src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24
  25 public class SlideSequencesCommand extends EditCommand
  26 {
  27   boolean gapsInsertedBegin = false;
  28
  29   public SlideSequencesCommand(String description, SequenceI[] seqsLeft,
  30           SequenceI[] seqsRight, int slideSize, char gapChar)
  31   {
  32     this.description = description;
  33
  34     int lSize = seqsLeft.length;
  35     gapsInsertedBegin = false;
  36     int i, j;
  37     for (i = 0; i < lSize; i++)
  38     {
  39       for (j = 0; j < slideSize; j++)
  40       {
  41         if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqsLeft[i].getCharAt(j)))
  42         {
  43           gapsInsertedBegin = true;
  44           break;
  45         }
  46       }
  47     }
  48
  49     Edit e = null;
  50
  51     if (!gapsInsertedBegin)
  52     {
  53       e = new Edit(Action.DELETE_GAP, seqsLeft, 0, slideSize, gapChar);
  54       setEdit(e);
  55     }
  56     else
  57     {
  58       e = new Edit(Action.INSERT_GAP, seqsRight, 0, slideSize, gapChar);
  59       setEdit(e);
  60     }
  61
  62     performEdit(e, null);
  63   }
  64
  65   public boolean getGapsInsertedBegin()
  66   {
  67     return gapsInsertedBegin;
  68   }
  69
  70   public boolean appendSlideCommand(SlideSequencesCommand command)
  71   {
  72     boolean same = false;
  73
  74     if (command.getEdit(0).seqs.length == getEdit(0).seqs.length)
  75     {
  76       same = true;
  77       for (int i = 0; i < command.getEdit(0).seqs.length; i++)
  78       {
  79         if (getEdit(0).seqs[i] != command.getEdit(0).seqs[i])
  80         {
  81           same = false;
  82         }
  83       }
  84     }
  85
  86     if (same)
  87     {
  88       command.addEdit(getEdit(0));
  89     }
  90
  91     return same;
  92   }
  93 }