src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.commands;\r
  20 \r
  21 import jalview.util.ShiftList;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 public class TrimRegionCommand\r
  26     extends EditCommand\r
  27 {\r
  28   public static String TRIM_LEFT = "TrimLeft";\r
  29   public static String TRIM_RIGHT = "TrimRight";\r
  30 \r
  31   public ColumnSelection colSel = null;\r
  32 \r
  33   int [] start;\r
  34 \r
  35   public TrimRegionCommand(String description,\r
  36                      String command,\r
  37                      SequenceI[] seqs,\r
  38                      int column,\r
  39                      AlignmentI al,\r
  40                      ColumnSelection colSel)\r
  41   {\r
  42     this.description = description;\r
  43     if (command.equalsIgnoreCase(TRIM_LEFT))\r
  44     {\r
  45       edits = new Edit[] { new Edit(CUT, seqs, 0, column, al)};\r
  46       this.colSel = colSel;\r
  47     }\r
  48     else if (command.equalsIgnoreCase(TRIM_RIGHT))\r
  49     {\r
  50       edits = new Edit[]\r
  51           { new Edit(CUT, seqs, column+1, al.getWidth() - column, al)};\r
  52     }\r
  53 \r
  54     //We need to keep a record of the sequence start\r
  55     //in order to restore the state after a redo\r
  56     int i, isize = edits[0].seqs.length;\r
  57     start = new int[isize];\r
  58     for(i=0; i<isize; i++)\r
  59       start[i] = edits[0].seqs[i].getStart();\r
  60 \r
  61     performEdit(0);\r
  62   }\r
  63 \r
  64   void cut(Edit command)\r
  65   {\r
  66     int column, j, jSize = command.seqs.length;\r
  67     for (j = 0; j < jSize; j++)\r
  68     {\r
  69       if(command.position==0)\r
  70       {\r
  71         column = command.seqs[j].findPosition(command.number);\r
  72         command.seqs[j].setStart(column);\r
  73       }\r
  74       else\r
  75       {\r
  76         column = command.seqs[j].findPosition(command.position)-1;\r
  77         command.seqs[j].setEnd(column);\r
  78       }\r
  79     }\r
  80     super.cut(command);\r
  81   }\r
  82 \r
  83   void paste(Edit command)\r
  84   {\r
  85     super.paste(command);\r
  86     int column, j, jSize = command.seqs.length;\r
  87     for (j = 0; j < jSize; j++)\r
  88     {\r
  89       if(command.position==0)\r
  90       {\r
  91         command.seqs[j].setStart(start[j]);\r
  92       }\r
  93       else\r
  94       {\r
  95         column = command.seqs[j]\r
  96             .findPosition(command.number+command.position)-1;\r
  97         command.seqs[j].setEnd(column);\r
  98       }\r
  99     }\r
 100 \r
 101     if(command.position==0)\r
 102     {\r
 103       ShiftList slist = new ShiftList();\r
 104       slist.addShift(0, -command.number);\r
 105       colSel.compensateForEdits(slist);\r
 106     }\r
 107   }\r
 108 \r
 109 }\r