src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.commands;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 public class SlideSequencesCommand extends EditCommand
  24 {
  25   boolean gapsInsertedBegin = false;
  26
  27   public SlideSequencesCommand(String description,
  28                                SequenceI[] seqsLeft,
  29                                SequenceI[] seqsRight,
  30                                int slideSize,
  31                                char gapChar)
  32   {
  33     this.description = description;
  34
  35     int lSize = seqsLeft.length;
  36     gapsInsertedBegin = false;
  37     int i, j;
  38     for (i = 0; i < lSize; i++)
  39     {
  40       for (j = 0; j < slideSize; j++)
  41         if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqsLeft[i].getCharAt(j)))
  42         {
  43           gapsInsertedBegin = true;
  44           break;
  45         }
  46     }
  47
  48     if (!gapsInsertedBegin)
  49       edits = new Edit[]
  50           {  new Edit(DELETE_GAP, seqsLeft, 0, slideSize, gapChar)};
  51     else
  52       edits = new Edit[]
  53           {  new Edit(INSERT_GAP, seqsRight, 0, slideSize, gapChar)};
  54
  55     performEdit(0,null);
  56   }
  57
  58   public boolean getGapsInsertedBegin()
  59   {
  60     return gapsInsertedBegin;
  61   }
  62
  63   public boolean appendSlideCommand(SlideSequencesCommand command)
  64   {
  65     boolean same = false;
  66
  67     if(command.edits[0].seqs.length==edits[0].seqs.length)
  68     {
  69       same = true;
  70       for (int i = 0; i < command.edits[0].seqs.length; i++)
  71       {
  72         if (edits[0].seqs[i] != command.edits[0].seqs[i])
  73         {
  74           same = false;
  75         }
  76       }
  77     }
  78
  79     if(same)
  80     {
  81       Edit[] temp = new Edit[command.edits.length + 1];
  82       System.arraycopy(command.edits, 0, temp, 0, command.edits.length);
  83       command.edits = temp;
  84       command.edits[command.edits.length - 1] = edits[0];
  85     }
  86
  87     return same;
  88   }
  89 }
  90
  91