experiment with reinstating the sandbox permissions
[jalview.git] / src / jalview / commands / SlideSequencesCommand.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  *  
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 package jalview.commands;
19
20 import jalview.datamodel.*;
21
22 public class SlideSequencesCommand extends EditCommand
23 {
24   boolean gapsInsertedBegin = false;
25
26   public SlideSequencesCommand(String description, SequenceI[] seqsLeft,
27           SequenceI[] seqsRight, int slideSize, char gapChar)
28   {
29     this.description = description;
30
31     int lSize = seqsLeft.length;
32     gapsInsertedBegin = false;
33     int i, j;
34     for (i = 0; i < lSize; i++)
35     {
36       for (j = 0; j < slideSize; j++)
37         if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqsLeft[i].getCharAt(j)))
38         {
39           gapsInsertedBegin = true;
40           break;
41         }
42     }
43
44     if (!gapsInsertedBegin)
45       edits = new Edit[]
46       { new Edit(DELETE_GAP, seqsLeft, 0, slideSize, gapChar) };
47     else
48       edits = new Edit[]
49       { new Edit(INSERT_GAP, seqsRight, 0, slideSize, gapChar) };
50
51     performEdit(0, null);
52   }
53
54   public boolean getGapsInsertedBegin()
55   {
56     return gapsInsertedBegin;
57   }
58
59   public boolean appendSlideCommand(SlideSequencesCommand command)
60   {
61     boolean same = false;
62
63     if (command.edits[0].seqs.length == edits[0].seqs.length)
64     {
65       same = true;
66       for (int i = 0; i < command.edits[0].seqs.length; i++)
67       {
68         if (edits[0].seqs[i] != command.edits[0].seqs[i])
69         {
70           same = false;
71         }
72       }
73     }
74
75     if (same)
76     {
77       Edit[] temp = new Edit[command.edits.length + 1];
78       System.arraycopy(command.edits, 0, temp, 0, command.edits.length);
79       command.edits = temp;
80       command.edits[command.edits.length - 1] = edits[0];
81     }
82
83     return same;
84   }
85 }