src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.commands;\r
  20 \r
  21 import jalview.util.ShiftList;\r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import java.util.Vector;\r
  24 \r
  25 public class TrimRegionCommand\r
  26     extends EditCommand\r
  27 {\r
  28   public static String TRIM_LEFT = "TrimLeft";\r
  29   public static String TRIM_RIGHT = "TrimRight";\r
  30 \r
  31   public ColumnSelection colSel = null;\r
  32 \r
  33   int [] start;\r
  34 \r
  35   ShiftList shiftList;\r
  36 \r
  37   SequenceGroup selectionGroup;\r
  38 \r
  39   Vector deletedHiddenColumns;\r
  40 \r
  41   public TrimRegionCommand(String description,\r
  42                      String command,\r
  43                      SequenceI[] seqs,\r
  44                      int column,\r
  45                      AlignmentI al,\r
  46                      ColumnSelection colSel,\r
  47                      SequenceGroup selectedRegion)\r
  48   {\r
  49     this.description = description;\r
  50     this.selectionGroup = selectedRegion;\r
  51     this.colSel = colSel;\r
  52     if (command.equalsIgnoreCase(TRIM_LEFT))\r
  53     {\r
  54       edits = new Edit[] { new Edit(CUT, seqs, 0, column, al)};\r
  55     }\r
  56     else if (command.equalsIgnoreCase(TRIM_RIGHT))\r
  57     {\r
  58       edits = new Edit[]\r
  59           { new Edit(CUT, seqs, column+1, al.getWidth() - column, al)};\r
  60     }\r
  61 \r
  62     //We need to keep a record of the sequence start\r
  63     //in order to restore the state after a redo\r
  64     int i, isize = edits[0].seqs.length;\r
  65     start = new int[isize];\r
  66     for(i=0; i<isize; i++)\r
  67       start[i] = edits[0].seqs[i].getStart();\r
  68 \r
  69     performEdit(0);\r
  70   }\r
  71 \r
  72   void cut(Edit command)\r
  73   {\r
  74     int column, j, jSize = command.seqs.length;\r
  75     for (j = 0; j < jSize; j++)\r
  76     {\r
  77       if(command.position==0)\r
  78       {\r
  79         //This is a TRIM_LEFT command\r
  80         column = command.seqs[j].findPosition(command.number);\r
  81         command.seqs[j].setStart(column);\r
  82       }\r
  83       else\r
  84       {\r
  85         //This is a TRIM_RIGHT command\r
  86         column = command.seqs[j].findPosition(command.position)-1;\r
  87         command.seqs[j].setEnd(column);\r
  88       }\r
  89     }\r
  90 \r
  91     super.cut(command);\r
  92 \r
  93     if (command.position == 0)\r
  94     {\r
  95       deletedHiddenColumns = colSel.compensateForEdit(0, command.number);\r
  96       if(selectionGroup!=null)\r
  97         selectionGroup.adjustForRemoveLeft(command.number);\r
  98     }\r
  99     else\r
 100     {\r
 101       deletedHiddenColumns = colSel.compensateForEdit(command.position, command.number);\r
 102       if(selectionGroup!=null)\r
 103         selectionGroup.adjustForRemoveRight(command.position);\r
 104     }\r
 105   }\r
 106 \r
 107   void paste(Edit command)\r
 108   {\r
 109     super.paste(command);\r
 110     int column, j, jSize = command.seqs.length;\r
 111     for (j = 0; j < jSize; j++)\r
 112     {\r
 113       if(command.position==0)\r
 114       {\r
 115         command.seqs[j].setStart(start[j]);\r
 116       }\r
 117       else\r
 118       {\r
 119         column = command.seqs[j]\r
 120             .findPosition(command.number+command.position)-1;\r
 121         command.seqs[j].setEnd(column);\r
 122       }\r
 123     }\r
 124 \r
 125     if (command.position == 0)\r
 126     {\r
 127       colSel.compensateForEdit(0, -command.number);\r
 128       if(selectionGroup!=null)\r
 129         selectionGroup.adjustForRemoveLeft(-command.number);\r
 130     }\r
 131 \r
 132     if (deletedHiddenColumns != null)\r
 133     {\r
 134       int[] region;\r
 135       for (int i = 0; i < deletedHiddenColumns.size(); i++)\r
 136       {\r
 137         region = (int[]) deletedHiddenColumns.elementAt(i);\r
 138         colSel.hideColumns(region[0], region[1]);\r
 139       }\r
 140     }\r
 141 \r
 142 \r
 143   }\r
 144 \r
 145 }\r