src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import jalview.util.MapList;
  24 import jalview.util.MappingUtils;
  25
  26 import java.util.AbstractList;
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.List;
  29
  30 /**
  31  * Stores mapping between the columns of a protein alignment and a DNA alignment
  32  * and a list of individual codon to amino acid mappings between sequences.
  33  */
  34 public class AlignedCodonFrame
  35 {
  36
  37   /*
  38    * Data bean to hold mappings from one sequence to another
  39    */
  40   public class SequenceToSequenceMapping
  41   {
  42     private SequenceI fromSeq;
  43
  44     private Mapping mapping;
  45
  46     SequenceToSequenceMapping(SequenceI from, Mapping map)
  47     {
  48       this.fromSeq = from;
  49       this.mapping = map;
  50     }
  51
  52     /**
  53      * Readable representation for debugging only, not guaranteed not to change
  54      */
  55     @Override
  56     public String toString()
  57     {
  58       return String.format("From %s %s", fromSeq.getName(),
  59               mapping.toString());
  60     }
  61
  62     /**
  63      * Returns a hashCode derived from the hashcodes of the mappings and fromSeq
  64      *
  65      * @see SequenceToSequenceMapping#hashCode()
  66      */
  67     @Override
  68     public int hashCode()
  69     {
  70       return (fromSeq == null ? 0 : fromSeq.hashCode() * 31)
  71               + mapping.hashCode();
  72     }
  73
  74     /**
  75      * Answers true if the objects hold the same mapping between the same two
  76      * sequences
  77      *
  78      * @see Mapping#equals
  79      */
  80     @Override
  81     public boolean equals(Object obj)
  82     {
  83       if (!(obj instanceof SequenceToSequenceMapping))
  84       {
  85         return false;
  86       }
  87       SequenceToSequenceMapping that = (SequenceToSequenceMapping) obj;
  88       if (this.mapping == null)
  89       {
  90         return that.mapping == null;
  91       }
  92       // TODO: can simplify by asserting fromSeq is a dataset sequence
  93       return (this.fromSeq == that.fromSeq || (this.fromSeq != null
  94               && that.fromSeq != null
  95               && this.fromSeq.getDatasetSequence() != null && this.fromSeq
  96               .getDatasetSequence() == that.fromSeq.getDatasetSequence()))
  97               && this.mapping.equals(that.mapping);
  98     }
  99
 100     public SequenceI getFromSeq()
 101     {
 102       return fromSeq;
 103     }
 104
 105     public Mapping getMapping()
 106     {
 107       return mapping;
 108     }
 109   }
 110
 111   private List<SequenceToSequenceMapping> mappings;
 112
 113   /**
 114    * Constructor
 115    */
 116   public AlignedCodonFrame()
 117   {
 118     mappings = new ArrayList<SequenceToSequenceMapping>();
 119   }
 120
 121   /**
 122    * Adds a mapping between the dataset sequences for the associated dna and
 123    * protein sequence objects
 124    *
 125    * @param dnaseq
 126    * @param aaseq
 127    * @param map
 128    */
 129   public void addMap(SequenceI dnaseq, SequenceI aaseq, MapList map)
 130   {
 131     addMap(dnaseq, aaseq, map, null);
 132   }
 133
 134   /**
 135    * Adds a mapping between the dataset sequences for the associated dna and
 136    * protein sequence objects
 137    *
 138    * @param dnaseq
 139    * @param aaseq
 140    * @param map
 141    * @param mapFromId
 142    */
 143   public void addMap(SequenceI dnaseq, SequenceI aaseq, MapList map,
 144           String mapFromId)
 145   {
 146     // JBPNote DEBUG! THIS !
 147     // dnaseq.transferAnnotation(aaseq, mp);
 148     // aaseq.transferAnnotation(dnaseq, new Mapping(map.getInverse()));
 149
 150     SequenceI fromSeq = (dnaseq.getDatasetSequence() == null) ? dnaseq
 151             : dnaseq.getDatasetSequence();
 152     SequenceI toSeq = (aaseq.getDatasetSequence() == null) ? aaseq : aaseq
 153             .getDatasetSequence();
 154
 155     /*
 156      * if we already hold a mapping between these sequences, just add to it
 157      * note that 'adding' a duplicate map does nothing; this protects against
 158      * creating duplicate mappings in AlignedCodonFrame
 159      */
 160     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 161     {
 162       if (ssm.fromSeq == fromSeq && ssm.mapping.to == toSeq)
 163       {
 164         ssm.mapping.map.addMapList(map);
 165         return;
 166       }
 167     }
 168
 169     /*
 170      * otherwise, add a new sequence mapping
 171      */
 172     Mapping mp = new Mapping(toSeq, map);
 173     mp.setMappedFromId(mapFromId);
 174     mappings.add(new SequenceToSequenceMapping(fromSeq, mp));
 175   }
 176
 177   public SequenceI[] getdnaSeqs()
 178   {
 179     // TODO return a list instead?
 180     // return dnaSeqs;
 181     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<SequenceI>();
 182     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 183     {
 184       seqs.add(ssm.fromSeq);
 185     }
 186     return seqs.toArray(new SequenceI[seqs.size()]);
 187   }
 188
 189   public SequenceI[] getAaSeqs()
 190   {
 191     // TODO not used - remove?
 192     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<SequenceI>();
 193     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 194     {
 195       seqs.add(ssm.mapping.to);
 196     }
 197     return seqs.toArray(new SequenceI[seqs.size()]);
 198   }
 199
 200   public MapList[] getdnaToProt()
 201   {
 202     List<MapList> maps = new ArrayList<MapList>();
 203     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 204     {
 205       maps.add(ssm.mapping.map);
 206     }
 207     return maps.toArray(new MapList[maps.size()]);
 208   }
 209
 210   public Mapping[] getProtMappings()
 211   {
 212     List<Mapping> maps = new ArrayList<Mapping>();
 213     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 214     {
 215       maps.add(ssm.mapping);
 216     }
 217     return maps.toArray(new Mapping[maps.size()]);
 218   }
 219
 220   /**
 221    * Returns the first mapping found which is to or from the given sequence, or
 222    * null.
 223    *
 224    * @param seq
 225    * @return
 226    */
 227   public Mapping getMappingForSequence(SequenceI seq)
 228   {
 229     SequenceI seqDs = seq.getDatasetSequence();
 230     seqDs = seqDs != null ? seqDs : seq;
 231
 232     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 233     {
 234       if (ssm.fromSeq == seqDs || ssm.mapping.to == seqDs)
 235       {
 236         return ssm.mapping;
 237       }
 238     }
 239     return null;
 240   }
 241
 242   /**
 243    * Return the corresponding aligned or dataset aa sequence for given dna
 244    * sequence, null if not found.
 245    *
 246    * @param sequenceRef
 247    * @return
 248    */
 249   public SequenceI getAaForDnaSeq(SequenceI dnaSeqRef)
 250   {
 251     SequenceI dnads = dnaSeqRef.getDatasetSequence();
 252     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 253     {
 254       if (ssm.fromSeq == dnaSeqRef || ssm.fromSeq == dnads)
 255       {
 256         return ssm.mapping.to;
 257       }
 258     }
 259     return null;
 260   }
 261
 262   /**
 263    *
 264    * @param sequenceRef
 265    * @return null or corresponding aaSeq entry for dnaSeq entry
 266    */
 267   public SequenceI getDnaForAaSeq(SequenceI aaSeqRef)
 268   {
 269     SequenceI aads = aaSeqRef.getDatasetSequence();
 270     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 271     {
 272       if (ssm.mapping.to == aaSeqRef || ssm.mapping.to == aads)
 273       {
 274         return ssm.fromSeq;
 275       }
 276     }
 277     return null;
 278   }
 279
 280   /**
 281    * test to see if codon frame involves seq in any way
 282    *
 283    * @param seq
 284    *          a nucleotide or protein sequence
 285    * @return true if a mapping exists to or from this sequence to any translated
 286    *         sequence
 287    */
 288   public boolean involvesSequence(SequenceI seq)
 289   {
 290     return getAaForDnaSeq(seq) != null || getDnaForAaSeq(seq) != null;
 291   }
 292
 293   /**
 294    * Add search results for regions in other sequences that translate or are
 295    * translated from a particular position in seq
 296    *
 297    * @param seq
 298    * @param index
 299    *          position in seq
 300    * @param results
 301    *          where highlighted regions go
 302    */
 303   public void markMappedRegion(SequenceI seq, int index,
 304           SearchResultsI results)
 305   {
 306     int[] codon;
 307     SequenceI ds = seq.getDatasetSequence();
 308     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 309     {
 310       if (ssm.fromSeq == seq || ssm.fromSeq == ds)
 311       {
 312         codon = ssm.mapping.map.locateInTo(index, index);
 313         if (codon != null)
 314         {
 315           for (int i = 0; i < codon.length; i += 2)
 316           {
 317             results.addResult(ssm.mapping.to, codon[i], codon[i + 1]);
 318           }
 319         }
 320       }
 321       else if (ssm.mapping.to == seq || ssm.mapping.to == ds)
 322       {
 323         {
 324           codon = ssm.mapping.map.locateInFrom(index, index);
 325           if (codon != null)
 326           {
 327             for (int i = 0; i < codon.length; i += 2)
 328             {
 329               results.addResult(ssm.fromSeq, codon[i], codon[i + 1]);
 330             }
 331           }
 332         }
 333       }
 334     }
 335   }
 336
 337   /**
 338    * Returns the DNA codon positions (base 1) for the given position (base 1) in
 339    * a mapped protein sequence, or null if no mapping is found.
 340    *
 341    * Intended for use in aligning cDNA to match aligned protein. Only the first
 342    * mapping found is returned, so not suitable for use if multiple protein
 343    * sequences are mapped to the same cDNA (but aligning cDNA as protein is
 344    * ill-defined for this case anyway).
 345    *
 346    * @param seq
 347    *          the DNA dataset sequence
 348    * @param aaPos
 349    *          residue position (base 1) in a protein sequence
 350    * @return
 351    */
 352   public int[] getDnaPosition(SequenceI seq, int aaPos)
 353   {
 354     /*
 355      * Adapted from markMappedRegion().
 356      */
 357     MapList ml = null;
 358     int i = 0;
 359     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 360     {
 361       if (ssm.fromSeq == seq)
 362       {
 363         ml = getdnaToProt()[i];
 364         break;
 365       }
 366       i++;
 367     }
 368     return ml == null ? null : ml.locateInFrom(aaPos, aaPos);
 369   }
 370
 371   /**
 372    * Convenience method to return the first aligned sequence in the given
 373    * alignment whose dataset has a mapping with the given (aligned or dataset)
 374    * sequence.
 375    *
 376    * @param seq
 377    *
 378    * @param al
 379    * @return
 380    */
 381   public SequenceI findAlignedSequence(SequenceI seq, AlignmentI al)
 382   {
 383     /*
 384      * Search mapped protein ('to') sequences first.
 385      */
 386     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 387     {
 388       if (ssm.fromSeq == seq || ssm.fromSeq == seq.getDatasetSequence())
 389       {
 390         for (SequenceI sourceAligned : al.getSequences())
 391         {
 392           if (ssm.mapping.to == sourceAligned.getDatasetSequence()
 393                   || ssm.mapping.to == sourceAligned)
 394           {
 395             return sourceAligned;
 396           }
 397         }
 398       }
 399     }
 400
 401     /*
 402      * Then try mapped dna sequences.
 403      */
 404     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 405     {
 406       if (ssm.mapping.to == seq
 407               || ssm.mapping.to == seq.getDatasetSequence())
 408       {
 409         for (SequenceI sourceAligned : al.getSequences())
 410         {
 411           if (ssm.fromSeq == sourceAligned.getDatasetSequence())
 412           {
 413             return sourceAligned;
 414           }
 415         }
 416       }
 417     }
 418
 419     return null;
 420   }
 421
 422   /**
 423    * Returns the region in the target sequence's dataset that is mapped to the
 424    * given position (base 1) in the query sequence's dataset. The region is a
 425    * set of start/end position pairs.
 426    *
 427    * @param target
 428    * @param query
 429    * @param queryPos
 430    * @return
 431    */
 432   public int[] getMappedRegion(SequenceI target, SequenceI query,
 433           int queryPos)
 434   {
 435     SequenceI targetDs = target.getDatasetSequence() == null ? target
 436             : target.getDatasetSequence();
 437     SequenceI queryDs = query.getDatasetSequence() == null ? query : query
 438             .getDatasetSequence();
 439     if (targetDs == null || queryDs == null /*|| dnaToProt == null*/)
 440     {
 441       return null;
 442     }
 443     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 444     {
 445       /*
 446        * try mapping from target to query
 447        */
 448       if (ssm.fromSeq == targetDs && ssm.mapping.to == queryDs)
 449       {
 450         int[] codon = ssm.mapping.map.locateInFrom(queryPos, queryPos);
 451         if (codon != null)
 452         {
 453           return codon;
 454         }
 455       }
 456       /*
 457        * else try mapping from query to target
 458        */
 459       else if (ssm.fromSeq == queryDs && ssm.mapping.to == targetDs)
 460       {
 461         int[] codon = ssm.mapping.map.locateInTo(queryPos, queryPos);
 462         if (codon != null)
 463         {
 464           return codon;
 465         }
 466       }
 467     }
 468     return null;
 469   }
 470
 471   /**
 472    * Returns the mapped DNA codons for the given position in a protein sequence,
 473    * or null if no mapping is found. Returns a list of (e.g.) ['g', 'c', 't']
 474    * codons. There may be more than one codon mapped to the protein if (for
 475    * example), there are mappings to cDNA variants.
 476    *
 477    * @param protein
 478    *          the peptide dataset sequence
 479    * @param aaPos
 480    *          residue position (base 1) in the peptide sequence
 481    * @return
 482    */
 483   public List<char[]> getMappedCodons(SequenceI protein, int aaPos)
 484   {
 485     MapList ml = null;
 486     SequenceI dnaSeq = null;
 487     List<char[]> result = new ArrayList<char[]>();
 488
 489     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 490     {
 491       if (ssm.mapping.to == protein
 492               && ssm.mapping.getMap().getFromRatio() == 3)
 493       {
 494         ml = ssm.mapping.map;
 495         dnaSeq = ssm.fromSeq;
 496
 497         int[] codonPos = ml.locateInFrom(aaPos, aaPos);
 498         if (codonPos == null)
 499         {
 500           return null;
 501         }
 502
 503         /*
 504          * Read off the mapped nucleotides (converting to position base 0)
 505          */
 506         codonPos = MappingUtils.flattenRanges(codonPos);
 507         char[] dna = dnaSeq.getSequence();
 508         int start = dnaSeq.getStart();
 509         result.add(new char[] { dna[codonPos[0] - start],
 510             dna[codonPos[1] - start], dna[codonPos[2] - start] });
 511       }
 512     }
 513     return result.isEmpty() ? null : result;
 514   }
 515
 516   /**
 517    * Returns any mappings found which are from the given sequence, and to
 518    * distinct sequences.
 519    *
 520    * @param seq
 521    * @return
 522    */
 523   public List<Mapping> getMappingsFromSequence(SequenceI seq)
 524   {
 525     List<Mapping> result = new ArrayList<Mapping>();
 526     List<SequenceI> related = new ArrayList<SequenceI>();
 527     SequenceI seqDs = seq.getDatasetSequence();
 528     seqDs = seqDs != null ? seqDs : seq;
 529
 530     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 531     {
 532       final Mapping mapping = ssm.mapping;
 533       if (ssm.fromSeq == seqDs)
 534       {
 535         if (!related.contains(mapping.to))
 536         {
 537           result.add(mapping);
 538           related.add(mapping.to);
 539         }
 540       }
 541     }
 542     return result;
 543   }
 544
 545   /**
 546    * Test whether the given sequence is substitutable for one or more dummy
 547    * sequences in this mapping
 548    *
 549    * @param map
 550    * @param seq
 551    * @return
 552    */
 553   public boolean isRealisableWith(SequenceI seq)
 554   {
 555     return realiseWith(seq, false) > 0;
 556   }
 557
 558   /**
 559    * Replace any matchable mapped dummy sequences with the given real one.
 560    * Returns the count of sequence mappings instantiated.
 561    *
 562    * @param seq
 563    * @return
 564    */
 565   public int realiseWith(SequenceI seq)
 566   {
 567     return realiseWith(seq, true);
 568   }
 569
 570   /**
 571    * Returns the number of mapped dummy sequences that could be replaced with
 572    * the given real sequence.
 573    *
 574    * @param seq
 575    *          a dataset sequence
 576    * @param doUpdate
 577    *          if true, performs replacements, else only counts
 578    * @return
 579    */
 580   protected int realiseWith(SequenceI seq, boolean doUpdate)
 581   {
 582     SequenceI ds = seq.getDatasetSequence() != null ? seq
 583             .getDatasetSequence() : seq;
 584     int count = 0;
 585
 586     /*
 587      * check for replaceable DNA ('map from') sequences
 588      */
 589     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 590     {
 591       SequenceI dna = ssm.fromSeq;
 592       if (dna instanceof SequenceDummy
 593               && dna.getName().equals(ds.getName()))
 594       {
 595         Mapping mapping = ssm.mapping;
 596         int mapStart = mapping.getMap().getFromLowest();
 597         int mapEnd = mapping.getMap().getFromHighest();
 598         boolean mappable = couldRealiseSequence(dna, ds, mapStart, mapEnd);
 599         if (mappable)
 600         {
 601           count++;
 602           if (doUpdate)
 603           {
 604             // TODO: new method ? ds.realise(dna);
 605             // might want to copy database refs as well
 606             ds.setSequenceFeatures(dna.getSequenceFeatures());
 607             // dnaSeqs[i] = ds;
 608             ssm.fromSeq = ds;
 609             System.out.println("Realised mapped sequence " + ds.getName());
 610           }
 611         }
 612       }
 613
 614       /*
 615        * check for replaceable protein ('map to') sequences
 616        */
 617       Mapping mapping = ssm.mapping;
 618       SequenceI prot = mapping.getTo();
 619       int mapStart = mapping.getMap().getToLowest();
 620       int mapEnd = mapping.getMap().getToHighest();
 621       boolean mappable = couldRealiseSequence(prot, ds, mapStart, mapEnd);
 622       if (mappable)
 623       {
 624         count++;
 625         if (doUpdate)
 626         {
 627           // TODO: new method ? ds.realise(dna);
 628           // might want to copy database refs as well
 629           ds.setSequenceFeatures(dna.getSequenceFeatures());
 630           ssm.mapping.setTo(ds);
 631         }
 632       }
 633     }
 634     return count;
 635   }
 636
 637   /**
 638    * Helper method to test whether a 'real' sequence could replace a 'dummy'
 639    * sequence in the map. The criteria are that they have the same name, and
 640    * that the mapped region overlaps the candidate sequence.
 641    *
 642    * @param existing
 643    * @param replacement
 644    * @param mapStart
 645    * @param mapEnd
 646    * @return
 647    */
 648   protected static boolean couldRealiseSequence(SequenceI existing,
 649           SequenceI replacement, int mapStart, int mapEnd)
 650   {
 651     if (existing instanceof SequenceDummy
 652             && !(replacement instanceof SequenceDummy)
 653             && existing.getName().equals(replacement.getName()))
 654     {
 655       int start = replacement.getStart();
 656       int end = replacement.getEnd();
 657       boolean mappingOverlapsSequence = (mapStart >= start && mapStart <= end)
 658               || (mapEnd >= start && mapEnd <= end);
 659       if (mappingOverlapsSequence)
 660       {
 661         return true;
 662       }
 663     }
 664     return false;
 665   }
 666
 667   /**
 668    * Change any mapping to the given sequence to be to its dataset sequence
 669    * instead. For use when mappings are created before their referenced
 670    * sequences are instantiated, for example when parsing GFF data.
 671    *
 672    * @param seq
 673    */
 674   public void updateToDataset(SequenceI seq)
 675   {
 676     if (seq == null || seq.getDatasetSequence() == null)
 677     {
 678       return;
 679     }
 680     SequenceI ds = seq.getDatasetSequence();
 681
 682     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 683     /*
 684      * 'from' sequences
 685      */
 686     {
 687       if (ssm.fromSeq == seq)
 688       {
 689         ssm.fromSeq = ds;
 690       }
 691
 692       /*
 693        * 'to' sequences
 694        */
 695       if (ssm.mapping.to == seq)
 696       {
 697         ssm.mapping.to = ds;
 698       }
 699     }
 700   }
 701
 702   /**
 703    * Answers true if this object contains no mappings
 704    *
 705    * @return
 706    */
 707   public boolean isEmpty()
 708   {
 709     return mappings.isEmpty();
 710   }
 711
 712   /**
 713    * Method for debug / inspection purposes only, may change in future
 714    */
 715   @Override
 716   public String toString()
 717   {
 718     return mappings == null ? "null" : mappings.toString();
 719   }
 720
 721   /**
 722    * Returns the first mapping found that is between 'fromSeq' and 'toSeq', or
 723    * null if none found
 724    *
 725    * @param fromSeq
 726    *          aligned or dataset sequence
 727    * @param toSeq
 728    *          aligned or dataset sequence
 729    * @return
 730    */
 731   public Mapping getMappingBetween(SequenceI fromSeq, SequenceI toSeq)
 732   {
 733     SequenceI dssFrom = fromSeq.getDatasetSequence() == null ? fromSeq
 734             : fromSeq.getDatasetSequence();
 735     SequenceI dssTo = toSeq.getDatasetSequence() == null ? toSeq : toSeq
 736             .getDatasetSequence();
 737
 738     for (SequenceToSequenceMapping mapping : mappings)
 739     {
 740       SequenceI from = mapping.fromSeq;
 741       SequenceI to = mapping.mapping.to;
 742       if ((from == dssFrom && to == dssTo)
 743               || (from == dssTo && to == dssFrom))
 744       {
 745         return mapping.mapping;
 746       }
 747     }
 748     return null;
 749   }
 750
 751   /**
 752    * Returns a hashcode derived from the list of sequence mappings
 753    *
 754    * @see SequenceToSequenceMapping#hashCode()
 755    * @see AbstractList#hashCode()
 756    */
 757   @Override
 758   public int hashCode()
 759   {
 760     return this.mappings.hashCode();
 761   }
 762
 763   /**
 764    * Two AlignedCodonFrame objects are equal if they hold the same ordered list
 765    * of mappings
 766    *
 767    * @see SequenceToSequenceMapping#
 768    */
 769   @Override
 770   public boolean equals(Object obj)
 771   {
 772     if (!(obj instanceof AlignedCodonFrame))
 773     {
 774       return false;
 775     }
 776     return this.mappings.equals(((AlignedCodonFrame) obj).mappings);
 777   }
 778
 779   public List<SequenceToSequenceMapping> getMappings()
 780   {
 781     return mappings;
 782   }
 783 }