = seqs[i].getLength();
  55       }
  56     }
  57
  58     findGaps(seqs, 0, width, al);
  59   }
  60
  61   public RemoveGapsCommand(String description,
  62                            SequenceI[] seqs,
  63                            int start, int end, AlignmentI al)
  64   {
  65     this.description = description;
  66     findGaps(seqs, start, end, al);
  67   }
  68
  69   void findGaps(SequenceI[] seqs, int start, int end, AlignmentI al)
  70   {
  71
  72     int startCol = -1, endCol = -1;
  73     int deletedCols = 0;
  74
  75     int j, jSize;
  76
  77     edits = new Edit[0];
  78
  79     boolean delete = true;
  80     char[] sequence;
  81
  82     for (int s = 0; s < seqs.length; s++)
  83     {
  84       deletedCols = 0;
  85       startCol = -1;
  86       endCol = -1;
  87       sequence = seqs[s].getSequence(start, end + 1);
  88
  89       jSize = sequence.length;
  90       for (j = 0; j < jSize; j++)
  91       {
  92         delete = true;
  93
  94         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence[j]))
  95         {
  96           if (delete)
  97           {
  98             endCol = j;
  99           }
 100
 101           delete = false;
 102         }
 103
 104         if (delete && startCol == -1)
 105         {
 106           startCol = j;
 107         }
 108
 109         if (!delete && startCol > -1)
 110         {
 111           this.appendEdit(DELETE_GAP, new SequenceI[]
 112                           {seqs[s]},
 113                           start + startCol - deletedCols,
 114                           endCol - startCol,
 115                           al,
 116                           false,null);
 117
 118           deletedCols += (endCol - startCol);
 119           startCol = -1;
 120           endCol = -1;
 121         }
 122       }
 123       if (delete && startCol > -1)
 124       {
 125         this.appendEdit(DELETE_GAP, new SequenceI[]
 126                         {seqs[s]},
 127                         start + startCol - deletedCols,
 128                         jSize - startCol,
 129                         al,
 130                         false,null);
 131       }
 132
 133     }
 134
 135     performEdit(0,null);
 136   }
 137
 138 }