src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import java.util.AbstractList;
  24 import java.util.ArrayList;
  25 import java.util.List;
  26
  27 import jalview.util.MapList;
  28 import jalview.util.MappingUtils;
  29
  30 /**
  31  * Stores mapping between the columns of a protein alignment and a DNA alignment
  32  * and a list of individual codon to amino acid mappings between sequences.
  33  */
  34 public class AlignedCodonFrame
  35 {
  36
  37   /*
  38    * Data bean to hold mappings from one sequence to another
  39    */
  40   public class SequenceToSequenceMapping
  41   {
  42     private SequenceI fromSeq;
  43
  44     private Mapping mapping;
  45
  46     SequenceToSequenceMapping(SequenceI from, Mapping map)
  47     {
  48       this.fromSeq = from;
  49       this.mapping = map;
  50     }
  51
  52     /**
  53      * Readable representation for debugging only, not guaranteed not to change
  54      */
  55     @Override
  56     public String toString()
  57     {
  58       return String.format("From %s %s", fromSeq.getName(),
  59               mapping.toString());
  60     }
  61
  62     /**
  63      * Returns a hashCode derived from the hashcodes of the mappings and fromSeq
  64      *
  65      * @see SequenceToSequenceMapping#hashCode()
  66      */
  67     @Override
  68     public int hashCode()
  69     {
  70       return (fromSeq == null ? 0 : fromSeq.hashCode() * 31)
  71               + mapping.hashCode();
  72     }
  73
  74     /**
  75      * Answers true if the objects hold the same mapping between the same two
  76      * sequences
  77      *
  78      * @see Mapping#equals
  79      */
  80     @Override
  81     public boolean equals(Object obj)
  82     {
  83       if (!(obj instanceof SequenceToSequenceMapping))
  84       {
  85         return false;
  86       }
  87       SequenceToSequenceMapping that = (SequenceToSequenceMapping) obj;
  88       if (this.mapping == null)
  89       {
  90         return that.mapping == null;
  91       }
  92       // TODO: can simplify by asserting fromSeq is a dataset sequence
  93       return (this.fromSeq == that.fromSeq
  94               || (this.fromSeq != null && that.fromSeq != null
  95                       && this.fromSeq.getDatasetSequence() != null
  96                       && this.fromSeq.getDatasetSequence() == that.fromSeq
  97                               .getDatasetSequence()))
  98               && this.mapping.equals(that.mapping);
  99     }
 100
 101     public SequenceI getFromSeq()
 102     {
 103       return fromSeq;
 104     }
 105
 106     public Mapping getMapping()
 107     {
 108       return mapping;
 109     }
 110
 111     /**
 112      * Returns true if the mapping covers the full length of the given sequence.
 113      * This allows us to distinguish the CDS that codes for a protein from
 114      * another overlapping CDS in the parent dna sequence.
 115      *
 116      * @param seq
 117      * @return
 118      */
 119     public boolean covers(SequenceI seq)
 120     {
 121       return covers(seq, false, false);
 122     }
 123
 124     /**
 125      *
 126      * @param seq
 127      * @param localCover
 128      *          - when true - compare extent of seq's dataset sequence rather
 129      *          than the local extent
 130      * @param either
 131      *          - when true coverage is required for either seq or the mapped
 132      *          sequence
 133      * @return true if mapping covers full length of given sequence (or the
 134      *         other if either==true)
 135      */
 136     public boolean covers(SequenceI seq, boolean localCover, boolean either)
 137     {
 138       List<int[]> mappedRanges = null, otherRanges = null;
 139       MapList mapList = mapping.getMap();
 140       int mstart = seq.getStart(), mend = seq.getEnd(), ostart, oend;
 141       ;
 142       if (fromSeq == seq || fromSeq == seq.getDatasetSequence())
 143       {
 144         if (localCover && fromSeq != seq)
 145         {
 146           mstart = fromSeq.getStart();
 147           mend = fromSeq.getEnd();
 148         }
 149         mappedRanges = mapList.getFromRanges();
 150         otherRanges = mapList.getToRanges();
 151         ostart = mapping.to.getStart();
 152         oend = mapping.to.getEnd();
 153       }
 154       else if (mapping.to == seq || mapping.to == seq.getDatasetSequence())
 155       {
 156         if (localCover && mapping.to != seq)
 157         {
 158           mstart = mapping.to.getStart();
 159           mend = mapping.to.getEnd();
 160         }
 161         mappedRanges = mapList.getToRanges();
 162         otherRanges = mapList.getFromRanges();
 163         ostart = fromSeq.getStart();
 164         oend = fromSeq.getEnd();
 165       }
 166       else
 167       {
 168         return false;
 169       }
 170
 171       /*
 172        * check that each mapped range lies within the sequence range
 173        * (necessary for circular CDS - example EMBL:J03321:AAA91567)
 174        * and mapped length covers (at least) sequence length
 175        */
 176       int length = countRange(mappedRanges, mstart, mend);
 177
 178       if (length != -1)
 179       {
 180         // add 3 to mapped length to allow for a mapped stop codon
 181         if (length + 3 >= (mend - mstart + 1))
 182         {
 183           return true;
 184         }
 185       }
 186       if (either)
 187       {
 188         // also check coverage of the other range
 189         length = countRange(otherRanges, ostart, oend);
 190         if (length != -1)
 191         {
 192           if (length + 1 >= (oend - ostart + 1))
 193           {
 194             return true;
 195           }
 196         }
 197       }
 198       return false;
 199     }
 200
 201     private int countRange(List<int[]> mappedRanges, int mstart, int mend)
 202     {
 203       int length = 0;
 204       for (int[] range : mappedRanges)
 205       {
 206         int from = Math.min(range[0], range[1]);
 207         int to = Math.max(range[0], range[1]);
 208         if (from < mstart || to > mend)
 209         {
 210           return -1;
 211         }
 212         length += (to - from + 1);
 213       }
 214       return length;
 215     }
 216
 217     /**
 218      * Adds any regions mapped to or from position {@code pos} in sequence
 219      * {@code seq} to the given search results Note: recommend first using the
 220      * .covers(,true,true) to ensure mapping covers both sequences
 221      *
 222      * @param seq
 223      * @param pos
 224      * @param sr
 225      */
 226     public void markMappedRegion(SequenceI seq, int pos, SearchResultsI sr)
 227     {
 228       int[] codon = null;
 229       SequenceI mappedSeq = null;
 230       SequenceI ds = seq.getDatasetSequence();
 231       if (ds == null)
 232       {
 233         ds = seq;
 234       }
 235
 236       if (this.fromSeq == seq || this.fromSeq == ds)
 237       {
 238         codon = this.mapping.map.locateInTo(pos, pos);
 239         mappedSeq = this.mapping.to;
 240       }
 241       else if (this.mapping.to == seq || this.mapping.to == ds)
 242       {
 243         codon = this.mapping.map.locateInFrom(pos, pos);
 244         mappedSeq = this.fromSeq;
 245       }
 246
 247       if (codon != null)
 248       {
 249         for (int i = 0; i < codon.length; i += 2)
 250         {
 251           sr.addResult(mappedSeq, codon[i], codon[i + 1]);
 252         }
 253       }
 254     }
 255   }
 256
 257   private List<SequenceToSequenceMapping> mappings;
 258
 259   /**
 260    * Constructor
 261    */
 262   public AlignedCodonFrame()
 263   {
 264     mappings = new ArrayList<>();
 265   }
 266
 267   /**
 268    * Adds a mapping between the dataset sequences for the associated dna and
 269    * protein sequence objects
 270    *
 271    * @param dnaseq
 272    * @param aaseq
 273    * @param map
 274    */
 275   public void addMap(SequenceI dnaseq, SequenceI aaseq, MapList map)
 276   {
 277     addMap(dnaseq, aaseq, map, null);
 278   }
 279
 280   /**
 281    * Adds a mapping between the dataset sequences for the associated dna and
 282    * protein sequence objects
 283    *
 284    * @param dnaseq
 285    * @param aaseq
 286    * @param map
 287    * @param mapFromId
 288    */
 289   public void addMap(SequenceI dnaseq, SequenceI aaseq, MapList map,
 290           String mapFromId)
 291   {
 292     // JBPNote DEBUG! THIS !
 293     // dnaseq.transferAnnotation(aaseq, mp);
 294     // aaseq.transferAnnotation(dnaseq, new Mapping(map.getInverse()));
 295
 296     SequenceI fromSeq = (dnaseq.getDatasetSequence() == null) ? dnaseq
 297             : dnaseq.getDatasetSequence();
 298     SequenceI toSeq = (aaseq.getDatasetSequence() == null) ? aaseq
 299             : aaseq.getDatasetSequence();
 300
 301     /*
 302      * if we already hold a mapping between these sequences, just add to it
 303      * note that 'adding' a duplicate map does nothing; this protects against
 304      * creating duplicate mappings in AlignedCodonFrame
 305      */
 306     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 307     {
 308       if (ssm.fromSeq == fromSeq && ssm.mapping.to == toSeq)
 309       {
 310         ssm.mapping.map.addMapList(map);
 311         return;
 312       }
 313     }
 314
 315     /*
 316      * otherwise, add a new sequence mapping
 317      */
 318     Mapping mp = new Mapping(toSeq, map);
 319     mp.setMappedFromId(mapFromId);
 320     mappings.add(new SequenceToSequenceMapping(fromSeq, mp));
 321   }
 322
 323   public SequenceI[] getdnaSeqs()
 324   {
 325     // TODO return a list instead?
 326     // return dnaSeqs;
 327     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
 328     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 329     {
 330       seqs.add(ssm.fromSeq);
 331     }
 332     return seqs.toArray(new SequenceI[seqs.size()]);
 333   }
 334
 335   public SequenceI[] getAaSeqs()
 336   {
 337     // TODO not used - remove?
 338     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
 339     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 340     {
 341       seqs.add(ssm.mapping.to);
 342     }
 343     return seqs.toArray(new SequenceI[seqs.size()]);
 344   }
 345
 346   public MapList[] getdnaToProt()
 347   {
 348     List<MapList> maps = new ArrayList<>();
 349     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 350     {
 351       maps.add(ssm.mapping.map);
 352     }
 353     return maps.toArray(new MapList[maps.size()]);
 354   }
 355
 356   public Mapping[] getProtMappings()
 357   {
 358     List<Mapping> maps = new ArrayList<>();
 359     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 360     {
 361       maps.add(ssm.mapping);
 362     }
 363     return maps.toArray(new Mapping[maps.size()]);
 364   }
 365
 366   /**
 367    * Returns the first mapping found which is to or from the given sequence, or
 368    * null if none is found
 369    *
 370    * @param seq
 371    * @return
 372    */
 373   public Mapping getMappingForSequence(SequenceI seq)
 374   {
 375     SequenceI seqDs = seq.getDatasetSequence();
 376     seqDs = seqDs != null ? seqDs : seq;
 377
 378     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 379     {
 380       if (ssm.fromSeq == seqDs || ssm.mapping.to == seqDs)
 381       {
 382         return ssm.mapping;
 383       }
 384     }
 385     return null;
 386   }
 387
 388   /**
 389    * Return the corresponding aligned or dataset aa sequence for given dna
 390    * sequence, null if not found.
 391    *
 392    * @param sequenceRef
 393    * @return
 394    */
 395   public SequenceI getAaForDnaSeq(SequenceI dnaSeqRef)
 396   {
 397     SequenceI dnads = dnaSeqRef.getDatasetSequence();
 398     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 399     {
 400       if (ssm.fromSeq == dnaSeqRef || ssm.fromSeq == dnads)
 401       {
 402         return ssm.mapping.to;
 403       }
 404     }
 405     return null;
 406   }
 407
 408   /**
 409    * Return the corresponding aligned or dataset dna sequence for given amino
 410    * acid sequence, or null if not found. returns the sequence from the first
 411    * mapping found that involves the protein sequence.
 412    *
 413    * @param aaSeqRef
 414    * @return
 415    */
 416   public SequenceI getDnaForAaSeq(SequenceI aaSeqRef)
 417   {
 418     SequenceI aads = aaSeqRef.getDatasetSequence();
 419     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 420     {
 421       if (ssm.mapping.to == aaSeqRef || ssm.mapping.to == aads)
 422       {
 423         return ssm.fromSeq;
 424       }
 425     }
 426     return null;
 427   }
 428
 429   /**
 430    * test to see if codon frame involves seq in any way
 431    *
 432    * @param seq
 433    *          a nucleotide or protein sequence
 434    * @return true if a mapping exists to or from this sequence to any translated
 435    *         sequence
 436    */
 437   public boolean involvesSequence(SequenceI seq)
 438   {
 439     return getAaForDnaSeq(seq) != null || getDnaForAaSeq(seq) != null;
 440   }
 441
 442   /**
 443    * Add search results for regions in other sequences that translate or are
 444    * translated from a particular position in seq (which may be an aligned or
 445    * dataset sequence)
 446    *
 447    * @param seq
 448    * @param index
 449    *          position in seq
 450    * @param results
 451    *          where highlighted regions go
 452    */
 453   public void markMappedRegion(SequenceI seq, int index,
 454           SearchResultsI results)
 455   {
 456     SequenceI ds = seq.getDatasetSequence();
 457     if (ds == null)
 458     {
 459       ds = seq;
 460     }
 461     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 462     {
 463       if (ssm.covers(seq, true, true))
 464       {
 465         ssm.markMappedRegion(ds, index, results);
 466       }
 467     }
 468   }
 469
 470   /**
 471    * Convenience method to return the first aligned sequence in the given
 472    * alignment whose dataset has a mapping with the given (aligned or dataset)
 473    * sequence.
 474    *
 475    * @param seq
 476    *
 477    * @param al
 478    * @return
 479    */
 480   public SequenceI findAlignedSequence(SequenceI seq, AlignmentI al)
 481   {
 482     /*
 483      * Search mapped protein ('to') sequences first.
 484      */
 485     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 486     {
 487       if (ssm.fromSeq == seq || ssm.fromSeq == seq.getDatasetSequence())
 488       {
 489         for (SequenceI sourceAligned : al.getSequences())
 490         {
 491           if (ssm.mapping.to == sourceAligned.getDatasetSequence()
 492                   || ssm.mapping.to == sourceAligned)
 493           {
 494             return sourceAligned;
 495           }
 496         }
 497       }
 498     }
 499
 500     /*
 501      * Then try mapped dna sequences.
 502      */
 503     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 504     {
 505       if (ssm.mapping.to == seq
 506               || ssm.mapping.to == seq.getDatasetSequence())
 507       {
 508         for (SequenceI sourceAligned : al.getSequences())
 509         {
 510           if (ssm.fromSeq == sourceAligned.getDatasetSequence())
 511           {
 512             return sourceAligned;
 513           }
 514         }
 515       }
 516     }
 517
 518     return null;
 519   }
 520
 521   /**
 522    * Returns the region in the target sequence's dataset that is mapped to the
 523    * given position (base 1) in the query sequence's dataset. The region is a
 524    * set of start/end position pairs.
 525    *
 526    * @param target
 527    * @param query
 528    * @param queryPos
 529    * @return
 530    */
 531   public int[] getMappedRegion(SequenceI target, SequenceI query,
 532           int queryPos)
 533   {
 534     SequenceI targetDs = target.getDatasetSequence() == null ? target
 535             : target.getDatasetSequence();
 536     SequenceI queryDs = query.getDatasetSequence() == null ? query
 537             : query.getDatasetSequence();
 538     if (targetDs == null || queryDs == null /*|| dnaToProt == null*/)
 539     {
 540       return null;
 541     }
 542     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 543     {
 544       /*
 545        * try mapping from target to query
 546        */
 547       if (ssm.fromSeq == targetDs && ssm.mapping.to == queryDs)
 548       {
 549         int[] codon = ssm.mapping.map.locateInFrom(queryPos, queryPos);
 550         if (codon != null)
 551         {
 552           return codon;
 553         }
 554       }
 555       /*
 556        * else try mapping from query to target
 557        */
 558       else if (ssm.fromSeq == queryDs && ssm.mapping.to == targetDs)
 559       {
 560         int[] codon = ssm.mapping.map.locateInTo(queryPos, queryPos);
 561         if (codon != null)
 562         {
 563           return codon;
 564         }
 565       }
 566     }
 567     return null;
 568   }
 569
 570   /**
 571    * Returns the mapped DNA codons for the given position in a protein sequence,
 572    * or null if no mapping is found. Returns a list of (e.g.) ['g', 'c', 't']
 573    * codons. There may be more than one codon mapped to the protein if (for
 574    * example), there are mappings to cDNA variants.
 575    *
 576    * @param protein
 577    *          the peptide dataset sequence
 578    * @param aaPos
 579    *          residue position (base 1) in the peptide sequence
 580    * @return
 581    */
 582   public List<char[]> getMappedCodons(SequenceI protein, int aaPos)
 583   {
 584     MapList ml = null;
 585     SequenceI dnaSeq = null;
 586     List<char[]> result = new ArrayList<>();
 587
 588     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 589     {
 590       if (ssm.mapping.to == protein
 591               && ssm.mapping.getMap().getFromRatio() == 3)
 592       {
 593         ml = ssm.mapping.map;
 594         dnaSeq = ssm.fromSeq;
 595
 596         int[] codonPos = ml.locateInFrom(aaPos, aaPos);
 597         if (codonPos == null)
 598         {
 599           return null;
 600         }
 601
 602         /*
 603          * Read off the mapped nucleotides (converting to position base 0)
 604          */
 605         codonPos = MappingUtils.flattenRanges(codonPos);
 606         int start = dnaSeq.getStart();
 607         char c1 = dnaSeq.getCharAt(codonPos[0] - start);
 608         char c2 = dnaSeq.getCharAt(codonPos[1] - start);
 609         char c3 = dnaSeq.getCharAt(codonPos[2] - start);
 610         result.add(new char[] { c1, c2, c3 });
 611       }
 612     }
 613     return result.isEmpty() ? null : result;
 614   }
 615
 616   /**
 617    * Returns any mappings found which are from the given sequence, and to
 618    * distinct sequences.
 619    *
 620    * @param seq
 621    * @return
 622    */
 623   public List<Mapping> getMappingsFromSequence(SequenceI seq)
 624   {
 625     List<Mapping> result = new ArrayList<>();
 626     List<SequenceI> related = new ArrayList<>();
 627     SequenceI seqDs = seq.getDatasetSequence();
 628     seqDs = seqDs != null ? seqDs : seq;
 629
 630     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 631     {
 632       final Mapping mapping = ssm.mapping;
 633       if (ssm.fromSeq == seqDs)
 634       {
 635         if (!related.contains(mapping.to))
 636         {
 637           result.add(mapping);
 638           related.add(mapping.to);
 639         }
 640       }
 641     }
 642     return result;
 643   }
 644
 645   /**
 646    * Test whether the given sequence is substitutable for one or more dummy
 647    * sequences in this mapping
 648    *
 649    * @param map
 650    * @param seq
 651    * @return
 652    */
 653   public boolean isRealisableWith(SequenceI seq)
 654   {
 655     return realiseWith(seq, false) > 0;
 656   }
 657
 658   /**
 659    * Replace any matchable mapped dummy sequences with the given real one.
 660    * Returns the count of sequence mappings instantiated.
 661    *
 662    * @param seq
 663    * @return
 664    */
 665   public int realiseWith(SequenceI seq)
 666   {
 667     return realiseWith(seq, true);
 668   }
 669
 670   /**
 671    * Returns the number of mapped dummy sequences that could be replaced with
 672    * the given real sequence.
 673    *
 674    * @param seq
 675    *          a dataset sequence
 676    * @param doUpdate
 677    *          if true, performs replacements, else only counts
 678    * @return
 679    */
 680   protected int realiseWith(SequenceI seq, boolean doUpdate)
 681   {
 682     SequenceI ds = seq.getDatasetSequence() != null
 683             ? seq.getDatasetSequence()
 684             : seq;
 685     int count = 0;
 686
 687     /*
 688      * check for replaceable DNA ('map from') sequences
 689      */
 690     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 691     {
 692       SequenceI dna = ssm.fromSeq;
 693       if (dna instanceof SequenceDummy
 694               && dna.getName().equals(ds.getName()))
 695       {
 696         Mapping mapping = ssm.mapping;
 697         int mapStart = mapping.getMap().getFromLowest();
 698         int mapEnd = mapping.getMap().getFromHighest();
 699         boolean mappable = couldRealiseSequence(dna, ds, mapStart, mapEnd);
 700         if (mappable)
 701         {
 702           count++;
 703           if (doUpdate)
 704           {
 705             // TODO: new method ? ds.realise(dna);
 706             // might want to copy database refs as well
 707             ds.setSequenceFeatures(dna.getSequenceFeatures());
 708             // dnaSeqs[i] = ds;
 709             ssm.fromSeq = ds;
 710             System.out.println("Realised mapped sequence " + ds.getName());
 711           }
 712         }
 713       }
 714
 715       /*
 716        * check for replaceable protein ('map to') sequences
 717        */
 718       Mapping mapping = ssm.mapping;
 719       SequenceI prot = mapping.getTo();
 720       int mapStart = mapping.getMap().getToLowest();
 721       int mapEnd = mapping.getMap().getToHighest();
 722       boolean mappable = couldRealiseSequence(prot, ds, mapStart, mapEnd);
 723       if (mappable)
 724       {
 725         count++;
 726         if (doUpdate)
 727         {
 728           // TODO: new method ? ds.realise(dna);
 729           // might want to copy database refs as well
 730           ds.setSequenceFeatures(dna.getSequenceFeatures());
 731           ssm.mapping.setTo(ds);
 732         }
 733       }
 734     }
 735     return count;
 736   }
 737
 738   /**
 739    * Helper method to test whether a 'real' sequence could replace a 'dummy'
 740    * sequence in the map. The criteria are that they have the same name, and
 741    * that the mapped region overlaps the candidate sequence.
 742    *
 743    * @param existing
 744    * @param replacement
 745    * @param mapStart
 746    * @param mapEnd
 747    * @return
 748    */
 749   protected static boolean couldRealiseSequence(SequenceI existing,
 750           SequenceI replacement, int mapStart, int mapEnd)
 751   {
 752     if (existing instanceof SequenceDummy
 753             && !(replacement instanceof SequenceDummy)
 754             && existing.getName().equals(replacement.getName()))
 755     {
 756       int start = replacement.getStart();
 757       int end = replacement.getEnd();
 758       boolean mappingOverlapsSequence = (mapStart >= start
 759               && mapStart <= end) || (mapEnd >= start && mapEnd <= end);
 760       if (mappingOverlapsSequence)
 761       {
 762         return true;
 763       }
 764     }
 765     return false;
 766   }
 767
 768   /**
 769    * Change any mapping to the given sequence to be to its dataset sequence
 770    * instead. For use when mappings are created before their referenced
 771    * sequences are instantiated, for example when parsing GFF data.
 772    *
 773    * @param seq
 774    */
 775   public void updateToDataset(SequenceI seq)
 776   {
 777     if (seq == null || seq.getDatasetSequence() == null)
 778     {
 779       return;
 780     }
 781     SequenceI ds = seq.getDatasetSequence();
 782
 783     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 784     /*
 785      * 'from' sequences
 786      */
 787     {
 788       if (ssm.fromSeq == seq)
 789       {
 790         ssm.fromSeq = ds;
 791       }
 792
 793       /*
 794        * 'to' sequences
 795        */
 796       if (ssm.mapping.to == seq)
 797       {
 798         ssm.mapping.to = ds;
 799       }
 800     }
 801   }
 802
 803   /**
 804    * Answers true if this object contains no mappings
 805    *
 806    * @return
 807    */
 808   public boolean isEmpty()
 809   {
 810     return mappings.isEmpty();
 811   }
 812
 813   /**
 814    * Method for debug / inspection purposes only, may change in future
 815    */
 816   @Override
 817   public String toString()
 818   {
 819     return mappings == null ? "null" : mappings.toString();
 820   }
 821
 822   /**
 823    * Returns the first mapping found that is between 'fromSeq' and 'toSeq', or
 824    * null if none found
 825    *
 826    * @param fromSeq
 827    *          aligned or dataset sequence
 828    * @param toSeq
 829    *          aligned or dataset sequence
 830    * @return
 831    */
 832   public Mapping getMappingBetween(SequenceI fromSeq, SequenceI toSeq)
 833   {
 834     SequenceI dssFrom = fromSeq.getDatasetSequence() == null ? fromSeq
 835             : fromSeq.getDatasetSequence();
 836     SequenceI dssTo = toSeq.getDatasetSequence() == null ? toSeq
 837             : toSeq.getDatasetSequence();
 838
 839     for (SequenceToSequenceMapping mapping : mappings)
 840     {
 841       SequenceI from = mapping.fromSeq;
 842       SequenceI to = mapping.mapping.to;
 843       if ((from == dssFrom && to == dssTo)
 844               || (from == dssTo && to == dssFrom))
 845       {
 846         return mapping.mapping;
 847       }
 848     }
 849     return null;
 850   }
 851
 852   /**
 853    * Returns a hashcode derived from the list of sequence mappings
 854    *
 855    * @see SequenceToSequenceMapping#hashCode()
 856    * @see AbstractList#hashCode()
 857    */
 858   @Override
 859   public int hashCode()
 860   {
 861     return this.mappings.hashCode();
 862   }
 863
 864   /**
 865    * Two AlignedCodonFrame objects are equal if they hold the same ordered list
 866    * of mappings
 867    *
 868    * @see SequenceToSequenceMapping#equals
 869    */
 870   @Override
 871   public boolean equals(Object obj)
 872   {
 873     if (!(obj instanceof AlignedCodonFrame))
 874     {
 875       return false;
 876     }
 877     return this.mappings.equals(((AlignedCodonFrame) obj).mappings);
 878   }
 879
 880   public List<SequenceToSequenceMapping> getMappings()
 881   {
 882     return mappings;
 883   }
 884
 885   /**
 886    * Returns the first mapping found which is between the two given sequences,
 887    * and covers the full extent of both.
 888    *
 889    * @param seq1
 890    * @param seq2
 891    * @return
 892    */
 893   public SequenceToSequenceMapping getCoveringMapping(SequenceI seq1,
 894           SequenceI seq2)
 895   {
 896     for (SequenceToSequenceMapping mapping : mappings)
 897     {
 898       if (mapping.covers(seq2) && mapping.covers(seq1))
 899       {
 900         return mapping;
 901       }
 902     }
 903     return null;
 904   }
 905
 906   /**
 907    * Returns the first mapping found which is between the given dataset sequence
 908    * and another, is a triplet mapping (3:1 or 1:3), and covers the full extent
 909    * of both sequences involved
 910    *
 911    * @param seq
 912    * @return
 913    */
 914   public SequenceToSequenceMapping getCoveringCodonMapping(SequenceI seq)
 915   {
 916     for (SequenceToSequenceMapping mapping : mappings)
 917     {
 918       if (mapping.getMapping().getMap().isTripletMap()
 919               && mapping.covers(seq))
 920       {
 921         if (mapping.fromSeq == seq
 922                 && mapping.covers(mapping.getMapping().getTo()))
 923         {
 924           return mapping;
 925         }
 926         else if (mapping.getMapping().getTo() == seq
 927                 && mapping.covers(mapping.fromSeq))
 928         {
 929           return mapping;
 930         }
 931       }
 932     }
 933     return null;
 934   }
 935 }