src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.commands;
  19
  20 import jalview.datamodel.*;
  21
  22 public class SlideSequencesCommand extends EditCommand
  23 {
  24   boolean gapsInsertedBegin = false;
  25
  26   public SlideSequencesCommand(String description, SequenceI[] seqsLeft,
  27           SequenceI[] seqsRight, int slideSize, char gapChar)
  28   {
  29     this.description = description;
  30
  31     int lSize = seqsLeft.length;
  32     gapsInsertedBegin = false;
  33     int i, j;
  34     for (i = 0; i < lSize; i++)
  35     {
  36       for (j = 0; j < slideSize; j++)
  37         if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqsLeft[i].getCharAt(j)))
  38         {
  39           gapsInsertedBegin = true;
  40           break;
  41         }
  42     }
  43
  44     if (!gapsInsertedBegin)
  45       edits = new Edit[]
  46       { new Edit(DELETE_GAP, seqsLeft, 0, slideSize, gapChar) };
  47     else
  48       edits = new Edit[]
  49       { new Edit(INSERT_GAP, seqsRight, 0, slideSize, gapChar) };
  50
  51     performEdit(0, null);
  52   }
  53
  54   public boolean getGapsInsertedBegin()
  55   {
  56     return gapsInsertedBegin;
  57   }
  58
  59   public boolean appendSlideCommand(SlideSequencesCommand command)
  60   {
  61     boolean same = false;
  62
  63     if (command.edits[0].seqs.length == edits[0].seqs.length)
  64     {
  65       same = true;
  66       for (int i = 0; i < command.edits[0].seqs.length; i++)
  67       {
  68         if (edits[0].seqs[i] != command.edits[0].seqs[i])
  69         {
  70           same = false;
  71         }
  72       }
  73     }
  74
  75     if (same)
  76     {
  77       Edit[] temp = new Edit[command.edits.length + 1];
  78       System.arraycopy(command.edits, 0, temp, 0, command.edits.length);
  79       command.edits = temp;
  80       command.edits[command.edits.length - 1] = edits[0];
  81     }
  82
  83     return same;
  84   }
  85 }