src/jalview/controller/AlignViewController.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.controller;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
  24 import jalview.api.AlignViewControllerGuiI;
  25 import jalview.api.AlignViewControllerI;
  26 import jalview.api.AlignViewportI;
  27 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  28 import jalview.api.FeatureRenderer;
  29 import jalview.commands.OrderCommand;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  31 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  32 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  33 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  34 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  35 import jalview.datamodel.SequenceI;
  36 import jalview.io.DataSourceType;
  37 import jalview.io.FeaturesFile;
  38 import jalview.util.MessageManager;
  39
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.util.BitSet;
  42 import java.util.List;
  43
  44 public class AlignViewController implements AlignViewControllerI
  45 {
  46   AlignViewportI viewport = null;
  47
  48   AlignmentViewPanel alignPanel = null;
  49
  50   /**
  51    * the GUI container that is handling interactions with the user
  52    */
  53   private AlignViewControllerGuiI avcg;
  54
  55   @Override
  56   protected void finalize() throws Throwable
  57   {
  58     viewport = null;
  59     alignPanel = null;
  60     avcg = null;
  61   };
  62
  63   public AlignViewController(AlignViewControllerGuiI alignFrame,
  64           AlignViewportI viewport, AlignmentViewPanel alignPanel)
  65   {
  66     this.avcg = alignFrame;
  67     this.viewport = viewport;
  68     this.alignPanel = alignPanel;
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public void setViewportAndAlignmentPanel(AlignViewportI viewport,
  73           AlignmentViewPanel alignPanel)
  74   {
  75     this.alignPanel = alignPanel;
  76     this.viewport = viewport;
  77
  78   }
  79
  80   @Override
  81   public boolean makeGroupsFromSelection()
  82   {
  83     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
  84     ColumnSelection cs = viewport.getColumnSelection();
  85     SequenceGroup[] gps = null;
  86     if (sg != null && (cs == null || cs.isEmpty()))
  87     {
  88       gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(viewport
  89               .getSequenceSelection(), viewport.getAlignmentView(true)
  90               .getSequenceStrings(viewport.getGapCharacter()), viewport
  91               .getAlignment().getGroups());
  92     }
  93     else
  94     {
  95       if (cs != null)
  96       {
  97         gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFromCols(
  98                 (sg == null) ? viewport.getAlignment().getSequencesArray()
  99                         : sg.getSequences().toArray(new SequenceI[0]), cs,
 100                 viewport.getAlignment().getGroups());
 101       }
 102     }
 103     if (gps != null)
 104     {
 105       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();
 106       viewport.clearSequenceColours();
 107       viewport.setSelectionGroup(null);
 108       // set view properties for each group
 109       for (int g = 0; g < gps.length; g++)
 110       {
 111         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());
 112         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());
 113         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);
 114         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),
 115                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));
 116         col = col.brighter();
 117         for (SequenceI sq : gps[g].getSequences(null))
 118         {
 119           viewport.setSequenceColour(sq, col);
 120         }
 121       }
 122       return true;
 123     }
 124     return false;
 125   }
 126
 127   @Override
 128   public boolean createGroup()
 129   {
 130
 131     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
 132     if (sg != null)
 133     {
 134       viewport.getAlignment().addGroup(sg);
 135       return true;
 136     }
 137     return false;
 138   }
 139
 140   @Override
 141   public boolean unGroup()
 142   {
 143     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
 144     if (sg != null)
 145     {
 146       viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);
 147       return true;
 148     }
 149     return false;
 150   }
 151
 152   @Override
 153   public boolean deleteGroups()
 154   {
 155     if (viewport.getAlignment().getGroups() != null
 156             && viewport.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 157     {
 158       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();
 159       viewport.clearSequenceColours();
 160       viewport.setSelectionGroup(null);
 161       return true;
 162     }
 163     return false;
 164   }
 165
 166   @Override
 167   public boolean markColumnsContainingFeatures(boolean invert,
 168           boolean extendCurrent, boolean toggle, String featureType)
 169   {
 170     // JBPNote this routine could also mark rows, not just columns.
 171     // need a decent query structure to allow all types of feature searches
 172     BitSet bs = new BitSet();
 173     SequenceCollectionI sqcol = (viewport.getSelectionGroup() == null || extendCurrent) ? viewport
 174             .getAlignment() : viewport.getSelectionGroup();
 175
 176     int nseq = findColumnsWithFeature(featureType, sqcol, bs);
 177
 178     ColumnSelection cs = viewport.getColumnSelection();
 179     if (cs == null)
 180     {
 181       cs = new ColumnSelection();
 182     }
 183
 184     if (bs.cardinality() > 0 || invert)
 185     {
 186       boolean changed = cs.markColumns(bs, sqcol.getStartRes(),
 187               sqcol.getEndRes(), invert, extendCurrent, toggle);
 188       if (changed)
 189       {
 190         viewport.setColumnSelection(cs);
 191         alignPanel.paintAlignment(true);
 192         int columnCount = invert ? (sqcol.getEndRes() - sqcol.getStartRes() + 1)
 193                 - bs.cardinality()
 194                 : bs.cardinality();
 195         avcg.setStatus(MessageManager.formatMessage(
 196                 "label.view_controller_toggled_marked",
 197                 new String[] {
 198                     toggle ? MessageManager.getString("label.toggled")
 199                             : MessageManager.getString("label.marked"),
 200                     String.valueOf(columnCount),
 201                     invert ? MessageManager
 202                             .getString("label.not_containing")
 203                             : MessageManager.getString("label.containing"),
 204                     featureType, Integer.valueOf(nseq).toString() }));
 205         return true;
 206       }
 207     }
 208     else
 209     {
 210       avcg.setStatus(MessageManager.formatMessage(
 211               "label.no_feature_of_type_found",
 212               new String[] { featureType }));
 213       if (!extendCurrent)
 214       {
 215         cs.clear();
 216         alignPanel.paintAlignment(true);
 217       }
 218     }
 219     return false;
 220   }
 221
 222   /**
 223    * Sets a bit in the BitSet for each column (base 0) in the sequence
 224    * collection which includes the specified feature type. Returns the number of
 225    * sequences which have the feature in the selected range.
 226    *
 227    * @param featureType
 228    * @param sqcol
 229    * @param bs
 230    * @return
 231    */
 232   static int findColumnsWithFeature(String featureType,
 233           SequenceCollectionI sqcol, BitSet bs)
 234   {
 235     final int startPosition = sqcol.getStartRes() + 1; // converted to base 1
 236     final int endPosition = sqcol.getEndRes() + 1;
 237     List<SequenceI> seqs = sqcol.getSequences();
 238     int nseq = 0;
 239     for (SequenceI sq : seqs)
 240     {
 241       if (sq != null)
 242       {
 243         int ist = sq.findPosition(sqcol.getStartRes());
 244         int iend = sq.findPosition(sqcol.getEndRes()); // see JAL-2526
 245         List<SequenceFeature> sfs = sq.getFeatures().findFeatures(ist,
 246                 iend, featureType);
 247         if (!sfs.isEmpty())
 248         {
 249           nseq++;
 250         }
 251         for (SequenceFeature sf : sfs)
 252         {
 253           // future functionality - featureType == null means mark columns
 254           // containing all displayed features
 255           if (sf != null && (featureType.equals(sf.getType())))
 256           {
 257             int sfStartCol = sq.findIndex(sf.getBegin());
 258             int sfEndCol = sq.findIndex(sf.getEnd()); // inefficient - JAL-2526
 259
 260             if (sf.isContactFeature())
 261             {
 262               /*
 263                * 'contact' feature - check for 'start' or 'end'
 264                * position within the selected region
 265                */
 266               if (sfStartCol >= startPosition && sfStartCol <= endPosition)
 267               {
 268                 bs.set(sfStartCol - 1);
 269               }
 270               if (sfEndCol >= startPosition && sfEndCol <= endPosition)
 271               {
 272                 bs.set(sfEndCol - 1);
 273               }
 274               continue;
 275             }
 276
 277             /*
 278              * contiguous feature - select feature positions (if any)
 279              * within the selected region
 280              */
 281             if (sfStartCol < startPosition)
 282             {
 283               sfStartCol = startPosition;
 284             }
 285             if (sfStartCol < ist)
 286             {
 287               sfStartCol = ist;
 288             }
 289             if (sfEndCol > endPosition)
 290             {
 291               sfEndCol = endPosition;
 292             }
 293             for (; sfStartCol <= sfEndCol; sfStartCol++)
 294             {
 295               bs.set(sfStartCol - 1); // convert to base 0
 296             }
 297           }
 298         }
 299       }
 300     }
 301     return nseq;
 302   }
 303
 304   @Override
 305   public void sortAlignmentByFeatureDensity(List<String> typ)
 306   {
 307     sortBy(typ, "Sort by Density", AlignmentSorter.FEATURE_DENSITY);
 308   }
 309
 310   protected void sortBy(List<String> typ, String methodText,
 311           final String method)
 312   {
 313     FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();
 314     if (typ == null && fr != null)
 315     {
 316       typ = fr.getDisplayedFeatureTypes();
 317     }
 318     List<String> gps = null;
 319     if (fr != null)
 320     {
 321       gps = fr.getDisplayedFeatureGroups();
 322     }
 323     AlignmentI al = viewport.getAlignment();
 324
 325     int start, stop;
 326     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
 327     if (sg != null)
 328     {
 329       start = sg.getStartRes();
 330       stop = sg.getEndRes();
 331     }
 332     else
 333     {
 334       start = 0;
 335       stop = al.getWidth();
 336     }
 337     SequenceI[] oldOrder = al.getSequencesArray();
 338     AlignmentSorter.sortByFeature(typ, gps, start, stop, al, method);
 339     avcg.addHistoryItem(new OrderCommand(methodText, oldOrder, viewport
 340             .getAlignment()));
 341     alignPanel.paintAlignment(true);
 342
 343   }
 344
 345   @Override
 346   public void sortAlignmentByFeatureScore(List<String> typ)
 347   {
 348     sortBy(typ, "Sort by Feature Score", AlignmentSorter.FEATURE_SCORE);
 349   }
 350
 351   @Override
 352   public boolean parseFeaturesFile(String file, DataSourceType protocol,
 353           boolean relaxedIdMatching)
 354   {
 355     boolean featuresFile = false;
 356     try
 357     {
 358       featuresFile = new FeaturesFile(false, file, protocol).parse(viewport
 359               .getAlignment().getDataset(), alignPanel.getFeatureRenderer()
 360               .getFeatureColours(), false, relaxedIdMatching);
 361     } catch (Exception ex)
 362     {
 363       ex.printStackTrace();
 364     }
 365
 366     if (featuresFile)
 367     {
 368       avcg.refreshFeatureUI(true);
 369       if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null)
 370       {
 371         // update the min/max ranges where necessary
 372         alignPanel.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
 373       }
 374       if (avcg.getFeatureSettingsUI() != null)
 375       {
 376         avcg.getFeatureSettingsUI().discoverAllFeatureData();
 377       }
 378       alignPanel.paintAlignment(true);
 379     }
 380
 381     return featuresFile;
 382
 383   }
 384
 385   @Override
 386   public boolean markHighlightedColumns(boolean invert,
 387           boolean extendCurrent, boolean toggle)
 388   {
 389     if (!viewport.hasSearchResults())
 390     {
 391       // do nothing if no selection exists
 392       return false;
 393     }
 394     // JBPNote this routine could also mark rows, not just columns.
 395     BitSet bs = new BitSet();
 396     SequenceCollectionI sqcol = (viewport.getSelectionGroup() == null || extendCurrent) ? viewport
 397             .getAlignment() : viewport.getSelectionGroup();
 398
 399     // this could be a lambda... - the remains of the method is boilerplate,
 400     // except for the different messages for reporting selection.
 401     int nseq = viewport.getSearchResults().markColumns(sqcol, bs);
 402
 403     ColumnSelection cs = viewport.getColumnSelection();
 404     if (cs == null)
 405     {
 406       cs = new ColumnSelection();
 407     }
 408
 409     if (bs.cardinality() > 0 || invert)
 410     {
 411       boolean changed = cs.markColumns(bs, sqcol.getStartRes(),
 412               sqcol.getEndRes(), invert, extendCurrent, toggle);
 413       if (changed)
 414       {
 415         viewport.setColumnSelection(cs);
 416         alignPanel.paintAlignment(true);
 417         int columnCount = invert ? (sqcol.getEndRes() - sqcol.getStartRes() + 1)
 418                 - bs.cardinality()
 419                 : bs.cardinality();
 420         avcg.setStatus(MessageManager.formatMessage(
 421                 "label.view_controller_toggled_marked",
 422                 new String[] {
 423                     toggle ? MessageManager.getString("label.toggled")
 424                             : MessageManager.getString("label.marked"),
 425                     String.valueOf(columnCount),
 426                     invert ? MessageManager
 427                             .getString("label.not_containing")
 428                             : MessageManager.getString("label.containing"),
 429                     "Highlight", Integer.valueOf(nseq).toString() }));
 430         return true;
 431       }
 432     }
 433     else
 434     {
 435       avcg.setStatus(MessageManager
 436               .formatMessage("No highlighted regions marked"));
 437       if (!extendCurrent)
 438       {
 439         cs.clear();
 440         alignPanel.paintAlignment(true);
 441       }
 442     }
 443     return false;
 444   }
 445
 446 }