src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java

   1 \r
   2 /*\r
   3 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   4 * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   5 *\r
   6 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   7 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   8 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   9 * of the License, or (at your option) any later version.\r
  10 *\r
  11 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  12 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  13 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  14 * GNU General Public License for more details.\r
  15 *\r
  16 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  17 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  18 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  19 */\r
  20 \r
  21 package jalview.commands;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 public class SlideSequencesCommand extends EditCommand\r
  26 {\r
  27   boolean gapsInsertedBegin = false;\r
  28 \r
  29   public SlideSequencesCommand(String description,\r
  30                                SequenceI[] seqsLeft,\r
  31                                SequenceI[] seqsRight,\r
  32                                int slideSize,\r
  33                                char gapChar)\r
  34   {\r
  35     this.description = description;\r
  36 \r
  37     int lSize = seqsLeft.length;\r
  38     gapsInsertedBegin = false;\r
  39     int i, j;\r
  40     for (i = 0; i < lSize; i++)\r
  41     {\r
  42       for (j = 0; j < slideSize; j++)\r
  43         if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqsLeft[i].getCharAt(j)))\r
  44         {\r
  45           gapsInsertedBegin = true;\r
  46           break;\r
  47         }\r
  48     }\r
  49 \r
  50     if (!gapsInsertedBegin)\r
  51       edits = new Edit[]\r
  52           {  new Edit(DELETE_GAP, seqsLeft, 0, slideSize, gapChar)};\r
  53     else\r
  54       edits = new Edit[]\r
  55           {  new Edit(INSERT_GAP, seqsRight, 0, slideSize, gapChar)};\r
  56 \r
  57     performEdit(0);\r
  58   }\r
  59 \r
  60   public boolean getGapsInsertedBegin()\r
  61   {\r
  62     return gapsInsertedBegin;\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public boolean appendSlideCommand(SlideSequencesCommand command)\r
  66   {\r
  67     boolean same = false;\r
  68 \r
  69     if(command.edits[0].seqs.length==edits[0].seqs.length)\r
  70     {\r
  71       same = true;\r
  72       for (int i = 0; i < command.edits[0].seqs.length; i++)\r
  73       {\r
  74         if (edits[0].seqs[i] != command.edits[0].seqs[i])\r
  75         {\r
  76           same = false;\r
  77         }\r
  78       }\r
  79     }\r
  80 \r
  81     if(same)\r
  82     {\r
  83       Edit[] temp = new Edit[command.edits.length + 1];\r
  84       System.arraycopy(command.edits, 0, temp, 0, command.edits.length);\r
  85       command.edits = temp;\r
  86       command.edits[command.edits.length - 1] = edits[0];\r
  87     }\r
  88 \r
  89     return same;\r
  90   }\r
  91 }\r
  92 \r
  93 \r