src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java

   1
   2 /*
   3 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   4 * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   5 *
   6 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   7 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   8 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   9 * of the License, or (at your option) any later version.
  10 *
  11 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  12 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  14 * GNU General Public License for more details.
  15 *
  16 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  17 * along with this program; if not, write to the Free Software
  18 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  19 */
  20
  21 package jalview.commands;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 public class SlideSequencesCommand extends EditCommand
  26 {
  27   boolean gapsInsertedBegin = false;
  28
  29   public SlideSequencesCommand(String description,
  30                                SequenceI[] seqsLeft,
  31                                SequenceI[] seqsRight,
  32                                int slideSize,
  33                                char gapChar)
  34   {
  35     this.description = description;
  36
  37     int lSize = seqsLeft.length;
  38     gapsInsertedBegin = false;
  39     int i, j;
  40     for (i = 0; i < lSize; i++)
  41     {
  42       for (j = 0; j < slideSize; j++)
  43         if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqsLeft[i].getCharAt(j)))
  44         {
  45           gapsInsertedBegin = true;
  46           break;
  47         }
  48     }
  49
  50     if (!gapsInsertedBegin)
  51       edits = new Edit[]
  52           {  new Edit(DELETE_GAP, seqsLeft, 0, slideSize, gapChar)};
  53     else
  54       edits = new Edit[]
  55           {  new Edit(INSERT_GAP, seqsRight, 0, slideSize, gapChar)};
  56
  57     performEdit(0,null);
  58   }
  59
  60   public boolean getGapsInsertedBegin()
  61   {
  62     return gapsInsertedBegin;
  63   }
  64
  65   public boolean appendSlideCommand(SlideSequencesCommand command)
  66   {
  67     boolean same = false;
  68
  69     if(command.edits[0].seqs.length==edits[0].seqs.length)
  70     {
  71       same = true;
  72       for (int i = 0; i < command.edits[0].seqs.length; i++)
  73       {
  74         if (edits[0].seqs[i] != command.edits[0].seqs[i])
  75         {
  76           same = false;
  77         }
  78       }
  79     }
  80
  81     if(same)
  82     {
  83       Edit[] temp = new Edit[command.edits.length + 1];
  84       System.arraycopy(command.edits, 0, temp, 0, command.edits.length);
  85       command.edits = temp;
  86       command.edits[command.edits.length - 1] = edits[0];
  87     }
  88
  89     return same;
  90   }
  91 }
  92
  93