src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 public class TrimRegionCommand extends EditCommand
  27 {
  28   int columnsDeleted;
  29
  30   /**
  31    * Constructs and performs a trim alignment command
  32    *
  33    * @param description
  34    *          (to show in Undo/Redo menu)
  35    * @param trimLeft
  36    *          if true trim to left of column, else to right
  37    * @param seqs
  38    *          the sequences to trim
  39    * @param column
  40    *          the alignment column (base 0) from which to trim
  41    * @param al
  42    */
  43   public TrimRegionCommand(String description, boolean trimLeft,
  44           SequenceI[] seqs, int column, AlignmentI al)
  45   {
  46     this.description = description;
  47     if (trimLeft)
  48     {
  49       if (column == 0)
  50       {
  51         return;
  52       }
  53
  54       columnsDeleted = column;
  55
  56       setEdit(new Edit(Action.CUT, seqs, 0, column, al));
  57     }
  58     else
  59     {
  60       int width = al.getWidth() - column - 1;
  61       if (width < 1)
  62       {
  63         return;
  64       }
  65
  66       columnsDeleted = width;
  67
  68       setEdit(new Edit(Action.CUT, seqs, column + 1, width, al));
  69     }
  70
  71
  72     performEdit(0, null);
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public int getSize()
  77   {
  78     return columnsDeleted;
  79   }
  80
  81 }