src/jalview/commands/TrimRegionCommand.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.commands;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 import jalview.util.*;\r
  25 \r
  26 public class TrimRegionCommand\r
  27     extends EditCommand\r
  28 {\r
  29   public static String TRIM_LEFT = "TrimLeft";\r
  30   public static String TRIM_RIGHT = "TrimRight";\r
  31 \r
  32   public ColumnSelection colSel = null;\r
  33 \r
  34   int[] start;\r
  35 \r
  36   ShiftList shiftList;\r
  37 \r
  38   SequenceGroup selectionGroup;\r
  39 \r
  40   Vector deletedHiddenColumns;\r
  41 \r
  42   int columnsDeleted;\r
  43 \r
  44   public TrimRegionCommand(String description,\r
  45                            String command,\r
  46                            SequenceI[] seqs,\r
  47                            int column,\r
  48                            AlignmentI al,\r
  49                            ColumnSelection colSel,\r
  50                            SequenceGroup selectedRegion)\r
  51   {\r
  52     this.description = description;\r
  53     this.selectionGroup = selectedRegion;\r
  54     this.colSel = colSel;\r
  55     if (command.equalsIgnoreCase(TRIM_LEFT))\r
  56     {\r
  57       if (column == 0)\r
  58       {\r
  59         return;\r
  60       }\r
  61 \r
  62       columnsDeleted = column;\r
  63 \r
  64       edits = new Edit[]\r
  65           {\r
  66           new Edit(CUT, seqs, 0, column, al)};\r
  67     }\r
  68     else if (command.equalsIgnoreCase(TRIM_RIGHT))\r
  69     {\r
  70       int width = al.getWidth() - column - 1;\r
  71       if (width < 2)\r
  72       {\r
  73         return;\r
  74       }\r
  75 \r
  76       columnsDeleted = width - 1;\r
  77 \r
  78       edits = new Edit[]\r
  79           {\r
  80           new Edit(CUT, seqs, column + 1, width, al)};\r
  81     }\r
  82 \r
  83     //We need to keep a record of the sequence start\r
  84     //in order to restore the state after a redo\r
  85     int i, isize = edits[0].seqs.length;\r
  86     start = new int[isize];\r
  87     for (i = 0; i < isize; i++)\r
  88     {\r
  89       start[i] = edits[0].seqs[i].getStart();\r
  90     }\r
  91 \r
  92     performEdit(0);\r
  93   }\r
  94 \r
  95   void cut(Edit command)\r
  96   {\r
  97     int column, j, jSize = command.seqs.length;\r
  98     for (j = 0; j < jSize; j++)\r
  99     {\r
 100       if (command.position == 0)\r
 101       {\r
 102         //This is a TRIM_LEFT command\r
 103         column = command.seqs[j].findPosition(command.number);\r
 104         command.seqs[j].setStart(column);\r
 105       }\r
 106       else\r
 107       {\r
 108         //This is a TRIM_RIGHT command\r
 109         column = command.seqs[j].findPosition(command.position) - 1;\r
 110         command.seqs[j].setEnd(column);\r
 111       }\r
 112     }\r
 113 \r
 114     super.cut(command);\r
 115 \r
 116     if (command.position == 0)\r
 117     {\r
 118       deletedHiddenColumns = colSel.compensateForEdit(0, command.number);\r
 119       if (selectionGroup != null)\r
 120       {\r
 121         selectionGroup.adjustForRemoveLeft(command.number);\r
 122       }\r
 123     }\r
 124     else\r
 125     {\r
 126       deletedHiddenColumns = colSel.compensateForEdit(command.position,\r
 127           command.number);\r
 128       if (selectionGroup != null)\r
 129       {\r
 130         selectionGroup.adjustForRemoveRight(command.position);\r
 131       }\r
 132     }\r
 133   }\r
 134 \r
 135   void paste(Edit command)\r
 136   {\r
 137     super.paste(command);\r
 138     int column, j, jSize = command.seqs.length;\r
 139     for (j = 0; j < jSize; j++)\r
 140     {\r
 141       if (command.position == 0)\r
 142       {\r
 143         command.seqs[j].setStart(start[j]);\r
 144       }\r
 145       else\r
 146       {\r
 147         column = command.seqs[j]\r
 148             .findPosition(command.number + command.position) - 1;\r
 149         command.seqs[j].setEnd(column);\r
 150       }\r
 151     }\r
 152 \r
 153     if (command.position == 0)\r
 154     {\r
 155       colSel.compensateForEdit(0, -command.number);\r
 156       if (selectionGroup != null)\r
 157       {\r
 158         selectionGroup.adjustForRemoveLeft( -command.number);\r
 159       }\r
 160     }\r
 161 \r
 162     if (deletedHiddenColumns != null)\r
 163     {\r
 164       int[] region;\r
 165       for (int i = 0; i < deletedHiddenColumns.size(); i++)\r
 166       {\r
 167         region = (int[]) deletedHiddenColumns.elementAt(i);\r
 168         colSel.hideColumns(region[0], region[1]);\r
 169       }\r
 170     }\r
 171   }\r
 172 \r
 173   public int getSize()\r
 174   {\r
 175     return columnsDeleted;\r
 176   }\r
 177 \r
 178 }\r