src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  * of the License, or (at your option) any later version.
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.util.ShiftList;
  28
  29 import java.util.List;
  30
  31 public class TrimRegionCommand extends EditCommand
  32 {
  33   public static String TRIM_LEFT = "TrimLeft";
  34
  35   public static String TRIM_RIGHT = "TrimRight";
  36
  37   public ColumnSelection colSel = null;
  38
  39   int[] start;
  40
  41   ShiftList shiftList;
  42
  43   SequenceGroup selectionGroup;
  44
  45   List<int[]> deletedHiddenColumns;
  46
  47   int columnsDeleted;
  48
  49   public TrimRegionCommand(String description, String command,
  50           SequenceI[] seqs, int column, AlignmentI al,
  51           ColumnSelection colSel, SequenceGroup selectedRegion)
  52   {
  53     this.description = description;
  54     this.selectionGroup = selectedRegion;
  55     this.colSel = colSel;
  56     if (command.equalsIgnoreCase(TRIM_LEFT))
  57     {
  58       if (column == 0)
  59       {
  60         return;
  61       }
  62
  63       columnsDeleted = column;
  64
  65       setEdit(new Edit(Action.CUT, seqs, 0, column, al));
  66     }
  67     else if (command.equalsIgnoreCase(TRIM_RIGHT))
  68     {
  69       int width = al.getWidth() - column - 1;
  70       if (width < 2)
  71       {
  72         return;
  73       }
  74
  75       columnsDeleted = width - 1;
  76
  77       setEdit(new Edit(Action.CUT, seqs, column + 1, width, al));
  78     }
  79
  80     // We need to keep a record of the sequence start
  81     // in order to restore the state after a redo
  82     int i, isize = getEdit(0).seqs.length;
  83     start = new int[isize];
  84     for (i = 0; i < isize; i++)
  85     {
  86       start[i] = getEdit(0).seqs[i].getStart();
  87     }
  88
  89     performEdit(0, null);
  90   }
  91
  92   void cut(Edit command)
  93   {
  94     int column, j, jSize = command.seqs.length;
  95     for (j = 0; j < jSize; j++)
  96     {
  97       if (command.position == 0)
  98       {
  99         // This is a TRIM_LEFT command
 100         column = command.seqs[j].findPosition(command.number);
 101         command.seqs[j].setStart(column);
 102       }
 103       else
 104       {
 105         // This is a TRIM_RIGHT command
 106         column = command.seqs[j].findPosition(command.position) - 1;
 107         command.seqs[j].setEnd(column);
 108       }
 109     }
 110
 111     super.cut(command, null);
 112
 113     if (command.position == 0)
 114     {
 115       deletedHiddenColumns = colSel.compensateForEdit(0, command.number);
 116       if (selectionGroup != null)
 117       {
 118         selectionGroup.adjustForRemoveLeft(command.number);
 119       }
 120     }
 121     else
 122     {
 123       deletedHiddenColumns = colSel.compensateForEdit(command.position,
 124               command.number);
 125       if (selectionGroup != null)
 126       {
 127         selectionGroup.adjustForRemoveRight(command.position);
 128       }
 129     }
 130   }
 131
 132   void paste(Edit command)
 133   {
 134     super.paste(command, null);
 135     int column, j, jSize = command.seqs.length;
 136     for (j = 0; j < jSize; j++)
 137     {
 138       if (command.position == 0)
 139       {
 140         command.seqs[j].setStart(start[j]);
 141       }
 142       else
 143       {
 144         column = command.seqs[j].findPosition(command.number
 145                 + command.position) - 1;
 146         command.seqs[j].setEnd(column);
 147       }
 148     }
 149
 150     if (command.position == 0)
 151     {
 152       colSel.compensateForEdit(0, -command.number);
 153       if (selectionGroup != null)
 154       {
 155         selectionGroup.adjustForRemoveLeft(-command.number);
 156       }
 157     }
 158
 159     if (deletedHiddenColumns != null)
 160     {
 161       int[] region;
 162       for (int i = 0; i < deletedHiddenColumns.size(); i++)
 163       {
 164         region = deletedHiddenColumns.get(i);
 165         colSel.hideColumns(region[0], region[1]);
 166       }
 167     }
 168   }
 169
 170   public int getSize()
 171   {
 172     return columnsDeleted;
 173   }
 174
 175 }