src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.commands;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 public class SlideSequencesCommand extends EditCommand
  24 {
  25   boolean gapsInsertedBegin = false;
  26
  27   public SlideSequencesCommand(String description, SequenceI[] seqsLeft,
  28           SequenceI[] seqsRight, int slideSize, char gapChar)
  29   {
  30     this.description = description;
  31
  32     int lSize = seqsLeft.length;
  33     gapsInsertedBegin = false;
  34     int i, j;
  35     for (i = 0; i < lSize; i++)
  36     {
  37       for (j = 0; j < slideSize; j++)
  38         if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqsLeft[i].getCharAt(j)))
  39         {
  40           gapsInsertedBegin = true;
  41           break;
  42         }
  43     }
  44
  45     if (!gapsInsertedBegin)
  46       edits = new Edit[]
  47       { new Edit(DELETE_GAP, seqsLeft, 0, slideSize, gapChar) };
  48     else
  49       edits = new Edit[]
  50       { new Edit(INSERT_GAP, seqsRight, 0, slideSize, gapChar) };
  51
  52     performEdit(0, null);
  53   }
  54
  55   public boolean getGapsInsertedBegin()
  56   {
  57     return gapsInsertedBegin;
  58   }
  59
  60   public boolean appendSlideCommand(SlideSequencesCommand command)
  61   {
  62     boolean same = false;
  63
  64     if (command.edits[0].seqs.length == edits[0].seqs.length)
  65     {
  66       same = true;
  67       for (int i = 0; i < command.edits[0].seqs.length; i++)
  68       {
  69         if (edits[0].seqs[i] != command.edits[0].seqs[i])
  70         {
  71           same = false;
  72         }
  73       }
  74     }
  75
  76     if (same)
  77     {
  78       Edit[] temp = new Edit[command.edits.length + 1];
  79       System.arraycopy(command.edits, 0, temp, 0, command.edits.length);
  80       command.edits = temp;
  81       command.edits[command.edits.length - 1] = edits[0];
  82     }
  83
  84     return same;
  85   }
  86 }