src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.commands;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24 import jalview.util.*;
  25
  26 public class TrimRegionCommand
  27     extends EditCommand
  28 {
  29   public static String TRIM_LEFT = "TrimLeft";
  30   public static String TRIM_RIGHT = "TrimRight";
  31
  32   public ColumnSelection colSel = null;
  33
  34   int[] start;
  35
  36   ShiftList shiftList;
  37
  38   SequenceGroup selectionGroup;
  39
  40   Vector deletedHiddenColumns;
  41
  42   int columnsDeleted;
  43
  44   public TrimRegionCommand(String description,
  45                            String command,
  46                            SequenceI[] seqs,
  47                            int column,
  48                            AlignmentI al,
  49                            ColumnSelection colSel,
  50                            SequenceGroup selectedRegion)
  51   {
  52     this.description = description;
  53     this.selectionGroup = selectedRegion;
  54     this.colSel = colSel;
  55     if (command.equalsIgnoreCase(TRIM_LEFT))
  56     {
  57       if (column == 0)
  58       {
  59         return;
  60       }
  61
  62       columnsDeleted = column;
  63
  64       edits = new Edit[]
  65           {
  66           new Edit(CUT, seqs, 0, column, al)};
  67     }
  68     else if (command.equalsIgnoreCase(TRIM_RIGHT))
  69     {
  70       int width = al.getWidth() - column - 1;
  71       if (width < 2)
  72       {
  73         return;
  74       }
  75
  76       columnsDeleted = width - 1;
  77
  78       edits = new Edit[]
  79           {
  80           new Edit(CUT, seqs, column + 1, width, al)};
  81     }
  82
  83     //We need to keep a record of the sequence start
  84     //in order to restore the state after a redo
  85     int i, isize = edits[0].seqs.length;
  86     start = new int[isize];
  87     for (i = 0; i < isize; i++)
  88     {
  89       start[i] = edits[0].seqs[i].getStart();
  90     }
  91
  92     performEdit(0,null);
  93   }
  94
  95   void cut(Edit command)
  96   {
  97     int column, j, jSize = command.seqs.length;
  98     for (j = 0; j < jSize; j++)
  99     {
 100       if (command.position == 0)
 101       {
 102         //This is a TRIM_LEFT command
 103         column = command.seqs[j].findPosition(command.number);
 104         command.seqs[j].setStart(column);
 105       }
 106       else
 107       {
 108         //This is a TRIM_RIGHT command
 109         column = command.seqs[j].findPosition(command.position) - 1;
 110         command.seqs[j].setEnd(column);
 111       }
 112     }
 113
 114     super.cut(command, null);
 115
 116     if (command.position == 0)
 117     {
 118       deletedHiddenColumns = colSel.compensateForEdit(0, command.number);
 119       if (selectionGroup != null)
 120       {
 121         selectionGroup.adjustForRemoveLeft(command.number);
 122       }
 123     }
 124     else
 125     {
 126       deletedHiddenColumns = colSel.compensateForEdit(command.position,
 127           command.number);
 128       if (selectionGroup != null)
 129       {
 130         selectionGroup.adjustForRemoveRight(command.position);
 131       }
 132     }
 133   }
 134
 135   void paste(Edit command)
 136   {
 137     super.paste(command, null);
 138     int column, j, jSize = command.seqs.length;
 139     for (j = 0; j < jSize; j++)
 140     {
 141       if (command.position == 0)
 142       {
 143         command.seqs[j].setStart(start[j]);
 144       }
 145       else
 146       {
 147         column = command.seqs[j]
 148             .findPosition(command.number + command.position) - 1;
 149         command.seqs[j].setEnd(column);
 150       }
 151     }
 152
 153     if (command.position == 0)
 154     {
 155       colSel.compensateForEdit(0, -command.number);
 156       if (selectionGroup != null)
 157       {
 158         selectionGroup.adjustForRemoveLeft( -command.number);
 159       }
 160     }
 161
 162     if (deletedHiddenColumns != null)
 163     {
 164       int[] region;
 165       for (int i = 0; i < deletedHiddenColumns.size(); i++)
 166       {
 167         region = (int[]) deletedHiddenColumns.elementAt(i);
 168         colSel.hideColumns(region[0], region[1]);
 169       }
 170     }
 171   }
 172
 173   public int getSize()
 174   {
 175     return columnsDeleted;
 176   }
 177
 178 }